GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi.

... konulu sunumlar: "GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi."— Sunum transkripti:

1 GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi

2 DNA RNA Protein Hücre Doku Organ Genomik Transkriptomik Proteomik Metabolomik Diferansiyel Proteomik Fonksiyonel Proteomik Gen Dizileri, SNPs RNA Tüm Protein içeriği Normal ve değişen koşulda protein farklanmaları Protein Modifikasyonları; Protein/DNA, Protein/RNA, Protein/Ligand, Protein/Protein Etkileşimleri Protein Fonksiyonu; Hücre, Doku, Organ, Etkileşimler Farmakogenomik/ Farmakoproteomik Nereden örnek alabiliriz ?

3 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok

4 Buerger hastalığı Buerger hastalığı Erken yaşta MI Erken yaşta MI

5 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG

6 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?

7 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

8 FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR 1 Türkler 324 29 9.0 0.0045 1 (AKAR, Thromb Haemost, 1997)

9 FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR 1 Türkler 324 29 9.0 0.0045 1 DVT 97 20/2 20.6 0.0113 2.3 (AKAR, 1997)

10 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir gendeki mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

11 FV 1691G-A ve PT 20210 G-A BİRLİKTELİĞİ (AKAR, Thromb Research, 2000)

12 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / gen içi * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

13 FV A4070G polimorfizminin DVT’de etkisi NR1R2ORClR2R2ORCl Kontrol11215111 DVT179170.710.34- 1.4 31.870.19-18 (AKAR, TJH, 2002)

14 DVT’DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI Kontrol(%) 144 10.4 9.7 1 DVT (%) 129 20.1 11.6 6 OR 1.9 1.2 6.7 n 1691 A 4070G İkisi OR (Akar, Am J Hematol, 1999, 2000 )

15 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / başka bir gen * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

16 MTHFR 677 C-T Kontrol 106 37 6 5.6 0.023 1 DVT 88 37 8 9.0 0.030 1.6 n 677T TT % Sıklık OR (AKAR,Tromb Research, 1998)

17 Ankara Üniversitesi Pediatrik Moleküler Genetik

18 SNP array 10 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

19 SNP array 250K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

20 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

21 TM T T PC E PCR APCAPC APCAPC S Va SO4 Vi Va ENDOTEL Va Xa Pro sE PCR MMP ? FVII

22 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?

23 RNA Ekspresyonu

24 Transkriptom 250 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

25 MİKRO RNA

26 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4.Tedavi takibinde farmakogenetik

27 Genom aynı, proteom farklı

28 Normal Birey - Hasta Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta Tedavi-I Verilen Hasta - Tedavi-II Verilen Hasta Tıp’da Karşılaştırmalı Proteomiks

29 70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Reviparin-sodium : 100 IU/kg Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG

30 Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

31 Proteomik Analiz(2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

32 Proteomik Analiz (2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü

33 Protein Mikroarray

34 70 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok 45 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü var 40 yaş / kadın Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok

35 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?

36 ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?