ELEKTROFOREZ Arş.Gör. Nahit GENÇER.

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
MOLEKÜLER SİSTEMATİK NEDİR ? NEREDE VE NASIL KULLANILIR?
Advertisements

ELEKTROFOREZ.
ELEKTROFOREZ.
KARIŞIMLAR.
KARIŞIMLAR Karışım: Birden çok element veya bileşiğin kimyasal özelliklerini kaybetmeden bir araya getirilmesiyle oluşan madde topluluğuna karışım denir.
PROTEİNLERİN DENATÜRE JEL ELEKTROFOREZİ İLE
Hazırlayanlar: Behsat ARIKBAŞLI Tankut MUTLU
AFİNİTE KROMATOGRAFİSi
DNA Parmak İzi Prosedürü
Biyoteknolojide Kullanılan Yöntemler
ÇÖZELTİLER.
Asitler, Bazlar Ve Tamponlar: pH Ölçülmesi Ve Önemi (1 saat)
Uygulamalı Eğitim: PCR Kullanarak Patates Yıkama Suyu İçindeki Patojenlerin Tespiti.
KARIŞIMLAR.
Tamponlar, Asit-Bazlar, ve Konsantrasyon türleri
SU, ÇÖZELTİLER, ASİT VE BAZLAR III
DNA PÜRİFİKASYONU.
PROTEİNLER VE ELEKTROFOREZ TEKNİĞİ
JEL GEÇİRGENLİK KROMATOGRAFİSİ (GPC)
ELEKTROFOREZ.
ELEKTROFORETİK YÖNTEMLER
(Polymerase Chain Reaction)
AMİNO ASİTLERİN YAPISAL VE İŞLEVSEL ÖZELLİKLERİ I
Mutasyon Analiz Teknikleri I
ÇÖKELTİ POLİMERİZASYONU
KARIŞIMLAR.
KALAMATA TİPİ ZEYTİN İŞLENMESİ
ÇÖZELTİLER VE ÇÖZÜNÜRLÜK
KARIŞIMLAR.
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER 1: KANDAN DNA İZOLASYONU
TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI DÖNEM I ÖĞRENCİ LABORATUVARI / 2
SU, ÇÖZELTİLER, ASİT VE BAZLAR II
KARIŞIMLAR.
SÜSPANSİYON (BONCUK) POLİMERİZASYONU
Çözeltiler Ve Konsantrasyon Hesabı
ÇÖZELTİLER VE ÇÖZÜNÜRLÜK
KARIŞIMLAR.
PLAZMA PROTEİNLERİNİN KLİNİK TANIDA ÖNEMİ II
BİYOLOJİ PERFORMANS ÖDEVİ
Farklı element atomları uygum şartlarda bir araya geldiğinde yeni maddeler oluşur. Bu yeni maddeleri oluşturan atomlar arasında kimyasal bağ bulunmaktadır.
Mutasyon Analizi İçin Moleküler Genetik Yöntemi: SSCP
ELEKTROFORETİK YÖNTEMLER
KARIŞIMLAR.
MADDENİN YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
YÜZDE ÇÖZELTİLER VE HAZIRLANMALARI
ÇÖZELTİ İki veya daha çok maddenin birbiri içerisinde serbest moleküller veya iyonlar halinde dağılarak meydana getirdiği homojen bir karışıma çözelti.
Proteinlerin kantitatif tayini
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II:
İki Boyutlu Jel Elektroforezi Two Dimensional Gel Electrophoresis
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II:
MBKY Lab II: RNA izolasyonu 1. HAFTA
Mikrobiyoloji Laboratuvarı Ders 4
PROTEİNLERİN TANIMLANMASI
ELEKTROFOREZ SDS-PAGE
Mikrobiyoloji Laboratuvarı Ders 5
PROTEİN İZOLASYONU VE WESTERN BLOTLAMA
Amino Asitler ve Proteinler
KARIŞIMLAR.
KROMOTOGRAFİ, ELEKTROFOREZ, SPEKTRAL YÖNTEMLER, RADYOİZOTOPLAR, İMMÜNOLOJİK YÖNTEMLER, NÜKLEİK ASİT HİBRİDİZASYONU, ELEKTRON MİKROSKOBİSİ.
Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal)
GENEL KİMYA Çözeltiler.
Polimorfizm/Mutasyon tarama teknikleri
PROTEİN SAFLAŞTIRMA TEKNİKLERİ SOUTHERN BLOT TURGUT ZENGİN.
LABORATUVAR UYGULAMALARI
Genel Biyoloji Laboratuvarı II Dersi
 Plazmidler bakterilerde bulunan, ekstra kromozomal, çift iplikli, dairesel DNA molekülleridirler.  Hücre içerisinde boyutları ve kopya sayıları çeşitlilik.
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
CANLI VE BİYOKİMYA Prof. Dr. Zeliha Büyükbingöl.
KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ.
Enzimatik Reaksiyonu Etkileyen Faktörler (Pratik Ders)
Sunum transkripti:

ELEKTROFOREZ Arş.Gör. Nahit GENÇER

Elektroforez nedir? Yüklü bir molekülün iki elektrod arasına konulduğunda yüküne göre katod yada anoda göçme işine elektroforez denir.

Göç hızı Molekülün büyüklüğüne Yapısına Jelde kulanılan maddenin konsantrasyonuna İyonik kuvvete Uygulanan akıma bağlı olarak değişmektedir.

Kullanım amaçları Saflaştırma Saflık kontrolü Moleküler ağırlığı saptama Kalıtsal yada kalıtsal olmayan hastalık tanısı Bir enzimin izomerlerinin saptanması İmmünoloji ve moleküler biyoloji çalışmalarında

Elektroforez 2'ye ayrılır: Jel Elektroforezi Kağıt ve Selüloz Asetat Elektroforezi

JEL ELEKTROFOREZİ Jel elektroforezi makromolekülleri (nükleik asit, protein...) büyüklük, elektrik yük ve diğer özelliklerine göre ayırmada kullanılır. Genetik çalışmalarda ve evrimsel ilişkilerin belirlenmesinde çok önemlidir. Destek materyal olarak agaroz, poliakrilamid yada ikisinin karışımı kulanılır.

Kullanılan destek materyale göre jel elektroforezi 2'ye ayrılır. Agaroz Jel Elektroforezi Poliakrilamid Jel Elektroforezi(PAGE)

AGAROZ JEL ELEKTROFOREZİ Agaroz, bir kırmızı alg türü olan Agar agar'dan elde edilen dallanmamış zincirli bir polisakkariddir. Agaroz jel çok büyük porlara sahiptir. Moleküler ağırlığı 200 kdalton’dan büyük moleküleri ayırmada kulanılır. Agaroz jel genellikle %1-3 konsantrasyonlarında hazırlanır. DNA, lipoprotein, enzim ve immunoglobinleri ayırmada kullanılır.

Agaroz, D-galaktoz ve 3,6 anhidro L-galaktoz içeren agarabioz ünitelerinin tekrarlanmasından meydana gelir.

Agaroz Jelin Hazırlanması Kullanılan malzemeler Agaroz 50ml %1'lik TBE(tris borat) tamponu 54gr Tris-base 27,5gr Borik asit 20ml 0,5M EDTA pH=8 Üzeri 1lt distile su ile tamamlanır. Agaroz yükleme boyası %0,15 Bromfenol mavisi %30 Sukroz Etidyum bromür

Uygulanması Agaroz, TBE tamponu içersinde ısıtılarak çözünür. Etidyum bromür eklenir. Jel kasete dökülür tarak konarak polimerleşmesi beklenir. (Hava kabarcığı olmamasına dikkat edilir.) Polimerleşmeden sonra tarak kaldırılır. Örnek, agaroz yükleme boyası ve distile su ile karıştırılarak kuyucuklara yüklenir. Elektrik akımı verilir.(DNA için 80V)

AGAROZ JELİN UYGULANMASI

Sonuçlar

Blotting Yöntemi

Kullanılan destek materyale göre jel elektroforezi 2'ye ayrılır. Agaroz Jel Elektroforezi Poliakrilamid Jel Elektroforezi(PAGE) Metin eklemek için tıklayın

POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ (PAGE) Poliakriamid, akrilamid monomerlerinin çapraz bağlayıcı moleküller yardımıyla kovalent bağlanmasından oluşan bir polimerdir. Poliakrilamid jel genelikle %3-30 konsantrasyonlar arasında hazırlanır. Moleküler ağırlığı 5-200 kdalton arasındaki moleküleri ayırmada kullanılır. Protein, polipeptid, gen sekansı ve enzim analizleinde uygulanır.

Poliakrilamid, akrilamid monomerlerinin çapraz bağlayıcı moleküller yardımıyla kovalent bağlanmasından oluşur.

PAGE değişik şekillerde adlandırılır. Jelin biçimlerine göre Tüp jel elektroforezi Slab jel elektroforezi Jelin konumuna göre Dik jel elektroforezi Horizontal jel elektroforezi Jelin kimyasal bileşimine göre Natif jel elektroforezi SDS'li jel elektroforezi Jelin gözenek dağılımına göre Homojen jel elektroforezi Gradient jel elektroforezi Jelin türüne göre Kontinius jel elektroforezi Diskontinius (kesikli) jel elektroforezi

Poliakrilamid jelin hazırlanması Seperatör jel(ayırıcı) Stacking jel(toplayıcı) Örnek (örnek+ÖHT=5-20ul) Örnek hazırlama tamponu(ÖHT) Üst ve alt tampon Jel Boyaması (CBB, amido black, gümüş boyaması)

Jellerin Hazırlanması

Örnek hazırlama tamponu 0.5 M Tris-HCl, pH 6.8 4ml Gliserol 3,2ml %10 SDS 6,4ml 2 -mercaptoethanol 1,6ml 1% bromophenol blue 0,8ml Distile su 4ml 20ml Örnekler, örnek hazırlama tamponuyla eşit oranda karıştırılır. SDS-PAGE için örnekler önce ısıtılır, oda sıcaklığına gelince jele uygulanır.

PAGE Uygulaması Camların arasına spacer'lar yerleştirilmelidir. Seperatör jel dökülerek polimerizasyonu beklenir. Seperatör jel polimerize olduktan sonra stacking jel dökülür ve tarak yerleştirilir. Stacking jel polimerleştikten sonra tarak çıkarılır. Alt ve üst tamponlar doldurulur. Örnek ve ÖHT eşit hacimde karıştırarak kuyucuklara yüklenir. Elektrik akımı verilir.

SDS-PAGE

Jel boyaması Coomassie brillant blue Gümüş boyama Amido black Sonuçlar Jel boyaması Coomassie brillant blue Gümüş boyama Amido black

Elektroforez 2'ye ayrılır Jel Elektroforezi Kağıt ve Selüloz Asetat Elektroforezi

KAĞIT VE SELÜLOZ ASETAT ELEKTROFOREZİ Destek maddesi olarak selüloz kağıt şerit ve selüloz asetat şerit kullanılır. Küçük moleküler ağırlıklı moleküllerin MA’larının tayini, örnek karışımının saflaştırılması ve izoelektrik noktasının tayininde kullanılır. Klinik biyokimyada yaygın olarak kullanılmaktadır. Özellikle serum proteinlerinin gruplara ayrımında kullanılır.

Avantajları Aktivite boyaması için uygundur. Oldukça ucuzdur. Hazır olarak bulunur. Saydam hale getirilebilir. Protein boyası ile boyanabilir.

Uygulanması Örnek tatbikinden önce şerit tamponla ıslatılır. Şeritler iki ucu tampon çözeltisi ve iki elektrod ile temas edecek şekilde cihaza yerleştirilir. Örnek şeridin ortasına nokta yada düz bir hat şeklinde iz bırakacak şekilde uygulanır. Ayrılacak maddeye göre değişik süre (10-60dak) ve değişik voltaj (250-500V) uygulanır. Süre sonunda akım kapatılır. Örnek görünür değilse boya (CBB) ile boyanır.