Gübreler ve Gübreleme: Toprağın besin elementi ve verimlilik dengesini korumak amacıyla ekimden önce toprak tahlili yapılmalı organik üretimde kullanılması gereken ve sentetik olmayan besin elementleri kullanılmalıdır Tarımda kullanılan organik tabiatlı gübreler denildiği vakit ahır gübresi, yeşil gübre ve her türlü organik artık ve atıkların usulüne uygun fermente edilerek çürütülmesi (olgunlaştırma) ile elde edilen kompost akla gelmektedir. Ayrıca toprakların hem canlılığını devam ettiren ve hem de doğal yollardan toprağa bitki besin maddelerinin, köklerle ortak yaşama neticesinde tespit edilmesini sağlayan mikroorganizmaları da biyogübre (organik gübre) kaynağı olarak kabul etmek gerekmektedir. Ahır gübresi, çiftlik hayvanlarının katı ve sıvı dışkıları ile yataklık olarak kullanılan bitkisel materyallerden oluşmaktadır. Ahır gübresi organik tarımın vazgeçilmezi olan çok değerli bir gübredir. Zerresinin kaybedilmeden tarımda kullanılması gerekmektedir. Temel prensip olarak organik tarım yapılan işletmelerde hem bitkisel ve hem de hayvansal üretimin belli bir bütünlük içerisinde yapılması gerekmektedir. Böylece de bitkisel organik üretim için işletmenin ihtiyacı olan ahır gübresi işletmeden karşılanmış olur. Ahır gübresinin hangi hayvan cins ve ırklarından elde edildiğinin, kullanılan altlığın ne olduğunun bilinmesi ve belirtilmesi gereklidir. Hatta ahır gübresinin kullanılmadan önce, analiz edilerek içeriğinin tespit edilmesi uygundur.

Günümüz tarımında önem kazanan biyohümin ise bitki büyüme ve gelişmesini destekleyen, bitkiler için gerekli 16 besin elementini içeren humus ve mineral madde kompleksleriyle toprağı yeniden canlandıran kalori değeri düşük, ham linyit kömürünün biyo-teknik yöntemlerle işlenerek hümik bileşiklerle takviye edilmesi sonucu elde edilen çok işlevli toprak düzenleyici ve organik gübre özelliklerine sahip bir maddedir. Organik tarımda kullanılacak 2. organik gübre kaynağı yeşil gübrelerdir. Yeşil aksamı, özellikle yaprağı bol olan tek yıllık otsu bitkilerin gelişme dönemlerinin belirli bir zamanında ve yeşil aksamının bol olduğu devrede toprakla karıştırılmasına “yeşil gübreleme” ve bu amaçla kullanılan bitkilere “yeşil gübre” bitkisi denir. Bu bitkiler toprağa karıştırıldıktan sonra çürüyerek iyice toprak organik maddesi haline gelir. Yeşil gübrelemede amaç toprağın organik madde içeriğini zenginleştirerek fiziksel, kimyasal ve biyolojik özelliklerini iyileştirmektir. Yeşil gübre bitkisi olarak baklagiller kullanılmış ise, bu bitkiler aynı zamanda kökleri vasıtasıyla atmosferin serbest azotunu bağladıkları için toprağa azot da kazandırırlar. Ayrıca bu bitkilerin kökleri geniş bir toprak kitlesiyle temas halindedir. Bu nedenle yeşil gübre olarak değerlendirilen bu bitkiler, toprak derinliklerindeki mikro elementleri de alır, dolayısıyla toprağa karıştırıldıkları zaman bu elementleri toprak yüzeyine de taşırlar.

Yeşil gübre olarak hızlı gelişen, bol yeşil aksamı olan ve fakir topraklarda bile yetişebilen bitkiler tercih edilmelidir. Organik tarımdaki çok önemli bir diğer organik gübre kaynağı organik artık ve atıkların değerlendirilerek kompost yapılması ve olgunlaşmış kompostun organik gübre olarak toprağa verilmesidir. Organik bitkisel üretimde, toprağa bitki besin elementleri ve organik madde temin etmenin en ekonomik ve kolay yolu, çiftlik içerisinde oluşan hayvansal ve bitkisel atık ve artık maddelerin kompostlanarak toprağa uygulanmasıdır. Bu uygulama ile toprak verimliliğinin sürekliliği sağlandığı gibi, zararlıların ve hastalık amillerinin büyük bir bölümü de ortadan kaldırılmış olur. Ayrıca, bu artık ve atıkların neden olduğu çevre kirliliği ve kötü koku da en aza indirilir. Bitkisel ve hayvansal organik artık ve atıkların, havalı (oksijenli) ortamda (aerobik) yığın halinde veya uygun bir çukurda, belirli bir nemlilikte karıştırılarak mikrobiyolojik yolla ayrıştırılması işlemi kompostlama, meydana gelen ürün de kompost olarak adlandırılmaktadır.

Azot(N): Tarla bitkilerinin iyi bir nodül bağlayamaması haricinde azot gübrelemesi önerilmemektedir. Toprak tahlili sonucuna göre ve imkanlar doğrultusunda bitki besin elementi ihtiyacı organik ticari gübre, yanmış ahır gübresi veya yeşil gübrelerden biriyle karşılanabilir. Toprakta mevcut besin elementi ve kullanılacak organik gübrenin besin içeriği doğrultusunda gerekli miktarda gübre toprağa uygulanmalıdır. Ahır gübresi uygulanması durumunda gübre toprağa tohum yatağı hazırlamadan önce verilmeli ve gübrenin yanmış olmasına dikkat edilmelidir. Fosfor(P): Bitkinin alacağı fosfor seviyesi düşük olan yerlerde, fosfor kaya fosfatından sağlanmaktadır. Kaya fosfatları genel olarak iki tip olarak sınıflandırılmaktadır: Sert kaya ve yumuşak kaya fosfatı. Sert kaya fosfatını jeolojik kaynaklardan temin etmek mümkündür ve görünüş ve toprak reaktivitesi bakımından farklılık göstermektedir. Yumuşak kaya fosfatı ise sert kaya fosfatından elde edilmiş kil bazlı kurutulmuş bir üründür ve çok farklı yapıdaki topraklar için iyi bir fosfat kaynağı olarak bilinmektedir. Potasyum (K): Genel olarak potas-magnezyumun sülfat formundan temin edilir. (Sul-Po-Mag).