LEVİNTHAL’IN PARADOKSU Allerton House ILLINOIS, A.B.D
LEVİNTHAL’IN PARADOKSU
PROTEİN KATLANMASI protein katlanmasının simülasyonu Aşağıdaki simülasyonlar izlenmelidir. http://www.youtube.com/watch?v=gFcp2Xpd29I http://www.youtube.com/watch?v=fvBO3TqJ6F http://www.youtube.com/watch?v=meNEUTn9Atg http://www.youtube.com/watch?v=sD6vyfTtE4U
PROTEİN KATLANMASI “Herkes naapacağını biliyor gibi” “Belli bir aşamaya geldikten sonra devam etmiyor” “Ne kadar karmaşık gibi görünse de bir plana göre ilerliyor sanki” “Karınca yuvası ya da arı kovanı gibi”
LEVINTHAL’IN PARADOKS PROTEİN KATLANMASI DÜŞÜNCE DENEYİ Cyrus Levinthal 1969 katlanmamış polipeptit zincirinde çok büyük sayıda alternatif 3 boyutlu yapı (3B) oluşma ihtimali var 100 aa’lik bir polipeptit 99 peptit bağı 188 farklı phi ve psi bağ açısı 3 farklı bağ açısı farzedersek 3198 farklı 3B yapı oluşur bir yapının 10-13 saniyede oluştuğunu varsay 3198 x 10-13
LEVINTHAL’IN PARADOKS Evrenin yaşından daha büyük bir zamana ihtiyaç var Oysa gerçekte mili saniyede oluyor Demek ki rastgele olamaz Bir sistem olmalı Sistemi yapan olmalı Tasarımcı / Yaratıcı / Doğaüstü güç yok (?) Hem olmalı hem olmamalı = PARADOKS
LEVINTHAL’IN PARADOKS Bir maymun bilgisayarda “ben okula gidiyorum” gibi bir cümleyi ne kadar sürede yazar? Çok büyük zaman (milyonlarca yıl sürebilir) Ama eğer doğru harf doğru sıraya geldiğinde bir mekanizma onu tutsa diğer harfleri tutmasa binlerce yıla kadar düşebilir “doğru harfin doğru sırada olduğunu” bilen mekanizma nasıl oluştu?
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler Tekrar incelendi ve reddedildi
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler Paradoks maradoks yok aslında, sadece Levinthal rastgele arama diye gerçek dışı bir varsayım yapmış.
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler Bölgesel etkileşimlerin hızlı oluşumuyla yönlendirilen tercihi yollar olmak zorunda.
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler Klavuz etkileşimlere aslında klavuz kuvvetler demek lazım
LEVINTHAL’IN PARADOKS Güncel görüşler Peki nedi bu kuvvetler? Şu an biliyoruz ki bu kuvvetler SU, ya da solventin tetiklediği protein iskelet ve yan gruplarının hidrofobik gruplarıdır.