Zeynel DALKILIÇ BB203 MOLEKÜLER BİYOLOJİ 2 teorik Salı 13:30-15:15

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
CANLILARIN ORTAK ÖZELLİKLERİ
Advertisements

PROTEİNLER.
DNA ve Genetİk Kod Sağlık Slaytları
Genetik Bilgi Taşıyan Moleküller DNA’ NIN YAPISI- REPLİKASYONU
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
HAZIRLAYAN MİNE HATİPOĞLU
Canlıların Temel Bileşenleri
Nükleik Asitler Yrd. Doç. Dr. Ahmet GENÇ Adıyaman Üniversitesi
DNA (Deoksiribo Nükleik Asit)
NÜKLEİK ASİTLER DNA RNA.
Doç. Dr. Ufuk Çakatay Doç. Dr. Hakan Ekmekçi
GENETİK MATERYAL : DNA (NÜKLEİK ASİTLER:YÖNETİCİ MOLEKÜLLER)
HÜCRE VE ORGANELLERİ.
CANLILARIN TEMEL BİLEŞENLERİ
AMİNO ASİTLERİN YAPISAL VE İŞLEVSEL ÖZELLİKLERİ I
YAĞLAR ( Lipidler) Nedir? Lipitlerdir.
BÖLÜM 3 PROTEİNLER Molekül yapısı Fonksiyonları Primer yapı Bağlar
BİYOKİMYAYA GİRİŞ VE BİYOMOLEKÜLLER
DNA VE RNA (DEOKSİRİBONÜKLEİKASİT VE RİBONÜKLEİK ASİT) PC KOPAT
BESİN MADDELERİ.
GENETİK (ÜNİTE-3) A) HÜCREDE YAPI VE CANLILIK OLAYLARININ YÖNETİMİ NASIL SAĞLANIR? Hücrede hücre yapısının oluşması ve devamlılığı ile canlılık olaylarının.
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
HAZIRLAYAN MİNE HATİPOĞLU
NÜKLEİK ASİTLER.
AYŞE GÜL KEVSER İNCE FEN BİLGİSİ ÖĞRETMENLİĞİ 2. SINIF 2.ŞUBE.
BİYOKİMYA I (2. DERS).
CANLILARDAKİ ORGANİK BİLEŞİKLER
NÜKLEİK ASİT.
Doğadaki Enerji Akışı Güneş enerjisi Kimyasal enerjisi ATP Fotosentez olayı ile enerjisi Hareket enerjisi Isı.
FARKLI HÜCRE ÖRNEKLERİ
NÜKLEİK ASİTLER Yönetici moleküllerdir.Tüm canlılarda bulunurlar
Karbonhidratlar.
KALITIM.
KİMYASAL BAĞLAR VE HÜCRESEL REAKSİYONLAR
Biyokimyaya Giriş ve Biyomoleküller
BİYOLOJİ ADI: SOYADI: NO: SINIF: KONU:YAĞLAR,YAĞ ASİTLERİ
AMİNO ASİTLER ?Can you give me some examples of what chemicals you think youve used, or how you think chemistry may have impacted your life?
HÜCRE ZARINDA TAŞINIM Yrd. Doç. Dr. Aslı AYKAÇ YDÜ TIP FAKÜLTESİ
HÜCRE.
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
KARBONHİDRATLAR PROTEİNLER YAĞLAR
PROTEİNLER.
Nükleik asitler Yard. Doç. Dr. Ahmet ÇIĞLI.
CANLILARDA ENERJİ.
BAKTERİ VE VİRÜSLER F.CANAN TAŞERİMEZ MİMAR SİNAN ANADOLU LİSESİ.
NÜKLEİK ASİTLER Nükleik asitler ilk olarak hücre çekirdeğinde bulundukları için nükleik asit olarak adlandırılmışlardır. Daha sonraki araştırmalarda hücrenin.
HAYVAN HÜCRESİNİ TANIYALIM….
PROTEİNLER
NÜKLEİK ASİTLER.
Karbonhidratlar II Disakkaridler ve Polisakkaridler
Soru 1: 1600 nükleotitten meydana gelen bir DNA molekülünde Guanin sayısı 200 dür. Buna göre; Adenin (A), Sitozin (C) ve Timin(T) sayılarını bulunuz.
Amino Asitler ve Proteinler
GENETİK MATERYAL Prof.Dr. Davut ALPTEKİN.
AMİNO ASİTLERİN YAPISAL VE İŞLEVSEL ÖZELLİKLERİ I
PROTEİNLER 2.
Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal)
PROTEİN SENTEZİ.
NÜKLEİK ASİTLER RNA
KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU
1. DERS: DNA RNA GEN KROMOZOM GENETİK VE BİYOTEKNOLOJİ.
DNA (Deoksiribo Nükleik Asit) DNA, deoksiribonükleik asit denilen çok karmaşık bir kimyasal maddenin kısa yazılımıdır. Deoksiribo (D), nükleik (N),
GENETİK MATERYAL Prof.Dr. Davut ALPTEKİN. Genetik Materyal  Kromozomlar hem nükleik asit hem protein içerdiklerinden 1944’lü yıllara kadar genetik bilgiyi.
Biyoloji dersi proje ödevi
GENDEN PROTEİNE Nükleik Asitlerin Keşfi ve Önemi
KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ.
Lipitler.
DNA 2 Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Bir canlıya ait tüm özellikler DNA’da saklanır. Bir canlıya ait tüm.
TEMEL GENETİK KAVRAMLAR-VI
CANLI VE BİYOKİMYA Prof. Dr. Zeliha Büyükbingöl.
TEMEL GENETİK KAVRAMLAR-V
Sunum transkripti:

0-533-5158159, zdalkilic@adu.edu.tr Zeynel DALKILIÇ 25.04.2017 BB203 MOLEKÜLER BİYOLOJİ 2 teorik Salı 13:30-15:15 Doç. Dr. Zeynel DALKILIÇ 0-533-5158159, zdalkilic@adu.edu.tr http://web.adu.edu.tr/user/zdalkilic 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ BB408

Cumhuriyet Bilim Teknoloji 02 Ekim 2015 Cuma Sayı:1489 s.15 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Memeli alyuvarı (eritrosit, kırmızı kan hücresi) neden çekirdeksizdir? Hemoglobine daha fazla yer sağlayabilmesi için DNA içermediği için virüs saldırısına uğramaması için Geniş damarlar içerisinde daha hızlı akabilmesi için Damardaki tıkanmayı önlemesi için Kılcal kan damarından daha kolay geçebilmesi için http://en.wikipedia.org/wiki/Red_blood_cell http://www.dreamstime.com/royalty-free-stock-photography-blood-cells-erythrocyte-thrombocyte-leukocyte-image11837827 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Prof. Dr. Bahri KARAÇAY (1964- ) Iowa Üniversitesi, Carver Tıp Fakültesi, Pediatri Bölümü, Çocuk Nörolojisi Kürsüsü, h-index= Araştırmaları sinir sisteminde doğumsal kusurlara neden olan iki teratojen; alkol (fetal alkol sendromu) ve konjenital lymphocytic choriomeningitis virüs (LCMV) enfeksiyonu üzerinde yoğunlaşıyor 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik Epi- : üst Genetik : kalıtım bilimi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Genetik 5’-…GAG…-3’ glutamik asit (glu) normal hemoglobin 5’-…GAA…-3’ glutamik asit (glu) normal hemoglobin 5’-…GTG…-3’ valin (val) hasta-orak hücre 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

mRNA'nın doğrultusu: 5' → 3' 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ İkinci baz U C A G Birinci baz UUU (Phe/F) Fenilalanin UUC (Phe/F) Fenilalanin UCU (Ser/S) Serin UCC (Ser/S) Serin UAU (Tyr/Y) Tirozin UAC (Tyr/Y) Tirozin UGU (Cys/C) Sistein UGC (Cys/C) Sistein UUA (Leu/L) Lösin UCA (Ser/S) Serin UAA Okra (Dur) UGA Opal (Dur) UUG (Leu/L) Lösin UCG (Ser/S) Serin UAG Amber (Dur) UGG (Trp/W) Triptofan CUU (Leu/L) Lösin CUC (Leu/L) Lösin CCU (Pro/P) Prolin CCC (Pro/P) Prolin CAU (His/H) Histidin CAC (His/H) Histidin CGU (Arg/R) Arginin CGC (Arg/R) Arginin CUA (Leu/L) Lösin CUG (Leu/L) Lösin CCA (Pro/P) Prolin CCG (Pro/P) Prolin CAA (Gln/Q) GlutaminCAG (Gln/Q) Glutamin CGA (Arg/R) Arginin CGG (Arg/R) Arginin AUU (Ile/I) İzolösin AUC (Ile/I) İzolösin ACU (Thr/T) Treonin ACC (Thr/T) Treonin AAU (Asn/N) Asparagin AAC (Asn/N) Asparagin AGU (Ser/S) Serin AGC (Ser/S) Serin AUA (Ile/I) İzolösin ACA (Thr/T) Treonin AAA (Lys/K) Lizin AGA (Arg/R) Arginin AUG (Met/M) Metiyonin, Başla [2] ACG (Thr/T) Treonin AAG (Lys/K) Lizin AGG (Arg/R) Arginin GUU (Val/V) Valin GUC (Val/V) Valin GCU (Ala/A) Alanin GCC (Ala/A) Alanin GAU (Asp/D) Aspartik asit GAC (Asp/D) Aspartik asit GGU (Gly/G) Glisin GGC (Gly/G) Glicin GUA (Val/V) Valin GUG (Val/V) Valin GCA (Ala/A) Alanin GCG (Ala/A) Alanin GAA (Glu/E) Glutamik asit GAG (Glu/E) Glutamik asit GGA (Gly/G) Glisin GGG (Gly/G) Glisin 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik-genler üstü genetik “DNA’nın yapısında veya diziliminde herhangi bir değişiklik olmaksızın DNA’da kodlu olan genetik bilginin açığa çıkmasında meydana gelen değişikliklerdir.” Karaçay 2010 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik Beyin hücresini karaciğer hücresinden ayıran nedir? Çalışan Susturulmuş Karaçay 2010 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Senfoni orkestrası Beethoven-Marcia Alla Turka “Seslendirilen eserin notası bütün müzisyenlerin önünde olmasına rağmen her müzisyen eserin sadece belli bölümlerinde çalar ve diğer kısımlarında sessiz kalır.” Karaçay 2010 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik “Embriyonun gelişimi sırasında başın vücudun bir ucunda, ayakların diğer ucunda, gövdenin de baş ile bacaklar arasında olmasını sağlayan genler çalışırken, …” Ergenlikte çalışan genler! Yoksa…!        http://aalite.hubpages.com/hub/Drosophila-Genetics-What-have-Flies-Ever-Done-For-Me Karaçay 2010 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik Genetik materyal hücre çekirdeğinde çok sıkı şekilde paketlenmiştir (2 m). DNA Histon Kromatin Transkripsiyon faktörleri (protein) Genin çalışabilmesi için kromatinin açılması gerekir! 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Epigenetik Yetişkin deri hücresine sadece 4 gen aktarılarak bu hücrenin kök hücreye dönüşmesi başarılmıştır. Kök hücre nedir? Karaçay 2010 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Shinya YAMANAKA Nobel Fizyoloji/Tıp 2012 (1962 Osaka, Japonya–…53 yaş) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Sir John B. GURDON Nobel Fizyoloji/Tıp 2012 (1933, Dippenhall, Birleşik Krallık–…82 yaş) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Nobel Fizyoloji/Tıp 2012 Prize motivation: "for the discovery that mature cells can be reprogrammed to become pluripotent" Field: Genetics Prize share: ½ 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Ne yiyorsanız o musunuz? Annenin yedikleri çocuğunun genlerinin çalışmasını etkiler mi? Ödev 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Ödev-06.10.2015 Eğer yenilenler/yaşanılan çevre ile genlerin çalışması etkilenebiliyorsa, neler yapılabilir? İkizlerden birisi kısa, diğeri uzun boylu Hastalık (bağışıklık) ortaya çıkması / süresi Zayıflık / şişmanlık Sinirsel / duygusal tepki Saç dökülmesinin zamanlaması Yaşlılık (Alzheimer) / yaşam süresi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Nutrigenetik Her insana özel beslenme / hareket sistemi. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Johann Gregor Mendel (1823 -1884, 61 yaş) Pisum sativum 2n=2x=14, n=x=7 Çiçek rengi (MOR-beyaz) Çiçek pozisyonu (YANDA-tepede) Tohum rengi (SARI-yeşil) Tohum şekli (YUVARLAK-buruşuk) Dış kabuğun şekli (DÜZ-kırışık) Dış kabuk rengi (YEŞİL-sarı) Bitki uzunluğu (UZUN-kısa) s.23 http://gathabiotens.files.wordpress.com/2010/08/c7_14_1_traits1.jpg Karaçay 2012 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

“pangene” 1889 Hugo de Vries Carl Erich Correns Erich von Tschermak (1848-1935, 87 yaş) (1864-1933, 69 yaş) (1871-1962) “pangene” 1889 http://en.wikipedia.org/wiki/Hugo_de_Vries http://www.g2conline.info/content/c16/16215/16215_029correns.jpg http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/6c/Acta_Horti_berg._-_1905_-_tafl._124._-_Erich_Tschermak.jpg/150px-Acta_Horti_berg._-_1905_-_tafl._124._-_Erich_Tschermak.jpg Karaçay 2012 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Terimler Lokus: Özelliğin kromozom üzerindeki yeri Gen : Özelliği kontrol eden DNA parçası A Allel : Özelliğin değişik halleri, A, a, IA, Ia, A A : dominant, a : resesif, IA, Ia : intermediyer 2n=2x=2 (baskın) (çekinik) (orta dereceli) A a 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Terimler Lokus: Özelliğin kromozom üzerindeki yeri Gen : Özelliği kontrol eden DNA parçası Z Allel : Özelliğin değişik halleri, Z, z, IZ, Iz, Z Z : dominant, z : resesif, IZ, Iz : intermediyer 2n=3x=3 (baskın) (çekinik) (orta dereceli) Z z z 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

İlk kez “gen” kelimesini kim kullanmıştır? Om arvelighed i samfund og i rene linier, 1903 Wilhelm Ludwig Johannsen (1857-1927, 70 yaş) http://en.wikipedia.org/wiki/Wilhelm_Johannsen 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

İlk kez “genetik” kelimesini kim kullanmıştır? The Third International Conference on Plant Hybridization in London in 1906 William Henry Bateson (1861-1926, 65 yaş) http://post.queensu.ca/~forsdyke/images/batesonwilliam20b.gif 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Maurice Wilkins Rosalind Franklin 1953 King’s College, England Rosalind Franklin-Life in Discovery 1920-1958 , 38 yaş http://1.bp.blogspot.com/_doCPky6vyI0/SxQrr98fJCI/AAAAAAAAAI A/9LvKNWBrUyk/s1600/franklin-typebphoto.jpg - Foto No: 51, 1953 1916-2004, 88 yaş 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

James Watson Francis Crick 1953 Cambridge University, England 1928- 1916-2004 , 88 yaş 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

DNA_nın Babası James D. Watson Kampüste-BogaziciUniv18Nisan2011 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

BÖLÜM 1 BİYOMOLEKÜLLER VE HÜCRE Element: C, O, H, N, Na, K, Ca, Mg, P, S, Cl Atom  Molekül  Moleküler yapı blokları  Hücre 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.1. Kimyasal bağlar Atom çekirdeğinde: Proton (+): Elektron (-): Nötron (yüksüz) kimyasal bağ oluşturamaz. - Güçlü (kovalent) bağ: ilişkili atomlar arasında elektronların paylaşılması - Zayıf (kovalent olmayan) bağ: elektronların bir atomdan diğerine geçirilmesi Kovalent > 10-100 kez k.olmayan (Şekil 1.1) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.1.1. Güçlü (Kovalent) Bağlar 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Üçlü kovalent bağ: 2 atom arasında 3 çift elektron paylaşılması. Yaşayan sistemlerdeki H, C, N, P, O, S atomları en dış yörüngelerinde karakteristik sayıda elektrona sahiptir. Tekli kovalent bağ: 2 atom arasında 1 çift elektron paylaşılması. Atomlar eksen etrafında dönebilir. Çift kovalent bağ: 2 atom arasında 2 çift elektron paylaşılması. Atomlar eksen etrafında serbestçe dönemez. Üçlü kovalent bağ: 2 atom arasında 3 çift elektron paylaşılması. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Elektronegatiflik: bir atomun elektron çekme gücü Bir kovalent bağda atomlar aynı elektronegatifliğe sahipse bağlanan elektronlar eşit olarak paylaşılır. Eğer değilse: Kısmi yüklü kovalent bağ: O-H Dipole moment: iki kutupluluk (Şekil 1.2) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yaşam nedir? 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Benzer benzeri çeker, aynı aynıyı iter! ☺ Yüklü kovalent bağ, sürekli dipol oluşturdukları için biyolojide çok önemlidir. (Çekim yasası olabilir mi?☺) Atomlar başlangıçta dalgalanan elektrik yüklerinden dolayı zayıf bağlanma ilişkisi gösterirler. Aynı atomlar çok yaklaşırlarsa birbirlerini güçlü şekilde iterler. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.1.2. Zayıf (Kovalent Olmayan) Bağlar Çözelti içindeki atomlar arasında sürekli olarak kurulur/kırılır. Kısa mesafeli ilişkilerdir. Hem makromolekülleri şekillendirmek için yeterince güçlü hem de çabucak bozulması için yeterince zayıftırlar. Proteinlerin, nükleik asitlerin, zarların şekillenmesinde ve sağlamlaştırılmasında rol oynarlar (Şekil 1.3) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Kovalent olmayan bağlar 3 çeşittir: - iyonik - hidrojen Yeterince yakın olan atomlar arasında kendiliğinden şekillenirler, enzimatik kataliz gerekmez. Kovalent olmayan bağlar 3 çeşittir: - iyonik - hidrojen - van der Waals kuvvetleri 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.1.3. Suyun Önemi, Hidrofilik ve Hidrofobik Etkiler Yaşam olayları sulu ortamda oluşur. Hücrenin ağırlığının %70’ini su oluşturur. Su molekülleri yüklü birimler, dipoller, halinde bulunur. H’in bulunduğu ucunda net + yük, O’in bulunduğu ucunda net – yük bulunur. Her su molekülünde 2 H atomu kovalent bağlarla O atomuna bağlanır. Polar bağlardır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Su molekülleri birbirleri ile tetrahedral yapıda H bağları oluştururlar. Komşu moleküllerin yüklü bölgeleri birbirine yaklaştığı zaman aralarında H bağları oluşur. Suyun H’leri H bağı vericisi (donor), O’in bağlanmamış diğer 2 elektronu H bağı alıcısı (acceptor) olarak rol oynar. Su molekülleri arasındaki H bağları, birçok bileşiğin suda çözünürlüğünü belirlediği için yaşam olaylarında çok önemlidir. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Su molekülleri birçok başka molekülle de H bağı oluşturur. Su moleküllerini komşuları ile H bağları sürekli olarak kurulur veya kırılır. Suyun sıcaklığı 100°C’ye doğru yükselince moleküllerin kinetik enerjisi H bağlarının enerjisinden daha yüksek hale geldiğinden moleküller arası ilişki bozulur ve gaz hali oluşur. Su molekülleri birçok başka molekülle de H bağı oluşturur. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Hidrofilik: Su molekülleri ile H bağı kurarak suda çözünen, suyu seven moleküllerdir. Örn.: Şekerler, nükleik asitler, proteinler. Hidrofobik: iyon içermeyen, apolar, suda çözünmeyen, suyu sevmeyen moleküllerdir. Örn.: Hidrokarbonlar. Su ve benzen, su ve zeytinyağı vb. çalkalandığında birbirine karışmaz, ayrılır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Mono, di, tri, tetra, penta, hekza, hepta, okta, nona, deca: Çözünmek: Erimek: Buharlaşmak: Kaynamak: Mono, di, tri, tetra, penta, hekza, hepta, okta, nona, deca: 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.2. Biyomoleküllerin ve Biyolojik Olayların Ortak Özellikleri Karbonlu Bileşikler C atomları arasında oldukça dayanıklı C–C bağlarının kurulması ile zincir veya halka şeklinde büyük moleküller oluşur. C atomu diğer atomlarla 4 kovalent bağ oluşturur. Organik kimya, C kimyası 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

C atomuna 4 farklı atom bağlandığı zaman asimetri oluşur. Optik İzomerler C atomuna 4 farklı atom bağlandığı zaman asimetri oluşur. Asimetrik C (kiral C) atomu ile şekillenen bağlar, 3 boyutlu yapılarında 2 farklı şekilde düzenlenebilirler. Aynadaki görüntüsünü oluşturur. Optik izomerler veya stereoizomerler denir. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Şekerlerde D, proteinlerde L izomerler çoğunluktadır. Asimetrik molekül olan şekerlerde ve amino asitlerde en büyük numaralı kiral C atomuna bağlı OH- veya NH3+’ler sağda ise D (dekstro), solda ise L (levo) izomer olarak isimlendirilir. Şekerlerde D, proteinlerde L izomerler çoğunluktadır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Tekrarlanan Kimyasal Gruplar Metil –CH3- Hidroksil –OH- Karboksil –COOH Karbonil –C=O Fosfat –PO3-2, –PO4-3 Amino –NH2- , –NH3 , –NH4+ , 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Hormonlar sadece kendi almacı (anten, receptor) ile birleşerek özel etkiler oluşturur. Antikora (canlı, konukçu) sadece özel bağlanma yerine sahip olan antijen (mikroorganizmadan) bağlanır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Zeki Levent KIRCA (1948 Samsun-2015 İstanbul) 67 yaş http://www.internethaber.com/oya-basardan-levent-kircaya-sitem-810675h.htm https://tr.wikipedia.org/wiki/Levent_K%C4%B1rca 25.04.2017

Nobel Prize in Chemistry 2015 Zeynel DALKILIÇ 25.04.2017 Nobel Prize in Chemistry 2015 Tomas Lindahl Paul Modrich Aziz Sancar “for mechanistic studies of DNA repair” http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2015/ 25.04.2017 BB408

DNA zararı / bozulması A, T, C, G Cancer - kanser Ageing – yaşlanma DNA disintegrates over time! – DNA zamanla bozulur! And also in our living cells! – Ve bizim yaşayan hücrelerimiz de! 25.04.2017 54

Tomas Lindahl Francis Crick Institute and Clare Hall Laboratory, Hertfordshire, UK Problem: DNA bozulması  Kendiliğinden oluşan kimyasal işlemler DNA’yı yavaşça kırabilir C – G normal C  U normal değil 200 kez / yaşayan hücre / gün Çözüm: Baz Kesip Çıkarma Tamiri  U’yu tanır, döndürür, C ile tekrar düzeltir 25.04.2017 55

Paul Modrich Howard Hughes Medical Institute and Duke University School of Medicine, Durham, NC, USA Problem: DNA bozulma / mutasyon / yanlış baz çifti / uygunsuzluk  DNA kopyalanması sırasında 1 hücre  2 yavru hücre 1 / 1.000.000 hücre bölünmesi T – A normal T  A normal değil Çözüm: Yanlış baz çifti Tamiri  A’yı tanır, döndürür, T ile tekrar düzeltir 25.04.2017 56

Aziz Sancar University of North Carolina, Chapel Hill, NC, USA Problem: DNA bozulması / UV-radyasyonu  T—T normal değil kimyasal olarak bağlı T’ler T-T normal fosfodiester bağı ile | Çözüm: Nükleotid Kesip Çıkarma Tamiri  Kimyasal olarak bağlı T’leri tanır,UV ile uyarılan hasarlı DNA’yı her iki ucundan da ayırır, zararlanmış DNA’yı kesip uzaklaştırır, yeni DNA sarmalını sentezler Sigara / zehirli duman tarafından oluşturulan bileşikler 25.04.2017 57

Prof. Dr. Aziz SANCAR (1946- ) aziz_sancar@med.unc.edu, h-index=97 North Carolina Üniversitesi, Chapel Hill Tıp Fakültesi, Sarah Graham Kenan Professor of Biochemistry and Biophysics Circadian clock (biyolojik ritim, günlük saat) Güneş ışığı, egzoz gazı ve sigara gibi başlıca çevresel karsinojenlerden oluşan DNA hasarının düzeltilmesi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

3.2. DNA’nın Hasarı ve Onarımı Yıldırım ve ark. 2007 25.04.2017 TM221 Zeynel DALKILIÇ

3.3. DNA Moleküllerindeki Değişmeler Diğer zincirdeki karşılığı ile H bağı bağı yapamayan hatalı bir baz Eksik bazlar Farklı bazlar Tek ve çift zincir kırıkları Çapraz bağlanma (cross-linking) 25.04.2017 TM221 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB408 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB408 Zeynel DALKILIÇ

3.6. Timin Dimeri Tamiratının Biyokimyasal Mekanizması 3.6.1. Fotoreaktivasyon 3.6.2. Eksisyon Tamiri 25.04.2017 TM221 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB408 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB408 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB408 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 TM221 Zeynel DALKILIÇ

1.1.3. Biyomoleküllerin Sınıflandırılması Su İnorganik iyonlar Organik moleküller: - Küçük - Büyük 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Nükleotit  Nükleik asit Amino asit  Protein Şeker  Polisakkarit Küçük organik molekül  Büyük organik molekül (mikro)  (makro) Nükleotit  Nükleik asit Amino asit  Protein Şeker  Polisakkarit Yağ asidi  Yağ 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.3.1. Nükleotitler Nükleotit polimerlerini oluştururlar. Biyolojik bilgiyi depo ederler. Kimyasal enerjisi kısa süreli taşırlar. Aktif taşınmada ve çeşitli sinyal iletim yollarında işlev görürler. Koenzimlerin yapısına katılırlar. 5 C’lu şeker N’lu baz –PO3-2 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Taşıdıkları bazdan dolayı Adenin nükleotidi Asidik oldukları için Adenilik asit RNA: Ribonükleik asit DNA: Deoksiribonükleik asit Pürin grubu büyük bazlar: Adenin, Guanin Pirimidin grubu küçük bazlar: Timin, Sitozin, Urasil 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

RNA tek, DNA çift nükleotit zincirinden yapılıdır. Nükleotitler, kovalent 3’–5’ fosfodiester bağları ile bağlanarak DNA ve RNA’nın uzun, düz ve dallanmamış zincirlerini oluştururlar. RNA tek, DNA çift nükleotit zincirinden yapılıdır. mRNA (elçi), tRNA (taşıyıcı), rRNA (ribozomal), DNA’nın ilişkili bölgelerinden tek kopya ve asimetrik olarak sentezlenir. DNA, çift kopya ve kesintili olarak sentezlenir. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Fosfat Grupları AMP, GMP, TMP, CMP: -monofosfat ADP, GDP, TDP, CDP : -difosfat ATP, GTP, TTP, CTP : -trifosfat 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Nükleotit Dili DNA  DNA (eşleşme için) DNA  mRNA (protein sentezi için) Genetik kod: DNA ve mRNA’daki kod kelimeleri ile proteinlerdeki amino asitler arasındaki ilişki. Nükleotit: 4 Kod: 3’lü nükleotit Kod Kelimesi: 64 (=43) Amino asit: 20 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

5’3’ 5’ PO-4 3’ OH \ / 5C - T = A - C5 ∕ \ \ / 5C - T = A - C5 ∕ \ |(fosfodiester) |(fosfodiester) 5C - C ≡ G - C5 |(fosfodiester) |(fosfodiester) 5C - G ≡ C - C5 ∕ \ 3’ OH PO-4 5’ ‖ 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Vücudumuzda insan hücresinden daha çok bakteri mi var? Siz mikropsunuz!☻ Vücudumuzda insan hücresinden daha çok bakteri mi var? Soru: İnsanların taşıdığı bakterilerin miktarı ne kadardır? Yanıt: Popular Science, Ekim 2011 Ulusal Sağlık Enstitüsü (NIH)’nden İnsan Mikrobiyom Projesi koordinatörü Lita Proctor: “İnsanlar 1.5 kg ile 2.25 kg arasında bakteri taşırlar” diyor. Proctor ve ekibi bu proje kapsamında insan vücudunun içinde ve dışında ne kadar bakteri kolonisi bulunduğunu inceliyor. Kaynak: Cumhuriyet Bilim Teknoloji 07 Ekim 2011 Sayı:1282, s.16 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Vücudumuzdaki bakteri hücreleri, normal insan hücrelerinden daha küçük olduğu için vücut kütlemizin yalnızca %1-2’sini oluşturur. Ayrıca vücuttan attığımız atığın (gayta) yaklaşık yarısı bakteridir. Vücudumuzda barınan bakteriler son günlere dek doğru dürüst sınıflandırılmamıştı. Temmuz ayında Kuzey Carolina Eyalet Üniversitesi’nde yürütülen Göbek Deliği Biyoçeşitliliği (Belly Button Biodiversity) çalışması 95 gönüllünün göbek deliğinde 1,400 farklı bakteri türü buldu. Bunların 662’si daha önce tanımlanmamıştı. Kaynak: Cumhuriyet Bilim Teknoloji 07 Ekim 2011 Sayı:1282, s.16 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.3.2. Amino Asitler Küçük organik moleküllerdir. Görevleri: - Proteinleri oluştururlar. - Moleküler tanıma - Amino asit dili 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yan zincirlerin sudaki çözünürlüğüne göre Hidrofobik amino asitler: alanin, valin, lösin, izolösin, metiyonin, fenilalanin, tirozin, triptofan Hidrofilik amino asitler: arjinin, lizin, aspartik asit, glutamik asit, histidin, serin, treonin, asparajin, glutamin Özel amino asitler: sistein, prolin, glisin 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Amino asit sırası: 20 amino asidin polipeptit içinde yer alması Peptit bağı Birincil (primer) yapı Amino asit kalıntısı: peptit yapısında yer alan amino asitler Oligopeptit: 10 amino aside kadar Polipeptit: >10 amino asit 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

İkincil (sekonder) yapı: proteinlerde H bağları ile oluşan katlanmalar İkincil (sekonder) yapı: proteinlerde H bağları ile oluşan katlanmalar. α-heliks, β-pilili, β-keratin (ipek) Üçüncül (tersiyer) yapı: spiral katlanan veya katlanmayan polipeptitler kendi üzerlerine her bir protein için oldukça özel şekilde katlanması Dördüncül (kuaterner) yapı: bağımsız olarak 1., 2. ve 3. dereceli katlanmalara sahip birden fazla polipeptidin bir araya gelmesi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.3.3. Karbonhidratlar Yapı (riboz, deoksiriboz) Destek (selüloz, hemiselüloz, peptidoglikan) Enerji değişiminde iş görürler. (CH2O)n’den oluşur. Oz’lar denir. Monosakkaritler: trioz, pentoz, hekzoz Yapısında hidroksil (-OH), aldehit (H-C=O), keton (=C=O) grubu bulunur. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Glukoz, galaktoz, mannoz, fruktoz Hekzozlar: Glukoz, galaktoz, mannoz, fruktoz 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

L-fukoz dışında biyolojik sistemlerde bulunan şekerler genel olarak D-formundadır. 1. ve 2. C’lardaki -OH grupları α-formda birbirine yakın, β-formda uzak konumdadır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Polisakkaritler (C6H10O5)n formundadır. Oligosakkaritler: 10’a kadar monosakkaridin birleşmesi ile oluşur. En önemlileri disakkaritlerdir. Maltoz: glikoz + glikoz Sukroz: glikoz + fruktoz Laktoz: glikoz + galaktoz 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yapısal polisakkaritler Selüloz: 8000 glikoz birbirine 14 β-glikozidik bağlarla bağlıdır. Kitin: β-glikozidik bağlarla bağlı N-asetilglukozaminler bulunur. Depo polisakkaritler Nişasta: bitki hücrelerinde Glikojen: hayvan hücrelerinde Glikozun α-glikozidik bağlarla bağlanması ile oluşur. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.1.3.4. Yağ Asitleri (Lipitler) 1. Yapısal 2. Depo a) Gliserofosfolipitler (fosfogliseritler): yağ asitlerin gliserol esterleridir. Hücrenin tüm zarlı yapılarını şekillendirirler. b) Sfingolipitler: miyelin kılıfın yapısına katılarak sinirsel uyarının aksonlardan kaybolmaması için izolasyon sağlarlar. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yapısal Lipitler a) Gliserofosfolipitler (fosfogliseritler): yağ asitlerin gliserol esterleridir. Hücrenin tüm zarlı yapılarını şekillendirirler. b) Sfingolipitler: miyelin kılıfın yapısına katılarak sinirsel uyarının aksonlardan kaybolmaması için izolasyon sağlarlar. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yapısal Lipitler c) Nötral glikolipitler ve gangliyositler bir veya daha fazla şeker monomeri içerir. Bazı hormonların ve toksinlerin reseptörlerini (almaç) oluştururlar. d) Ökosanoitler (prostaglandinler, tromboksanlar, lökotrienler): oluşturuldukları yerde hormon benzeri etki yaparlar. Üremede; yaralanma veya hastalıkla ilişkili ağrı, ateş ve iltihaplanmada; kan basıncının düzenlenmesinde ve kanamanın durdurulmasında etkilidirler. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yapısal Lipitler e) Steroller: yapılarına katıldıkları zarları sağlamlaştırırlar. Steroid hormonların öncüllerini oluştururlar. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Depo Lipitler Yağ asitlerinin (3 molekül) alkol gliserolle yaptığı esterlerdir. Uzun süreli besin depoları olarak hizmet ederler. Triaçilgliserol molekülleri hücrede damlalar şeklinde depo edilirler. Parçalandıkları zaman glikozdan 6 kez daha fazla kullanılabilir enerji oluştururlar. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Yağ asidinde bulunan bölgeler 1. Karboksil (COOH) grubu asit gibi davranır. Çözelti içinde iyonize (-COO) olur. Bu yüklü grup hidrofiliktir. Kimyasal olarak reaksiyona girer. Diğer moleküllere kovalent bağlarla bağlanır. 2. Uzun ve dallanmamış hidrokarbon zinciridir. Yüksüzdür. Hidrofobiktir. Kimyasal olarak reaksiyona girmez. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

RCOOH yağ asitlerinin genel formülüdür. En yaygın uzunluk C16-C18’dir. Çoğunluğunda düzdür. Bazılarında dallanmıştır. Zincirin C atomları arasında bir veya daha fazla çift bağ bulunduğunda yağ asidi doymamıştır. Erime noktalarına göre doymuş yağ asitleri oda sıcaklığında (25ºC) mum gibi, doymamış yağ asitleri akışkandır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1.2. Hücre Prokaryot: hücre zarı bulunmayan. Bakteriler, mavi-yeşil algler Ökaryot: hücre zarı bulunan. Mantar, bitki, hayvan. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Organeller Hücre duvarı (çeperi) Hücre zarı Ribozomlar Endoplazmik retikulum Golgi sahası (cihazı) Lizozomlar, mikroyapılar Mitokondriler Kloroplastlar Çekirdek (nukleus) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

BÖLÜM 2 NÜKLEİK ASİTLER 2. 1. Giriş 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

DNA’nın Keşif Yolu 1928 – Frederick Griffith (1879-1941)– zatürre – Streptococcus pneumoniae 1944 – Oswald Avery (1877-1955) 1950 – Alexander Todd (1907-1997) Nobel Kimya(1957) 1950 – Erwin Chargaff (1905-2002) 1950 – Linus Pauling (1901-1994), Nobel Kimya(1954), Barış(1962) 1950 – Maurice Wilkins (1916-2004), Nobel Fizyoloji/Tıp(1962) 1950 – Rosalind Franklin (1920-1958) s.30-33 Karaçay 2012 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.2. DNA’nın Keşfi 1940’a kadar genetik materyalin ne olduğu düşünülüyordu? Amino asit  Protein ? Büyük ve karmaşık Nükleik asit  DNA ☺ Küçük ve basit 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Friedrich Miescher (1844-1895, 51 yaş) 1868 – Sargı bezleri üzerindeki lökositlerin (beyaz kan hücreleri) çekirdeğinden nüklein isimli fosfor içeren maddeyi elde etmiştir. Nükleninin günümüzde bilinen şekliyle asidik DNA ve bazik protein yapısında olan bölümlerden oluştuğunu bulmuştur. Benzer asidik maddeyi somon balığı sperm hücrelerinde de bulmuştur. Miescher, F. 1871. Ueber die chemische Zusammensetzung der Eiterzellen. Medicinisch-chemische Untersuchungen 4: 441–460. http://en.wikipedia.org/wiki/Friedrich_Miescher 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Frederick Griffith (1879-1941, 62 yaş) 1928 – Griffith Deneyi Pneumococcus (Streptococcus pneumoniae) bacteria Griffith F. 1928. The significance of pneumococcal types. J Hygiene. 27(2): 113–59. Griffiths experiment.wmv.avi http://en.wikipedia.org/wiki/Frederick_Griffith Yıldırım ve ark. 2007 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Griffith Deneyi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ Yıldırım ve ark. 2007 http://en.wikipedia.org/wiki/Avery%E2%80%93MacLeod%E2%80%93McCarty_experiment Yıldırım ve ark. 2007 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ Klug and Cummings 1994

Oswald T. Avery Colin M. MacLeod Maclyn McCarty (1877-1955, 78 yaş) (1909-1972, 63 yaş) (1911-2005, 94 yaş) Avery, O.T., MacLeod, C.M., McCarty, M. 1944. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types. Induction of transformation by a desoxyribonucleic acid fraction isolated from Pneumococcus type III. J. Exp. Med. 79:137–158. http://en.wikipedia.org/wiki/Avery%E2%80%93MacLeod%E2%80%93McCarty_experiment 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ Klug and Cummings 1994

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ Hershey and Chase Experiment Klug and Cummings 1994 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Erwin Chargaff (1905-2002, 97 yaş) Farklı organizmalarda DNA’yı oluşturan bazlar arasında her zaman aynı oranın geçerli olduğunu buldu. Chargaff oranı: A sayısı T sayısına, G sayısı C sayısına eşittir. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

%A %G %C %T A/T G/C %GC %AT 24.0 23.3 21.5 31.2 0.77 1.08 44.8 55.2 Organism %A %G %C %T A/T G/C %GC %AT φX174 24.0 23.3 21.5 31.2 0.77 1.08 44.8 55.2 Maize 26.8 22.8 23.2 27.2 0.99 0.98 46.1 54.0 Octopus 33.2 17.6 31.6 1.05 1.00 35.2 64.8 Chicken 28.0 22.0 21.6 28.4 1.02 43.7 56.4 Rat 28.6 21.4 20.5 1.01 42.9 57.0 Human 29.3 20.7 20.0 30.0 1.04 40.7 59.3 Grasshopper 41.2 58.6 Sea Urchin 32.8 17.7 17.3 32.1 35.0 64.9 Wheat 27.3 22.7 27.1 45.5 54.4 Yeast 31.3 18.7 17.1 32.9 0.95 1.09 35.8 64.4 E. coli 24.7 26.0 25.7 23.6 51.7 48.3 http://en.wikipedia.org/wiki/Chargaff%27s_rules 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Chargaff Kuralları 1949-1953 İkili sarmaldaki DNA molekülünde: 1. %A = %T, %G = %C 2. (A+G) = (T+C) 3. %(A+T) ≠ %(G+C) Chargaff E. 1950. Chemical specificity of nucleic acids and mechanism of their enzymatic degradation. Experientia 6(6):201-209. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.3. DNA’nın Fiziksel ve Kimyasal Yapısı 2.3.1. Nükleotitler 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Linus Pauling California Technology Institute (Caltec) 1953 X-ışını kristalografisi, Protein, Alfa sarmal (α-helix), 3’lü Nobel Prize in Chemistry 1954 Nobel Peace Prize 1962 http://blogs.oregonstate.edu/getreal/ files/2011/10/94130-004-EF97FDC3.jpg 1901-1994, 93 yaş 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Nobel Ödül Töreni 1962 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ From left to right: Prof. Maurice Wilkins (Physiology & Medicine), Dr. Max Perutz (Chemistry), Francis Crick (Physiology & Medicine), John Steinbeck (Literature), James Watson (Physiology & Medicine), Dr. John Kendrew, (Chemistry).

34 Å – DNA’nın tam bir sarmal dönüşü 1 Angstrom (Å) = 1×10-10 metre 34 Å – DNA’nın tam bir sarmal dönüşü 3.4 – Birbirini izleyen iki baz arasındaki mesafe 10 baz/dönüş s.38 http://www.angstrom-mineral.com/pics/angstrom-size.jpg Karaçay 2012 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

km 1000 m hm 100 m dkm 10 m m 1 m dm 0.1 m cm 0.01 m mm 0.001 m nm 0.000000001 m (1×10-9) Å 0.0000000001 m (1×10-10) pm 0.000000000001 m (1×10-12) 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

http://www. grin. com/object/external_document http://www.grin.com/object/external_document.235961/c424fa75f53e5e99a4b29e157d7bc6dc_LARGE.png http://bio1151.nicerweb.com/Locked/media/ch16/16_07DNA.jpg 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.3.3. Baz Eşleşmesi ve Çift Sarmal 2.4. DNA Replikasyonunun (Eşleşmesinin) Özelliği 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Meselson and Stahl Experiment.mp4.avi Meselson-Stahl Experiment.avi Matthew Stanley Meselson Franklin William Stahl (1930- , 85 yaş) (1929- , 86 yaş) 1957 Meselson and Stahl Experiment.mp4.avi Meselson-Stahl Experiment.avi http://www.ibiomagazine.org/issues/september-2011-issue/matthew-meselson.html http://www.fas.harvard.edu/~hsp/images/meselson.jpg http://www.g2conline.info/content/c16/16448/16448_stahloffice.jpg http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Replicacion/Meselson__Stahl__Chase.jpg 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 Klug and Cummings 1994 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.5. Farklı Organizmalarda DNA Molekülünün Büyüklüğü Genom: organizmanın sahip olduğu tüm DNA Diploid: organizmanın 2 gen seti Haploid: organizmanın 1 gen seti C-değeri: haploid organizmadaki toplam DNA 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Kromozom, Genome, Gen Sayıları Canlı (Latince) 2n Genom (bç) Gen Haploid C-değeri AIDS (HIV) 1 ssRNA) 9.0×103 ? Influenza (grip) (Haemophilus influenzae) 1 1.8×106 1,738 Koli basili (Escherichia coli) 1 4.2×106 4,377 Maya (Saccharomyces cerevisiae) 32 1.3×107 ? Nematod (Caenorhabditis elegans) 12 9.7×107 ? Yabani tere (Arabidopsis thaliana) 10 1.3×108 28,000 Meyve sineği (Drosophila melanogaster) 8 1.4×108 17,000 Üzüm (Vitis vinifera) 38 4.8×108 30,434 Tavuk (Gallus gallus) 78 1.2×109 16,736 Zeytin (Olea europaea) 46 2.2×109 ? İnsan (Homo sapiens) 46 3.3×109 22,333 Mısır (Zea mays) 20 4.5×109 ? Salamander (Amphiuma means) 28 9.0×1010 ? Yıldırım ve ark. 2007 http://en.wikipedia.org/wiki/Genome http://lifes.nchu.edu.tw/upload/fnews/200941514748/Ch7.pdf 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

İnsanda yaklaşık kaç gen bulunur? Pertea, M., Salzberg, S.L. 2010. Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes. Genome Biology 11:206. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

İlk baz dizilimi çıkartılan organizmalar 1977 – DNA 1995 – Haemophilus influenzae, bakteri gram- 1996 – Saccharomyces cerevisiae, maya 1998 – Caenorhabditis elegans, nematod 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Şimdiye kadar kimlerin genom haritası çıkartılmıştır? J. Craig Venter (1946- , 69 yaş) (Kafkasyalı erkek 7.5-kat) James D. Watson (1928- , 87 yaş) (Kafkasyalı erkek 7.4-kat) Han Çinli (YH 36-kat) Yoruban (Nijeryalı 30-kat) Lösemi hastası kadın (33- ve 14-kat tümör ve normal doku) Seong-Jin Kim (Koreli 29-kat) Steve Jobs (1955-2011, 56 yaş) ($100,000) … Haziran 2012 itibari ile 69 insanın genomu çıkartılmıştır. 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Ödev 10.11.2015’e Kasım 2015’e kadar kaç organizmanın genom haritası çıkartılmıştır? 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Sizce bir insanın genom haritasını çıkartmak kaça mâl olur? 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

US$100,000 by 2009, US$1,000 by 2014 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ https://en.wikipedia.org/wiki/Personal_genomics 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.6. Genetik Kod DNA  RNA  protein Santral Dogma http://en.wikipedia.org/wiki/Central_dogma_of_molecular_biology DNA  RNA  protein Santral Dogma 1958 – Symp. Soc. Exp. Biol. XII, 139-163. 1970 – Crick F. 1970. Central dogma of molecular biology. Nature 227(5258):561-563. The Central Dogma of Biology.avi Animation The Central Dogma.avi 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Kodon: mRNA üzerinde her biri bir amino asidi temsil eden üçlü nükleotid dizilimi Antikodon: tRNA’da bulunan ve mRNA’daki bir kodonun tamamlayıcısı olan üçlü baz dizisi (AUG-metiyonin) Çift iplikli DNA’nın sadece biri protein kodladığından genetik kod, baz çifti yerine baz dizilimi olarak yazılmaktadır. s.67 Yıldırım ve ark. 2007 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.10. DNA’daki Özel Baz Dizileri 2.10.1. Tersine Çevrilmiş Tekrar ve Ayna Tekrar Dizilimleri 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.11. DNA’nın Farklı Sarmal Formları 2.11.1. Z-DNA, B-DNA, A-DNA 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.12. Halkasal ve Süper Kıvrımlı DNA 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.12.1. Özel Süper Kıvrım Tipleri 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.13.1. Histonlar ve Nükleozomlar 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

2.15.1. tRNA 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

1968 Nobel Tıp veya Fizyoloji Har Gobind Khorana – kodon -antikodon Marshall Warren Nirenberg – kodon-antikodon Robert Holley – taşıyıcı RNA yapısı s.43 1922-2011, 89 yaş 1927-2010, 83 yaş 1922-1993, 71 yaş Karaçay 2012 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ

Sınava katılacak: 51 Toplam puan: Ort.: Arasınav 10.11.2015 Salı 13:30 C1-101 ADÜ ZF Çoktan seçmeli 5 seçenekli <50 soru 30-45 dakika Sınava katılacak: 51 Toplam puan: Ort.: 25.04.2017 BB203 Zeynel DALKILIÇ