PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları

... konulu sunumlar: "PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları"— Sunum transkripti:

1 PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ

2 Erime Sıcaklığı (Melting Temperature Tm)
13 bazdan kısa: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4 13 bazdan uzun: Tm= *(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC)

3 Eşleniklik Tanneal = Tm_primer – 4C Primer Kalıp Bağlanma/Annealing

4 Saç Tokası Oluşumu

5 Oligonükleotid Dimeri

6 Dejenere Primer Tasarımı

7 Primer Tasarımında Dikkat Edilmesi Gereken Özellikler
Oligonükleotidin tek bir dizilime özgül olması gerekmektedir. Özgüllükte esas rolü oligonükleotidin 3’ucu oynar. Saç tokası oluşturmaması için oligonükleotid kendi içinde karşılıklı eşlenik baz dizileri içermemeli. Oligonükleotid çiftleri dimer oluşumuna neden olacak şekilde birbirleri ile eşlenik olmamalı. Oligonükleotidlerin uzunluğu baz arasında olmalı. Oligonükleotid çiftlerinin Tm’leri birbirine denk veya yakın olmalı. Oligonükleotid dizilimleri için 3’ten fazla tekrar eden baz olmamalı.

8 Primer Tasarımında Kullanılabilecek Yazılımlar
Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. - GCG: Accelrys, ICBR Primer3: MIT, web uygulama BioTools: BioTools, Inc. Lisans ICBR Diğerleri: GeneFisher, Primer!, Web Primer, NBI oligo program. Tm Hesaplamaları için: - BioMath:

9 Örnek Çalışma BRCA1 gDNA NC_000017 cDNA NM_007294
Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. Primer Designer Primer3: MIT, web uygulama BRCA1 gDNA NC_000017 cDNA NM_007294

10 Örnek Çalışma

11 Örnek Çalışma

12 Örnek Çalışma

13 Örnek Çalışma

14 Örnek Çalışma Fasta dosya tipi

15 Örnek Çalışma

16 Örnek Çalışma

17 Örnek Çalışma

18 Örnek Çalışma

19 Örnek Çalışma

20 Örnek Çalışma

21 Örnek Çalışma

22 Örnek Çalışma

23 Örnek Çalışma