Computational Biochemistry Fatih University Computational Biochemistry

Outline Pubmed Retrieving DNA and Protein Sequences BLAST Multiple Sequence Alignment Others (PDB, KEGG, BREND) Outline

Pubmed A scientific search engine e-adress:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed developed by the National Center for Biotechnology Information (NCBI) at the National Library of Medicine (NLM), located at the U.S. National Institutes of Health (NIH) A service that includes over 18 million citations from MEDLINE and other life science journals for biomedical articles back to 1948. PubMed includes links to full text articles and other related resources. Pubmed

bilimsel internet araştırması bilimsel internet araştırması. O konu ile alakalı çıkmış bilimsel makaleleri araştırır Bilimsel araştırmalarda problemler çok fazla sonuç lüzumsuz sonuç Pubmed’in çözümü ileri arama opsiyonu limitasyon Pubmed ne yapar?

örnek: www.pubmed.com sorgu (query) gir.

Örnek Aramalar sorgu: bir yıl içinde pylori hakkında Türkiyede yapılan ingilizce makaleler bedava makaleler Örnek Aramalar

“Server” hizmet vermekte en önemlisi NCBI ve expasy’de Amaç: ilgilendiğimiz bir proteinin protein sekansının bulunması En güvenilir: expasy iki database bulunmakta: Swiss-prot ve TrEMBL Swiss-prot: bire bir protein bilgileri uzmanlarca doldurulan TrEMBL: Bilgisayarlı Protein Sekansı Bulma

www.google.com expasy yaz tıkla Expasy’e ulaşım

ister DNA ister protein sekansı olsun ister DNA ister protein sekansı olsun. Sekansların tüm biyoenformatik araçları tarafından tanındığı sekans yazılım formatının adı FASTA formatıdır başta > işareti içerir ve sonrasında bilgilendirme gelir. ikinci satır sekansı içerir >sp|P41022|URE3_BACPA Urease subunit gamma OS=Bacillus pasteurii GN=ureA PE=1 SV=1 MHLNPAEKEKLQIFLASELLLRRKARGLKLNYPEAVAIITSFIMEGARDGKTVAMLMEEGKHVL TRDDVMEGVPEMIDDIQAEATFPDGTKLVTVHNPIS FASTA formatı

en iyi adres NCBI’ın genveri bankalarıdır. DNA sekansı

NCBInucleotidesorguyu yaz Sorgu: urease pylori örnek

BLAST: sekans karşılaştırma değişik BLAST (basic local alignment search tool) yöntemleri var. BLAST: sekans karşılaştırma

BLAST neden kullanılır? sekansınıza neler benziyor primer’larınız o bölgeye özgün mü? sekansınızın fonksiyonu bilinmiyorsa, tahmin alignment öncesi aday sekansları bulma BLAST neden kullanılır?

urease yapalım örnek

multiple (sekuence) alignment birden fazla sekansı sıralarız (alignment) Ne faydası var: farklılık göstermeyenbölgeler tesbit edilir. yapı-fonskiyon ilişkisi filogenetik ağaç öncesi vb en çok kullanılan Clustal W, Tcoffee multiple (sekuence) alignment

expasy ile bir örnek örnek

Enzimlerle alakalı her türlü bilgi makalelerden çıkarılıp analşılır brenda: http://www.brenda-enzymes.org/ nasıl bulunur: google’dan brenda yaz ureaz’ı incele Enzim veri bankası

Kegg en popüler verbankası Metobolisma

PDB Proteinlerin 3D’si