TLA223 TIBBİ MİKROBİYOLOJİ III Öğr. Gör. Eda GÜNEŞ

Gram pozitif kokları identifiye etme 2 HAFTALAR KONULAR 1 Gram pozitif kokları identifiye etme 2 Gram negatif kokları identifiye etme 3 Gram pozitif sporlu basillerin laboratuar tanısını yapma 4 Gram pozitif sporsuz basillerin laboratuar tanısını yapma 5 Küçük gram negatif basillerin laboratuar tanısını yapma 6 7 Enterobacteriaceae grubu bakterilerin laboratuar tanısını yapma 8 9 10 Non fermenterlerin laboratuar tanısını yapma 11 Anaerop bakterilerin laboratuar tanısını yapma 12 Zorunlu hücre içi bakterilerin laboratuar tanısını yapma 13 Spiroketlerin laboratuar tanısını yapma 14

1. HAFTA GRAM POZİTİF KOKLAR

Hücre duvarının moleküler özelliklerine göre bakteriler: koklar, basiller,spiraller olmak zere ayrılırken; gram boyasına göre ayrımda ise gr pozitif (mor renkte görülen), gr negatif (pembe renkte) olarak ikiye ayrılır. Boyanma özellikleri mikroorganizmanın ayrılarak tedavisinde kullanılacak ilacın seçimi için önem arz eder. Başlıca gr pozitif koklar tablo 1.de verilmiştir.

Diğer gram pozitif koklar Stafilokoklar Staphylococcus aureus, S. epidermidis, S. saprophyticus ...vb Streptokoklar Streptococcus pyogenes, S. pneumoniae, S.agalactiae …vb Enterokoklar Enterococcus faecalis, E. faecium Diğer gram pozitif koklar

Gram Pozitif Koklar Bakterilerin Kaynağı Ve Bulaşmaları Kaynak Bulaşma Etken İnsan Hayvan Çevre Dışkı/ Ağız Solunum Doğrudan Nozokomiyal Açıklama Staphylococcus epidermidis + - S. saprophyticus S. aureus ± Metisiline dirençli suşlar hastanede önemlidir Micrococci Streptococcus Pyogenes S. agalactiae S. zoopepidemicus Pastörize edilmemiş sütlerle salgın

Gram Pozitif Kokların Tanımlayıcı Özellikleri Etken Gram Kanlı Agarda Kültür Biyokimyasal Diğer Testler Staphylococcus epidermidis + kok Soluk koloni Katalaz + Koagulaz – Mannitol + S. saprophyticus S. aureus Sarı koloni Koagulaz + Micrococci Sarı/ turuncu koloni Basitrasine duyarlı Streptococcus Pyogenes + zincir kok Beta hemolitik Katalaz - S. agalactiae CAMP + S. zoopepidemicus Lancefield grup C

Stafİlokoklar Hareketsiz, sporsuz, kuruluğa ve yüksek tuz konsantrasyonuna dayanıklı, doğada yaygın olarak bulunan fakültatif anaerop mikroorganizmalardır. İnsanda başlıca; deri, nazofarinks, burun, vagen, rektumda yaygın kolonizasyon gösterir. İnsandan en sık izole edilen enfeksiyon etkenlerindendir. Direk temas, hava yoluyla bulaşabilir. Kanlı agar gibi basit besiyerlerinde18-24 saat içinde beyaz veya altın sarısı pigmentli S tipi koloniler oluşturrlar. Kanlı agarda kolonileri beta hemlitik veya nonhemolitik olabilir, ancak alfa hemolitik oluşturmazlar. Katalaz enzimi üretmeleri bu bakterileri katalaz üretmeyen streptokoklardan ayırır. Koagulaz enzimi üremeleri de kendi içlerinde koagulaz pozitif (S. aureus) ve koagulaz negatif (S. epidermidis ve S. saprophyticus) olarak ayrılmalarını saglar.

Gram Pozitif Koklar İnfeksiyonlar Etken Ana İnfeksiyon Az Görülen İnfeksiyon Aşı Kuluçka Dönemi Bulaşıcılık Süresi Stafilakoklar S.epidermidis İmmün yetersizliklerde bakteremi Yok - S.saprophyticus Üriner sistem enfeksiyonları S.aureus Furonkül, impetigo, yara enfeksiyonları, osteomiyelit, septisemi Pnömoni, endokardit, toksik şok sendromu, besin zehirlenmesi Microkoklar Klinik örneklerde kimi zaman kontaminandır Streptokoklar a) betahemolitikler S.pyogenes grup A Tonsillit, impetigo, sellülit, kızıl Puerperal sepsis, erisipel, septisemi 1-3 gün S.agalactiae grup B Neonatal sepsis Puerperal sepsis, osteomiyelit S.zooepidemicus grup C Bakteremi

Staphylococcus aureus Bu bakteriler daha önceden kolonize olmaları veya taşıyıcı el kolonizasyonu sayesinde hasta kaynaklı veya sağlık personelinden burun taşıyıcılığı ile gerçekleşir. Bakterinin virülans faktörleri ve konak savunması arasındaki ilişki sonucu enfeksiyonlara neden olur. İçerdiği çeşitli virülans faktörleri ile stafilakoklar arasında en patojenidir. Enfeksiyonları: İnvazif enfeksiyonları sonucu oluşan hastalıklar (deri enfeksiyonları, bakteriyemi, endokardit, pnömoni, osteomiyelit, enfetif artrit) Enfeksiyon olmadan toksininin neden olduğu hastalıklar (toksik şok sendromu-ekzotoksin ile, besin zehirlenmesi-enterotoksin ile, haşlanmış deri sendromu- epidermolitik toksin)

Staphylococcus aureus

Laboratuar tanısı Şüpheli örnekten izole edilen bir bakterinin tanımlanabilmesi için; sıklıkla üzüm salkımına benzer gram pozitif kokların görülmesi, Katalaz, Koagulaz enzimlerinin tespiti Kanlı garada altın sarısı pigment oluşturması Beta hemoliz yapması * Hazır kit, otomatizer sistemler ve moleküler yöntemler de kullanılmaktadır.

S. aureus mannitol tuzlu agarda

Tedavi Kendini sınırlayan lokalize bakterinin çoğunda antibiyotiğe gerek yoktur. Şiddetli enfeksiyonların lokalize lezyonlar insizyon ve drenajı ile sisitemik antibiyotik uygulaması gerekir. Günümüzde çoğu Staphylococcus aureus suşu (%95) penisilinaz (beta laktamaz) üretimi ile penisilin G’ye dirençlidir. Ayrıca bir kısım suşta metisilin dirençli hale gelişmiştir (MRSA).Nadir olarak glikopeptid antibiyotiklere yüksek dirençli tipler de bulunmaktadır. Son yıllarda protein ribozom inhibitörleri kullanılmaktadır.

Staphyococcus antibiyogramı

Korunma Korunma amacı ile etkin bir aşı yoktur. El yıkamak ve enfeksiyonun kontrolünün temel presiplerine uymak en etkili korunma yöntemidir. Yeni doğan, yoğun bakım, nöroloji, beyin cerrahi ve hemodiyaliz servislerinde MRSA suşlarının kolonizasyonuna engel olunmalıdır. Kolonizasonun kaldırılmasında en sık ilaç uygulanan mupirosindir.

S. epidermidis Koagülaz negatif stafilakoklar içinde en sık rastlananıdır. Deri florasında en sık bulunurlar ve flora üyesi oldukları için enfeksiyon yerinden alınan alınan örneklerde sıklıkla kontaminan olarak bulunur. Vücutta bulunan yabancı cisimler S. epidermidis’in ürettiklei polisakkari yapıdaki biyofilm tabakasının kolayca tutunmasını sağlarlar. Bakteriyem, damar içi katater enfeksionları, peritonit oluştura bilirler. Tanısını koymak oldukça güçtür.

S.epidermidis

Laboratuar tanısı Örnekten izole edilen bir suşun tanımlanabilmesi için; Gram pozitif kokların görülmesi, Katalaz pozitif, Koagulaz negatif Kanlı agarda tebeşir beyazı renginde pigment *Hazır kit, otomatizer sistemler ve moleküler yöntemler de kullanılmaktadır.

Tedavi Bu suşlarda da metisilin direnç saptanmıştır (MRSE). Beta lakam grubu antibiyotikler etkisizdir. Korunma Vücutta bulunan yabanı cisimler üzerinde kolonizasyonu engellenmelidir.

sarı S.aureus ve beyaz S.epidermidis kolonisi

S. saprophyticus Ürolojik sistem epitel dokularına tutunma eğilimi fazla, diğer sistem doku ve hücrelerine yapışma özelliği daha düşüktür. Stafilakoklar arasında en azla idrar yolu enfeksiyonu oluşturan türdür. Üreaz enzimi üretir, bu özelliği mesane mukozasına tutunmasını kolaylaştırır. Sistitin sık rastlanan etkenidir. Koagulaz negatif, novobiosin’e dirençlidir. Tedavisinde penisilin G kullanılır.

Streptokoklar Hareketsi, sporsuz, dış ortam koşulları ve kuruluğa dayanıklı, aynı eksen üzerinde bölünerek ikisi bir arada veya sıvı ortamda üretildiklerinde zincir şeklinde, çoğu fakültatif anaerop mikrorganizmalardır. Katalaz negatiftirler. Bir kısmı normal flora üyesi,bir kısmı saprofit ve bir kısmı insan için önemli patojendir. Kanlı agarda koloni etrafında hemolitik farklılıklar oluştururlar. Alfa hemolitikler (eritrositlerin hemoglobinini etkileyerek yeşilimsi zon), beta hemolitikler 8eritrositlerin tümünü eriterek şeffaf zon), gama hemolitik (non- hemoliz oluşturmayanlar) olarak ayrılırlar. Hücre duvarındaki gruba özgü antijenler (C karbonhidrat) farklılığına dayanarak serolojik gruplarına göre de sınıflandırılırlar.

Gram Pozitif Koklar İnfeksiyonlar Etken Ana İnfeksiyon Az Görülen İnfeksiyon Aşı Kuluçka Dönemi Bulaşıcılık Süresi b) alfahemolitikler S.pneumoniae S.viridans Pnömon, atitis media, diş çürükleri Menenjit, septisemi, Subakut Bakteriyel andokardit Var Yok - c) grup D streptokoklar Enterococcus faecalis S. bovis Üriner sistem enfeksiyonları, Yara karın içi abseler, endokardit, bakteremi Bakteremi endokardit Diğer streptokoklar S. milleri İntraabdominal sepsis, yara beyin absesi

Gram Pozitif Koklar Bakterilerin Kaynağı Ve Bulaşmaları Kaynak Bulaşma Etken İnsan Hayvan Çevre Dışkı/Ağız Solunum Doğrudan Nozokomiyal Streptococcus pneumoniae + - S. viridans ± Enterococcus faecalis S. bovis S. milleri

Gram Pozitif Kokların Tanımlayıcı Özellikleri Etken Gram Kanlı Agarda Kültür Biyokimyasal ve Diğer Testler Streptococcus pneumoniae + diplokoklar Alfa hemlitik Optokine duyarlı, safrada erime + S. viridans + kok Optokine dirençli, safrada erime - Enterococcus faecalis Değişken hemoliz MacConkey besiyerinde üreme, litmus süt testi + S. bovis % 6.5 NaCl besiyerinde üremez S. milleri + zincir kok Küçük Beta hemolitik V-P testi +

Streptococcus pyogenes A grubu beta hemolitiktir. Boğaz, deride kolonize olur. Akut faranjit, deri ve sistemik enfeksiyonlar, akut romatizmal ateş (ARA), akut glomerulonefit (AGN), kızıl, impetigo, erizipel (yılancık), sellülit, nekrotizan fasiit. Streptolizin O (SO- oksijene duyarlıdır, kolesterol varlığında inhibe olur, insan için imunojendir ve O antikorlarının oluşumuna sebep olur –ASO- titresinin yüksek olması 3-4 afta içinde geçirilmiş faringeal enfeksiyonu gösterir. Deri enfeksiyonlarında ASO yükselmez) ve streptolizi S (SS- oksijene dayanıklıdır, antijen özellik göstermez,solunum yoluyla bulaşır, virülans faktörü olan M proteini taşır, fagositoza ve intraselüler olarak ödürmeye direçlidirler, M proteini taşımayanlar hastalık yapmazlar) iki farklı hemolizin üretirler.

Laboratuar tanısı Farenjit dışındaki hastalıklarda; Gram boya ile lökositler ve zincir yapmış gr + koklar Üst Solunum yolu ve ağız florasında birçok streptokok olmasından dolayı gr boyaması yapılmaz. Spesifik antjenlerin saptanması Kanlı agarda beta hemoliz zonu Basitrasine duyarlı e trimetoprim-sulfametoksazole dirençli Serolojik tanıda ASO ve deride enfeksiyon sonrası ükselen anti-Dnaz B antikor tarama testi Kızılda döküntüleri solduran Schultz carlton reaksiyonu ve kızılgeçirip geçirmediğini saptayan Dick testi

Tedavi Korunma İzolasyon Havalandırma Penisilin G Alerjisi olanlarda alternatif antibiyotik eritromisindir. Korunma İzolasyon Havalandırma Temizli ve hijyen kurallarına uyma

S. pneumoniae Genellikle pnömoni olarak adlandırılır. Birbirlerine bakan yüzeyleri düz, diğer uçları sivri, mum alevi yada lanset görünümlü, ikili bazen tek veya kısa zincir halindedir. Katalaz -, hareketsiz, sporsuz, kapsülldür. Fakültatif anaerop, %5-102u CO2’li ortamda üremeleri artar. Kanlı agarda renksiz, küçük yuvarlak, mukoid kolonileri alfa hemoliz yapar. Bazen beta hemolizde yapabilir. Koloniler bekletilirse orta bölümü çukurlaşır. Kapsül önemli bir virülens faktörü olup al tiplendirmede rol oynar. Nazofarinksin normal florasında bulunurken üst-alt solunum yolu epitelinde hasarla hastalık yapar. Solunum yolu viral enfeksiyonundan sonra hastalık etmenidir Öksürükle ve yakın temasla kalabalık yaşam koşullarında risk oluştururlar. Taşıyıcılık: mevsim, çevre şartı ve yaşa öre değişir. Yeni doğanlar, 2 yaşına kadar bebekler, 65 yaş üstü yaşlılar, orak hücreli anemi hastaları ve dalağı alınmış olanlar risk grubundadır. Menenjit, akut bateriyel pnömoni, otitis media..vb. hastalıklara neden olur.

Laboratuar tanısı Boyama ile lanset görünümlü kapsüllü gr + diplokokların görülmesi, Hemoglobini parçalayarak Yeşil pigmentli pnömolizin üretir (kanlı agarda yeşil zonlu koloni) Çukulata agarda koloni etrafında sarı-yeşil zon Katalaz -, alfa hemoliz, Optokin duyarlılığı Safra tuzlarında erime özelliği Kapsül şişme veya Quellung reaksiyonu (antikorun kapsüle bağlanarak mikropesipitasyonla kapsülün kırıcılığını değiştirip şişkin görünesi)

Tedavi Beta laktam antibiyotiklere duyarlı Penisiline direnç gösteri bakteriden diğerine aktarabilen MİK önemli olup 3.kuşak sefalosporinler ve vankomisin Korunma Aşılama (polisakkarit karışım içeren pneumo-23 *2 yaş altı çocuklarda etkili değildir, taşıyıcı protein taşıyan Prevnar * çocuklara uygulanmaktadır )

S. agalactiae B grubu olarak bilinir Rektum ve vagen florasında bulunur. Anneden bebeğe geçerek neonatal enfeksiyonlara neden olur,diabet, karaciğer yetmezliği, steroid kullanımı enfeksiyona yatkınlığa zemin hazırlar. Yeni doğan enfeksiyonları, genital sistem enf., deri yumuşak dok enf., kemik eklem enf., menenjit…vb.

Laboratuar tanısı Kan, beyin, omurilik sıvısı, idrar gibi steril örneklerde izolasyon ve enf. Tanısı. Vajinal ve rektal sürüntüler selektif besiyerine ekilerek koyun kanlı agarda gri beyaz koloni etrafındadar bir beta hemoliz zonu Gr + kok Katalaz – CAMP testi + Basitrasin ve trimetoprim-sulfametoksazole dirençlidir.

Tedavi Penisilin G Allerjisi olanlarda glikopeptidler Korunma Doğumdan en az 4 saat önce yüksek doz penisilin/ampisilin Kapsüler aşılar

Enterokoklar D grubu antiserumla reaksiyon verebilen C karbonhidrat içerirler. Tek, çift veya kısa zincir halinde gr +koklardır. Kanlı agarda alfa hemoliz, non hemolitik, nadiren beta hemoliz oluşturur. Dış ortam koşullarına, fiziksel kimyasal etkenlere dayanıklıdır. Esas konakları insan ve hayvan gastrointestinal istemdir. Normal barsak florasının öneli kısmını oluşturur.

Enterococcus faecalis, E. faecium İnsan dışkısında en sık görülür. Personel ve çevreden enfekte olur Üriner sistem, bakteriyemi, endokardit, menenjit, yenidoğan sepsisi, intraabdominal enfeksiyonlar ve yara enf. neden olur.

Laboratuar tanısı Katalaz -, Pirolidonil arilamidaz (PYR) testi + %40’lık safralı ortamda eskülini hidroliz edebilen %6,5’lik NaCl içeren besiyerinde üreyebilen Optokin ve basitrine dirençli E. faecalis penisilin ve ampisiline E. faecium‘den daha dirençlidir. E. faecium vankomisin dirençlidir (VRE).

Tedavi Korunma Hastaları saptama İzolasyon ve korunma yöntemleri Penisilin vea ampisilin, Penisilin direnci olanlarda vankomisin veya teikoplanin Allerjisi olanlarda glikopeptidler Korunma Hastaları saptama İzolasyon ve korunma yöntemleri

Diğer gr + koklar Mikrokoklar stomatokoklar

Hastalığın kesin tanısı klinik örneğin mikrobiyolojik olarak değerlendirilmesi sonucunda ortaya çıkar. Doğru tedavi ise ancak, doğru tanı ile mümkün olur.

Kaynaklar 1.Martinko, J. M., 2010. Brock Mikroorganizmaların biyolojisi. Palme yayıncılık. 2.Altındiş, M., 2010. Hemşireler için mikrobiyoloji, Nobel tıp kitap evleri. 3.Shears, P., Hart, T., 2001. Tıp mikrobiyolojisi renkli atlası. Nobel tıp kitap evi. 4.Ustaçelebi, Ş., 1999. Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. Güneş kitapevi Ltd.Şti. Ankara. 5.Bilgehan, H., 1987. Temel Mikrobiyoloji Ve Bağışıklık Bilimi, Barış Yayınları. 6.Çotuk, A., 2008. Genel Mikrobiyoloji Laboratuar Yöntemleri, Nobel Tıp Kitap Evi. 7.Arda, M., 2000. Temel Mikrobiyoloji, Medisan Yayınları, Ankara. 8.Özçelik, S., 1998. Genel Mikrobiyoloji, Süleyman Demirel Üniversitesi Yayınları, Isparta. 9.Temiz, A., 1994. Genel Mikrobiyoloji Uygulama Teknikleri, Şafak Matbaacılık Ltd.Şti. Ankara.

Bu ders sunumu taslak şeklinde hazırlanmış olup, fikri mülkiyet ve telif hakları henüz müracaat aşamasındadır.