Analiz öncesi yapılması gerekli işlemler

Analiz işlemine geçilmeden önce birkaç faktörün değerlendirilmesi gerekir. Bunlar ; Eksik veri ve polimorfizm nasıl yorumlanmalı, Karakter değişimine ilişkin ne tür kabuller yapılmalı, Analiz öncesi karakter polarizasyonu ya da karakter ağırlığı belirlenmeli mi sorularına ilişkin seçeneklerden hangilerinin kabul edileceğine karar verilmelidir.

İki tür eksik veri tanımlana bilir; Analiz edilecek taksonlar dan bazıları için belli karaktere ilişkin bilgi elde edilemeyebilir. Bazı durumlarda ise incelenen karakter sistemindeki bir yapı bütünüyle ortadan kalkmış olabilir. Dolayısıyla da bu yapıyı yitiren taksonlar da tanımlanması mümkün değildir.

Her iki durumda da eksik veri (?) ile gösterilir.

PAUP programı bu sorunu eksik verisi olan taksonu bulunduran daldaki diğer taksonların karakter durum değişmelerini değerlendirerek parsimoni kriteri altında çözer. Polimorfizm bir taksonda açığa çıkan karakter durumlarına ilişkin şüphenin olduğu durumlarda, ya da taksonun gerçekten birden fazla karakter durumuna sahip olduğu durumlarda kullanılan bir seçenektir. Polimorfizm PAUP tarafından iki biçimde işleme tabi tutulabilir,(a)”uncertainty”(belirsizlik),(b) Polimorfizm. Eğer belirsizlik seçeneği kabul edilirse, PAUP mevcut karakter durumları içerisinde ağacı minimum uzunluğa sahip yapacak durumu seçer.

Polimorfizm seçeneği kabul edilirse, PAUP terminal taksonda bulunan karakter durumlarından birinin monofiletik atasal bir taksondan en tutumlu(parsimonik) yoldan türediği kabulünden hareketle değerlendirir.

Eğer kullanılan karakterlerin belli bir kısmının belli bir transformasyon(değişme) serisi, diğer bir kısmının başka bir değişme serisi izlediği biçiminde yeterli bilgi varsa, her bir karakteri tek tek belli bir tip olarak analize koymak mümkündür. PAUP “eşit ağırlık” seçeneği kullanarak bir karakter durumundan diğer bir karakter durumuna değişmeyi bir adım olarak değerlendirir.

Normalde analiz sonrası uygulanan bir seçenek olan ve bazı karakterlere daha fazla değer biçme olarak tanımlanabilecek karakter ağırlama bazı durumlarda analiz öncesi de yapılabilir . Eğer araştırmacı karakterin doğası hakkında sözgelimi güvenirliği, belli bir bilgiye sahipse daha fazla ağırlık vermek isteyebilir. Ancak analiz öncesi karakter ağırlama daha fazla ön kabul yaparak işe başlama anlamına geldiğinden önerilmemektedir.

Kök belirleme veri matrisinde dönüşümsüz serilerin olduğu ve ya belli bir taksonun özel olarak ata takson olarak analize sokulduğu durumlarda gereklidir. Bu durumda PAUP ağaçları köklü olarak tutar. Eğer dış grup iç grupta değişken olan karakterler açısından heterojen değilse, karakter polarite kararı analiz öncesi tatminkar biçimde verilebiliyor demektir. Bu durumda bu dış grup analize atasal takson olarak sokulabilir. ,

Diğer durumlarda birden fazla dış grubun analize sokulması önerilir Diğer durumlarda birden fazla dış grubun analize sokulması önerilir. Her karakterin atasal durumu analiz sonucunda küresel parsimoni kullanılarak otomatik olarak PAUP tarafından belirlenir.

Köklü ya da köksüz ağaçlar uzunluk olarak aynıdır Köklü ya da köksüz ağaçlar uzunluk olarak aynıdır. Kök karakter polaritesine bağlı olup analiz öncesi belirlenmesine gerek yoktur.