Amino Asitler

Sıklıkla karşılaşılan amino asitler için kısaltma ve semboller Her amino asit ismi bir tane üç- harfli kısaltma ve bir tane de tek harfli sembol vardır. Tek – harf kodları aşağıdaki kurallara göre saptanmıştır.

--- Tek ilk harf : Eğer sadece bir amino asit belli bir harfle başlıyorsa, bu harf onun sembolü olarak kullanılır. Sistein (Cystein) = Cys = C Histidin (Histidine) = His = H İzolösin (İsoleucine) = Ile = I Metyonin (Methionine) = Met = M Serin (Serine) = Ser = S Valin (Valine) = Val = V

Alanin (Alanine) = Ala = A Glisin ( Glycine) = Gly = G En sık kullanılan amino asitler önceliğe sahiptir.Eğer birden fazla amino asit aynı harfle başlıyorsa, bu harf amino asitlerden en sık görülen sembolü olur. Alanin (Alanine) = Ala = A Glisin ( Glycine) = Gly = G Lösin (Leucine) = Leu = L Prolin ( Proline) = Pro = P Treonin (Treonine) = Thr = T

Benzer isimler Bazı tek- harf sembolleri temsil ettikleri amino asidin ismiyle benzerlik gösterir Arginin (Arginine) = Arg = R (aRginin) Asparagin (Asparagine) = Asn = N (N taşır) Aspartat (Aspartate) = Asp = D (aspar Dik) Glutamat (Glutamine) = Glu = E (glut Emate) Glutamin (Glutamine) = Gln = Q (Q-tamin) Fenilalanin (Phenylalanine) = Phe = F (Fenilalanin) Trozin (Tryrosine) = Tyr = Y (tYrosine) Triptofan (Tryptophan) = Trp = W (molekülde çift halka

İlk Harfe Yakın Harf Geri kalan amino asitleri için, alfabede amino asidin ilk harfine yakın olan harf tek- harf sembolü olarak verilmiştir. Bundan başka, B hem aspartik asit’i hem de asparagin’i gösteren Asx için, Z hem glutamik asit’i hem de glutamini gösteren Gl x için ve X belirlenmeyen bir amino asit için kullanılır.

Aspartat veya asparagin = Asx = B Glutamat veya glutamin = Glx = Z Lizin (Lysine) = Lsy = K (l’ye yakın) Bilinmeyen amino asit = X

Amino Asitlerin Optik Özellikleri Her amino asidin α-karbonu dört faklı kimyasal gruba bağlıdır ve bu yüzden şiral veya optikçe aktif karbon olarak adlandırılır. Glisin bir istisnadır, çünkü α-karbonuna iki hidrojen bağlıdır ve bu yüzden inaktiftir. Bu iki forma stereoizomerler, optik izomerler veya enantiyomerlerdenir. Proteinlerin yapısındaki bütün amino asitler L-konfigürasyonundadır.ancak, bazı antibiyotiklerde ve bakteri hücre duvarlarında D- amino asitlere de rastlanır.

Amino Asitlerin Asit/ Baz Özellikleri Sulu çözeltilerdeki amino asitler zayıf asidik α-karboksil ve zayıf bazik α- amino gruplarına sahiptirler. Ayrıca, her asidik ve bazik amino asidin yan zincirinde iyonize olabilen bir grup vardır. Bu yüzden hem serbest amino asitler hem de peptit bağında yer alan bazı amino asitler potansiyel tamponlar olarak davranabilirler. Zayıf bir asitle (HA) onu konjuge bazı(A-) arasındaki kantitatif ilişki Henderson-Hasselbalch denklemiyle açıklanır.

Henderson- Hasselbalch denklemi Bir protonun HA olarak gösterilen zayıf bir asitten ayrıldığını varsayalım:

‘ Tuz’ veya konjuge baz A- , zayıf bir asidin iyonize formudur ‘ Tuz’ veya konjuge baz A- , zayıf bir asidin iyonize formudur. Asidin dissosiayon sabiti olan Ka aşağıdaki gibi tanımlanır.

( Ka ne kadar büyükse, HA’nın çoğu H+ ve A-1 e çevrildiğinden asit o kadar kuvvetlidir. Tam tersine Ka ne kadar küçükse, daha az asit dissosiye olmuştur ve bu yüzden, asit daha zayıftır).

Yukarıdaki denklem [H+ için çözülüp, denklemin iki tarafının da logaritması alınıp, iki tarafı da -1 ile çarpıp, pH = -log [ H+] ve pKa =-logKa olarak ifade edildiğinde Henderson- Hasselbalch denklemi elde edilir.

Henderson- Hasselbalch denkleminin uygulanımı Molekülde titre edilebilen ikinci bir grup olduğu için, karboksil grubunun dissosiyasyon sabitine Ka yerine K1 denir. Henderson- Hasselbalch denklemi asetik asit için tarif edildiği gibi alanin’in karboksil grubunun dissosiyasyon unu incelemek içinde kullanılabilir.

Şekilde görüldüğü gibi alanin’in tamamen protonlaşmış hali ve II alanin’in izoelektrik formudur. Bu denklem aşağıdaki gibi düzenlenebilir.