PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları Hafta III PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR ve PRİMER TASARIMI Doç. Dr. Hilâl Özdağ
Erime Sıcaklığı (Melting Temperature Tm) 13 bazdan kısa: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4 13 bazdan uzun: Tm= 64.9 +41*(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC) http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
Eşleniklik Tanneal = Tm_primer – 4C Primer Kalıp Bağlanma/Annealing http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
Saç Tokası Oluşumu http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
Oligonükleotid Dimeri http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
Dejenere Primer Tasarımı http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
Primer Tasarımında Dikkat Edilmesi Gereken Özellikler Oligonükleotidin tek bir dizilime özgül olması gerekmektedir. Özgüllükte esas rolü oligonükleotidin 3’ucu oynar. Saç tokası oluşturmaması için oligonükleotid kendi içinde karşılıklı eşlenik baz dizileri içermemeli. Oligonükleotid çiftleri dimer oluşumuna neden olacak şekilde birbirleri ile eşlenik olmamalı. Oligonükleotidlerin uzunluğu 18-24 baz arasında olmalı. Oligonükleotid çiftlerinin Tm’leri birbirine denk veya yakın olmalı. Oligonükleotid dizilimleri için 3’ten fazla tekrar eden baz olmamalı.
Primer Tasarımında Kullanılabilecek Yazılımlar Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. - GCG: Accelrys, ICBR Primer3: MIT, web uygulama http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi BioTools: BioTools, Inc. Lisans ICBR Diğerleri: GeneFisher, Primer!, Web Primer, NBI oligo program. Tm Hesaplamaları için: - BioMath: http://www.promega.com/biomath/calc11.htm
Örnek Çalışma BRCA1 gDNA NC_000017 cDNA NM_007294 Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir. Primer Designer Primer3: MIT, web uygulama http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi BRCA1 gDNA NC_000017 cDNA NM_007294
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma Fasta dosya tipi
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma