Bitki Moleküler Sistamatiği Moleküler veri çeşitleri? DNA dizileri DNA restriksiyon kısımları: RFLPs Microsatellitler - DNA bölgeleri /tandem tekrarlar RAPDs – Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA AFLPs – Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi

Materyal Nasıl Elde Edilir? Slika da kurutulmuş Dondurulmuş Canlı Herbaryum örneği

A G C T DNA Dizileri? Purinler Pirimidinler

PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu solution heated PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu

DNA Dizileme How does it work? PCR amplifikasyonuna benzer Fakat az bir miktar Dideoksinükleotidler kullanılır (bol miktarda deoksi nükleotilerle birlikte) Dideoksinükleotidler, bağlandığı yerde polimeraz reaksiyonunu sonlandırır. Dideoksinükleotidler floresans ile tespit edilir. DNA parçalarının boyu elektroforez ile tespit edilir.

DNA Dizileme

DNA Dizileme

Dizi Verisi Tipleri Chloroplast cpDNA Nuclear nDNA Mitochondrial mtDNA (not used much with plants; used w/ animals)

Kloroplast DNA

Bazı Kloroplast Kodlayan Genleri: Gene Location Function atpB Large single-copy region of chloroplast Beta subunit of ATP synthethase, which functions in the synthesis of ATP via proton translocation rbcL Large single-copy region of chloroplast Large subunit of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RUBISCO), which functions in the initial fixation of carbon dioxide in the dark reactions matK Large single-copy region of chloroplast Maturase, which functions in splicing type II introns from RNA transcripts ndhF Small single-copy region of chloroplast Subunit of chloroplast NADH dehydrogenase, which functions in converting NADH to NAD + H+, driving various reactions of respiration

Kullanılan Kloroplast genler arası boşluk bölgeleri

Çekirdek DNAsı: ITS/ETS Dizi Verisi : Alt seviye taksonomik analizlerde kullanılır

DNA hizalama Karakter Kodlama

DNA dizi verisi Değişim Ağırlıklandırması Step Matrix: Transisyon: PY <–> PY or PU <–> PU Transversiyon: PY <–> PU or PU <–> PY

Moleküler Evrim Modelleri

Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1 Restriksiyon kısmı? Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1

RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

Microsatellitler: Tandem nükleotid tekrarları

Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA RAPD’s: Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA

Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi =AFLP’s

GELECEK: Yeni Nesil Dizileme DNA fragmentlere parçalanır. Fragmentler amplifiye edilerek milyonlarca dizi üretilir. DNA fragmentlerinin amplifiye edilmesi dizilenmesi için çok sayıda teknk geliştirilmiştir.

GELECEK: Yeni Nesil Dizileme Diziler okunur ve üst üste gelen yerler referans genoma göre hizalanır

GELECEK: Yeni Nesil Dizileme AVANTAJ: Geleneksel metodlara kıyasla 100 ila 1000 kat daha fazla dizi verisi sağlar Çok ucuz (baz çifti başına). transcriptomlar da dizilenebilir: translasyon sonucu üretilen mRNA dizileri DEZAVANTAJ: : Veriyi işlemek için çok iyi bilgisayar sistemlerine ihtiyaç duyulur. Genellikle referans genom gerektirir (yakın akraba takson).