EST ANLATIM YAPAN DİZİLERİN ANALİZLERİ

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
PROTEİN SENTEZİ Herkes için Her şey
Advertisements

MOLEKÜLER SİSTEMATİK NEDİR ? NEREDE VE NASIL KULLANILIR?
AFLP VE DNA DİZİLEME DENEYSEL AŞAMALARININ KARŞILAŞTIRILMASI
MOLEKÜLER VERİLERİN FORMATLANMASI (NEXUS,MEGA,FASTA)
Aflp markeri ve dna klonlama
AFLP (Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizimi)
Değişken Bildirimleri
DNA ve Genetİk Kod Sağlık Slaytları
MAKSİMUM OLASILIK (MAXİMUM LİKELİHOOD)
EVRİMSEL DEĞİŞİM MEKANİZMALARI
SUBTRAKTİF MELEZLEME.
SONLU ELEMANLAR YÖNTEMİ
DNA Kadriye Kestigül Rauf Kutalp
Biyoteknoloji ve Genetik II
MOLEKÜLER GENETİK II.
GENETİK.
NÜKLEİK ASİTLER NELERDİR? SEDANUR KARAKAYA 9/E 3004.
SİNİR SİSTEMİ Sinir sistemininin gelişmesi ve evrimi
AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)
Yıldız Teknik Üniversitesi Makina Müh. Bölümü
Biyoteknoloji ve Genetik II
Gen Klonlama.
Yaşam ağacı: Sınıflandırma ve Filogeni
explode Bu fonksiyon sayesinde belirli bir metni, istediğiniz bir karakteri referans alarak bölebilir ve istediğiniz bir diziye aktarabilirsiniz.
BİYOİNFORMATİK.
İnsan Genom Projesi.
PROTEİN SENTEZİ.
Günümüz genomik çağında modern tıp
NÜKLEİK ASİTLER Yönetici moleküllerdir.Tüm canlılarda bulunurlar
PARSİMONİ METOTLARI Hazırlayan-Sunan : Sedanur SAYILGAN.
• Smith-Waterman Algoritması • BLAST
Biyoinformatik.
Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani.
BİYOLOJİK VERİTABANLARINA GİRİŞ
ANA SORU: Bir genin kopyalanması (duplikasyonu) nasıl kansere neden olur?
In situ Hibridizasyon (ISH, FISH, GISH, CGH)
Biyomedikal Mühendisliği Biyoinformatik Sunumu
Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı , Bahar, Trakya Üniv Tıp Fak 6. Kurul, Neşe Akış, PhD, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Bitki Moleküler Sistamatiği
GENOMİK.
Araş. Gör. Dinçer göksülük
Reverse Transkriptaz ile cDNA Üretimi
Somatik reseptör üretimi
Gen Klonlama Basamakları
C Sharp 9. hafta - dIZILER.
DNA Parçalarının Bağlanması (Ligasyon)
PROTEİN SENTEZİ.
Gen Mühendisliği ve Veteriner Hekimlikte Biyoteknoloji
5.1 POLİNOMİNAL REGRESSİYON
KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU
PROTEİN SAFLAŞTIRMA TEKNİKLERİ SOUTHERN BLOT TURGUT ZENGİN.
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı
Ekstraselüler DNA’nın (eDNA) Biyofilm Yapısındaki Rolü
Yatay Gen Transferinin Hesaplanması
BİYOLOJİDE ÖZEL KONULAR
Biyoinformatik.
Kübra ÖZDEMİR A 5.BÖLÜM BİYOİNFORMATİK
BİYOİNFORMATİK.
Biyoloji dersi proje ödevi
BİYOİNFORMATİK.
GENETİK MATERYAL DNA ve RNA’dır. DNA nedir? RNA nedir?
BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER
DNA Dizilimi ve Gen İfadesi Düzeyinde Varyasyon
GENOMDA GEN Yakın akraba bakteri türlerinde genom dizilerinin çok benzer olduğunun belirlenmesi ile birlikte, bakteriyal genomlara bakış açımız kökten.
POLİMORFİZM.
GENOMİK.
Dr. Ögr. Üyesi. Yılmaz KAYA
ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI GENOMİKLER DERSİ Tarımsal Biyoteknolojide Mobil Genetik Elementlerin.
TRANSPOZONLAR HAZIRLAYANLAR SERKAN ÇAM HASAN KESKİN DANIŞMAN
Sunum transkripti:

EST ANLATIM YAPAN DİZİLERİN ANALİZLERİ

EST Nedir? Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ? Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ?

EST (Expressed Sequence Tag) Yani; İfadelenmiş dizi etiketi Dizileme Temelli Yöntem 200-500 bp uzunluğunda cDNA parçasıdır.

cDNA (Complementary Deoxyribonucleic Acid ) Expressed Sequence Tag cDNA (Complementary Deoxyribonucleic Acid ) Ters transkiptaz enzimiyle katalizlenen, olgun bir mRNA’dan sentezlenen bir DNA parçasıdır. Bir cDNA haritası, kromozomal haritadaki anlatım yapan DNA bölgelerinin (eksonların) yerleşimini gösterir.

EST (Expressed Sequence Tag) mRNA dan çok sayıda elde edilen cDNA kitaplığı içindeki anlatımların belirleyicileridir. Fonksiyonu bilinen proteinlerin dizi bilgilerini ifade eder. Biyoenformatik alanına ait kaynaklar ve analiz teknikleri kullanılır.

Expressed Sequence Tag EST, bilinmeyen genleri tanımlar. EST (Expressed Sequence Tag) Yeni Genleri Tespiti Gen ekpresyonu ve düzenlenmesinde veri elde etmek Genom haritalama Tek nükleotid polimorfizmi

Expressed Sequence Tag Bir EST oluşturulduğunda geliştiriciler tarafından öncelikle Genbankasına (GenBank) sunulmaktadır. NCBI bünyesinde 1992 yılında kurulan dbEST veritabanı gelmektedir. dbEST, insan EST verisi dışında 300 organizmaya ait EST verisi bulunuyor.

Expressed Sequence Tag dbEST sayesinde EST dizileri ile bilinen gen dizileri BLAST gibi analiz araçları kullanılarak karşılaştırılır. Dizi benzerlikleri ve fonksiyonları tespit edilebilmektedir. Mikrosatellit lokuslarının tespiti genel olarak genomik DNA ve EST koleksiyonlarından yapılmaktadır.

Expressed Sequence Tag

Expressed Sequence Tag cDNA kütüphanelerinin oluşturulması ve EST dizisinin belirlenmesi için takip edilen araştırma aşamaları

Expressed Sequence Tag mRNA A c U G Reverse Trankriptaz RNA A c U G T G A C cDNA DNA’nın 2. Zincirinin Sentezlenmesi A c T G Çift Zincirli DNA T G A C Forward primer Reverse Primer 5’ EST 3’ EST

Expressed Sequence Tag mRNA' ların dizilenmesi ile oluşturulan EST' nin birden fazla kopyaları oluşabilmektedir. EST arandığı zaman birbirine benzeyen dizilerden arama yapmak durumunda kalınır. Çözümü 'Unigene' adında oluşturulan veritabanı ile sağlanmaktadır.

Expressed Sequence Tag EST Analiz Aşamaları:

EST Verisi Aşama 1: EST ön işleme, Vektör dizilerin atılması, düşük değerler ve tekrarların maskelenmesi Düşük Kaliteli, kısa diziler silinir Yüksek Kaliteli EST Verileri Aşama 2: EST Dizilerinin kümelenmesi ve birleştirilmesi Aşama 4: Kavramsal olarak translasyon Birleştirilmiş EST Dizileri Aşama 3: Veri tabanından benzerlik araştırması Tahmini Peptidler Önemli Derecede Eşlemler yok Fonksiyonu Bilinmiyen Yeni Diziler Aşama 5: Protein veri tabanında benzerlik araştırması var Fonksiyonel Analizler Elde Edilen Verilerin Görselleştirilmesi ve Sonuçların Yorumlası

Gen anlatımı profillemesinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması Expressed Sequence Tag Gen anlatımı profillemesinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması YÖNTEM Gen Keşfi Gen Kapsamı Duyarlılık İş Gücü Deney Maliyeti EST Dizileme Evet Az Orta SAGE

Expressed Sequence Tag Araştırma Konusu: EST Anlatım Yapan Dizilerin Analizleri Dersin Öğretim Görevlisi: Yrd. Doç. Dr. Gonca ALAK Ödev Sahibi Öğrenciler: Ali Cem DİZMEN Osman MALKOÇ Raşit BİLGE Yakup Emre KIZILER Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji 2013 Expressed Sequence Tag