MİKROORGANİZMALARIN BESLENME VE GELİŞME KOŞULLARI   Mikroorganizmalarda Beslenme Mikroorganizmaların yaşamlarını sürdürebilmeleri ve çoğalabilmeleri için besin maddelerine ihtiyaçları bulunmaktadır. Bir mikroorganizmanın dış ortamdan aldığı tüm kimyasal maddeler onun besin maddelerini oluşturur. Kimyasal maddelerin oksitlenerek parçalanması ile enerji açığa çıkar ve bu enerji hücrede çeşitli amaçlar için kullanılır. Kullanılan enerjinin kaynağına göre mikroorganizmalar şu şekilde sınıflandırılabilir. 1. Fototrof mikroorganizmalar: Enerji kaynağı olarak güneş ışığı kullanan mikroorganizmalardır. 2. Kemotrof mikroorganizmalar: Enerji kaynağı olarak kimyasal maddeleri kullanan mikroorganizmalardır.

Kemotrofik mikroorganizmalar besin maddesi olarak kullandıkları kimyasal maddenin organik yada inorganik oluşuna göre farklı isimler alır. Litotrof mikroorganizmalar: Enerji kaynağı olarak inorganik bileşikleri kullanan mikroorganizmalardır. Örnek; Elektron veya H vericisi amonyak(NH3), hidrojen sülfür (H2S), kükürt(S), H, nitrit(NO2) gibi inorganik bir bileşiktir. 2. Organotrof mikroorganizmalar: Organik bileşikleri enerji kaynağı olarak kullanırlar. Mikroorganizmaların bir çoğu enerji kaynağı olarak organik bileşikleri kullanırlar. Örnek; protein, karbonhidrat ve yağlar.

  Organizmaların enerji sağlayabilmesi, hücre bileşenlerini yapabilmesi, gelişmesi, çoğalması ve yaşayabilmesi için beslenmesi ve bu nedenle de çeşitli gıda maddelerini alması gereklidir. Bütün organizmalar besinlerini bulundukları ortamdan sıvı veya katı parçacıklar halinde alırlar. Besin maddeleri iki büyük sınıf içinde toplanırlar: 1. Makrobesinler, çok miktarda gereksinim duyulan maddelerdir. 2. Mikrobesinler, az miktarlarda gereksinim duyulan maddelerdir.

Besin Maddeleri   Hücre esas olarak karbon, oksijen, hidrojen ve nitrojen olmak üzere dört tip element içermektedir. Bunlara ilave olarak, miktar olarak daha az ancak fonksiyon olarak daha önemli olan elementler de hücrede bulunmaktadır. Bunlar; fosfor, kalsiyum, magnezyum, sülfür, demir, çinko, manganez, bakır, molibden ve kobalttır. Hücre ağırlığının % 70-80 gibi büyük bir kısmını su teşkil etmektedir. Bu nedenle de mikroorganizmaların suya gereksinimi fazladır.

Gelişme Faktörleri   Gelişme faktörleri, mikroorganizmaların çoğalabilmeleri için az miktarda mutlaka gerekli olan, ancak mikroorganizma tarafından sentezlenmeyen organik maddelerdir. Bunlar vitaminler (biotin, tiamin, riboflavin, pridoksin, nikotinik asit, pantotenik asit, folik asit vb.), amino asitler, pürinler, pirimidinler, yağ asitleri gibi maddelerdir. Bazı mikroorganizmalar hiç bir gelişme faktörüne gereksinme göstermezler. Bu mikroorganizmalar basit maddelerden gelişme faktörlerini sentezleyebilirler. Ancak sentezini yapamadığı gelişme faktörünü dışardan almak zorundadır. Gelişmeleri, gelişme faktörlerine bağlı olan mikroorganizmalar okzotrof (tiyamin okzotrof, lösin okzotrof gibi) olarak isimlendirilir. Gelişmeleri gelişme faktörüne bağlı olmayanlara ise prototrof adı verilmektedir.

GELİŞMEYE ETKİ EDEN ÇEVRE FAKTÖRLERİ   Mikroorganizmaların gelişmeleri üzerine birçok fiziksel ve kimyasal faktör etki yapmaktadır: 1- pH Mikroorganizmalar gelişebilmek için belli pH’lara gereksinim duyarlar . Her türün gelişebildiği bir pH değeri vardır. Düşük pH değerlerinde gelişebilen mikroorganizmalar asidofiller olarak isimlendirilir. Asidofiller için optimum pH 1 - 5,5 arasındadır. 5,5 - 8,0 pH değerlerinde gelişebilen mikroorganizmalar nötrofillerdir ve bunların optimum pH aralığı 5,5 ile 8 arasındadır. 10-11 gibi yüksek pH değerlerinde gelişebilen mikroorganizmalara ise alkalinofilik adı verilir.

2- Sıcaklık Sıcaklık mikroorganizmaların canlılığının devamı ve gelişme için önemli faktörlerden biridir. Sıcaklık arttığında hücre içerisinde meydana gelen kimyasal ve enzimatik reaksiyonlar hızlanır ve buna bağlı olarak büyüme de hızlanır. Ancak, belli sıcaklıkların üzerindeki çok yüksek sıcaklıklarda proteinler, nükleik asitler ve diğer hücre komponentleri zarar görür. Mikroorganizmalar belirli sıcaklık dereceleri arasında çoğalabilirler. Mikroorganizmalar en iyi üreyebildikleri sıcaklık derecelerine göre 3 gruba ayrılmışlardır.  

a- Psikrofil (Soğuk seven) Mikroorganizmalar Bu gruba daha çok nehir, deniz ve göllerde ile kutuplarda yaşayan mikroorganizmalar girer. Bu grupta yer alan mikroorganizmalar 20 °C altında geliştiklerinden genel olarak soğuk seven mikroorganizmalar olarak değerlendirilir. Psikrofil mikroorganizmaların geliştikleri sıcaklık dereceleri; minimum 0 °C; optimum 15 °C, maksimum 20 °C’dir. Psikrofillerin 30°C’ nin üzerindeki sıcaklıklarda protein ve diğer önemli madde sentezlerinin durmasıyla ölüm başlar.

b- Mezofil Mikroorganizmalar Patojen mikroorganizmaların çoğu ve bazı saprofit mikroorganizmalar bu gruba girer. En iyi gelişme sıcaklığı 25-45 °C arasında olan mikroorganizmalardır (saprofitler için 25-35°C). İnsan patojenleri bakteriler genellikle bu grupta yer alır. Mezofil mikroorganizmalar düşük ve yüksek sıcaklıktaki davranışlarına göre psikrotrofik ve termodürik olmak üzere 2 gruba ayrılır. Düşük sıcaklık derecelerine toleranslı mezofilik mikroorganizmalar psikrotolerant (fakültatif psikrofil=psikrotrof) olarak isimlendirilir. Kısa süreli ısıl işlemlere dayanıklı mezofilik mikroorganizmalara ise termodürik mikroorganizmalar denilmektedir.

c- Termofil (sıcak seven ) Mikroorganizmalar Bunlar yüksek sıcaklıklarda gelişen ve canlı kalan organizmalardır. Termofil mikroorganizmaların geliştikleri sıcaklık dereceleri; minimum 35-45°C; optimum 45-55 °C, maksimum 60-90 °C’dir.   Ekstrem Termofiller: Optimum sıcaklık isteği 70-75°C, ve 90-98°C de gelişebilen mikroorganizmalar ekstrem termofillerdir. 80 °C’ nin üzerinde optimum gelişen mikroorganizmalar hipertermofil olarak isimlendirilir. Bir çok sıcak su kaynağı 150-500 °C ye erişebilir. Okyanus diplerindeki jeotermal akıntıları 350 °C ve daha yüksektir. Buralarda sıklıkla hipertermofilik kemoorganotroflar ve kemolitotroflar gelişir.

3- Oksijen (O2) Mikroorganizmaların oksijen ihtiyaçları farklıdır. Bazı mikroorganizmalar gelişmeleri için oksijene ihtiyaç duyarken bazılarıda oksijenin ortamda bulunmasını istemezler. Mikroorganizmaların oksijen istekleri dikkate alındığında 5 grup içinde incelenebilir; Obligat (zorunlu) Aerob Mikroorganizmalar Bunlar beslenebilmeleri ve üreyebilmeleri için mutlaka havanın serbest oksijenine ihtiyaç gösterirler. Fakültatif Anaerob Mikroorganizmalar Oksijenli ve oksijensiz ortamda bu mikroorganizmalar yaşamlarını sürdürebilirler. Mikroaerofil Mikroorganizmalar Çoğalabilmeleri için az miktarda oksijene ihtiyaç gösteren mikroorganizmalardır. Mikroaerofil mikroorganizmalar iyi bir gelişme için % 5-6 gibi düşük oksijen miktarına ve % 8-10 CO2’ e gereksinim duyarlar. Aerotolerant Mikroorganizmalar Aerotolerant mikroorganizmalar oksijen kullanmazlar ve oksijenden zarar da görmezler. Obligat (zorunlu) Anaerob Mikroorganizmalar Obligat anaerobların oksijene hassasiyetleri değişir. Bu gruba giren mikroorganizmalar ortamda serbest oksijen bulunmadığı zaman üreyebilirler. Oksijenli ortamda üreyemezler. Bu tip mikroorganizmalara oksijen toksik etki yapar.

4- Ozmatik Basınç ve Su Aktivitesi Mikroorganizmalar da bütün canlılar gibi yaşabilmeleri için suya ihtiyaç gösterirler. Besin maddelerinin hücre içine alınmasında, metabolik olayların sürdürülmesinde, metabolizma atıklarının atılmasında , çoğalmada suyun birçok görevleri vardır.   Mikroorganizmaların su ihtiyacı, kullanılabilir su veya su aktivitesi (Aw) terimi ile ifade edilir. Su aktivitesi, çözeltinin buhar basıncının, aynı sıcaklıktaki saf suyun buhar basıncına oranıdır. Su aktivitesi 0 ile 1 arasında değişir. Saf suyun su aktivitesi(Aw) 1.0’dır. Su aktivitesi değeri, mikroorganizmaların gelişmeleri üzerine en önemli faktörlerden biridir. Su aktivitesi düştükçe mikroorganizma aktivitesi azalır. Mikroorganizmanın bulunduğu çevrenin suyu uçurularak, kurutularak, ortama şeker ve tuz gibi maddeler ilave edilerek su aktivitesi düşürülür. Ortama ilave edilen şeker ve tuz serbest suyu tutar ve ayrıca hücre içinin suyunu dışarı çıkararak mikroorganizmanın faaliyetini engellerler.

Gıdalarda bozulmaya neden olan bakterilerin çoğu 0,91 değerinin altındaki Aw’de gelişemezken, bozulmaya neden olan küfler 0,80 olan Aw değerinde de üreyemezler. Patojen bakterilerin su aktivite değerleri ise 0,98 gibi yüksek bir değerdir. Ancak bakteri sporları kuraklığa çok fazla dayanıklılık gösterir.   Bazı mikroorganizmalar düşük Aw değerlerinde daha iyi ürerler ve halofilik, ozmofilik ve kserofilik olarak tanımlanırlar. Halotolerant (halofil): Yüksek tuz konsantrasyonunda üreyebilme özelliği Ozmotolerant (Ozmofil): Yüksek konsantrasyonda iyonize olmamış organik maddelerin(şeker gibi) varlığında üreyebilme özelliği Kserotolerant (Kserofil): Kuru ortamlarda üreyebilme özelliği.

5- Karbondioksit (CO2) Ototrof mikroorganizmalar karbon kaynağı olarak karbondioksite ihtiyaç gösterirler. Bunun yanında heterotrof mikroorganizmalar çoğalmaya başlayabilmek için az miktarda karbondioksite ihtiyaç gösterirler. Heterotrof mikroorganizmalar için havadaki karbondioksit yeterlidir.   6- Yüzey Gerilimi Mikroorganizmaların içinde bulundukları sıvı ile, kendi hücrelerinin yüzeyi arasında moleküler bir gerilim vardır. Bu gerilimin dengede olması gerekmektedir. Bu denge sağlanamazsa hücreye madde giriş ve çıkışları engelleneceğinden hücre beslenemez. 7- Oksidasyon-Redüksiyon Potansiyeli Oksidasyon-redüksiyon potansiyeli elektriksel bir olaydır. Mikroorganizmaların beslendikleri ortamda bulunan ve elektron aktarımına dayanan bir güçtür. Elektronların bir maddeden diğer bir maddeye geçişi ile iki madde arasında potansiyel bir fark meydana gelir. Bu sistem O/ R potansiyeli, Eh sembolü ile ifade edilir. Genel olarak aerop mikroorganizmalar, serbest oksijeni kullanabildiklerinden Eh+, anaeroplar serbest oksijeni kullanmadıklarından ise Eh-’tir.

8- Işık Fotosentetik bakteriler ve mavi-yeşil algler fotosentez yapabilmek için ışığa gereksinim duyarlar. Işık enerjisi fotosentez pigmentleri yoluyla kimyasal enerji halinde depo edilir. Fotosentezle üretilen maddelerin bir kısmı yapı maddesi olarak, bir kısmı da enerji eldesinde kullanılır. Güneş enerjisi bazı bakterilere ise öldürücü etkide bulunur.   9- Tuz Denizlerde yaşayan mikroorganizmalar belli yoğunlukta tuza gereksinim gösterirler. Yüksek tuzlu ortamlarda yaşayan mikroorganizmalara halofiller adı verilir. Bu mikroorganizmalardan bir kısmı çok tuzlu ortamlarda yaşarlar ki bunlara ekstrem halofiller (zorunlu halofilik) adı verilir. Bunların optimum gelişimi için % 15-30 tuz gerekir, örneğin Halobacterium. 10- Basınç Derin deniz ve okyanuslarda yaşayan mikroorganizmalar yüksek hidrostatik basıncın etkisi altındadır. Yüksek basınç altında yaşayan mikroorganizmalara barofilik mikroorganizmalar adı verilir. Bu mikroorganizmalar ancak basınç uygulanan ortamlarda gelişebilir.

GIDA VE MİKROORGANİZMALAR   Gıdalarda Mikrobiyel Aktivite Doğada mikroorganizmalar, bitki ve hayvanlar arasında doğal ve sürekli bir etkileşim vardır. Mikroorganizmalar insan gıdasını oluşturan bitkisel ve hayvansal kaynaklı gıda maddelerini kullanarak varlıklarını sürdürür. Gıdaların içeriğini proteinler, yağlar, karbonhidratlar, vitamin ve mineraller ve su gibi değişik besin öğeleri oluşturur. Bu besin öğeleri nedeniyle gıdaların çoğu mikrobiyal gelişme için mükemmel bir ortam oluşturur. Mikroorganizmaların enzimatik faaliyetleri sonucu çeşitli besin maddelerinin yıkımı ve yeni metabolitlerin üretimi gıdalarda arzu edilmeyen tat ve koku oluşumuna neden olur. Mikroorganizmaların asıl işlevi kendi nesillerini ve yaşamlarını devam ettirmektir. Bu amacı gerçekleştirmek için aşağıdaki temel reaksiyonu yürütürler. Tüm organik bileşikler → Hücre yapıları+ Enerji + İnorganik bileşikler

  Gıdalarda bulunan mikroorganizmalar aktivitelerine göre;  Bozulmaya neden olan saprofit(çürükçül) mikroorganizmalar,  Gıda zehirlenmesi ve enfeksiyonlara neden olan patojen mikroorganizmalar,  Fermente gıdaların üretiminde rol oynayan yararlı mikroorganizmalar olarak adlandırılır

Gıdalarda Mikrobiyolojik Bozulma   Bir gıdanın bozulması ham maddenin temini, taşınması, işlenmesi ve depolanması sırasında mikroorganizmaların gelişerek yüksek sayılara ulaşabileceği bir ortam oluştuğunun göstergesidir. Eğer bu arada gıdaya patojen bir mikroorganizma bulaşmışsa tehlikeli sayılara ulaşabilir. Bu da insanlarda çeşitli enfeksiyon hastalıklara veya gıda intoksikasyonlarına neden olabilir. Gıdalarda bozulmaya neden olan mikroorganizmalar gıdaları besin ve enerji kaynağı olarak kullanır. Mikroorganizmaların ürettiği çeşitli hidrolitik ekzoenzimler besinin yapısını bozar. (Tablo)

Gıdaların yapısında bulunan proteinler, karbonhidratlar, organik asitler, yağlar ve pektin bileşikleri gibi ana grupların yıkıma uğratılması sonucu açığa çıkan başlıca ürünler ve tipik bozulmalar şu şekildedir;   Gıdalarda bulunan azotun büyük bölümü proteinlerin yapısında yer alır. Protein hidrolizi sonucu oluşan peptitler gıdada acı lezzet oluşmasına neden olur. Birçok gıdada özellikle proteinlerin anaerobik yıkımı sonucu kötü kokulu (hidrojen sülfür, amonyak, merkaptan, metil ve etil sülfit vb) istenmeyen ürünler oluşur. Aminoasitlerin mikroorganizmalar tarafından yıkıma uğratılması sonucu NH3, amin bileşikleri, primer alkoller ve CO2 açığa çıkar.

Mikroorganizmalar için azot içermeyen en önemli besin kaynakları karbonhidratlar, organik asitler, aldehitler, ketonlar, alkoller ve yağlardır. Mikroorganizmalar karbonhidratları enerji kaynağı olarak kullanırlar. Karbonhidratlar basit şekerlere hidroliz edildikten sonra karbon ve enerji kaynağı olarak kullanılır. Gıdalarda bulunan birçok organik asit veya organik asit tuzları bazı aerobik mikroorganizmalar tarafından yıkıma uğratılarak karbondioksit ve suya oksitlenir. Gıdalarda bulunan yağlar mikrobiyal lipaz enzimlerinin katalitik etkisiyle gliserol ve yağ asitlerine parçalanır ve acılaşma meydana gelir.  

Gıdaların Mikroorganizmalar ile Kontaminasyon Kaynakları   Bir gıdanın mikrobiyel florası, hem üretimde kullanılan materyaller üzerinde bulunan mikroorganizmalardan hem de ellerden ve uygulanan işlemler esnasında oluşan bulaşmalardan meydana gelmektedir. Sağlam meyve sebzelerin ve hayvanların iç dokuları esasen sterildir. Gıdalar sonradan işlemler esnasında farklı tip mayalar, küfler, bakteriler, virüsler gibi mikroorganizmalarla ve toksinleriyle bulaşırlar. Gıdalardaki mikroorganizma bulaşma kaynaklarının bilinmesi, bu bulaşmaları engellemek açısından önemlidir. Gıdalardaki mikrobiyel bulaşma kaynakları; Toprak Su Hava Hayvanlar Bitkiler İnsanlar Kanalizasyon Ekipmanlar Katkı maddeleri Ambalajlama

Toprak Toprak birçok mikroorganizmanın doğal ortamıdır. Mikrobiyal yoğunluk toprağın yüzeyine yakın kısımlarda daha yüksek olur ve derinlere indikçe azalır. Özellikle tarım ve hayvan beslenmesinde kullanılan arazilerde toprak değişik mikroorganizmaları fazla miktarda içerebilir. Çünkü mikroorganizmalar toprakta çoğalabilir. Küf, maya ve bakteri cinsleri topraktan gıdaya bulaşabilir. Fekal materyalle bulaşmış toprak, gıda için virüs ve enterik patojen bakteri(enterik bakteriler; şekerleri fermente eden, çoğu hastalık kaynağı olan ve genellikle sıcak kanlı hayvanların bağırsak sisteminde bulunan bakterilerdir) kaynağı olabilir. Toprak bulaşmasını önlemek bu kaynaklardan gıdalara gelen mikroorganizmaları azaltmak için önemlidir.

Mikrobiyal sayılar, kumsal ve çöl toprağında birkaç mikroorganizmadan ibaretken verimli bir toprakta 1010 koloni oluşturan birim(kob) /g gibi yüksek bir sayıya ulaşabilmektedir. Bacillus, Clostridium sporları toprakta oldukça yaygın olarak bulunmaktadır. Bunun dışında gıdalarda yaygın bir şekilde bulunan Acinetobacter, Alcaligenes, Arthrobacter, Bacillus, Clostridium, Corynebacterium, Flavobacterium, Micrococcus, Pseudomonas ve Streptomyces cinslerinin türleri toprakta da bulunurlar. Topraktaki mikroorganizmalar, ya ürünlere doğrudan temas ederek yada yumru veya kökleriyle bulaşabilirler. Aynı zamanda rüzgar aracılığıyla sıçrayan çamurlarla, toprak yüzeyine yakın yetişen çilek, fasulye, lahana, bezelye gibi gıdalara bulaşabilirler. Mekanik yolla yapılan hasat da sebze ve meyvelerin üzerindeki toprak miktarını attırmaktadır.

2. Su Su, gıdalara mikrobiyal bir bulaşma kaynağıdır. Yağmur suyu, havadan yıkanan mikroorganizmaları içerir. Su aracılığı ile mikroorganizmalar daha uzağa taşınabilirler. Dışkılar ve lağım suyu gibi atıkların suya atılması sonucu enterik bakteriler sulara ve içme suyu kaynaklarına bulaşır. Sularda bulunabilen önemli bakteri cinsleri şunlardır: Pseudomonas, Flavobacterium, Micrococcus, Bacillus, Aeromonas, Streptococcus, Acinetobacter, Klebsiella. E. coli ve fekal koliform suyun fekal kirliliğinin bir indikatörü olarak kullanılır. Su gıdaların üretimi, hasatı ve işlenmesi aşamalarında kullanılır. Eğer patojen mikroorganizmalarla bulaşmış su, sulama amacıyla kullanılırsa başta meyve sebzeler olmak üzere çeşitli gıdalarda potansiyel sağlık tehlikeleri oluşur. Sudaki mikroorganizmalar deniz ürünlerinin kabuk, bağırsak, solungaç ve yüzeylerine bulaşır. Balıklarda fekal koliformların bulunması onların bulunduğu suların kirli olduğunun bir göstergesidir.

3. Hava Havanın doğal ve normal bir mikroflorası yoktur. Genellikle havada, küf sporları diğer mikroorganizmalara göre daha yaygındır. Mikroorganizmaların özellikle de küf sporlarının başlıca kaynağı, rüzgar yardımıyla havaya bulaşan toprak yüzeyindeki çürük bitkisel materyallerdir. Küf sporlarının yanında havada mayalar da vardır. Havadaki mikroorganizmaların türleri o alanda yapılan faaliyetle de yakından ilgilidir. Örneğin streptokoklar süt, ekmek ve bira fabrikalarının olduğu alanlarda bulunurlar. Bir gıda işleme fabrikasının bulunduğu alandaki havanın mikrobiyal florası, o fabrikanın sanitasyon koşullarının göstergesidir.

İnsanlar da hava için mikroorganizma kaynağıdır İnsanlar da hava için mikroorganizma kaynağıdır. Çünkü öksürürken, konuşurken ve hapşırırken aerosollerle milyonlarca mikroorganizma havaya bulaşır. Havadaki mikroorganizmların kalış süresi ve miktarı sıcaklık, hava akımı gibi şartlara bağlıdır. Havadaki mikrobiyal yük yaz mevsiminde kış mevsimine göre daha fazladır. Bunun dışında kara parçalarındaki atmosfer okyanus atmosferine göre daha fazla mikroorganizma barındırır. Havadaki mikroorganizmaların canlılığı nem, sıcaklık, ultraviyole ışınlar, kimyasal maddeler vb. etkenlere bağlıdır. Bakteri ve küf sporları vejetatif hücrelere göre hava koşullarına daha dayanıklıdır. Bir alandaki havanın mikrobiyal yükünü azaltmak amacıyla temiz alandaki havanın kirli alana akımı sağlanabilir. Üretim alanlarında dışarıdan oluşabilecek mikrobiyal bulaşmalara karşı pozitif hava basıncı kullanılmaktadır. Bu sayede çalışma ortamının kapısı açıldığında içerdeki hava dışarı çıkar; dışarıdaki hava içeri giremez.

4. Hayvanlar Hayvanlar, gıda bozulmalarına ve gıda hastalıklarına neden olan mikroorganizmaları barındırırlar. Mikroorganizmalar hayvanların sindirim sistemi, burun boşluğu, derileri, ayakları, kılları, tüyleri ve dış yüzeylerinde bulunurlar. Çoğu kas dokusu, canlı ve sağlıklı hayvanlarda aslında sterildir. Hastalık durumunda veya kesimden sonra kas dokularına mikroorganizmalar bulaşır. Buzdolabında sığır etinde gelişen mikrobiyal flora deriden, kıldan ve hayvanların ayaklarından bulaşan toprak mikroorganizmalarıdır. Hayvan derisinin her cm2’de 103 ile 109’dan fazla mikroorganizma bulunur ve bu mikroorganizmalar proses boyunca karkasın yenilebilir kısımlarına bulaşabilir. İnsan ve hayvanların bağırsak florasında baskın olan mikroorganizmalar Bacteroides ve Peptostreptococcus gibi zorunlu anaeroblardır. Fakültatif anaeroblar ise çoğunlukla koliform, Enterococcus ve Lactobacillus türlerini içerir. İnsan patojeni olan Salmonella ise hem insan hem de hayvan bağırsağında bulunabilir. Mayalar ve virüsler de bağırsaklarda bulunabilirler. Mikroorganizmaların bağırsak duvarının içinden diğer organlara ve dokulara geçme ihtimali vardır.

5. Bitkiler Bitkilere mikroorganizmalar birçok kaynaktan bulaşır. Bulaşan mikroorganizmalar bitkinin yüzeyinde gelişir ve yayılır. Bitki yüzeyindeki mikroflora, bitki çeşidine göre farlılık gösterir. Pseudomonas türleri, sebzelerde (domates, turp, kereviz, havuç, lahana, salatalık, soğan, marul gibi) yaygın olarak bulunur. Meyve çiçekleri askospor biçiminde Saccharomyces ve Hansenula mayaları içerir. Görünüşü sağlıklı salatalıkların iç kısmında bakteri bulunabilir. Proteus, Citrobacter, Enterobacter gibi bakterilere salatalıklarda rastlanabilir.

6. İnsanlar Vücudun çeşitli yerlerinde mikroorganizmaların sayısı ve tipinde farklılıklar bulunur. Ciltte baskın olan bakteriler Staphylococcus, Corynebacterium ve Propionibacteria’dır. Ayrıca Micrococcus, Bacillus, Alcaligenes, Pseudomonas, Enterobacter, Klebsiella, Proteus, Escherichia ve Citrobacter türleri de bulunabilir. S. aureus ellerde ve yüzde, vücudun diğer bölümlerinden daha fazla bulunur. İnsanlar yüz ve burunlarıyla temas ettiklerinde yayılırlar. S. aureus ayrıca akne, sivilce, çıban gibi enfeksiyonlara neden olur. Sağlıklı kişilerin bağırsaklarının mikroorganizma içeriği çoğunlukla anaerobik bakteriler, koliform grubu bakteriler, Enterococcus’lar ve Staphylococcuslardır. İnsanlar patojenik mikroorganizma taşıyıcısı olduklarından, gıdaların hazırlanmasın tehlike oluştururlar. Birçok mikroorganizma çalışanların ellerinden gıdaya bulaşmaktadır.

Ellerde fazla sayıda bakteri bulunur Ellerde fazla sayıda bakteri bulunur. Çoğunlukla elde çoğalmazlar aksine ölürler. Bu geçici bakteriler ellerin dokunulduğu yüzeylerden ve çiğ gıdalardan bulaşırlar. Saçlar potansiyel bir mikroorganizma kaynağıdır. Saçlar mikroorganizmaları saklar ve yayarlar. Sakal ve bıyık, el aracılığıyla gıda üretilen yerlerde mikroorganizma kaynağı haline gelebilirler. Saç, sakal, vb. sabun ve su ile yıkanması sadece mikroorganizma yükünü azaltır. Aynı şekilde giysilerin yıkanması da sadece mikroorganizma sayısını azaltır. Mikroorganizmalar sentetik maddeler de pamuklu ürünlerden daha uzun süre yaşayabilirler. Yıkama esnasında mikroorganizmalar bir çamaşırdan diğerine kolaylıkla taşınabilir.

7. Kanalizasyon Patojen mikroorganizmalar toprağa bulaştığında uzun süre canlı kalabilir ve gıdalara bulaşabilirler. Kırsal bölgelerde kanalizasyon sistemi iyi olmadığı için toprağa bulaşma olur. Gübre olarak kullanılan hayvan dışkısı ve lağım suları meyve sebzeler için önemli mikroorganizma kaynaklarıdır. 8. Ekipmanlar Gıda işletmelerinde çeşitli proses aşamalarında bıçak, testere, kaplar, makineler vb. malzemeler kullanılmaktadır. Metal malzemelerde mikroorganizma üremesi olmamasına karşın, üretimde kullanılan araç gereçlerin yüzeyinde kalan gıda atıkları mikroorganizmaların çoğalmasını sağlar ve bu sayede üretilecek gıdalara da mikroorganizma bulaşması olur. Bu nedenle işletmelerde kullanılan gıda işleme malzemelerinin mutlaka etkin bir şekilde temizlenmesi ve dezenfekte edilmesi gerekmektedir.

9. Katkı Maddeleri Katkı maddeleri, gıdanın küçük bir kısmını oluşturmalarına rağmen, yüksek sayıda mikroorganizma taşıyabilirler. Bu nedenle katkı maddelerinin mikrobiyolojik yükünün kabul edilebilir sınırda olup olmadığının kontrol edilmesi gerekir. Baharatlar ve lezzet maddeleri mikroorganizmaların önemli kaynağıdırlar. Baharatlar 108 kob/g’dan daha fazla aerobik bakteri ile mikotoksin üreten küfleri içerebilmektedirler. Şekerleme maddelerinin ozmofilik mayalarla bulaşma kaynakları kabuklu yemişler, meyveler, çikolata, un veya tatlandırıcı şuruplardır. Fırın ürünlerinde hamura katılan katkı maddeleri mikroorganizma kaynağı olabilmektedir. 10. Ambalajlama Ambalajlama potansiyel bir mikrobiyal bulaşma kaynağıdır. Plastik materyaller birçok gıda ürününün ambalajlanmasında kullanılır. Üretildiklerinde steril olmalarına rağmen daha sonra toz ve mikroorganizma ile bulaşan bu materyaller gıda için risk oluşturabilmektedirler.