Mikrobiyoloji Laboratuvarı Gazi Üniversitesi, Polatlı FEF Biyoloji Bölümü Dr. N. Oya San

Bakteriyoloji Laboratuvarında Çalışma Kuralları Laboratuvara yalnızca gerekli malzeme alınmalı palto, çanta vb. eşyalar dışarıda bırakılmalıdır. Kesinlikle bir şey yenip içilmemelidir. Çalışmalarında dizleri örtecek uzunlukta bir laboratuvar gömleği giyilmelidir. Çalışmaya başlamadan önce ve çalıştıktan sonra ellerin iyice sabunlu suyla yıkanmalıdır. Göze veya cilde temas eden kimyasallar bol su ile yıkanmalı ve laboratuvar sorumlusuna haber verilmelidir. Hiçbir kimyasal madde koklanmamalıdır.

Üzerinde çalışılacak mikroorganizmaların el, yüz, ağız gibi organlara bulaşmasını önlemek gerekmektedir. İşi biten kültürler ve kullanılan tüm malzemeler yıkama bölümlerine konmalı, cam malzemeler dezenfektan bir solüsyon içerisine konmalıdır. İzolasyon yapılan, aşılanan petri, tüp ve diğer kaplar üzerine; ‣ Tarih, Numara, kod İşlemi yapanın ismi (gerekiyorsa) silinmeyen cam kalemleri ile yazılmalı veya etiketlenmelidir. Laboratuvarda kullanılan kimyasal madde ve malzemeler kesinlikle laboratuvar dışına çıkarılmamalıdır. Laboratuvarda kullanılan aletlerin temiz tutulmasına, kullanılan kimyasal maddelerin pahalı oluşu nedeniyle ekonomik davranmaya özen gösterilmelidir. Herhangi bir kaza, arıza ve şüpheli bir durumda hemen laboratuvar sorumlusuna haber verilmelidir.

Biyogüvenlik açısından 4 düzey vardır: Biyogüvenlik Düzeyi 1: Yetişkin insanlarda her zaman hastalık yaptığı bilinmeyen mikroorganizmalar ile çalışmak. Örnek: Serratia marcescens. Biyogüvenlik Düzeyi 2: İnsan hastalıklarıyla geniş çapta ilişkili, ancak sıçrama veya havaya karışarak solunum yolu ile enfeksiyon yaptığı bilinmeyen mikroorganizmalar ile açık tezgah üzerinde çalışmak. Örnek: Salmonella spp. Biyogüvenlik Düzeyi 3: Solunumla bulaşma potansiyeli olan ve potansiyel olarak ölümcül enfeksiyonlara neden olduğu açıkça bilinen mikroorganizmalar ile çalışmak. Bu gibi mikroorganizmalarla yapılan çalışmalarda biyolojik güvenlik kabini kullanılmalıdır. Örnek: Mycobacterium tuberculosis. Biyogüvenlik Düzeyi 4: Hava ile bulaşabilecek çok tehlikeli ve aşı ya da tedavisi olmayan ajanlarla çalışmak. Özel ekipman ve düzenler gerekir. Örnek: Congo–Criman hemorrhagic fever.

Standart Bir Bakteriyoloji Laboratuvarında Bulunan Malzemeler ve Ekipmanlar Cam ve Plastik Malzemeler: Petri kabı (Petri dishes) İçlerine dökülen besi yerlerinde mikroorganizmaların geliştirildiği camdan veya plastikten yapılmış yassı kaplardır. Plastik olanlar steril olarak 25’li paketler içinde ambalajlanmış olarak satılmaktadır. İşgücünün pahalı olduğu ülkelerde steril-plastik petriler kullanılmaktadır.

Porselen veya Cam Havanlar (Mortar-pestle) Lam, Lamel, Çukur Lam ve Saat Camları (Microscope Slide Tüm bu malzemeler camdan yapılmıştır. Otoklavda ve etüvde sterilize edilebilir. Birçok kez kullanılabilir. Porselen veya camdan olabilir. İzolasyon ve diğer işlemlerde bitki materyali ve diğer maddeleri ezmek için kullanılır. Değişik büyüklükte olanları vardır.

Cam Bagetler, Cam Çubuklar (L shaped glass plate spreaders, glas rods) Cam bagetler (Drigalski Spatula) olarak da isimlendirilir. Petrilerde, katı besi yüzeyine ekilen bakterileri yaymak için kullanılır. Yıkanıp sterilize edilmek şartıyla pek çok kez kullanılabilir. Cam çubuklar ise, daha çok kimyasal maddeleri sıvı ortam içinde eritmek için karıştırıcı olarak kullanılır.

Balon ve Erlenmayer (Erlenmeyer-flasks, boiling-flasks) Beherler (beakers) Camdan yapılmıştır. Genelde besi yerlerinin yapılmasında kullanılır. Hacimleri; 50 - 100 - 300 - 500 - 1000 ve 2000 ml’dir. Plastik veya camdan yapılmıştır. Sterilize edilecekler genelde camdan olur. Ölçüleri; 50 - 100- 250-5000 - 1000 ve 2000 ml’dir.

Pipet (pipette) Hacimleri 0.1 ml ile 50 ml arasında olan sıvıların ölçülmesinden kullanılır ve camdan yapılmıştır. Ayrıca, çok küçük hacimlerde maddeyi aktarmak için, mikropipetler de kullanılır.

Öze ve Çubuk İğne (Inoculating Loop and Needles) İnokulasyonda kullanılır. Çabuk ısınan ve soğuyan bir metalden olması gerekmektedir. En uygunu platinden olmasıdır. Platin oluşu, oksitlenme sorununu da çözer. Ancak çok pahalıdır, her zaman kullanılamaz. Bu durumda yukarıdaki şartları taşıyan bir metalden olmalıdır. Uç kısmı yuvarlak olanlarda, çap 4 mm. olmalıdır. Değişik çapta olanlar vardır. Çubuk iğne de uç kısım düzdür. Aynı şekilde yapılır.

Magnetik Karıştırıcı (Magnetic stirrer) Bunzen (Bunsen burner) Sıvı maddelerin karıştırılmasında kullanılır. Sıvı içine atılan ve balık adı verilen manyetik bir parçanın cihaz tarafından döndürülmesi ile çalışır. Bu cihazın ısıtıcılı olanları da vardır. Havagazı veya bütan gazla çalışabilir. Öze ve diğer malzemelerin sterilizasyonu veya yüzeysel dezenfeksiyonu için kullanılır.

Karıştırıcı (Vortex) Bakteri Filtresi (Syringe filter) Tüplerdeki sıvı maddeleri karıştırmak için kullanılır. Titreşim yapan cihazın başlığına tüpün değdirilmesi ile çalışır. Bozulmaları nedeniyle otoklavda sterilize edilemeyen bazı maddelerin sterilizasyonu için kullanılır. Bunlar iki tiptir; Birincisi şırınga şeklinde olup elle çalıştırılır. Diğeri ise vakumla çalışır. Vakum, hava pompası ya da su trompu ile elde edilebilir.

Örneklerin Saklanması Buzdolabı (Refrigerator, feezer) Bakteriyoloji laboratuvarında izole edilen kültürlerin saklanması genelde +4 °C gibi düşük sıcaklıkta olmaktadır. Ayrıca, bazı kimyasal maddeler, besiyerleri, bitki örnekleri ve diğer malzemeler buzdolabında saklanır. Eğer olanak varsa değişik sıcaklıklara ayarlı küçük soğuk hava depoları yapmak ekonomik ve uygundur. Çok fazla malzemeyi saklamak mümkün olur. Derin dondurucu (Deep-feezer) Koleksiyon kültürleri, serum, antibiyotik gibi bazı maddelerin çok düşük sıcaklıkta saklanması gerekmektedir. Bunlar için, -18-20°C’de çalışan derin dondurucular kullanılır. -80 ºC

Damıtık Su Cihazı (Water Distiller) Distile su Ultrasaf su Bakteriyoloji laboratuvarında kullanılan suların damıtık olması gereklidir. Bu cihaz yardımıyla musluk suyu damıtılır. Deneylerde aranılan madde miktarını sudan gelen maddeler etkilemesin Bazı deneylerde kör deney yapılarak saf sudan gelen giden var mı diye kontrol deney yapılır. Bir de çözücülüğü azalmasın diye. Üçüncüsü pH'sı nötr (7) olsun ve pH’yı etkilemesin diye.

Etüv (Sterilisers oven) Bakteriyoloji laboratuvarında en çok kullanılan aletlerdendir. Cam ve ısıya dayanıklı diğer malzemelerin sterilizasyonunda, bazı malzemelerin kurutulmasında yararlanılır. Genelde; 100 -300°C arasında çalışırlar. Bakteriyolojide, 120 - 180°C arasında yararlanılır.

Liyofilize Cihazı (Lyophilizer) Bakterilerin uzun süre saklanması için liyofilize cihazlarından yararlanılır. Isıya dayanıksız maddelerin suyundan kurtarılması amacıyla dondurularak kurutulması işlemidir. Liyofilize edilecek madde liyofilizatöre konduktan sonra, -20 ile -70 ºC arasında dondurulur ve sistemdeki vakum ile işlem başlar. Düşük basınçta (0.001 mmHg) su sıvı hale geçmeden buharlaştırılır.

Santrifüj (Centrifuge) Bakteriyoloji laboratuvarında özellikle serolojik ve moleküler çalışmalarda ve diğer işlemlerde santrifüjlerden yararlanılır. Çoğunlukla dakikada devir sayısı 6000-10000 olanlar kullanılmaktadır. Bazı işlemler yüksek devir gerektirir. Bu durumda daha özel yapılı ve 100,000 devir/dakika hıza çıkabilen cihazlar kullanılır. Ayrıca, santrifüj işlemi sırasında maddede biraz ısı meydana gelir. Bunu sakıncalı olduğu durumlarda kullanılmak üzere hazneyi istenen sıcaklıkta tutabilen soğutmalı santrifüjler geliştirilmiştir. Santrifüjler kullanılırken dikkat edilmesi gereken nokta, maddelerin dengeli konulmasıdır. Her zaman karşılıklı eşit ağırlığı sağlayacak şekilde maddeler yerleştirilir.

İnkübatör (Incubator) Bakteriyoloji laboratuvarında en çok kullanılan aletlerdendir. Bu aletler mikroorganizmaların gelişmesi için gereken optimum sıcaklığı sağlarlar. 15 - 50°C arası çalışanlar. Sıcak bölgeler için soğutmalı olanlar kullanılmalıdır.

Otoklav (Autoclave) Özellikle besi yerlerinin ve sıvıların sterilizasyonunda kullanılır. Bunların değişik tipleri vardır. Yarı otomatik olan ve elle ayarlanabilen tipleri olduğu gibi tamamen otomatik olarak çalışanları da vardır.

Spektrofotometre (Spectrophotometer) Bakteri süspansiyonlarında, türbidimetrik olarak yoğunluk ölçmek için spektrofotometreden yararlanılır.Temel mantığı, hazırlanan çözeltiden belirli spektrumlarda ışık geçirilmesi ve bu ışının ne kadarının çözelti tarafından absorblandığını bulması esasına dayanır. Çözeltinin içerdiği madde miktarı ne kadar fazla ise daha fazla ışın, çözelti tarafından soğurulur. Spektrofotometre, çözeltinin içinden geçebilen -çözelti tarafından absorblanmayan- ışığın yoğunluğu tespit ederek çözelti içeriğindeki aranan maddenin miktarı hakkında kantitatif bilgi verir.

Örneğin, farklı sıcaklıklarda bakterilerin gelişiminin gösterilmesi için; çeşitli ortamlara bırakılan bakteriler daha sonra çözeltiler içinde teker teker spektrofotometre ile ölçüldüğünde bakterilerin fazla olduğu örnekte daha fazla absorblanma gözlenecektir.

pH ???

pH Metre (pH meter) pH: pH, bir çözeltinin asitlik veya bazlık derecesini tarif eden ölçü birimini temsil eder. 0'dan 14'e kadar olan bir aralıkta ölçülür. pH teriminde "p", eksi logaritmanın matematiksel sembolünden, "H" ise hidrojenin kimyasal formülünden türetilmişlerdir. pH tanımı, hidrojen konsantrasyonunun eksi logaritması olarak verilebilir. Bir maddenin asit veya alkali değerini anlamak için kullandığımız ölçüye pH (potansiyel hidrojen) denir. Maddenin içindeki asit nitelikli hidrojen iyonlarının yoğunluğuna göre ölçüm yapılır. pH cetveli 0 - 14 arasıdır. 0 aşırı asit, 14 de aşırı alkali demektir. 7 pH derecesi ise ne asit ne alkali yani maddenin nötr olduğunu gösterir.