Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II."— Sunum transkripti:

1 GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II

2 Genom Projeleri Dizileme Klon kütüphaneleri Stratejiler –Genom Dizilemesi Tekrar eden DNA dizileri Biraraya getirme (Assembly) –PHRAP, PHRED,CONSED Bitiş Boşlukların kapatılması

3 Genetik harita Genetik haritaların bazı eksiklikleri vardır. Bunlardan en önemlisi çözünülürlük veya ayrıntıdır. İnsan genomu 3.2 milyar baz çifti içermektedir, yaklaşık 4000 cM uzunluğundadır, yani bç/cM. Herbir sentimorganda bir belirteç bulunsa dahi (hayal bile olamaz) fiziksel haritaya göre çözünülürlüğü çok düşüktür.

4 Fiziksel harita

5 Genetik / Fiziksel

6 Fiziksel Harita

7 (Ureta-Vidal et al., Nature Review Genetics 2003)

8 DİZİLEME İlgilenilen DNA’nın altklonlanması –Değişik “insert” boyutları Herbir klon –Büyür, DNAsaflaştırılır –Dizileme reaksiyonu yapılır –Dizileme fragmentleri kapiller elektroforezle ayrıştırılıp lazer eksitasyonu ile tanımlanır. –Reaksiyon başına bç okuma yapılabilir (bugünkü teknoloji ile)

9 DNA Dizi Analizi

10

11

12

13 Vektörler Plazmid (2kb) Kozmid (40kb) BAC (>= 100kb) YAC (1Mb)

14 Vektörler Çoklu klonlama bölgesi insert

15 Kavramlar Fiziksel harita –Örtüşmeyen klonlar ((non)-overlapping clones) Genetik harita –Moleküler belirteçler (marker)

16 Shotgun yaklaşımı Sanger et al., 1977 bacteriophage genomuna uygulandı (1980) 1980’lerde:- plazmid, kloroplast, virusler, kozmidler 1990’larda:- mitokondri/BAC/bakteri Küçük prokaryotik genomlarda başarılı

17 Shotgun yaklaşımı Rasgele fragmentlerin dizilenmelerinin ardından yap boz misali biraraya getirilmeleri Bir genomdan örtüşen/kesişen birçok fragmentler toplamak gerekir. Bir genom 10x kez 500 bç’lik parçalar halinde okunduğunda 10 6 bç’de 1 boşluk olur.

18 Shotgun yaklaşımı L boyundaki bir DNA fragmenti: Bu fragmentin bir diğer kopyasını daha bulabilmemiz için genomun 4 L bç olması gerekir. Rasgele diziler –İki okumanın 30 bç kesişmesi –Beklenen 4 30 >>>> 1.2X10 18 bç. –3 milyarlık bir genomda bu kesişmeyi bulmak pek de kolay değil.

19 Shotgun yaklaşımı DNA tekrar yapıları içerir  LINE  segmental duplikasyon (Samonte and Eichler 2002)

20

21 Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Genom 1.5Mb fragment’lere ayrılır Fragmentler BAC ve YAC’lara klonlanır Insertler > 100kb ve tekrar bölgelerinden daha büyüktür. Bu şekilde klonlar örtüşen/kesişen fragmentlerin tanımlanması ile bir kontig haline getirilip dizilenir.

22 Hiyerarşik Yaklaşım Klon-Klon Klon kontiglerin biraraya getirilmesi –Klon parmakizi yaklaşımı Klonlanmış DNA fragmentinin yapısına dair bilgi. Parmakizindeki örtüşmeler tanımlanabilir. Restriksiyon paternleri; Tekrar eden DNA parmakizleri; Tekrar eden DNA PCR; STS haritalama

23

24

25 Restriksiyon Haritası

26 Flow sorting: özgül kromozomlar

27

28 Klon-Klon Harita Temelli Yaklaşım

29

30

31 Watson ve Crick, Mayıs 1953 Watson ve Crick, Mayıs 1953

32

33

34 ndex2.html?id=562


"GENOM PROJELERİ Prof. Dr. Hilâl Özdağ Biyoteknoloji ve Genetik II." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları