ORGANİK KİMYA VE BİYOKİMYAYA GİRİŞ, LABORATUVAR ARAÇ-GEREÇLERİ III Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2006

MOLEKÜLLER Moleküllerin üç boyutlu yapıları, değişik şekillerde gösterilebilir (molekül formülleri). Perspektif diagram (stereokimyasal gösteriş), küre-çomak modeli ve alan doldurma modeli (van der Waals modeli) önemli şekillerdir.

Stereokimyasal gösterişte normal çizgili bağlar düzlem içinde, noktalı çizgili bağ düzlemin arkasında, kalın çizgili bağ ise düzlemin önünde bulunmaktadır.

Molekül ya da iyonu oluşturan atomları sadece değerlik elektronlarını (en dış kabuk elektronlarını) göstererek bir araya getirerek yazma biçimi, Lewis yapılarını (elektron-nokta formüllerini) yazma biçimidir.

Molekül ya da iyondaki bir atomun grup numarasından serbest ve bağlı değerlik elektronları sayısı çıkarılarak o atomun formal yükü bulunur.

Molekül ya da iyonun toplam yükü, molekül ya da iyondaki atomların birim (+) ya da (-) formal yüklerin toplamıdır.

İzomerlik İzomerlik, kapalı formülü aynı, açık formülleri farklı olan bileşiklerle ilgili bir tanımlamadır. Aynı molekül formülüne sahip farklı bileşikler izomer bileşiklerdir. Çeşitli izomerlik şekilleri tanımlanmıştır: -Yapısal izomerlik -Stereoizomerlik

Yapısal izomerler Moleküldeki atomların dizilişi veya yeri farklı olan izomerlerdir.

Stereoizomerler Moleküldeki atomların uzayda düzenlenişleri farklı olan izomerlerdir.

Stereoizomerler iki türdür: Diastereoizomerler (cis-trans izomerler, geometrik izomerizm) Enantiyomerler (optik izomerizm)

Geometrik izomerler (cis-trans izomerler, diastereoizomerler), atomların uzaydaki yönelmeleri bir çift bağa veya bir düzleme göre farklılık gösteren bileşiklerdir.

Enantiyomerler, şiral moleküllerdir; dört farklı grubun bağlı olduğu karbon atomu (asimetrik karbon atomu, şiral merkez) içerirler.

enantiyomerler, birbirinin ayna görüntüsü biçimindedirler.

Enantiyomerlerden biri polarize ışık düzlemini sağa çevirir (+), diğeri sola çevirir (-)

İki enantiyomeri 50/50 oranında içeren bir karışım polarize ışık üzerine etkisizdir. Böyle karışıma rasemik karışım (rasemat) denir.

Fonksiyonel gruplar Fonksiyonel gruplar, bir organik moleküle spesifik kimyasal özelliklerini veren atom veya atom gruplarıdırlar. alkan alken alkin alkilhalid alkol karboksilik asit amin amid aldehit keton

ester eter anhidrid nitril nitroalkan Tiyol (sülfhidril) epoksit aren

Molekül ağırlığı ve mol Molekül ağırlığı, bir maddenin molekülünün yapısına katılan tüm atomların ağırlıklarının toplamıdır. suyun (H2O) molekül ağırlığı; 2 x 1,008 + 16,00 = 18,016’dir.

Mol, molekül ağırlığının gram cinsinden ifadesi olarak tanımlanır. 1 mol (1000 mmol) su, 18,016 gram su demektir. 18,016 gram su 1 mol’dür. 18016 gram (18,016kg) su, (18016/18,016) = 1000 mol’dür. 1 L (1000 ml, 1000 gram) su, (1000/18,016) = 55,5 mol’dür.

Ekivalan ağırlık (eşdeğer ağırlık) ve ekivalan sayısı (Eq) Bir element veya bileşiğin ekivalan ağırlığı, 1 mol hidrojen ile birleşen veya onun yerine geçebilen miktarını ifade eder; molekül ağırlığını değerliğe bölerek hesaplanır.

Ekivalan sayısı (Eq), ekivalan ağırlığın gram cinsinden ifadesidir. 1 Eq (1000 mEq) HCl, 36,46 gram HCl demektir. 36,46 gram HCl, 1 Eq (1000 mEq) HCl’dir. 1 Eq (1000 mEq) kalsiyum, 40,08/2=20,04 gram kalsiyum demektir. 20,04 gram kalsiyum 1 Eq (1000 mEq) kalsiyumdur.

Biyokimyada uygulanan işlemler Klinik Biyokimya laboratuvarlarında, biyolojik materyallerde, *hastalıkların tanısı, *hastalıkların ayırıcı tanısı, *bir hastalığın şiddetinin belirlenmesi, *bir hastalığın sağaltımının izlenmesi, *bulgu vermeyen bir hastalığın ortaya çıkarılması amacıyla laboratuvar analizleri yapılır.

Biyolojik materyaller: biyolojik sıvılar Kan, idrar, beyin-omurilik sıvısı (BOS, serebrospinal sıvı), amniyon sıvısı, mide özsuyu, sperma Plevra sıvısı, periton sıvısı, eklem sıvısı (sinovyal sıvı) ovaryum kisti, hidatik kist gibi kist sıvıları ve çeşitli fistüllerden sızan sıvılar

safra yolu ve idrar yolu taşları gibi katı kısımlar biyopsi parçaları kemik iliğinden aspirasyonla alınan aspiratlar bronkoalveoler lavaj sıvısı (BAL) solunumla verilen hava

Laboratuvar analizlerinin çeşitli türleri vardır: 1) Kalitatif (nitel) analizler: Tanımlama testleridir; sonuçları var-yok veya pozitif-negatif olarak ifade edilir. 2) Kantitatif (nicel) analizler: Miktar veya aktivite belirleme analizleridir; sonuçları miktar veya aktivite büyüklüğünü gösteren bir sayı ve birimle ifade edilir. %g= g/dL=1000 mg/dL %mg=mg/dL=1000 g/dL %g= g/dL=1000 ng/dL %ng=ng/dL=1000 pg/dL Mol/L=1000 mMol/L mMol/L=1000 Mol/L Eq/L=1000 mEq/L IU/L=1000 mIU/L=1mIU/mL