Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları."— Sunum transkripti:

1 PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları

2 Erime Sıcaklığı (Melting Temperature Tm) 13 bazdan kısa: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4 13 bazdan uzun: Tm= *(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC)

3 Eşleniklik Primer Kalıp Bağlanma/Annealing T anneal = T m_primer – 4  C

4 Saç Tokası Oluşumu

5 Oligonükleotid Dimeri

6 Dejenere Primer Tasarımı

7 Primer Tasarımında Dikkat Edilmesi Gereken Özellikler Oligonükleotidin tek bir dizilime özgül olması gerekmektedir. Özgüllükte esas rolü oligonükleotidin 3’ucu oynar. Saç tokası oluşturmaması için oligonükleotid kendi içinde karşılıklı eşlenik baz dizileri içermemeli. Oligonükleotid çiftleri dimer oluşumuna neden olacak şekilde birbirleri ile eşlenik olmamalı. Oligonükleotidlerin uzunluğu baz arasında olmalı. Oligonükleotid çiftlerinin Tm’leri birbirine denk veya yakın olmalı. Oligonükleotid dizilimleri için 3’ten fazla tekrar eden baz olmamalı.

8 Primer Tasarımında Kullanılabilecek Yazılımlar -Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. - GCG: Accelrys, ICBR - Primer3: MIT, web uygulama - BioTools: BioTools, Inc. Lisans ICBR - Diğerleri: GeneFisher, Primer!, Web Primer, NBI oligo program. Tm Hesaplamaları için: - BioMath:

9 Örnek Çalışma -Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. -Primer Designer -Primer3: MIT, web uygulama BRCA1gDNA NC_ cDNA NM_007294

10 Örnek Çalışma

11

12

13

14 Fasta dosya tipi

15 Örnek Çalışma

16

17

18

19

20

21

22

23


"PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları