GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi
DNA RNA Protein Hücre Doku Organ Genomik Transkriptomik Proteomik Metabolomik Diferansiyel Proteomik Fonksiyonel Proteomik Gen Dizileri, SNPs RNA Tüm Protein içeriği Normal ve değişen koşulda protein farklanmaları Protein Modifikasyonları; Protein/DNA, Protein/RNA, Protein/Ligand, Protein/Protein Etkileşimleri Protein Fonksiyonu; Hücre, Doku, Organ, Etkileşimler Farmakogenomik/ Farmakoproteomik Nereden örnek alabiliriz ?
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok
Buerger hastalığı Buerger hastalığı Erken yaşta MI Erken yaşta MI
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR 1 Türkler (AKAR, Thromb Haemost, 1997)
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR 1 Türkler DVT 97 20/ (AKAR, 1997)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir gendeki mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691G-A ve PT G-A BİRLİKTELİĞİ (AKAR, Thromb Research, 2000)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / gen içi * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV A4070G polimorfizminin DVT’de etkisi NR1R2ORClR2R2ORCl Kontrol DVT (AKAR, TJH, 2002)
DVT’DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI Kontrol(%) DVT (%) OR n 1691 A 4070G İkisi OR (Akar, Am J Hematol, 1999, 2000 )
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / başka bir gen * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
MTHFR 677 C-T Kontrol DVT n 677T TT % Sıklık OR (AKAR,Tromb Research, 1998)
Ankara Üniversitesi Pediatrik Moleküler Genetik
SNP array 10 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
SNP array 250K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
TM T T PC E PCR APCAPC APCAPC S Va SO4 Vi Va ENDOTEL Va Xa Pro sE PCR MMP ? FVII
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
RNA Ekspresyonu
Transkriptom 250 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
MİKRO RNA
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4.Tedavi takibinde farmakogenetik
Genom aynı, proteom farklı
Normal Birey - Hasta Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta Tedavi-I Verilen Hasta - Tedavi-II Verilen Hasta Tıp’da Karşılaştırmalı Proteomiks
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Reviparin-sodium : 100 IU/kg Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG
Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz(2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz (2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Protein Mikroarray
70 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok 45 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü var 40 yaş / kadın Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1.Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA’da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?