Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II."— Sunum transkripti:

1 GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II

2 Genom Projeleri Dizileme Klon kütüphaneleri Stratejiler –Genom Dizilemesi Tekrar eden DNA dizileri Biraraya getirme (Assembly) –PHRAP, PHRED,CONSED Bitiş Boşlukların kapatılması

3 Genetik harita Genetik haritaların bazı eksiklikleri vardır. Bunlardan en önemlisi çözünülürlük veya ayrıntıdır. İnsan genomu 3.2 milyar baz çifti içermektedir, yaklaşık 4000 cM uzunluğundadır, yani 850000bç/cM. Herbir sentimorganda bir belirteç bulunsa dahi (hayal bile olamaz) fiziksel haritaya göre çözünülürlüğü çok düşüktür.

4 Fiziksel harita

5 Genetik / Fiziksel

6 Fiziksel Harita

7 (Ureta-Vidal et al., Nature Review Genetics 2003)

8 DİZİLEME İlgilenilen DNA’nın altklonlanması –Değişik “insert” boyutları Herbir klon –Büyür, DNAsaflaştırılır –Dizileme reaksiyonu yapılır –Dizileme fragmentleri kapiller elektroforezle ayrıştırılıp lazer eksitasyonu ile tanımlanır. –Reaksiyon başına 500-1000 bç okuma yapılabilir (bugünkü teknoloji ile)

9 DNA Dizi Analizi

10

11

12

13 Vektörler Plazmid (2kb) Kozmid (40kb) BAC (>= 100kb) YAC (1Mb)

14 Vektörler Çoklu klonlama bölgesi insert

15 Kavramlar Fiziksel harita –Örtüşmeyen klonlar ((non)-overlapping clones) Genetik harita –Moleküler belirteçler (marker)

16 Shotgun yaklaşımı Sanger et al., 1977 bacteriophage genomuna uygulandı (1980) 1980’lerde:- plazmid, kloroplast, virusler, kozmidler 1990’larda:- mitokondri/BAC/bakteri Küçük prokaryotik genomlarda başarılı

17 Shotgun yaklaşımı Rasgele fragmentlerin dizilenmelerinin ardından yap boz misali biraraya getirilmeleri Bir genomdan örtüşen/kesişen birçok fragmentler toplamak gerekir. Bir genom 10x kez 500 bç’lik parçalar halinde okunduğunda 10 6 bç’de 1 boşluk olur.

18 Shotgun yaklaşımı L boyundaki bir DNA fragmenti: Bu fragmentin bir diğer kopyasını daha bulabilmemiz için genomun 4 L bç olması gerekir. Rasgele diziler –İki okumanın 30 bç kesişmesi –Beklenen 4 30 >>>> 1.2X10 18 bç. –3 milyarlık bir genomda bu kesişmeyi bulmak pek de kolay değil.

19 Shotgun yaklaşımı DNA tekrar yapıları içerir  LINE  segmental duplikasyon (Samonte and Eichler 2002)

20

21 Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Genom 1.5Mb fragment’lere ayrılır Fragmentler BAC ve YAC’lara klonlanır Insertler > 100kb ve tekrar bölgelerinden daha büyüktür. Bu şekilde klonlar örtüşen/kesişen fragmentlerin tanımlanması ile bir kontig haline getirilip dizilenir.

22 Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Klon kontiglerin biraraya getirilmesi –Klon parmakizi yaklaşımı Klonlanmış DNA fragmentinin yapısına dair bilgi. Parmakizindeki örtüşmeler tanımlanabilir. Restriksiyon paternleri; Tekrar eden DNA parmakizleri; Tekrar eden DNA PCR; STS haritalama

23

24

25 Restriksiyon Haritası

26 Flow sorting: özgül kromozomlar

27

28 Klon-Klon Harita Temelli Yaklaşım

29

30

31 Watson ve Crick, Mayıs 1953 Watson ve Crick, Mayıs 1953

32

33

34 http://www.dnai.org/text/mediashowcase/i ndex2.html?id=562


"GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları