Boyalar Mikroteknikte kullanılan boyalar üç gruba ayrılır. 1. Nötr boyalar 2. Asidik boyalar 3. Bazik boyalar Nötr boyalar iyonik olmayan boyalardır. Bunlar suda çözünen renkli organik bileşiklerdir. Asidik boyalarda boya suda çözündüğü zaman, boyanm asıl renkli kısmı, molekülün anyon kısmıdır. Diğer deyimle ( —) yüklü köküdür. Kısaca renkli organik bir asidin, asit kökü, renkli kısmıdır. Onun için asidik boyalara sadece anyonik boyalar da denir. Bazik boyalarda ise, boya suda çözündüğü zaman boyanın asıl rengini organik baz kökü, (+) teşkil eder. Bu çeşit boyalara kısaca katvonik boyalar da denir.
Boyalar İşte, nötr, asidik ve bazik bu üç grup boyanın hücreleri teşkil eden çeşitli kısımların değişik derecelerde kendilerine bağlaması, boyanmış kesitlerin bazı kısımlarının diğer kısımlardan ayrıntılı görünmesine, dolayısıyle daha iyi fark edilmelerine yardım eder ki boyama amacı da budur.