Bitki Moleküler Sistamatiği

... konulu sunumlar: "Bitki Moleküler Sistamatiği"— Sunum transkripti:

1 Bitki Moleküler Sistamatiği
Moleküler veri çeşitleri? DNA dizileri DNA restriksiyon kısımları: RFLPs Microsatellitler - DNA bölgeleri /tandem tekrarlar RAPDs – Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA AFLPs – Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi

2 Materyal Nasıl Elde Edilir?
Slika da kurutulmuş Dondurulmuş Canlı Herbaryum örneği

3 A G C T DNA Dizileri? Purinler Pirimidinler

4 PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu
solution heated PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu

5 DNA Dizileme How does it work? PCR amplifikasyonuna benzer Fakat az bir miktar Dideoksinükleotidler kullanılır (bol miktarda deoksi nükleotilerle birlikte) Dideoksinükleotidler, bağlandığı yerde polimeraz reaksiyonunu sonlandırır. Dideoksinükleotidler floresans ile tespit edilir. DNA parçalarının boyu elektroforez ile tespit edilir.

6 DNA Dizileme

7 DNA Dizileme

8 Dizi Verisi Tipleri Chloroplast cpDNA Nuclear nDNA Mitochondrial mtDNA (not used much with plants; used w/ animals)

9 Kloroplast DNA

10 Bazı Kloroplast Kodlayan Genleri:
Gene Location Function atpB Large single-copy region of chloroplast Beta subunit of ATP synthethase, which functions in the synthesis of ATP via proton translocation rbcL Large single-copy region of chloroplast Large subunit of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RUBISCO), which functions in the initial fixation of carbon dioxide in the dark reactions matK Large single-copy region of chloroplast Maturase, which functions in splicing type II introns from RNA transcripts ndhF Small single-copy region of chloroplast Subunit of chloroplast NADH dehydrogenase, which functions in converting NADH to NAD + H+, driving various reactions of respiration

11 Kullanılan Kloroplast genler arası boşluk bölgeleri

12 Çekirdek DNAsı: ITS/ETS Dizi Verisi :
Alt seviye taksonomik analizlerde kullanılır

13 DNA hizalama Karakter Kodlama

14 DNA dizi verisi Değişim Ağırlıklandırması
Step Matrix: Transisyon: PY <–> PY or PU <–> PU Transversiyon: PY <–> PU or PU <–> PY

15 Moleküler Evrim Modelleri

16 Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1
Restriksiyon kısmı? Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1

17 RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

18 RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

19 RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

20 RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

21 Microsatellitler: Tandem nükleotid tekrarları

22 Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA
RAPD’s: Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA

23 Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi
=AFLP’s

24 GELECEK: Yeni Nesil Dizileme
DNA fragmentlere parçalanır. Fragmentler amplifiye edilerek milyonlarca dizi üretilir. DNA fragmentlerinin amplifiye edilmesi dizilenmesi için çok sayıda teknk geliştirilmiştir.

25 GELECEK: Yeni Nesil Dizileme
Diziler okunur ve üst üste gelen yerler referans genoma göre hizalanır

26 GELECEK: Yeni Nesil Dizileme
AVANTAJ: Geleneksel metodlara kıyasla 100 ila 1000 kat daha fazla dizi verisi sağlar Çok ucuz (baz çifti başına). transcriptomlar da dizilenebilir: translasyon sonucu üretilen mRNA dizileri DEZAVANTAJ: : Veriyi işlemek için çok iyi bilgisayar sistemlerine ihtiyaç duyulur. Genellikle referans genom gerektirir (yakın akraba takson).