Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

BEYZA S İ PAH İ 200920102038.  Filogeni, en kısa deyimle ile evrimsel ş ecere ili ş kisi olarak tanımlanabilir. Tür ve tür üstü kategoriler jeolojik.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "BEYZA S İ PAH İ 200920102038.  Filogeni, en kısa deyimle ile evrimsel ş ecere ili ş kisi olarak tanımlanabilir. Tür ve tür üstü kategoriler jeolojik."— Sunum transkripti:

1 BEYZA S İ PAH İ

2  Filogeni, en kısa deyimle ile evrimsel ş ecere ili ş kisi olarak tanımlanabilir. Tür ve tür üstü kategoriler jeolojik dönemlerde türle ş me süreçleri ile olu ş mu ş lardır.  Bu türle ş me süreçlerinin açıklanması ile taksonlar arasındaki akrabalık ili ş kileride açıklanmı ş olur.

3  Bireylerin e ş it ölçüde de ğ er verilmi ş hemen bütün benzerliklerinin de ğ erlendirilmesidir.  Numerik fenetik evrimsel ve filogentiçiler tarafından homoplastik karakterlerin ve eski atalardan kalan benzerliklerin ele ş tirilmesidir.  Her bir karaktere e ş it de ğ er biçer ve olası ölçüde tüm benzerlikleri dikkate aldı ğ ı için do ğ al sınıflandırmaya yakın bir sınıflandımadır.

4  1) Mesafe Temelli Yöntemler  2) Karakter Temelli Yöntemler

5  a) Kümelenme Temelli Yöntem • UPGMA(Unweighted Pair Group Method Algorithm) • Neighbor-Joining (NJ)  b) En iyi durum(optimum) Temelli Yöntem

6  Maximum Parsimony(MP)  Maximum Likelihood(ML)  Bayesian inference

7  Dizi hizalanması (alignment) temeline dayanarak hesaplanan dizi çiftleri arasındaki farklılıkların miktarına dayanır.  Dizi hizalanması sonucu hesaplanan evrimsel mesafeler, her bir takson çifti arasındaki mesafelerin bir matrisinin olu ş turulmasında kullanılabilirler.

8  Matristeki bu çiftli mesafe skorlarına dayanarak tüm taksonlar için bir filogenetik a ğ aç olu ş turulabilir.  Bu yöntemde kullanılan algoritmalar, kümelenme temelli veya en iyi durum (optimum durum) temelli olarak iki kola ayrılırlar.

9  Kümelenme temelli algoritmalar, en benzer dizi çiftlerinden ba ş layan bir mesafe matrisine dayanarak filogenetik a ğ acı hesap ederler.  Bu algoritmalar, aritmetik ortalamayı kullanarak a ğ ırlıklı olmayan çift grup yöntemini UPGMA ve kom ş u birle ş tirme yöntemini içerirler.

10

11  Genetik uzaklık yöntemi filogenetik a ğ acı olu ş turmak için dizi grubunda her bir çift arasında de ğ i ş ikliklerin sayısını temel alır.  Birbirlerine genetik uzaklı ğ ı en az olan türler birle ş tirilerek bir a ğ aç olu ş turulur. Aralarında az sayıda nükleotid de ğ i ş ikli ğ i olan bu dizi çiftleri komsu (neighbours) olarak adlandırılır.

12  En benzer dizi çiftlerinden ba ş layan bir mesafe matrisine dayanarak filogenetik a ğ acı hesap ederler. Bu algoritmalar, aritmetik ortalamayı kullanırlar.

13  UPGMA yönteminde tahmin edilen mesafeler ile gerçek evrimsel mesafeler tam olarak uyu ş mamaktadır. Bu da yöntemin yeterince ba ş arılı olmadı ğ ını göstermektedir.  A ğ acın dalları boyunca de ğ i ş iklik hızının sabit oldu ğ unu varsayar.  Bu nedenle hesaplamaları yaparken a ğ acın kökünü (root – ortak ata) de hesaplar.

14  İ ndirekt ölçümlü uzaklıklarda kullanılabilir (immunolojik, hybridizasyon).  Uzaklıklar görülmeyen eventslarla düzeltilebilir.  En hızlı metotlardandır.  Bundan dolayı çok geni ş data setleri çabukça analiz edebilir.  Bazı orantı analizlerinde kullanılabilirler.

15  Benzerlik ve ili ş kiler aynı karakterde kullanılmaz, benzerli ğ e göre sıralama, evrimsel a ğ acın verili ş inde kullanılmaz.  Karakter analizinde kullanılamazlar.

16 UPGMA yöntemi ile filogenetik a ğ aç olu ş turmaya bir örnek

17  4 takson (A,B,C,D) içeren bir mesafe matrisi kullanılarak UPGMA yöntemi ile öncellikle en yakın iki takson ( A ve C, aralarındaki mesafe 0,35) birle ş tirilir.  Tüm taksonlar bo ğ um noktasından e ş it uzaklıkta olduklarından (Bu, UPGMA yönteminde bir varsayımdır.) A’dan ve C’den dü ğ üm noktasında olan dal uzunlu ğ u 0,35/2= 0,175’tir.

18

19 o Sonuç olarak UPGMA yönteminde iki uzaklık arasındaki mesafe birbirine e ş it olmak zorundadır. o Bu yöntem günümüzde tercih edilen yöntem de ğ ildir.

20  www. google.com  

21  D İ NLED İĞİ N İ Z İ Ç İ N TE Ş EKKÜRLER…


"BEYZA S İ PAH İ 200920102038.  Filogeni, en kısa deyimle ile evrimsel ş ecere ili ş kisi olarak tanımlanabilir. Tür ve tür üstü kategoriler jeolojik." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları