Mutasyon Analizi İçin Moleküler Genetik Yöntemi: SSCP Ayaz Najafov Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümü
Taslak Giriş Prensip Teknik Sonuçlar Tartışma
SSCP nedir? Single Strand Conformational Polymorphism (Tek Zincir Konformasyon Polimorfizmi) İlk kez Orita et al. (1989) En basit ve en sık kullanılan mutasyon tespit yöntemi. Sensitivity 80-90%
Prensip
Teknik + Hasta genomik DNA’sı Bir eksonun PCR ürünü 2% agarose gel check 8% non-denaturing acrylamide:bisacrylamide (29:1) gels SSCP boyası: Formamide, EDTA, BPB, XC PCR ürünü + 16 saat oda sıcaklığında 10-15V/cm 0.6X TBE buffer Gümüş nitrat boyaması
Sonuçlar
Dezavantajlar Uzun fragmanlar tercih edilmiyor Düşük pH tamponları (Kukita et al. 1997) RFLP-SSCP Tespit edilemeyen 10-20% Mutasyonu tanımlamak için dizi analizi gerektiriyor
Avantajlar Mutasyonların 80-90% tespit ediliyor Hızlı Kolay Ucuz Tehlikeli: Radiyoaktif / Mutajen
Referanslar L. Davis, M. K. a. and J. Battey (1995). Basic Methods in Molecular Biology, McGraw-Hill Professional. Kukita, Y., T. Tahira, et al. (1997). "SSCP analysis of long DNA fragments in low pH gel." Hum Mutat 10(5): 400-7.