Sunuyu indir
Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz
1
400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ ISLAHINDA KULLANIMI
MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ ISLAHINDA KULLANIMI Prof. Dr. Ali ERGÜL Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü
2
Hafta-1 Tarım Bitkileri, Biyoçeşitlilik, Transgenik Bitkiler Hafta-2 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA) Hafta-3 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)-UYGULAMA Hafta-4 PCR (Polimerase Chain Reaction) Hafta-5 PCR (Polimerase Chain Reaction)-UYGULAMA Hafta-6 Kapiller Elektroforez Hafta-7 Moleküler Markörler ve SSR (Simple Sequence Repeats) Hafta-8 Kapiller Elektroforez - UYGULAMA Hafta-9 SNP Markırlar, Yeni Nesil Sekanslama Teknikleri ve SNP Haplotiplemesi Hafta-10 DNA Barkodlama Hafta-11 Markıra Dayalı Seleksiyon (MAS) Hafta-12 Haritalama Yaklaşımları Hafta-13 Dizi Analizi Hafta-14 Dizi Analizi-UYGULAMA
3
Hafta 2: Nükleik Asit izolasyonu (DNA)
4
Doku: değişik dokulardan(nuclear ve organel DNA lar) Doku durumu: genç dokular Doku hazırlığı: sıvı azot tercih edilerek çalışılmalı, dokunun doğru şekilde parçalanması Çalışma koşulları: Dnase bulaşık olmaması +4C çalışma koşulları
5
DNA izolasyonu aşaması
İzolasyon buffer: genellikle pH:8(Tris-HCl vb) Tuz(NaCl vb): Proteini-DNA dan uzaklaştırma Deterjan(SDS, sarkosyl vb): hücre membranlarının gerçirgenliğini (çözünürlüğünü) artırmak EDTA Mg iyonlarını çöktürür, (tutar)(Mg iyonları DNAse aktivitesini artırır) Protein denaturantlar (phenol, kloroform vb) Protein uzaklaştırıcılar: Fenol, kloroform veya protease (proteinase K vb) Polysakkaritlerin uzaklaştırılması(CTAB)
6
DNA izolasyonu sonrası
DNA spektrofotometrik ve görsel olarak belirlenir(spec., nanodrop veya moleküler ağırlığı(MW) bilinen DNA lar kullanılır). Spec. uygun seyreltmeler yapılır(DNA:Su =5:95, 2:98 gibi)
7
Hesaplamalarda miktar (A260) Spec. A260(ug/ml=ng/ul) Spec. okumasıXSeyreltme faktörüX50 saflık (A260/280) A260/280:
8
Saklama koşulları Kısa süreli: -20 C Uzun süreli –80 C
9
Protokol Lefort, F., Lally, M., Thompson, D., Douglas, G.C Morfolojical traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite oaks(Q. Robur L.) at Tuallynally, Ireland. Silvae Genetica 47, 5-6. 1. 100mg yaprak dokusuna, 1 ml DNA ekstraksiyon solusyonu* eklenir (örnek başına 10 µl 2-Merkaptoethanol içerir) 2. Örnekler 65 ˚C – 15 dk su banyosunda arası çalkalayarak bekletilir. Daha sonra oda koşullarına soğutulur. 3. Üzerine 0.7 ml kloroform/ isoamil alkol (24:1) eklenerek defa sallanır. 30 dk buz üzerinde bekletilir. 4. 10 dk rpm de santrifüj edilir. 5. Üst sıvı (süpernatant) (~0.7 ml) yeni bir tüpe aktarılır. 6. Üzerine ~0.8 ml isopropanol eklenir. dk. buz üzerinde bekletilir (Tercihen -20˚C de gece boyu bekletilebilir). 8. 3 dk rpm de santrifüj edilir.
10
Protokol 9. Üst sıvı atılır.
10. Alt katı (pellete) üzerine 1 ml (70 %) ethanol eklenir ve 2 dk rpm de santrifüj edilir. 11. Ethanol uzaklaştırılarak pellet kurtulur ve µl TE (pH 8) veya H2O (nuclease free) da cözülür (pipetajla pellet oynatılır, gece boyu 4˚C de tutularak DNA 'nın çözülmesi sağlanır) µl DNA için 3 µl RNase eklenir. 37 ˚C de 20 dk bekletilir. DNA ekstraksiyon solusyonu*
11
Ders KapsamındaYaralanılan Kaynaklar
Andrews, K. R., Good, J. M., Miller, M. R., Luikart, G. ve Hohenlohe, P. A “Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics”, Nature Reviews Genetics, 17(2), 81. Biotechnology of Fruits and Nut Crops (Editor:R. E. Litz)(2005) Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants(Fruits and Nuts) (Editor:Chittaranjan Kole)(2007) Genomics-Assisted Crop Improvement, Volume 1(Editor: Rajeev K. Varshney, Roberto Tuberosa) (2007) Model Plants and Crop Improvement(Editors: R. K. Varshey, R. M. D. Koebner)(2007). Plant Molecular Breeding (Editor: H. John Newbury)(2003) Thomson, M. J., Zhao, K., Wright, M., McNally, K. L., Rey, J., Tung, C. W., Reynolds, A., Scheffler, B., Eizenga, G., McClung et.al “High-throughput single nucleotide polymorphism genotyping for breeding applications in rice using the BeadXpress platform”, Mol. Breed., 29,
Benzer bir sunumlar
