Yüksek Lisans Semineri-I GEBZE YÜKSEK TEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ MÜHENDİSLİK VE FEN BİLİMLERİ FAKÜLTESİ BAKTERİLER ARASI İLETİŞİMDE . QUORUM-SENSİNG MEKANİZMASI, . AHL SİNYAL MOLEKÜLLERİ . VE İLGİLİ GENLERİN EKSPRESYONU Yüksek Lisans Semineri-I .11 SUNUM MURAT KEMAL AVCI . DANIŞMAN Prof. Dr. İ. YAVUZ SEZEN . 2005-GEBZE

www.quorumsensing.net Kasım_2005 ﻬ 1. Quorum-sensing (olayı / mekanizması / süreci) nedir ? ﻬ 2. Bu süreçte görülen aşamalar nelerdir ? ﻬ 3. Hangi moleküller kullanılır ? ﻬ 4. QS mekanizmasının çeşitleri var mıdır ? / nelerdir ? ﻬ 5. Hangi canlılarda görülür ? ﻬ 6. İlgili genlerin kontrolü nasıl yapılır ? ﻬ 7. QS ile düzenlenen davranışlar nelerdir? www.quorumsensing.net Kasım_2005 Murat Kemal AVCI_GYTE

www.quorumsensing.net Kasım_2005 1. QUORUM-SENSİNG NEDİR? Bir hücrenin, populasyondaki hücre konsantrasyonunu, ortamda biriken sinyal molekülleri aracılığıyla algılayabilmesini “quorum-sensing” terimiyle ifade ediyoruz. Quorum : Yeterli sayı Sense : Hissetmek, algılamak Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 ◊ Salgılanan molekül  autoinducer (sinyal molekülü) ◊ Algılama  türe özgü davranış Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Quorum-sensin mekanizması çalışmaz çalışır Türe özgü davranış Bakteriler tek tek bulunduğunda Bakteriler koloni halinde (-) (+) Şekil.1 : Quorum - sensing mekanizmasının meydana gelmesinde hücre yaoğunluğunun etkisi. [ (K.C. Mok et al., EMBO J. 22 (2003), pp. 870–881’e uyarlanmıştır.] Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 2. Quorum-sensin mekanizması sinyal molekülünün, 1. Sentezlemesi, 2. Salgılanması, 3. Algılanması olmak üzere üç aşamada gerçekleşir. Türe özgü davranış sergilenir (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement. Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

2. QS mekanizmasında görülen aşamalar Quorum-sensin mekanizması sinyal molekülünün, 1. Sentezlemesi, 2. Salgılanması, 3. Algılanması olmak üzere üç aşamada gerçekleşir. Türe özgü davranış sergilenir (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement. Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 3. SİNYAL MOLEKÜLLERİ Bu mekanizmada salgılanan sinyal molekülleri; Açil Homoserin Lakton (AHL) türevleri, Oligopeptitler Diğer moleküller… H OH C CH2 COOH H2N Şekil.2 : Nonprotein amino asitlerden homoserin. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Şekil.3 : Açil homoserin lakton türevleri. (Nottingham) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 3-oxo-C12-HSL C4--HSL C8-HSL 3-OH-C4-HSL C6-HSL Şekil. 4 : Autoinducer moleküllerin çeşitleri. A ) Gram negatif bakteriler tarafından kullanılan Açil homoserin laktonlar. B ) Gram pozitif bakteriler tarafından kullanılan oligopeptitler. C ) Furanonların 3(2H) sınıfına ait genel yapı. 3(2H) Furanonların LuxS proteinine bağlı bir autoinducer madde olduğu düşünülmektedir. (Schauder, S., Bassler, B.L. The Languages of Bacteria. Genes & Development 15:1468-1480) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 4. YARARLARI Quorum-sensing mekanizması Türe özgü davranışı hep birlikte sergileme, Bakterilerin davranışlarını birbirlerine göre ayarlama (zamanlama), Çevresel şartlar sık sık değiştiği için bu değişikliklere hızlı bir şekilde cevap verme imkanı sağlar. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 5. Türe özgü davranışlar Biyolüminesans, Virülans faktörlerinin salgılanması, Biyofilm oluşumu, Konjugasyon, Sporulasyon, (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Türe özgü davranışlar 1. Sporulasyon, 13. Toplu kaçış, 2. Konjugasyon, 12. Hücre bölünmesi, 3. Bakterial lipaz, 11.Antibiyotik üretimi, 4. Biyolüminesans, 10.Lag fazından çıkma, 5. Biyofilm oluşumu, 9. Nodül sayısını sınırlama, 6. Virülans faktörlerinin salgılanması, 7. Ekstrasellüler proteaz üretim 8. Ekzoemzimler, Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 6. Kimler arasında gerçekleşir Quorum-sensing iletişim mekanızması Aynı türe ait bakteriler arasında, Farklı bakteri türleri arasında, Prokaryot canlı ile ökaryot konağı arasında meydana gelebilir. (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

7.QUORUM-SENSİNG MEKANİZMALARI ☺ Üç tip mekanizma vardır:  Salgılanan moleküle ve Algılama mekanizmasına göre: 1. Lux I / Lux R sistemi (Gram (-) Bakterilerde) 2.Oligopeptit sistemi (Gram (+) Bakterilerde) 3.Hibrid sistemi (Gr (-) ve Gr (+) Bakterilerde) (Xavier, K. B., Bassler B. L., (2003) LuxS quorum sensing: more than just a numbers game. Current Opinion in Microbiology 6:191-197 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Şekil.5 : Salgılanan moleküle ve kullanılan algılama düzeneğine göre quorum-sensing mekanizmaları. A) Gram (-) bakterilerde LuxI tipi enzimler türe özgü HSL moleküllerini ( sarı küreler ) katalizler. Bu HSL’ler LuxR tipi transkripsiyonel düzenleyiciler tarafından algılanır. B) Gram (+) bakterilerde sinyal iletimi için oligopeptitlere ( yeşil dikdörtgenler ) bağlı qs mekanizması ve iki-bileşenli fosforlama zinciri kullanılır. C) Hibrit sistem. Vibrio harveyi modeli. LuxLM AI-1 sinyal moleküllerini (mavi) sentezlerken, LuxS AI-2 simyal moleküllerinin (kırmızı üçgen) sentezinde görevlidir. ♦ Luxp periplazmik AI-2 bağlanma proteinidir. ♦ Sinyal iletimi iki – bileşenli fosforlama mekanizmasıyla gerçekleşir. ♦ (b) Ve (c)’de iki bileşenli proteinlerde korunmuş fpsforlama bölgeleri H (his) ve D (Asp) ile gösterilmiştir. ♦ P, fosforilasyonu ifade eder. Gram negatif: LuxI/R Gram pozitif : oligopeptit Hibrit (Xavier, K.B. and Bassler, B.L. (2003) LuxS quorum sensing: more than just a numbers game. Curr. Opin. Microbiol. 6, 191–197) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Gram negatif: LuxI/R Hedef genler Şekil.5-A: A) Gram (-) bakterilerde LuxI tipi enzimler türe özgü HSL moleküllerini ( sarı küreler ) katalizler. Bu HSL’ler LuxR tipi transkripsiyonel düzenleyiciler tarafından algılanır. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Gram pozitif : oligopeptit V İşlenmiş peptit Hedef genler Öncül peptit lokusu Şekil.5-B: B) Gram (+) bakterilerde sinyal iletimi için oligopeptitlere (yeşil dikdörtgenler) bağlı qs mekanizması ve iki-bileşenli fosforlama zinciri kullanılır. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Hibrit sistem Şekil.5-C: C) Hibrit sistem. Vibrio harveyi modeli. LuxLM AI-1 sinyal moleküllerini (mavi) sentezlerken, LuxS AI-2 sinyal moleküllerinin (kırmızı üçgen) sentezinde görevlidir. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

8. Quorum-sensing mekanizmasını kullanan mikroorganizmalar Gr (-)  Vibrio fischeri P. aeruginosa Gr (+)  Bacillus subtilis Hibrit sistem  Vibrio harveyi Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Tablo. X :Gram negatif bakterilerde quorum-sensing özeti Sinyal molekülü Düzenleyici protein Tür Fenotip De Kievit, T.R., and Iglewski, B.h. (2000). Bacterial Quorum Sensing in Pathogenic Relationship. Infection and Immunity, 4839-4849 . Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Tablo.1 :Gram negatif bakterilerde quorum-sensing özeti Sinyal molekülü Düzenleyici protein Tür Fenotip De Kievit, T.R., and Iglewski, B.h. (2000). Bacterial Quorum Sensing in Pathogenic Relationship. Infection and Immunity, 4839-4849 . Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Tablo.2 :Gram negatif bakterilerde quorum-sensing özeti Sinyal molekülü Düzenleyici protein Tür Fenotip De Kievit, T.R., and Iglewski, B.h. (2000). Bacterial Quorum Sensing in Pathogenic Relationship. Infection and Immunity, 4839-4849 . Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Tablo.3 : Gram pozitif bakterilerde A) Quorum sensing ile düzenlenen davranışlar ve B) Salgılanan moleküller Kompetens, Spor oluşum Virülans, biyofilm oluşumu Nisin üretimi Kompetens, A) B) E : Glutamik asit, R: Arginin, T:Threonin, P: Prolin, D: Aspartik asit, Q: Glutamin, W: Triptofan, (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) dfd Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Tablo.4 : Hibrid quorum-sensing mekanizmasını kullanan türlerden(A) ve salgılanan moleküllerden bazıları(B). A) B) (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

I. Vibrio fischeri’de quorum-sensing mekanizması IŞIK b) Yüksek hücre konsantrasyonu a) Düşük hücre konsantrasyonu Şekil.6 : Vibrio fischeri’’de quorum-sensing mekanizması. a) Düşük hücre konsantrasyonunda biyolüminesans genlerinin durumu, b)Yüksek hücre konsantrasyo-nunda biyolüminesans genlerinin durumu, Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 c) b) d) Şekil.7 : A)Vibrio fischeri b) Sıvı kültürde V. Fischeri tarafındanmeydana getirilen biyolüminesans. C)V. Fischeri’nin simbiyoz olarak yaşadığı Melenocetus sp. D) Petri kabında Vibrio fischeri tarafından meydana getirilen biyolüminesans olayı Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

II. Pseudomonas aeruginosa’da quorum-sensing mekanizması P. aeruginosa ile ilgili iki farklı quorum-sensing mekanizması tanımlanmıştır: . 1. las sistemi : i. LasR (transkripsiyon faktörü) ii. LasI (AHL sentaz) ( N-3-oxo- dodecanoil–homoserin laktanın [3-oxo-C12-HSL] sentezinden sorumludur) 2. rhl sistemi : i. RhIR ii. RhII (N-bütanoil-homoserin laktan’ın [C4 - HSL] sentezinden sorumludur) Şekil.8 : P. aeruginosa Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Şekil.9 : P. aeruginosa’da quorum-sensing mekanizması. (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

III. Bacillus subtilis’te quorum-sensing mekanizması Birden fazla sinyal molekülüne eş zamanlı cevap veren mekanizmaları kullanır. 4 ihtimal vardır: 1. Her iki sinyal molekülü var (AI1 ve AI2) 2. Sadece AI1 var 3. Sadece AI2 var 4. İki sinyal molekülüde yok Şekil.10 : Bacillus subtilis Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Şekil.11 : Bacillus subtilis’ te quorum sensing mekanizması. (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

Vibrio harveyi’de Quorum-sensing Mekanizması Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Şekil.12 : V. harveyi’de quorum sensing mekanizması. (Henke,J.M., Bassler, B.L. (2004) Bacterial Social Engagement Trends in Cell Bio. Vol14 No:11 ) Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

GELECEKTEKİ ARAŞTIRMALAR Biyoteknolojik araştırmalar, yapı olarak sinyal molekülleri ile ilişkili moleküllerin geliştirilmesi üzerine odaklanmış durumdadır. Bu tip moleküller, virülansını qs mekanizmasıyla kontrol eden bakteriler üzerinde antimikrobiyal ilaç olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Çeşitli bakterilerdeki sinyal moleküllerinin üretiminde ve algılanmasında görevli olan enzimlerin yeni antimikrobiyal ilaçların üretimi için kullanılması düşünülmektedir.. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Faydalı qs mekanizmalarını kullanmak için düzenlenen biyoteknolojik yöntemlerle, antibiyotik gibi doğal ürünlerin endüstriyel olarak üretimi sağlanabilir. Bitkilerdeki bazı AHL’lerin üretimi sayesinde gelecekte tahıl üretimini arttırmak amacıyla bitki-mikrop etkileşimine dışarıdan müdahale ederek bitki hastalıkları kontrol edilebilir. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Sadece yeterli sayıya ihtiyacım var. Sinyal vermeliyim. YARDIM EDİİİİİİİİİİİNNN… Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Teşekkürler… Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 REFERANSLAR 1. Miller, M.B. and Bassler, B.L. (2001) Quorum sensing in bacteria. Annu. Rev. Microbiol. 55, 165–199. 2. Engebrecht, J. et al. (1983) Bacterial bioluminescence: isolation and genetic analysis of functions from Vibrio fischeri. Cell 32, 773–781. 3. Fuqua, W.C. et al. (1994) Quorum sensing in bacteria: the LuxR-LuxI family of cell density-responsive transcriptional regulators. J. Bacteriol. 176, 269–275. 4. More, M.I. et al. (1996) Enzymatic synthesis of a quorum-sensing autoinducer through use of defined substrates. Science 272, 1655–1658. 5. Schaefer, A.L. et al. (1996) Generation of cell-to-cell signals in quorum sensing: acyl homoserine lactone synthase activity of a purified Vibrio fischeri LuxI protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 93, 9505–9509. 6. Fuqua, C. et al. (2001) Regulation of gene expression by cell-to-cell communication: acyl-homoserine lactone quorum sensing. Annu. Rev. Genet. 35, 439–468. 7. Lazazzera, B.A. and Grossman, A.D. (1998) The ins and outs of peptide signaling. Trends Microbiol. 6, 288–294. 8. Otto, M. et al. (1998) Structure of the pheromone peptide of the Staphylococcus epidermidis agr system. FEBS Lett. 424, 89–94. 9. Ansaldi, M. et al. (2002) Specific activation of the Bacillus quorumsensing systems by isoprenylated pheromone variants. Mol. Microbiol. 44, 1561–1573. 10. Ji, G. et al. (1997) Bacterial interference caused by autoinducing peptide variants. Science 276, 2027–2030. 11. Surette, M.G. et al. (1999) Quorum sensing in Escherichia coli, Salmonella typhimurium, and Vibrio harveyi: a new family of genes responsible for autoinducer production. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 1639–1644. 12. Schauder, S. et al.(2001) The LuxS family of bacterial autoinducers: biosynthesis of a novel quorum-sensing signal molecule. Mol. Microbiol. 41, 463–476. 13. Miller, S.T. et al. (2004) Salmonella typhimurium recognizes a chemically distinct form of the bacterial quorum-sensing signal AI-2. Mol. Cell 15, 677–687. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 14. Mok, K.C. et al.(2003)Vibrio harveyi quorum sensing: a coincidence detector for two autoinducers controls gene expression. EMBO J. 22, 870–881. 15. Lazazzera, B.A. (2001) The intracellular function of extracellular signaling peptides. Peptides 22, 1519–1527. 16. Smith,R.S. and Iglewski, B.H.(2003) P. aeruginosa quorum-sensing systems and virulence. Curr. Opin. Microbiol. 6, 56–60. 17. Joris,P.X. et al.(1998) Coincidence detection in the auditory system: 50 years after Jeffress. Neuron 21, 1235–1238. 18. Edwards, D.H. et al. (1998) Neuronal coincidence detection by voltage-sensitive electrical synapses. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95, 7145–7150. 19. Hausser, M. et al. (2001) Differential shunting of EPSPs by action potentials. Science 291, 138–141. 20. Perego, M.(1997) A peptide export-import control circuit modulating bacterial development regulates protein phosphatases of the phosphorelay. 21. Lenz, D.H. et al. (2004) The small RNA chaperone Hfq and multiple small RNAs control quorum sensing in Vibrio harveyi and Vibrio cholerae. Cell 118, 69–82. 22. Xavier, K.B. and Bassler, B.L. (2003) LuxS quorum sensing: more than just a numbers game. Curr. Opin. Microbiol. 6, 191–197. 23. McNab, R. et al. (2003) LuxS-based signaling in Streptococcus gordonii: autoinducer 2 controls carbohydrate metabolism and biofilm formation with Porphyromonas gingivalis. J. Bacteriol. 185, 274–284. 24. Duan, K. et al. (2003) Modulation of Pseudomonas aeruginosa gene expression by host microflora through interspecies communication. Mol. Microbiol. 50, 1477–1491. 25. Ahmer, B.M. (2004) Cell-to-cell signalling in Escherichia coli and Salmonella enterica. Mol. Microbiol. 52, 933–945. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 26. Williams, S.C. et al. (2004) Pseudomonas aeruginosa autoinducer enters and functions inmammalian cells. J. Bacteriol. 186, 2281–2287. 27. Oh, K.B. et al. (2001) Purification and characterization of an autoregulatory substance capable of regulating the morphological transition in Candida albicans. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 98, 4664–4668. 28. Wang, L.H. et al. (2004) A bacterial cell-cell communication signal with cross-kingdom structural analogues. Mol.Microbiol.51,903–912 29. Mathesius, U. et al. (2003) Extensive and specific responses of a eukaryote to bacterial quorum-sensing signals. Proc. Natl. Acad. Sci.U. S. A. 100, 1444–1449. 30. Joint, I. et. al. (2002) Cell-to-cell communication across the prokaryote - eukaryote boundary. Science 298, 1207. 31. Urban, S. et al. (2002) Conservation of intramembrane proteolytic activity and substrate specificity in prokaryotic and eukaryotic rhomboids. Curr. Biol. 12, 1507–1512. 32. Gallio, M. et al. (2002) A conserved mechanism for extracellular Signaling in eukaryotes and prokaryotes. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.99, 12208–12213. 33. Lyon, G.J. et al. (2002) Key determinants of receptor activation in the agr autoinducing peptides of Staphylococcus aureus. Biochemistry 41, 10095–10104. 34. Dong, Y.H. et al. (2000) AiiA, an enzyme that inactivates the acylhomoserine lactone quorum-sensing signal and attenuates the virulence of Erwinia carotovora. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 3526–3531. 35. Lin, Y.H. et al. (2003) Acyl-homoserine lactone acylase from Ralstonia strain XJ12B represents a novel and potent class of quorum-quenching enzymes. Mol. Microbiol. 47, 849–860. 36. Ren, D. et al. (2002) Inhibition of biofilm formation and swarming of Bacillus subtilis by (5Z)– 4 – bromo-5-(bromomethylene)-3-butyl- 2(5H)-furanone. Lett. Appl. Microbiol. 34, 293–299. 37. Chun, C.K. et al. (2004) Inactivation of a Pseudomonas aeruginosa quorum-sensing signal by human airway epithelia. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101, 3587–3590 Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 38. Wu,H. et al. (2004) Synthetic furanones inhibit quorum-sensing and enhance bacterial clearance in Pseudomonas aeruginosa lung infection in mice. J. Antimicrob. Chemother. 53, 1054–1061 39. Hirakawa, H., Inazumi, Y., Masaki, T., Hirata, T., and Yamaguchi, A.,(2005)Indole induces the expression of multidrug exporter genes in Escherichia coli. Mol. Bio. 55(4),1113-1126 40. Minogue, T.D., Carlier, A.L., Koutsoudis, M.D., and von Bodman, S.B. (2005) The cell density-dependent expression of stewartan exopolysaccharide in Pantoea stewartii ssp. Stewartii is a function of EsaR-mediated repression of the rcsA gene. Mol. Bio. 56 (1), 189-203. 41. Valde´z, J.C., Peral, M.C., Rachid, M., Santana, M., and Perdigo´n, G.(2005)Interference of Lactobacillus plantarum with Pseudomonas aeruginosa in vitro and in infected burns: the potential use of probiotics in wound treatment. Clin. Microbio. Infect, 11: 472-479. 42. Castonguay, M.H., van der Schaaf, S., Koester, W., Krooneman, J., van der Meer, W., Harmsen, H., Landini, P. (2005) Biofilm formation by Escherichia coli is stimulated by synergistic interactions and co-adhesion mechanisms with adherence-proficient bacteria. Res. in Mİcrobio. (Elsavier) 43. Hammer, B.K., and Bassler, B.L. (2003) Quorum sensing controls biofilm formation in Vibrio cholerae. Mol. Microbio. 50:101-114. 44. Ren, D., Bedzyk,A.D., Ye, R.W., Thomas,S.M. and Wood, T.K., (2004) Stationary-Phase Quorum-Sensing Signals Affect Autoinducer-2 and Gene Expression in Escherichia coli. Applied and Environmental Mıcrobiology, Vol.70 No.4 45. March, J.C., and Bentley, W.E. (2004). Quorum sensing and bacterial cross-talk in biotechnology. Curr.Opin.in Biotech. 15:495-502. 46. Schauder, S., and Bassler, B.L. (2001). The languages of bacteria. Genes&Development. 15:1468-1480. 47. Bassler, B.L. (1999). How bacteria talk to each other: Regulation of gene expression by quorum sensing. Curr. Opin. Microbiol. 2: 582–587. 48. Cao, J.G. and Meighen, E.A. (1989). Purification and structural identification of an autoinducer for the luminescence system of Vibrio harveyi. J. Biol. Chem. 264: 21670–21676. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 49. Davies, D.G., Parsek, M.R., Pearson, J.P., Iglewski, B.H., Costerton, J.W., and Greenberg, E.P. (1998). The involvement of cellto-cell signals in the development of a bacterial biofilm. Science 280: 295–298. 50. Day, W.A. and Maurelli, A.T. (2001). Shigella flexneri LuxS quorum- sensing system modulates virB expression but is not essential for virulence. Infect. Immunol. 69: 15–23. 51. de Kievit, T.R. and Iglewski, B.H. (2000). Bacterial quorum sensing in pathogenic relationships. Infect. Immunol. 68: 4839–4849. 52. ———. 1999b. Sequence and function of LuxU: A two-component phosphorelay protein that regulates quorum sensing in Vibrio harveyi. J. Bacteriol. 181: 899–906. 53. Freeman, J.A., Lilley, B.N., and Bassler, B.L. (2000). A genetic analysis of the functions of LuxN: A two-component hybrid sensor kinase that regulates quorum sensing in Vibrio harveyi. Mol.Microbi. 35: 139–149. 54. Hanzelka, B.L., Parsek, M.R., Val, D.L., Dunlap, P.V., Cronan,Jr., J.E., and Greenberg, E.P.(1999). Acylhomoserine lactone synthase activity of the Vibrio fischeri AinS protein. J. Bacteriol. 181: 5766– 5770. 55. Arevalo-Ferro, C., Hentzer, M., Reil, G., Görg, A., Kjelleberg, S., Givskov, M., Riedel, K., and Eberl, L., (2003). Identification of quorum-sensing regulated proteins in the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa by proteomics. Environmental Microbio. 5(12): 1350-1369. 56. Shiner, E.K., Rumbaugh, K.P., Williams, S.C., (2005) Interkingdom signaling: Deciphering the language of acyl homoserine lactones. Mol. Microbio. 55 (4), 998-1014. Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005

www.quorumsensing.net Kasım_2005 Murat Kemal AVCI_GYTE www.quorumsensing.net Kasım_2005