RNA ve miRNA Merve YÜRÜK ERCİYES ÜNİVERSİTESİ PARAZİTOLOJİ AD.

Post-transkripsiyonel kontrrol mekanizması: interferens RNA

Kodlanan RNA Kodlanmayan RNA (ncRNA)

Non-Coding RNA: önceleri hurda diye bilinirdi!!!

House keeping ncRNA mRNA tRNA tmRNA snRNA Rnase P RNA gRNA vRNA MRP RNA SRP RNA

Düzenleyici ncRNA miRNA siRNA Anti-sense RNA

siRNA nedir? Küçük kodlama yapmayan , çift zincirli RNA 20-25 nt uzunluğunda 3’ uçta 2 nt’ lik çıkıntı Virüslerde bulunur, memeliler için eksojen kaynaklı Primer siRNA, sekonder siRNA, tasiRNA, natsiRNA

miRNA nedir? Küçük kodlama yapmayan , çift zincirli shRNA 19-20 nt uzunluğunda Komplementeri olan iplikle aktifleşme Omurgalı ve omurgasızlar arasında korunmuşlardır Kurt, mantar, bitki ve memeli….

miRNA ile siRNA arasındaki fark? Hairpin ssRNA dsRNA orjinli Endojen Eksojen Yerli RNA Yabancı RNA Mükemmel uyum Tam uyum Translasyonel represyon RNA kesimi

miRNA avantaj ve dezavantajları – RNA ile çalışmaya gerek yoktur – DNA taşıma ve dağıtım yöntemleri iyi bilinmektedir – Geçici veya sabit ifade – Uzun vadeli denemeler için uygun maliyetli – İndüklenebilir ekspresyon sistemleri mevcuttur – havuz taramak mümkündür Dezavantajlar: – Klonlama ve doğrulama eklemeye ihtiyaç duyar – Vektör hazırlama ve transfeksiyon deney sürecinde zaman gerektirir – genom içine entegrasyon kısımları içerir

siRNA avantaj ve dezavantajları – Kullanmak için hazır reaktifler mevcuttur,araştırmacılar için fazla zaman tutmaz,spesifik bir geni knock down etmenin en hızlı yoludur – siRNAs etiketli olabilir – genellikle oldukça kolay transfeksiyon – vektör ile sürüm yaklaşımına göre siRNA miktarının kontrolü daha doğru ve kesindir – hedef dışı ve nonspesifik etkiler minimize edilmiştir – kimyasal değişimlerle stabiliteyi arttırmak mümkündür Dezavantajları: – Daha büyük deneyler için pahalıdır – İndüklenemeyen ifade – Sadece kısa dönem, geçici knock down – Uzun süreli çalışmalar için kullanışlı değildir

Mekanizmayı uyaran nedir? Viral? siRNA Onkogenik? Epigenetik? iRNA Gelişimsel? miRNA Apoptotik?

Pri-miRNA Birincil miRNA nükleusta ifade edilir ve genellikle birkaç kb uzunluğunda, 5’ cap ve poli A kuyruğu işlenmiştir.

Nükleusta Drocha enzimi ile kesilerek 70 nt lik saç tokası transkriptleri oluşturulur.

Dicer enziminin domain yapısı

1. Nükleusta 2. sitoplasmada

Tanınmayı sağlayan uçlar

Argonaute proteininin domain yapısı N terminal, PAZ; domaini rehber zincirin 3´ ucuna bağlanmada MID; stabil olan zincirin tanınması PIWI; hedef mRNA’nın kesiminde

Argonaute proteininin domain yapısı

Gen ifadesinin engellenmesi

Sonuç olarak; RNA interferans, transkripsiyon sonrası gen ekspresyonunun susturulması/baskılanması için etkili bir metotdur. Bu mekanizma doğada var olan bir mekanizma olup, aynı zamanda moleküler biyolojide gen-protein işlevi analizinde, fonksiyonel genomik araştırmalarında ve Gen tedavisinde geniş bir uygulama alanına sahiptir.

Teşekkürler…