Amino asit ve Peptid Yapısı Prof. Dr. Serenay Elgün Ülkar

Amino asitler Proteinler, DNA tarafından kodlanan 20 amino asitten meydana gelen lineer, dallanmamış polimerlerdir. Amino asitler, proteinlerin monomerik birimleridir ve peptid bağlarıyla bağlanırlar. Hepsi de -amino asitlerdir, amino grubu  -karbon atomuna (karboksilat grubunun yanındaki karbon atomu) bağlıdır. S.Elgün Ülkar

Fizyolojik pH’da (7.4) karboksil grubu iyonize olmuştur. Karboksil grubunun (-COOH) pK’sı ~2, amino grubununki (-NH3) ise ~9.5’dur. Çözelti içinde zwitterion şeklinde bulunurlar. Bu yüklü gruplar su molekülleriyle H bağı kurduğu için tüm a.a.ler suda çözünürdürler. Fizyolojik pH’da (7.4) karboksil grubu iyonize olmuştur. Amino asitler R grubunun kimyasal özelliklerine göre sınıflandırılırlar. En kullanışlı olan sınıflandırma R grubunun çözünürlüğüne göre yapılandır. Buna göre 4 grup vardır. Karboksil grubu Amino grubu -karbon Yan zincir

Nonpolar (Hidrofobik) Yan Zincirliler Birbirleriyle hidrofobik etkileşime girerler, yüklü gruplarla bağ yapamazlar, proteinin iç kısmında yerleşerek üç boyutlu yapının kurulmasına yardımcı olurlar. Glisin (Gly-G); en küçük, asimetrik karbonu yok, optik aktivitesi yok, D-L izomerleri (stereoizomer, enantiomer) yok (R=H). Kollajen, hem, pürin, kreatin, glutatyon Safra asidi konjugasyonunda taurinle birlikte Protein yapısında esneklik sağlar Spinal kordda inhibitör, serebral kortekste eksitatuar nörotransmitter S.Elgün Ülkar

Alanin (Ala-A); insan proteinlerinde en yaygın Diğer a.a.ler yapısal olarak alaninin türevi gibi A.a. ve karbonhidrat met arasında bağlantı Glukoz-alanin döngüsü Valin (Val-V), lösin (Leu-L), izolösin (Ile-I); dallı zincirliler Esansiyel İzolösinin 2 asimetrik karbonu var S.Elgün Ülkar

Fenilalanin (Phe-F); aromatik fenil halkası U.V absorbsiyonu Esansiyel Tirozin sentezi Fenilketonüri Triptofan (Trp-W); aromatik indol halkası U.V. absorbsiyonu Nikotinamid 340 nm.de absorbans vermez, NADH verir), melatonin, serotonin Tirozinle birlikte floresans verir

Metiyonin (Met-M); kükürtlü, Kükürde bağlı metil grubu Esansiyel S-adenozilmetiyonin (SAM)’in öncüsü (epinefrin, kreatin, poliaminler, melatonin) Hemen tüm kükürtlü bileşiklerin öncüsü Sistein Prolin (Pro-P); imino asit Katı halka yapısı Protein yapısında esnekliği sınırlar Hidroksiprolin Kollajen ve elastin