Kayaköy, birbirinden çok farklı iki yerleşim alanından oluşmaktadır. Bunların birincisi; turizmde de önemli yeri olan, 19. yüzyılbaşında kurulmuş, yamaçlara dayalı ve nispeten yakın tarihli bir yerleşim olmakla birlikte, Osmanlı Devleti'nin son dönemlerinde, tamamı Rum, 3000 nüfuslu bir kasaba boyutuna ulaşmış, eski adları Levissi veya Karmylassos şeklinde geçen köydür. 19. yüzyılOsmanlı DevletiRum
Muğla'da bulunan dünyaca ünlü Rum köyü Kaya köy'ün Osmanlı arşivlerinde 'Kayı' adında Türk köyü olduğu iddiası ortaya atıldı ve isminin değiştirilmesi için 5 bin imza toplandı.