Sunuyu indir
Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz
1
Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2009
PROTEİNLER I Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2009
2
Proteinler, amino asitlerin polimerleridirler
3
Amino asitler Amino asitler, yapılarında hem amino grubu (NH2) hem de karboksil grubu (COOH) içeren bileşiklerdir Doğada 300 kadar farklı amino asit bulunmaktadır. Amino asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, DNA tarafından kodlanan ve proteinleri oluşturan birimlerdir
4
Bir standart amino asit polipeptit zinciri yapısına girdikten sonra bir modifikasyona uğrarsa Nonstandart amino asitler diye bilinen bazı amino asitler oluşabilir Proteinlerin yapısında bulunmayan fakat hücrede çok değişik biyolojik fonksiyonlara sahip amino asitler de vardır GABA
5
Standart amino asitler
Standart amino asitler, aynı karbon atomuna bağlanmış bir amino grubu ve bir karboksil grubu içerirler Fizyolojik pH’da, amino asitlerin amino grubu proton taşır ve pozitif yüklüdür; karboksil grubundan ise proton ayrılmıştır ve negatif yüklüdür Standart amino asitler, üç harfli kısaltmalar ve tek harfli sembollerle gösterilirler
6
Standart amino asitler, R yan gruplarının özellikle polarite veya biyolojik pH’da su ile etkileşmeye eğilim özelliklerine göre dört sınıfa ayrılırlar. Nonpolar R gruplu amino asitler: Glisin, alanin, valin, lösin, izolösin, alifatik yan zincirli; metionin, kükürt içeren; prolin, siklik; fenilalanin ve triptofan aromatik yan zincirlidir Polar R gruplu amino asitler: Asparajin ve glutamin, sırasıyla aspartik asit ve glutamik asidin amidi; serin, treonin ve tirozin hidroksil gruplu; sistein kükürt içeren amino asittir Asidik R gruplu amino asitler: Aspartik asit ve glutamik asittir Bazik R gruplu amino asitler: Lizin, arjinin ve histidindir
7
Glisin (Gly, G), R grubu H olan amino asittir; amino asitlerin en basit yapılısı ve en az interaktif olanıdır Alanin (Ala, A), R grubu metil olan amino asittir Valin (Val, V), Lösin (Leu, L), İzolösin (Ile, I), dallı yan zincirli amino asitlerdir Prolin (Pro, P), yapısındaki amino grubu imino grubu (-NH) halinde ve bir halkalı yapı içinde olan amino asittir
8
Fenilalanin (Phe, F), metil grubuna fenil grubu bağlanmış alanin yapısında amino asittir
Tirozin (Tyr, Y), fenil grubuna hidroksil grubu bağlanmış fenilalanin yapısında amino asittir Triptofan (Trp, W), indol halkası içeren amino asittir
9
Serin (Ser, S), metil grubuna hidroksil grubu bağlanmış alanin yapısında amino asittir
Treonin (Thr, T), serin gibi hidroksil grubu içeren amino asittir Sistein (Cys, C), sülfhidril (tiyol) grubu içeren amino asittir Metiyonin (Met, M), kükürt ve aynı zamanda metil grubu içeren amino asittir Asparajin (Asn, N), Aspartatın amididir Glutamin (Gln, Q), Glutamatın amididir
10
Aspartat (Asp, D), -pozisyonunda ikinci bir karboksil grubu içeren amino asittir
Glutamat (Glu, E), - pozisyonunda ikinci bir karboksil grubu içeren amino asittir
11
Lizin (Lys, K), alifatik zincirde -pozisyonunda ikinci bir amino grubu içeren amino asittir
Arjinin (Arg, R), pozitif olarak yüklü guanidino grubu içeren amino asittir Histidin (His, H), imidazol grubu içeren amino asittir
12
Standart amino asitlerin özellikleri
Glisinden (Gly, G) başka bütün standart amino asitlerde -karbon atomu asimetriktir. Glisinden (Gly, G) başka bütün standart amino asitler optikçe aktif iki stereoizomere veya enantiyomere sahiptirler Protein moleküllerindeki amino asitler, L-stereoizomerlerdir. D-amino asitler, yalnızca bakteriyel hücre duvarlarının küçük peptitlerinde ve bazı peptit antibiyotiklerde bulunurlar
13
Bir tek amino grubuna ve bir tek karboksil grubuna sahip standart amino asitler, nötral sulu çözeltilerden zwitterion olarak bilinen, tam olarak iyonlaşmış şekillerde kristalize edilebilirler Bir standart amino asit, kendisi için karakteristik olan izoelektrik nokta değerine eşit pH ortamında net elektrik yükü taşımaz; izoelektrik nokta değerinden yüksek pH ortamında bazik anyon şeklinde; izoelektrik nokta değerinden düşük pH ortamında asit katyon şeklinde bulunur
14
Bir standart amino asit, bir elektrik alanında, kendisi için karakteristik olan izoelektrik nokta değerine eşit pH ortamında net elektrik yükü taşımadığından hareketsiz kalır; izoelektrik nokta değerinden yüksek pH ortamında bazik anyon şeklinde bulunduğundan anoda göçer; izoelektrik nokta değerinden düşük pH ortamında asit katyon şeklinde bulunduğundan katoda göçer (-) Katot (+) Anot
15
Bir standart amino asit, hem proton donörü (asit) hem proton akseptörü (baz) olarak davranabilir. Standart amino asitler, amfoterik maddeler (amfoterik elektrolit veya amfolit)’tirler
16
İyonize olabilen bir yan zincir içermeyen bir amino asit titre edilirse iki adet pKa değeri gözlenir. Birinci değer (pKa1) -karboksil grubuna, ikinci değer (pKa2) -amino grubuna aittir. Amino asitler, hem karboksil grubu hem amino grubunun proton vermek üzere iyonlaşması nedeniyle, karakteristik titrasyon eğrileri verirler İyonize olabilen R gruplu amino asitlerin titrasyon eğrileri daha komplekstir
17
Bütün amino asitler infrared bölgedeki ışığı absorbe ederler
Bütün amino asitler infrared bölgedeki ışığı absorbe ederler. Tirozin ve triptofan, daha az derecede de fenilalanin, ultraviyole ışığı absorbe ederler
18
Standart amino asitlerin kimyasal tepkimeleri
Amino asitlerin amino grupları ile verdikleri tepkimeler: Asitamid (peptit) oluşumu, Sanger tepkimesi, Van Slyke reaksiyonu, Sörensen titrasyonu, Deaminasyon Amino asitlerin karboksil grupları ile verdikleri tepkimeler: Asitamid (peptit) oluşturma, Tuz oluşturma, Ester oluşturma, Dekarboksilasyon Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarının birlikte verdikleri tepkimeler: Ninhidrin tepkimesi Amino asitlerin R grupları ile verdikleri tepkimeler (renk tepkimeleri): Ksantoprotein tepkimesi, Millon tepkimesi, Pauly tepkimesi, Nitroprussiyat tepkimesi, Ehrlich tepkimesi, Kurşun sülfür oluşumu Amino asitlerin tüm gruplarının katılımı ile verdikleri tepkime: Ağır metal iyonlarıyla kompleks kelatlar (şelatlar) oluşturma
19
Amino asitleri tanımlama deneyleri
Amino asitrlerin kimyasal özelliklerini göstermek veya doğrulamak için yapılan deneylerdir Amino asitlerin amino grupları ile verdikleri reaksiyonlara dayanan tanımlama deneyleri Van Slyke deneyi: Nitröz asitle azot gazı çıkışı Amino asitlerin amino ve karboksil gruplarının birlikte verdikleri reaksiyonlara dayanan tanımlama deneyleri Ninhidrin deneyi: Ninhidrin ile mavi-menekşe renk Amino asitlerin renk reaksiyonlarına dayanan tanımlama deneyleri Ksantoprotein deneyi: Konsantre nitrik asit ile ısıtma sonucu fenil halkasıyla sarı renk Kurşun asetat deneyi: Kurşun asetat ile siyah renk Nitroprussiyat deneyi: Nitroprussiyatla koyu renk Millon deneyi: Millon reaktifi ile kırmızı renk
26
Nonstandart amino asitler
Nonstandart amino asitler, bir standart amino asit bir protein yapısına girdikten sonra bir değişim reaksiyonu sonucu türemiş amino asitlerdir 4-Hidroksiprolin 5-Hidroksilizin 6-N-metillizin -karboksi glutamat Desmozin Selenosistein
27
Proteinlerin yapısında bulunmayan amino asitler
Ornitin Sitrülin Arjinino süksinik asit Homosistein Homoserin Sistein sülfinik asit Dihidroksifenilalanin (DOPA) 5-Hidroksi triptofan Amino grubu -karbonda olmayan amino asitler -alanin -aminobutirik asit (GABA) Taurin -aminoizobutirik asit
28
Peptitler Peptitler, amino asitlerin polimerleridirler. Kuramsal olarak, bir amino asidin -karboksil grubunun OH’i ile diğer amino asidin -amino grubu arasından su ayrılarak peptit bağı oluşur İki amino asitten dipeptit, Üç amino asitten tripeptit,… oluşur ki 10’a kadar olan amino asitten oligopeptit, daha çok amino asitten ise polipeptit meydana gelir
29
Bir peptitteki amino asit üniteleri, sıklıkla amino asit kalıntıları olarak adlandırılırlar
Peptidin bir ucunda serbest -amino grubuna sahip amino asit kalıntısı bulunur ki bu uca amino-terminal uç veya N-terminal uç denir. Peptidin diğer ucunda ise serbest -karboksil grubuna sahip amino asit kalıntısı bulunur ki bu uca da karboksil-terminal uç veya C-terminal uç denir
30
Fizyolojik etkiye sahip peptitler
Dipeptitler: Karnozin (alanil histidin), anserin (metil karnozin), aspartam (nutrasweet) Tripeptitler: Glutatyon (GSH; GSSG, -glutamil sisteinil glisin) Pentapeptitler: Metiyonin enkefalin, (Tyr-Gly-Gly-Phe-Met), Lösin enkefalin, (Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu) Nonapeptitler: Oksitosin ve vazopressin (antidiüretik hormon, ADH)
Benzer bir sunumlar
© 2024 SlidePlayer.biz.tr Inc.
All rights reserved.