PROTEİNLERDE YAPI VE FONKSİYON Prof. Dr. Gül GÜNER Biyokimya Anabilim Dalı All rights reserved. Requests for permission to make copies of any part of the work should be mailed to: Permissions Department, Harcourt Brace & Company, 6277 Sea Harbor Drive, Orlando, Florida 32887-6777

SUNUM PLANI Proteinler – Amino asid polimerleri Yapı Sınıflandırma Fonksiyon (İşlev) Bileşik Proteinler

Proteinler, amino asidlerin “lineer” polimerleridir

Peptid Bağı Kısmi (40%) çift bağ karakterindedir 0.133 nm uzunluktadır – tekbağdan daha kısa, çift bağdan daha uzun Peptid bağında yeralan altı atom düzlemseldir N kısmi pozitif; O kısmi negatiftir

Peptid bağının düzlemsel özelliği

“Peptidler” Amino asidlerin kısa polimerleri Herbir birim, “kalıntı” adını alır 2 AA kalıntısı - dipeptid 3 AA kalıntısı - tripeptid 12-20 kalıntı - oligopeptid Daha fazla: polipeptid

“Protein” Bir veya daha fazla polipeptid zinciri içerir Tek bir polipeptid zinciri: - monomer Birden fazla: - multimer Homomultimer – tek tip zincir Heteromultimer – bir veya daha fazla tip zincir Hemoglobin: heterotetramer ( İki alfa and iki beta zincir)

Proteinlerde Amino Asid Dizilimi Her protein için değişiktir DNA’nın nükleik asid dizilimi ile kodlanır Amino gruplu uçtan başlayarak, karboksil gruplu uca doğru okunur

The sequence of ribonuclease A

Protein Yapısı Şekil: globüler (küresel) veya fibröz (lifsel) Proteinlerde yapı düzeyleri: - Primer: amino asid dizilimini ifade eder - Sekonder - helezonlaşma - H-bağı - Tersiyer – toplam üç boyutlu yapı - Kuarterner - altbirim düzeni

Yapıyı etkileyen bağlar Primer yapı: kovalent bağlar Sekonder, tersiyer, kuarterner yapı düzeyleri: zayıf bağlar (H-bağları, iyonik bağlar, van der Waals etkileşimleri, hidrofobik etkileşimler)

Proteinlerde İkincil Yapı Örneği: Alfa helezon

Proteinlerde İkincil Yapı Örneği: Bata kırmalı tabaka

Proteinlerin Bazı Biyolojik Fonksiyonları Enzimler: Ribonükleaz Düzenleyici proteinler: İnsülin Transport proteinleri - Hemoglobin Yapısal proteinler – Kollagen Kasılma proteinleri – Aktin, miyozin

The tetrameric structure of hemoglobin

Bileşik Proteinler Proteinler, başka kimyasal gruplarla “konjüge” olabilirler Bir proteinin, amino asid dışındaki grubu, fonksiyonu için önem taşıyorsa, “prostetik grup” olarak adlandırılır Bileşik proteinlere örnekler: glikoprotein, lipoprotein, nükleoprotein, fosfoprotein, metalloprotein, hemoprotein, flavoprotein

ÖZET Proteinler, peptid bağı ile bağlanmış amino asid polimerleridir Proteinlerde, en çok dört yapı düzeyi vardır Proteinler, şekillerine göre lifsel ve globüler olabilirler Proteinlerin çok çeşitli biyolojik fonksiyonları vardır