Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ? Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ? EST Nedir?

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ? Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ? EST Nedir?"— Sunum transkripti:

1

2 Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ? Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ? EST Nedir?

3  Yani; İfadelenmiş dizi etiketi  Dizileme Temelli Yöntem  bp uzunluğunda  cDNA parçasıdır.

4  Ters transkiptaz enzimiyle katalizlenen, olgun bir mRNA’dan sentezlenen bir DNA parçasıdır.  Bir cDNA haritası, kromozomal haritadaki anlatım yapan DNA bölgelerinin (eksonların) yerleşimini gösterir.

5  mRNA dan çok sayıda elde edilen cDNA kitaplığı içindeki anlatımların belirleyicileridir.  Fonksiyonu bilinen proteinlerin dizi bilgilerini ifade eder.  Biyoenformatik alanına ait kaynaklar ve analiz teknikleri kullanılır.

6  EST, bilinmeyen genleri tanımlar.  EST (Expressed Sequence Tag) Yeni Genleri Tespiti Gen ekpresyonu ve düzenlenmesinde veri elde etmek Genom haritalama Tek nükleotid polimorfizmi

7  Bir EST oluşturulduğunda geliştiriciler tarafından öncelikle Genbankasına (GenBank) sunulmaktadır.  NCBI bünyesinde 1992 yılında kurulan dbEST veritabanı gelmektedir.  dbEST, insan EST verisi dışında 300 organizmaya ait EST verisi bulunuyor.

8 BLAST  dbEST sayesinde EST dizileri ile bilinen gen dizileri BLAST gibi analiz araçları kullanılarak karşılaştırılır.  Dizi benzerlikleri ve fonksiyonları tespit edilebilmektedir.  Mikrosatellit lokuslarının tespiti genel olarak genomik DNA ve EST koleksiyonlarından yapılmaktadır.

9

10

11 A c U G A c U G TG A C A c T G TG A C

12  mRNA' ların dizilenmesi ile oluşturulan EST' nin birden fazla kopyaları oluşabilmektedir.  EST arandığı zaman birbirine benzeyen dizilerden arama yapmak durumunda kalınır. 'Unigene'  Çözümü 'Unigene' adında oluşturulan veritabanı ile sağlanmaktadır.

13

14 EST Verisi Yüksek Kaliteli EST Verileri Birleştirilmiş EST Dizileri Önemli Derecede Eşlemler Fonksiyonu Bilinmiyen Yeni Diziler yok Fonksiyonel Analizler var Elde Edilen Verilerin Görselleştirilmesi ve Sonuçların Yorumlası Düşük Kaliteli, kısa diziler silinir Aşama 1: EST ön işleme, Vektör dizilerin atılması, düşük değerler ve tekrarların maskelenmesi Aşama 2: EST Dizilerinin kümelenmesi ve birleştirilmesi Aşama 3: Veri tabanından benzerlik araştırması Tahmini Peptidler Aşama 4: Kavramsal olarak translasyon Aşama 5: Protein veri tabanında benzerlik araştırması

15

16


"Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ? Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ? EST Nedir?" indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları