Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

* Ezgi ÇELİK 200920102052. Bioedit Sequencher DNA deneysel olarak bu programlarda işlenir. Clustal Multalin Birbirine homolog dizilerin bir araya gelmesi.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "* Ezgi ÇELİK 200920102052. Bioedit Sequencher DNA deneysel olarak bu programlarda işlenir. Clustal Multalin Birbirine homolog dizilerin bir araya gelmesi."— Sunum transkripti:

1 * Ezgi ÇELİK

2 Bioedit Sequencher DNA deneysel olarak bu programlarda işlenir. Clustal Multalin Birbirine homolog dizilerin bir araya gelmesi sağlanarak hizalama yapılır. Filogenetik analiz süreci başlar….

3 Filogenetik **Türler/organizma grupları arası genetik bağları ve ilişkileri (evrimsel akrabalığı) araştıran bilim dalıdır. **Belirli karakterleri (morfolojik ve/veya genetik) inceler, **Benzer karakterleri taşıyan organizmaların genetik olarak birbirine yakın oldukları varsayımından yola çıkar.

4 Filogenetik ağaç Evrimsel ilişkileri görsel olarak ortaya koymak için filogenetik ağaçlar oluşturulur.

5 FİLOGENETİK AĞAÇ OLUŞTURMA METOTLARI **Karakter Temelli Yöntemler Farklı karakterlere dayanan bu karakterler her bir taksondaki canlıya ait olan moleküler dizilerdir. Maksimum Olasılık Metodu

6 Filogenetik ağaçların eldesinde kullanılan programlar 1. PAUP: Maksimum olasılık metodu dahil pek çok metot kullanarak populasyon verilerini detaylı araştırmaya yardımcıdır. Ücretlidir. 2. PHYLIP: Maksimum olasılık, ve bir çok farklı metodla ağaç eldesine olanak tanımakla kalmayıp aynı zamanda değişik bir çok veri tipini kullanabilmektedir. (DNA, RNA, Protein, restriksiyon bölgeleri, gen frekansları vs) İnternet üzerinden kullanımı ücretsizdir. 3. Mega4: Nükleotid dizi hizalaması, filogenetik ağaçlardan sonuç çıkarmak, web tabanlı veri bankalarında araştırma yapmak, moleküler evrim ve evrimsel hipotezleri test etmek.

7 MAXiMUM OLASILIK (LiKELiHOOD) METODU **Joseph Felsenstein tarafından 1981 yılında alternatif olarak ortaya konulmuş bir yöntemdir. **Çok iyi temellendirilmiş istatistiğe dayandığından matematiksel olarak daha zahmetli bir yöntemdir.

8 **Bu yöntem, farklı tipteki nükleotit değişikliğinin açığa çıkma olasılıklarını tanımlayan bir matematiksel formül ve dal uzunlukları bilinen belli bir ağaç verildiğinde, bu belli DNA dizisi setini elde etme olasılığı nedir sorusunu sormaktadır. **Araştırmacıya sunulan bütün bilginin daha etkili kullanmak ve olası birçok ağaç içerisinden en iyi ağacı seçmede istatiksel testler kullanma olanağı oluşturmak için ortaya konmuştur. **Yöntem için bir bilgisayar programı, her ağaç topolojisini değerlendirir veya gözlenen verinin oluşturulması olasılığını hesaplar.

9 **Eğer ağaç doğruysa her dalın oluşturulma olasılığı toplamı, gözlenen verinin oluşturması olasılığını temsil eder. Bu olasılık ağaçların olasılığı olarak temsil edilir. Böylece, yarışan ağaç topolojilerinin kabul ya da reddi için kriter en yüksek olasılığı olan ağacı seçmektir, en olası ağaç en iyi ağaçtır. **Olasılık metotları, hesaplamada yavaştırlar ve bu teknikle çok büyük veri setleri, parsimoni yöntemleriyle olduğu kadar kapsamlı analiz edilemezler.

10 **Bu metodun ön kabulüne göre, evrimsel değişmeler basit bir olasılık modeli altında açığa çıkar. **Yani, her bir karakterin bir durumdan diğer bir duruma değişmesinin ya da yeni bir karakterin açığa çıkmasının belli bir olasılığı vardır. **Belli bir grup takson için açığa çıkan her bir ağacın, verilen veri setine göre belli bir doğru olma olasılığı vardır. **Tercih edilecek ağaç, bu analiz edilen veri setinden çıkması en muhtemel ağaç olmalıdır.

11 Filogenetik ağacın değerlendirilmesi **Dizi verilerinde gözlenen varyasyonu açıklayan en iyi ağacı bulmak için olasılık hesaplamalarını kullanır. **Bütün olası ağaçlar incelenir. **Örnek sayısı ve/veya dizinin uzunluğuna göre zaman alabilir.

12 **Farklı soylarda mutasyonları içeren ağaçları değerlendirebilir. **Hesaplamalarda baz dizisi kompozisyonunda varyasyona izin veren evrimsel modeller kullanabilir. **Sonuçta belli bir veri setini, en iyi biçimde temsil etme olasılığı en yüksek olan ağaç tercih edilmelidir.

13 !..Maksimum olasılık metoduyla hazırlanmış filogenetik ağaç örneği.

14 Maksimum Olasılıkta Kullanılan Modeller 1. Jukes-Cantor : Yer değiştirmelerin rastgele ortaya çıktığı ve mutasyon hızının tüm nükleotidler için eşit olasılıkta olduğu varsayılır. 2. Kimura 2-Parameter: Transisyonların, transversiyonlardan daha sık olduğu varsayılır. 3. Tajima- Nei: Jukes-Cantor’a benzer. Transisyon/ Transversiyon oranının tüm nükleotidlerde aynı olduğunu varsayar. 4. Jin- Nei Gamma: Belli kurallara göre, nükleotid yer değişim oranının bölgeden bölgeye farklı olduğunu varsayar. 5. Tamura: Sabit bir yer değiştirme oranını varsayar. Transisyon ve transversiyonda ki farklılıkları da dikkate alır.

15

16 * Mevcut metodların içinde genelde en tutarlı olanıdır. * Karakter ve oran analizlerinde kullanılabilirler. * Sönmüş (hipotetik) ataların sekanslarını tahmin etmede kullanılabilir. * Nükleotid, aminoasit sekansları ve diğer data tiplerine uygulanabilir. * Diğer pek çok metot da olduğu gibi basit ve sezgisel değildirler. * Parsimoni de olduğu gibi yüksek seviye homoplasilerde yanılabilirler.

17 Maksimum olasılık metoduyla hazırlanmış filogenetik ağaç örneği

18 **Evrimsel değişim tamamıyla bir olasılık modelidir. **Bir grup takson’un her olası filogenisi’nin, verilen belli bir veri setine bağlı olarak, belirli bir doğrunun olma olasılığı vardır. **Sonuçta belli bir veri setini, en iyi biçimde temsil etme olasılığı en yüksek olan ağaç tercih edilmelidir. **Bu yöntemin çok fazla sayıda değişme gösteren karakterlere uygulanması önerilmemektedir.

19 * KAYNAKÇALAR * * * * Biyoloji sözlüğü

20


"* Ezgi ÇELİK 200920102052. Bioedit Sequencher DNA deneysel olarak bu programlarda işlenir. Clustal Multalin Birbirine homolog dizilerin bir araya gelmesi." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları