Fermentasyon Lignoselülozik biyokütlenin hidrolizi ile glukoz, ksiloz, arabinoz, galaktoz ve mannoz gibi şekerler ortaya çıkar. Ama maalesef, endüstriyel etanol üretiminde kullanılan S. cerevisae anaerobik koşullarda sadece glukozu etanole metabolize edebilir. Bu sebeple, glukoza ek olarak başka şekerleri de metabolize edebilen mikroorganizmaların eldesi konusunda farklı stratejiler geliştirilmiştir.
Bu stratejiler, İyi bir etanol üreticisi fakat dar aralıktaki şekerleri kullanabilen veya zayıf bir etanol üreticisi fakat geniş aralıktaki şekerleri kullanabilen bir konukçu seçimi Bu konukçuya geniş aralıktaki şekerlerin kullanımını sağlamak ya da etanol üretimini iyileştirecek genleri içeren plazmidlerin aktarılması
Deneylerin iyileştirilmesi Genetik kararlılığın arttırılması için gerekli genlerin kromozoma entegrasyonu Etanol üretimini iyileştirmek adına, istenmeyen yan ürünlerin oluşumunu sağlayan biyosentetik yolakların inaktive edilmesi şeklinde özetlenebilir.
Bir diğer strateji, selüloz ve hemiselülozu direkt olarak metabolize edebilen organizmaların geliştirilmesidir. Bu şekilde enzim ile hidroliz basamağı elimine edilmiş olur. Bu yöntem lignoselülozik hammaddeden etanol üretimi için geliştirilen en son teknolojidir. Bu sebeple diğer stratejiler kadar gelişmiş değildir.
İyi bir etanol üreticisi mikroorganizmanın sahip olması gereken özellikler: Çok tipte biyokütleden elde edilen şekerleri etanole dönüştürebilmeli Pretreatment (ön işlem) sırasında oluşan inhibitör bileşiklere tolerans gösterebilmeli Pahalı besin maddelerine gereksinim duymamalı Düşük pH ve yüksek sıcaklıklar gibi istenmeyen koşullarda bile yüksek gelişme hızı ve etanol üretim kapasitesine sahip olmalı.