GENOMİK
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 2018-2019 Bahar yarı yılı Dr. Yılmaz Kaya 18.02.2019 25.02.2019
İçindekiler Genomik Genomiklerin Sınıflandırılması Yapısal genomik 2.1.1.Genom haritalaması 2.1.1.1. Genetik haritalaması 2.1.1.2. Fiziksel haritalaması 2.1.1.3. Fiziksel haritalama yöntemleri 2.1.1.4. DNA dizi analizi (DNA sekanslama)
2. 2. Fonksiyonel genomik 2. 2. 1. Northern blot 2. 2. 2 2.2. Fonksiyonel genomik 2.2.1. Northern blot 2.2.2. Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) 2.2.3. Mikroçip (Microarray)
Genomik sayesinde; Farklı organizmalara ait genetik bilgiler karşılaştırılabilmekte, Organizmalar arasındaki benzerlikler evrimsel düzeyde araştırılabilmekte, Organizmaların ürettikleri proteinlerin çeşitleri, sayıları ve bunların fonksiyonları hakkında bilgi sahibi olunabilmektedir
Transkriptomik, hücre genomundan transkripsiyonla oluşan mRNA transkriptlerini eş zamanlı inceleyen, ekspresyon profillerini çıkaran alt disiplindir. Bu profilleri çıkarırken yaygın olarak mikrodizin ve DNA çipleri kullanılır. Çıkarılan ekspresyon profillerine transkriptom adı verilir. Bir hücre hattı için kabaca sabit olan genomun aksine transkriptom çevredeki besin çeşidi, ısı değişiklikleri, pH değişiklikleri, diğer hücrelerden gelen sinyaller gibi çevresel faktörlerle değişebilir. Hücre içinde farklı işlevler yerine getirilirken bu işlevlerle ilişkili genlerin transkripsiyonu artacağından ve transkriptom hücre içindeki tüm mRNA’ları kapsadığından, belirli bir zamanda aktif halde bulunan genleri yansıtır. Çevresel faktörlere göre genlerin ifadelerinin değişiminin ortaya çıkarılması çevre-sistem etkileşimi açısından sistem biyolojisinin olmazsa olmazlarındandır .
DNA yerine, mRNA, viral RNA veya total RNA • RNA’nın jel üzerinde seperasyonu, filtreye transferi, spesifik probla (RNA veya DNA) hibridizasyonu ve otoradiografisi Northern Blot Hibridizasyonu... • Genlerin transkripsiyon düzeyinde iken analizlerini yapmak, doku ve organlardaki mRNA seviyesini belirlemek ve viral RNA’lar arasındaki farkın saptanmasında kullanılır.
RNA’nın izolasyonu 2. RNA’nın elektroforez ile seperasyonu 3. RNA’nın naylon membran üzerine transferi (Northern transfer) 4. İşaretli DNA veya RNA problarla hibridizasyon 5. Otoradiografi ile görüntüleme
RNA’lar DNA’dan selektif olarak lithium chloride veya sodium acetate ile presipitasyon yöntemiyle çöktürülerek ayrılır. • RNA moleküllerinin agaroz jelde separasyonundan önce RE ile kesime gerek yoktur • İstenirse mRNA veya viral RNA, reverse transkriptaz enzimi ile cDNA’ya çevrilerek Southern blotting yapılabilir.
•Her birey özel yapı taşıyor! •Yaşamın kullanım kılavuzu Genom çalışmaları neden önemli •Her birey özel yapı taşıyor! •Yaşamın kullanım kılavuzu •DNA yaşamın parmakizi! •İnsan vücudu1013 ve her hücre 6 milyar baz (A, C, G, T) taşır •Bu lisan/kod hangi proteinlerin ne zaman yapılacağını tayin eder •Bu lisan tüm organizmalarda ortaktır
Genom dizilemeleri bize bilgiler sunar; •Organizmanın yaşamı ile ilgili herşeyi •Onun gelişme programını •Hastalıklara hassasiyet ve direncini •Nasıl mücadele edebiliriz, kurtulabiliriz ve ölebiliriz? •Nerden geldik ve nereye gidiyoruz? •Maymunlar, ağaçlar ve maya birbirine ne kadar benzer?