Anlamsal Web’de Bilginin Depolanması için Bir Yaklaşım: Oracle Performans Değerlendirmesi Emine Sezer & Okan Bursa & Özgü Can 04.02.2016 Ege Üniversitesi.

... konulu sunumlar: "Anlamsal Web’de Bilginin Depolanması için Bir Yaklaşım: Oracle Performans Değerlendirmesi Emine Sezer & Okan Bursa & Özgü Can 04.02.2016 Ege Üniversitesi."— Sunum transkripti:

1 Anlamsal Web’de Bilginin Depolanması için Bir Yaklaşım: Oracle Performans Değerlendirmesi Emine Sezer & Okan Bursa & Özgü Can 04.02.2016 Ege Üniversitesi

2 İçerik  Anlamsal Web  Bilgi Sistemleri  Ontoloji  Oracle ve Anlamsal Web Desteği  Oracle’da Anlamsal Veri’nin Performans Değerlendirmesi  Sonuçlar  İleriki Çalışmalar Ege Üniversitesi 2

3 Anlamsal Web  Uluslararası bir standart olarak geliştirilmektedir.  Makineler tarafından okunabilen ve kavramsal olarak anlaşılabilen bilginin temsil edilmesini sağlamaktadır.  Web’i daha fazla kullanılabilir kılmaktadır. Ege Üniversitesi 3

4 Anlamsal Web-2  Klasik veri yönetiminde yer alan verimli bilgi depolama, sorgu optimizasyonu ve veri entegrasyonunun sağlanması ile ilgili problemlere çözüm getirmeyi de hedeflemektedir.  Geleneksel ilişkisel veri tabanlarından farklı olarak, anlamsal bilgi depoları üçlülerin (triple) saklanmasına ve sorgulanmasına olanak vermektedir.  Anlamsal bilginin saklanması için farklı veri depoları geliştirilmiştir:  Jena SDB  4store  Virtuoso  Sesame  Oracle Ege Üniversitesi 4

5 Bilgi Sistemleri  Bilgisayarların hızla gelişmesi ile endüstride hızla kullanılmaya başlanmıştır.  İnternetin hızla yayılması sonucunda da web üzerinden kullanımlarının desteklenmesi sağlanmaya amaçlanmıştır.  Hedef  bilgi paylaşmak ve işlemek  Sonuç  Kullanılan bilgi veri düzeyinde,  Veri sadece sistemin insan kullanıcıları tarafından anlaşılabilmekte,  Sistemler arası paylaşılamamakta,  Verinin kullanılarak yeni verilerin üretilemesi veya yorumlanması gerçekleştirilememiştir. Ege Üniversitesi 5

6 Ontoloji  Kavramsallaştırmanın açık belirtimidir.  Kavramların tanımları ile bu kavramların birlikte etki alanı üzerinde bir yapı oluşturmak için birbirleri ile nasıl ilişkili olduklarını ve terimler arasındaki olası yorumları kısıtlayarak belirtmektedir.  Ontoloji geliştirmedeki temel amaç, belirli bir alandaki bilgiyi paylaşmak için ortak bir sözlük sağlamaktır. Ege Üniversitesi 6

7 Oracle  “Dünyanın en tam, açık ve bütünleşik iş yazılım ve donanım bileşenlerini sağlar.”  Temmuz 2005’te yayınlanan 10gR2 sürümü  RDF ve RDFS desteği ontolojideki kavramların üçlemeler (triple) şeklinde veritabanında saklanmasına izin vermektedir.  Temmuz 2007 itibariyle duyurmaya başladığı 11g sürümü  RDF/RDFS desteğinin yanı sıra, OWL ontoloji tanımlama dili desteğini de beraberinde getirmiştir.  Oracle veritabanı;  Anlamsal verinin ve ontolojilerin saklanmasını,  Anlamsal verinin sorgulanmasını,  Ontoloji yardımı ile sorguların yapılmasını,  Anlamsal veri üzerinde sorgulamanın verdiği gücü arttırmak için kullanıcı tanımlı veya desteklenen çıkarsamanın kullanılmasını sağlamaktadır. Ege Üniversitesi 7

8 Oracle’ın Anlamsal Web Desteği Ege Üniversitesi 8

9 Oracle’de Anlamsal Veri  Veritabanında saklanan bütün anlamsal veri için tek bir evren bulunmaktadır.  Tüm üçlemeler ayrıştırılır ve "MDSYS" şeması altındaki tablolarda girdiler olarak sistemde saklanmaktadır.  Her bir üçleme {özne, özellik, nesne}, tek bir veritabanı nesnesi olarak ele alınmaktadır.  Birçok üçleme içeren bir ontoloji, birçok veritabanı nesnesine dönüşmektedir.  Üçlemelerin tüm özneleri ve nesneleri, anlamsal veri ağında noktalara eşlenmektedir.  Özellikler; başlangıç noktası özne, bitiş noktası nesne olan ağ bağlantılarına eşlenmektedirler. Ege Üniversitesi 9

10 Oracle’da Performans Değerlendirmesi  Ontolojilerin performanslarının ölçülebilmesi amacıyla üç farklı süre karşılaştırması gerçekleştirilmiştir:  Ontolojilerin yüklenmesi  Ontolojinin çıkarsaması  Ontolojilerin sorgulanması Ege Üniversitesi 10

11 Ontolojilerin Yüklenme ve Çıkarsama Değerlendirmesi Ege Üniversitesi 11 Ontolojinin Yüklenme Süresi (sn)Ontolojinin Çıkarsama Süresi (sn) GEXO 1739246 REXO 1557250 RETO 1417261 GENE 1850230

12 Sorgulama Süreleri Ege Üniversitesi 12 Gene Ontolojisinin Sorgulama Süresi (sn) Sorgu 1 Sorgu 2Sorgu 3Sorgu 4 0,05 0,1770,03910

13 Sorgu - 1  Basit olarak oluşturulan bu sorgu içerisinde belirli bir gene ait alt genler sorgulanmıştır. Ege Üniversitesi 13 PREFIX obo: SELECT ?gene { ?gene rdfs:subClassOf obo:GO_0016701.}

14 Sorgu - 2  Farklı iki veri setinin birleştirilmiş verisi üzerinde bir sorgu gerçekleştirilmiştir. Ege Üniversitesi 14 PREFIX obo: SELECT ?gene WHERE{{?hasNamespace rdfs:label 'has_obo_namespace'^^ } UNION {?gene ?hasNamespace 'molecular_function'^^. ?gene gene:hasExactSynonym 'MOO activity'^^. ?gene rdfs:subClassOf obo:GO_0016701.}}

15 Sorgu - 3  SPARQL yerine SQL dilinde yazılmış SEM_MATCH sorgularına hangi hızla cevap verdiği ölçülmüştür. Ege Üniversitesi 15 SELECT gene FROM TABLE( SEM_MATCH(‘{ ?gene rdfs:subClassOf obo:GO_0016701.} ’),SEM_MODELS(‘GENE_MODEL’))

16 Sorgu - 4  CONSTRUCT sorgusudur. Bu sorgu ile birlikte ilişkisel veri modeline sahip Oracle 12c’nin çizge sorgularına hangi hızla cevap verdiği bulunmaya çalışılmıştır. Ege Üniversitesi 16 SELECT gene FROM TABLE( SEM_MATCH(‘PREFIX gene:http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#>http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl# CONSTRUCT { ?gene rdfs:subClassOf ?o. } {?gene gene:hasExactSynonym ?synonym. ?gene rdfs:subClassOf ?o. FILTER regex(?synonym, '^malt','i')}’), SEM_MODEL(‘GENE_MODEL’));

17 Sonuçlar  Oracle 12c:  Çizge temelli sorgulara yavaş cevap vermektedir.  Genel olarak tüm sorgulara hızlı cevaplar döndürmektedir.  Yükleme ve çıkarsama sürelerinin veri setinin büyüklüğüne bakılmaksızın değişmiyor olması büyük veri ile çalışılan durumlarda avantaj oluşturmaktadır.  Ufak değişimler ile verinin tekrar yüklenmesini gerektiren durumlarda bile verinin yükleme süresinin uzun olması sebebiyle gecikmelere yol açmaktadır.  Değişken verinin öne çıktığı çizge algoritmalarının kullanılması gerektiği Anlamsal Web uygulamalarında tercih edilmemesinin daha etkili olacağını göstermektedir. Ege Üniversitesi 17

18 İleriki Çalışmalar  Diğer bilgi depolarının da performans ölçümlerinin yapılması,  Sağlık alanında geliştirilecek bilgi sistemleri için en uygun bilgi saklama ortamının belirlenmesi,  Oracle tarafından desteklenen SEM_MATCH fonksiyonuna ilişkin sorgulama performans değerlendirmelerinin yapılması hedeflenmektedir. Ege Üniversitesi 18

19 “ ” Teşekkürler!... emnsezer@gmail.com okanss@gmail.com ozgucan@gmail.com Ege Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği 19