MİKROBİYOLOJİK ÖRNEKLERİN ALINMASI ve LABORATUVARA GÖNDERİLMESİ Dr.Metekoray VURAL Tıbbi Mikrobiyoloji Uzm.

KONU BAŞLIKLARI Genel kurallar Çeşitli Örnekler ile İlgili Örnek Alım Kuralları Örneklerin Kabul Veya Red Edilmesi İle İlgili Kriterler

Mikrobiyolojik inceleme sonuçlarının klinik anlam taşıması ve zamanında elde edilebilmesi için örnek seçimi, alınması, laboratuvara ulaştırılması ve gerektiğinde uygun koşullarda saklanması ile ilgili kurallara uyulması son derece önemlidir. Bu işlemlerin uygun olduğu örneklerde, kontaminasyon oranları daha az olmakta, gerçek hastalık etkeninin izolasyon şansı artmaktadır.  

Genel kurallar Güvenlik önlemleri: Örnek alımı sırasında mutlaka önlük giyilmeli, eldiven takılmalı, gerektiğinde maske ve/veya gözlük ile yüz ve mukozalar korunmalıdır. Örnek alımında kullanılan kaplar güvenli olmalı, sızdıran veya ağzı açık kaplarla örnek gönderilmemelidir. Enjektör ile alınan örnekler steril bir tüpe aktarılarak laboratuara gönderilmelidir.

Örnek alımı: Örnek uygun teknikler ve malzeme kullanılarak etken mikroorganizmanın en yüksek olasılıkla izole edilebileceği anatomik bölgeden steril şartlarda alınmalıdır. Normal flora ile kontaminasyondan kaçınılmalı ve bunun için gerekli önlemler alınmalıdır. Örnekler mikrobiyolojik incelemeler için yeterli miktarlarda gönderilmelidir.

Örnekler uygun taşıma kaplarında gönderilmelidir. Örnek kabına barkod mutlaka yapıştırılmış olmalıdır.

Laboratuvara ulaştırma ve saklama koşulları: Üremesi güç ve dış ortama duyarlı bakterilerin ölmesi Normal flora üyelerinin aşırı çoğalıp patojen bakteri üremesini inhibe edebilmesi İdrar, balgam gibi kantitatif kültürlerde bakteri sayısının artmasından dolayı Kültür 1-2 saat içerisinde laboratuvara gönderilmelidir.

İşleme alınması gecikecek olan bir çok örneğin buzdolabında saklanması gereklidir. ( BOS, genital sistem, göz, iç kulak örnekleri( timpanosentez sıvısı ), steril vücut sıvıları ve kan kültürleri hariç) Soğutma işlemi, patojenlerin canlılığını ve göreceli sayılarını korur. Bu, özellikle idrar ve balgam gibi semi kantitatif ve kantitatif kültürler için önem taşımaktadır.

Genel olarak normal flora içeren örnekler +4⁰C de, steril örnekler (BOS, steril vücut sıvıları v.b) ise oda ısısı veya 37⁰C’ de (idrar hariç) saklanmalıdır. Bakteriyolojik inceleme için gönderilen örnekler 24 saatten uzun süre saklanamaz. Viral inceleme yapılacaksa en fazla 5 gün +4⁰C’ de saklanmalıdır.

Taşınma süreleri genel olarak, örnek miktarı ile ilişkilidir Taşınma süreleri genel olarak, örnek miktarı ile ilişkilidir. Örnek az ise, 15-30 dk içinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Laboratuvara ulaşım gecikecekse veya örnek referans laboratuvara gönderilecekse Stuart, Cary-Blair veya Amies gibi steril transport ortamları kullanılmalıdır.

Transport sistemleri örneğin kurumasını önler, pH’nın korunmasını sağlar, çok yavaş olarak çoğalmayı sağlar ve anaerop ortam sağlar (anaeroplara özel olanlar) Taşıma ortamlarında bakteriler 24-120 saat canlılıklarını koruyabilirler. Örneklerin buzdolabında saklanması bakterilerin canlı kalma olasılığını artırır.

Çeşitli Örnekler ile İlgili Örnek Alım Kuralları

KAN KÜLTÜRÜ En uygun zaman ateş ve döküntü gibi bulguların ortaya çıkmasından 30- 60 dakika öncesidir. Pratikte en uygunu, ateş yükselmeye başladığında kültürlerin alınmasıdır. Kan alınacak bölge önce batikonla, daha sonra % 70 lik alkolle iyice temizlendikten sonra alınan kan, lastik tıkacı % 70 lik alkolle temizlenmiş steril kan kültürü şişelerine aktarılır. Kan kültürü şişesine kanın eklenmesinden hemen sonra şişe hafifçe alt- üst edilmelidir. Kanda en fazla mikroorganizma ateş pikinden 1-1,5 saat önce bulunduğundan en ideal kan kültürü örneği alım zamanı bu zamandır.

Kesinlikle çalkalama yapılmamalıdır. Kültür şişesi hemen laboratuvara ulaştırılamayacaksa oda ısısında(buzdolabı değil), varsa etüvde 24 saate kadar bekletilebilir. Kontaminasyon mu, enfeksiyon mu ayrımı için her zaman iki şişe kan kültürü alınmalıdır.

48 saat sonra üreme olmazsa tekrarlanmalıdır. Bir ven girişinden alınan kan kaç şişeye inoküle edilirse edilsin tek bir kültür olarak değerlendirilir. Akut sepsis hariç, 1 saatten daha kısa aralıklarla kan kültürü alınmamalıdır. 48 saat sonra üreme olmazsa tekrarlanmalıdır. Kataterden kaynaklanan bir infeksiyon düşünülmüyorsa kan alımının kateterden yapılmasından kaçınılmalıdır. Kanda en fazla mikroorganizma ateş pikinden 1-1,5 saat önce bulunduğundan en ideal kan kültürü örneği alım zamanı bu zamandır.

Erişkin hastalardan her damar içine girişte 8-10 ml kan alınır. Çocuk hastalardan 1-3 ml arası kan almak yeterli olur. Hematolojik, biyokimyasal ve benzeri tetkikler alınırken kan kültür örneği alınmaz. Çünkü çok amaçlı alımlarda kontaminasyon riski artar. Örnek mayi giden koldan alınmamalıdır.

İDRAR Kültür amacıyla laboratuvarımıza en fazla gelen numune idrardır. İdrar kültürü istenecek hastalarda, hastaların semptomu olup olmadığı istek formunda belirtilmelidir. Mikroorganizmalar daha konsantre olduğundan mümkünse ilk sabah idrarı veya mesanede en az 3 saat beklemiş idrar alınmalıdır. Semptomatik hastalarda tanı için bir idrar örneği yeterlidir. Renal Tbc. şüpheli hastalarda ise birbirine takip eden üç gün sabah idrarları alınmalıdır.

Orta akım idrar örneği; İdrar örneği alınırken steril, geniş ağızlı kaplar kullanılmalı ve kabın dışına bulaş önlenmelidir. Kolonize olan mikroorganizmaların kontaminasyonunu önlemek için üretra ağzına sabunla temizlik yapılmalıdır. İlk gelen 10-15 ml idrarı tuvalete yaptıktan sonra 50-100 ml’yi idrar kabına, son idrarı yine tuvalete yapar.

İdrar torbasının borusu klemplenerek idrar birikmesi sağlanır. Sürekli idrar katateri; İdrar torbasının borusu klemplenerek idrar birikmesi sağlanır. Kateterden örnek alınacak bölge batikon veya %70’lik alkolle silinerek dezenfekte edilir. Batikon kuruduktan sonra enjektör ile alınan idrar steril kaplara alınarak laboratuvara gönderilir. İdrar torbasında biriken veya foley sonda ucundan toplanan idrar örneği mikrobiyolojik inceleme için uygun değildir.

Bebekte penis/vulva çevresi iyice temizlenir. Bebek/plastik torba ile; Bebekte penis/vulva çevresi iyice temizlenir. Steril idrar toplama torbaları yapıştırılarak sık sık izlenir. (30 dk içinde idrar toplanamazsa yeni torba takılır) Örnek bekletilmeden laboratuvara gönderilir.

Anaerobik idrar yolu enfeksiyonu şüphesinde, Suprapubik aspirasyon; Anaerobik idrar yolu enfeksiyonu şüphesinde, Çocuklarda orta akım idrarı alınamadığı durumlarda, Erişkinlerde kesin tanı konmak amacıyla kullanılmaktadır. Hastaya mesane dolana kadar su içirilmeli, suprapubik bölge traşlandıktan sonra antiseptikle silinmelidir.

İzole edilmesi istenen mikroorganizma bakteri ise 0,5- 1ml, mantar ve mikobakteri ise 20ml, virüs ise 10-50ml idrar toplanması gerekmektedir. Alınan örnek 30 dk içinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Eğer bu süre uzayacaksa +4⁰C’ de 24 saatten fazla olmamak kaydıyla saklanmalıdır. Steril olmayan, kırık, kapağı iyi kapanmamış kaplarda gönderilen örnekler kabul edilmez.

Gaita Örnekleri Gaita örnekleri özellikle ishal başladıktan hemen sonra ve antibiyotik tedavisi başlanmadan önce alındığında en yararlıdır. Örnek kaplarının steril olması gerekmez. 5-10 ml (yaklaşık 2-4 gram) taze dışkı inceleme için yeterlidir. Farklı birkaç tetkik türü istenmiş ise her biri için 2x veya 3x 5-10 ml miktarında örnek olmalıdır. Kültür için alınan örnekler 2 saat içinde laboratuvara gönderilmeli, bu sağlanamıyorsa 24 saati aşmayacak şekilde buzdolabında(+4⁰C) saklanmalıdır. Örnek dondurulmamalıdır.

Çok küçük çocuklar ve yoğun bakım hastaları gibi gaita örneğinin kolaylıkla elde edilemediği durumlarda steril eküvyon ile rektal sürüntü örnekleri alınarak incelenir. Parazit incelenmesinde örnek gaita, sıcaklığını kaybetmeden 30 dk içerisinde laboratuvara gönderilmelidir. Üç örnekte inceleme isteniyorsa, paraziter incelemelerde 48 saat, infeksiyöz ishallerde 24 saat süre geçmiş olmalıdır. Gaita kültürlerinde anaerobik inceleme yapılmaz.

Hastanede yatışının üzerinden 3 günden fazla zaman geçmiş ve antibiyotik kullanan hastalardan rutin dışkı kültürü istenmesi ve Rutin dışkı kültürü için şekilli dışkı gönderilmesi red kriterleridir (Salmonella ve Shigella diyare nedenidir)

ABSE/YARA

Tercih edilen örnek doku örneği veya aspirasyon materyalidir Tercih edilen örnek doku örneği veya aspirasyon materyalidir. Ancak bunu almak her zaman mümkün olmamaktadır. Dolayısıyla laboratuvara en sık sürüntü örnekleri gelmektedir. Açık veya yüzeyel yaralarda, yara yüzeyi steril serum fizyolojikle temizlendikten ve gerekirse debridman yapıldıktan sonra örnek steril eküvyonla yara ile sağlam doku kenarından alınmalıdır. Kapalı ve derin yaralarda, yüzey dezenfeksiyonu yapıldıktan sonra lezyon tabanından aspirasyon yapılmalı ve alınan örnek enjektör ile gönderilmelidir.

Çift örnek alınması tercih edilmelidir. Yüzeyel ve derin yara örnekleri oda sıcaklığında 2 saat içerisinde laboratuvara gönderilmelidir. Zorunlu hallerde oda sıcaklığında 24 saat transport besiyeri içerisinde bekletilebilir. Buzdolabında bekletilmemelidir.

SOLUNUM SİSTEMİ ÖRNEKLERİ

Boğaz Abeslang ile dile hafifçe bastırılır. Örnek almak için steril eküvyon posterior farenkse, tonsiler bölgeye ve iltihaplı veya ülserleşmiş herhangi bir bölgeye sürülür. Yanak, dil, uvula ve dudaklara sürmekten kaçınılmalıdır

Burun Eküvyon burun deliklerinden içeri 2 cm kadar itilir. Nazal mukoza üzerinde çevrilerek örnek alınır. S.aureus taşıyıcılığı dışında burun kültürleri anlamlı değildir.

ALT SOLUNUM YOLU ÖRNEKLERİ Balgam: Balgam alınmadan önce hasta ağzını su ile gargara yapmalı ve çalkalamalıdır (orofaringeal flora ile kontaminasyonu azaltmak için). 1-2 saat öncesine kadar bir şey yememiş olmalıdır. Tükrük veya postnazal akıntı çıkarmaması konusunda hasta uyarılmalı . Derin bir nefes aldıktan sonra steril kaba öksürerek örnek vermesi gerektiği anlatılmalıdır

İndüklenmiş balgam (hasta balgam çıkaramıyorsa): Islak diş fırçası kullanarak , ağız mukazası , dil ve diş etleri fırçalandıktan sonra hastanın ağzı su ile çalkalanır. Nebulizör (buhar makinesi) kullanarak, hastanın yaklaşık 20-30 ml, % 3-10'luk NaCl’den soluması sağlanır. İndüklenen balgam steril kaplara alınır

Solunum yolu örnekleri oral floranın aşırı gelişimini azaltmak için mümkün olduğunca çabuk laboratuvara ulaştırılmalıdır (2 saat) Örnekler transport besiyerlerine alınmışsa bakteriyel örnekler oda sıcaklığında, viral örnekler 4-8⁰C de 24 saat bekletilebilir.

BOS(Beyin Omurilik Sıvısı) Alınacak BOS miktarı bakteri kültürü için 1 ml’den mantar ve ARB kültürü için 2 ml’den az olmamalıdır. BOS en geç 15 dakika içerisinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Laboratuvara gönderilmeyen örnekler oda ısısında bekletilmeli ve bekleme süresi en fazla 24 saat olmalıdır. 1.Tüp biyokimya 2. Tüp mikrobiyoloji 3. Tüp hemato

STERİL VÜCUT SIVILARI (asit, abdominal, safra, eklem, pericardial, peritoneal, plevral, sinoviyal sıvı)

Olabildiğince fazla sıvı almaya çalışılmalıdır. Örnek steril kapaklı tüpe en az 1 ml olmak üzere konulur. 15 dakika içinde örnek laboratuvara ulaştırılır. Perikardiyal sıvı ve fungal kültür dışında olanlar 24 saat oda ısısında saklanabilir. Perikardiyal sıvı ve fungal kültür için örnekler +4°C’de saklanır. Eğer bu sıvılardan hücre sayımı yapılacaksa 2 mL’lik miktar EDTA’lı tüpe aktarılır ve laboratuvara analiz için gönderilir.

DİĞER

Genitoüriner Sistem Örnekleri Genital örnekler çok sayıda normal flora üyesi bulunduran bölgeden alındıkları için örnek seçimi ve alımı önem tasır. Direkt mikroskobik inceleme ve kültür için sürüntü örnekleri farklı eküvyonlarla yapılmalıdır. Servikal ve endoservikal örnekler vajinal sekresyonla kontamine edilmeden alınmalıdır. Örnekler hızla laboratuvara ulaştırılmalı ve nakil besiyeri kullanılmalıdır.

Üretral akıntı: Örnek alırken kadınlar jinekolojik pozisyonda, erkekler ayakta olmalıdır. Örnek özel eküvyonlarla alınır, uygun transport besiyeri içine konulur.Üretradan örnek alırken hastanın son idrarını yapmasından bu yana en az 1 saat geçmiş olması önemlidir. Akıntı varlığında direkt akıntıdan örnek alınır, gözle görülen bir akıntı yok ise ince swap üretra içine 2-3 cm kadar sokulduktan sonra döndürülerek örnek alınır.

Vajen kültürü: Sekresyon ve akıntılar silinir. Vajinanın mukozal membranından steril eküvyonla sekresyon alınır ve transport besiyerine konulur. Örnek oda ısısında 24 saat saklanabilir.

Göz sürüntüsü: Flora ile kontaminasyon olasılığı nedeniyle kornea örneklerinde sürüntü yerine kazıntı örnekleri tercih edilmelidir, gram boyama kazıntı örneklerinde daha iyi sonuç vermektedir. Eküvyonla alınan sürüntü örneği ya hemen ekilmeli veya transport besiyeri içine batırılıp laboratuvara gönderilmelidir. Direkt inceleme ve kültür ayrı ayrı isteniyorsa iki ayrı örneğin gönderilmesi gerekmektedir.

Kulak Sürüntü Örneği: Transport besiyeri içeren steril tüpe yerleştirilmiş steril eküvyon kullanılır. Eküvyonla dış kulak yoluna girilir, eküvyon döndürülerek örnek alınır, trasnport besiyeri içine batırılıp laboratuvara gönderilir. Otitis mediada timpanosentez ile örnek alınmalıdır.

Katater Kültürü: Santral kataterlerde enfeksiyon belirti ve bulgusu varsa katater çevresindeki deri antiseptik ile temizlenir. Katater aseptik olarak çıkarılır ve uzaklaştırılır ve 5 cm’lik distal ucu steril kapaklı bir tüpe veya kaba konulur. Örnek 15 dk. içinde laboratuvara ulaştırılır. Bu süre içinde örnek oda ısısında bekletilir. Laboratuvara gönderilemeyen örnekler en fazla 24 saat +4°C’de bekletilir.

Örneklerin Kabul Veya Red Edilmesi İle İlgili Kriterler

Örneğin uygun olmayan tüp veya kaba alınmış olması Örneğin üzerinde barkod olmaması, barkotunun yanlış basılması ya da yanlış kaplara yapıştırılmış olması Örneğin uygun olmayan tüp veya kaba alınmış olması   Örneklerin laboratuvara uygun ısı koşullarında ulaşmamış olması, Örneklerin önerilen sürelerin dışında bekletilmiş olması Mesela balgam petri kabında veya kan kültürü biyokimya tüpünde

Bir başka materyalle kontamine örnekler (idrarın dışkı ile karışmış olması gibi)   Örneğin yetersiz veya gerekenden fazla olması Kırık, çatlak kap ile gönderilen örnekler, örneğin kap veya enjektörün dışına sızmış olması Steril kapla gönderilmesi gereken örneklerin steril olmayan kapla gönderilmesi,

Örneğin aynı gün içerisinde aynı işlem için ikinci kez gönderilmesi: (kan kültürleri hariç) Mikrobiyolojik inceleme için örneklerin formalin içinde gönderilmesi, Mikobakteri incelemesi için 24 saat süre ile toplanan balgam ve idrar gönderilmesi Boyalı mikroskopik inceleme için örneklerin taşıma besiyerinde gönderilmesi