PROKARYOT (Procaryot) MİKROORGANİZMALAR   Belli bir çekirdekleri olmayan, kalıtım maddesi sitoplâzmada dağınık halde bulunan çok basit hücrelerdir. Bunların zarları ve organelleri yoktur. Sadece ribozom organeli içerir. Bazılarında sitoplâzmada klorofil pigmentleri veya hücre zarından oluşan mezozomlar bulunabilir. Daha basit bir hücre yapısına sahip, gerçek bir hücre çekirdeği olmayan Mavi-Yeşil Algler (Cyanobacteriae ) ve bakteriler (klamidya, riketsiya ve mikoplazmalar dâhil) bu grup içinde yer alır.

1. Mavi-Yeşil Algler (Cyanobacteriae)   Mavi-yeşil algler koloni şeklinde sularda ve nemli topraklarda yaşayan, ipliksi yapı gösteren bitkisel tek hücreli canlılardır. Fotosentez yapma yeteneğindedirler. Prokaryot oldukları için klorofilleri kloraplastta değil sitoplazmada bulunur. Yeşil rengi veren klorofilin yanında, mavi renk veren fikosiyonin pigmentleri bulundurur. Ökaryot grubuna dahil olan algler ise çok hücrelidir ve mavi-yeşil alglerle karıştırılmamalıdır.

2. Bakteriler Bakteriler; tek kromozomlu, nükleus zarı, mitokondrileri olmayan, enerji üretimi hücre zarında gerçekleşen ve çoğu hücre duvarı içeren canlılardır. Riketsiya ve klamidyalar zorunlu hücre içi bakterilerdir.   Bakteriler; basit bir hücre yapısına sahiptir. Tipik olarak birkaç mikron uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır (yuvarlak, spiral şekilli, çubuksu). Bazı bakterilerin şekilleri değişken olup bunlara pleomorfik (çok şekilli) denir.

Bakterilere her ortamda rastlamak mümkündür Bakterilere her ortamda rastlamak mümkündür. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır.   Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücre sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise 1 milyondur. İnsan vücudunda bulunan bakteri sayısı, insan hücresi sayısının on katı kadardır. Özellikle, deride ve sindirim yolu içinde çok sayıda bakteri bulunur. Bunların büyük bir çoğunluğu bağışıklık sisteminin koruyucu etkisiyle zararsızdır., Ayrıca bir kısmı da faydalı (probiyotik) olsalar da bazı bakteriler, patojendir ve enfeksiyon hastalıklara neden olur. Endüstride bakteriler, atık su arıtması, peynir ve yoğurt üretimi, biyoteknoloji, antibiyotik ve diğer kimyasalların imalatında önemli rol oynar.

Bakteri hücre yapısında bulunan başlıca oluşumlar:   Ribozomlar ve bakteriyel kromozom (Belirli bir zarla çevrili gerçek çekirdekleri yoktur. Sitoplazmanın herhangi bir yerinde yoğunlaşmış çekirdek materyali bulunur.), Kapsül Hücre çeperi (duvarı) Sitoplazma membranı (Hücre zarı) Flagella ve (filament) pililer (kamçı) Spor Depo besin maddeleri

Hücre duvarı: Sitoplazmanın etrafını saran, zayıf olan iç kısımları ve organelleri dış etkilerden koruyan ince, yarı katı ve kuvvetli bir tabakadır.  Hücrenin karakteristik şeklinden sorumlu olan bu tabaka yarı geçirgen bir yapıdadır.  Bu yapı ortamdaki gıda maddelerinin hücre içine geçmesinde metabolizma atıklarının da dışarı atılmasında rol oynar.   Hücre duvarı, bakteriler için özel önemi olan gram boyamada etkilidir. Bakterilerin gram boyama karşısındaki reaksiyonun nedeni hücre çeperinin yapısı (murein ağı) ile ilgilidir.  Gram boyamada kristal viyole ile boyanan ve mor renk görünen bakteriler gram pozitif,  Safraninle boyanan pembe renk veren bakteriler ise gram negatif olarak sınıflandırılır.

Sitoplazma zarı: Hücre duvarının hemen altında bulunan bu zar sitoplazmayı sarar ve korur. Hücre duvarına göre daha incedir. Bu zarın herhangi bir zarar görmesi bakterinin ölümüne yol açar. Sitoplazma: Fiziksel olarak berrak, hafif yapışkan bir sıvıdır. Fonksiyon bakımından hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonların oluştuğu, hücrenin yapı maddelerini sentezlendiği yerdir. Çekirdek (Nucleus, Kromozom, DNA): Bakteri hücresinin çekirdeği DNA (deoksiribonükleikasit) ve az miktarda RNA (ribonükleikasit)dan ibarettir. Sitoplazma içinde bunların fazla bulunduğu yerlere çekirdek bölgesi adı verilir. Çekirdek zarı ve çekirdekçik bakterilerde bulunmaz. Ribozom: Bakterilerde bulunan tek organeldir. Protein sentezi yapar. - Kamçı (flagella): Bakterilere özgü ve hücrede hareketi sağlayan bir yapıdır. Flagella tek veya daha fazla sayıda olabilir

-Kapsül: Hücresel fonksiyonlar için gerekli değildir -Kapsül: Hücresel fonksiyonlar için gerekli değildir. Ancak bulunduğu bakteride depo besin maddelerinin biriktirilmesi ve metabolik atıkların atımında rol oynar. Kapsül oluşturan bakterilerin gıdada gelişmesi sonucu yapışkanlık (rop) oluşur. Ayrıca kapsül varlığı bakterilerin enfeksiyon etkinliğini arttırmaktadır.   -Spor: Bakterinin spor oluşturup oluşturmayacağı genetik yapısında belirlenmiştir. Basil şeklindeki bazı bakteriler, özellikle Bacillus ve Clostridium cinslerine dahil türler hücrelerinin içerisinde “endospor” olarak isimlendirilen özel yapılar oluşturabilirler. Spor hücre içinde oluşturduğu için endospor adı verilir. Endospor oluşumundan sonra bakteri hücresi ölebilir yada lize olarak dağılabilir. Bu durumda endosporlar serbest hale geçerler. Bunlara spor adı verilir. Bakteriler; bulunduğu ortamdaki besin yetersizliği, oksijenin varlığı ya da yokluğu, kuruluk, sıcaklık, kimyasal maddeler, ışınlar gibi olumsuz şartlarda vegetatif (bakterinin üreyen, beslenen şekli) halden sporlu hale geçer. Sporlu bakteri, bir bakıma dinlenme halindedir. Metabolik bakımdan aktif değildir, bakterinin üremesi ile ilgisi yoktur; sadece canlılığın devamını sağlar. Bakterinin fiziksel, kimyasal ve diğer çevre etkilerine karşı dayanıklı olmasını sağlar. Sporun bakteri içindeki yeri, şekli ve büyüklüğünün bakterinin tanınmasında rolü vardır. Şartlar normale döndüğünde her bir spor vegetatif bakteriye dönüşür.

Bakterinin içinde oluştuğu yere göre sporlar üç gruba ayrılır: 1-Santral Sporlar (Endosporlar): Bakterinin tam ortasında oluşan sporlardır. 2-Terminal Sporlar: Bakterinin bir ucunda oluşan sporlardır. 3-Subterminal Sporlar: Bakterinin ucuna yakın bir yerde oluşan sporlardır.

Bunların dışında bazı bakterilerde kirpik, pilus, plazmid şeklinde oluşumlar da görülmektedir.  -Kirpik (Kamçı, Flagella): Genellikle çubuk ve burgu şeklindeki bakterilerde bulunan, değişik sayıda, iplik şeklinde uzantılar olup hareket organelleridir. Koklarda (yuvarlak şekilli bakterilerde) bulunmaz. O nedenle koklar hareketsizdir. Bakteriler kirpiklerin dalgalanmasıyla hareket eder. Kirpikleri sayesinde bakteriler besin kaynaklarının olduğu bölgeye daha kolay ulaşabilir. -Pilus (Pili): Hareketli, hareketsiz tüm bakterilerde görülen, bakterinin her yönünden çıkan kirpiklerden daha küçük, daha ince yapıdaki uzantılardır. Bakterinin hareketiyle ilgileri yoktur. Bakterilerin bulundukları yere yapışmasını sağlarlar. Bu özellik bakterinin beslenmesinde önemlidir. Bazı bakterilerin genetik madde aktarımında rolü vardır, bunlara çekirdek pilusu adı verilir.   -Plazmidler: Bakteri hücresinde bulunması zorunlu olmayan genetik yapılardır.

Bakterilerin Morfolojik (Mikroskopta Görünüşlerine Göre) Yapısı   Morfolojik yapı ile bakterilerin görünüm ve şekilleri ifade edilmektedir. Bakteriler mikroskobik görünüm bakımından koklar, basiller, spiraller olmak üzere üç ana grupta incelenir. Şekil: Bakterilerin morfolojik görünümleri

1-Koklar (Coccus) Yuvarlak Şekilli Bakteriler Eni boyu birbirine yakın, yuvarlak şekilli bakterilerdir. Bazıları oval, kahve çekirdeği veya fasulye şeklinde de olabilir. Bölündükten sonra tek tek ya da yan yana gelerek gruplar oluşturabilirler. Koklar, mikroskopta incelendiğinde, birbirlerine karşı duruşlarına göre aşağıdaki isimleri alırlar.

a-Mikrokoklar (Mikrococcus): İkiye bölündükten sonra birbirinden ayrı, tek tek bulunan koklardır. b- Diplokoklar (Diplococcus): Bölündükten sonra ikişerli koklar halinde bulunurlar. Birbirine bakan yüzeyleri düz ve hafif içbükeydir. c- Streptokoklar (Streptococcus): Sürekli aynı yönde bölünen, birbirleriyle ayrılmadan kısa veya uzun zincirler oluşturan koklardır. Zincir ne kadar uzun oluşmuşsa patojenlik o oranda artar.  

d-Stafilokoklar (Staphylococcus): Bölündükten sonra birbirlerinden ayrılmayarak üzüm salkımına benzer kümeler oluşturan koklardır. e-Tetrakoklar (Tetracoccus): Birbirlerine dikey iki yönde bölünen, dörderli kümeler halinde bulunan koklardır. f-Sarsinler (Sarcina): Bölünmesi birbirine dikey üç yönde meydana gelen, 8,12 veya 16 koktan oluşan balya ya da paket şeklinde koklardır.

2-Basiller (Bacillus) Çomak, Çubuk şeklinde Bakteriler Boyları enlerinden fazla olan genellikle, çomak, çubuk ya da silindir şeklindeki bakterilerdir. Basiller şekil ve dizilişlerine göre şöyle isimlendirilir;   a-Düz Basiller: Düzenli veya düzensiz tek tek bulunan, uzun çomak veya silindir şeklindeki bakterilerdir. b-Kokkobasiller: Boyu enine yakın, kokla basil arasında görünen oval basillerdir. c-Fuziform Basiller: İki kenarı dışbükey, ortaları kalınca, uçları sivri olan mekik şeklindeki basillerdir. d-Difteroid Basiller: Bir veya iki ucu, bazen de ortası şişmiş görünümde olan basillerdir. e-Streptobasiller: Birbirleriyle uç uca gelip zincir oluşturan basillerdir.

3- Spiraller (Spirullum), Burgu, Kıvrık, Sarmal Şeklinde Bakteriler   Spiraller yalnız bir kıvrımlı olabileceği gibi 10-15 kıvrımlı hatta daha fazla kıvrımlı olabilir. İki gruba ayrılır: a-Spiroketler: Birçok kıvrımı olan, yumuşak, bükülebilen ve kıvrımlarda kendi ekseni veya ileri geri hareket edebilen bakterilerdir. b-Spiriller: Bir tek kıvrımı olan, sert vücutlu, kirpiği yardımıyla hareket eden bakterilerdir. Sert vücutluların bir alt grubu da vibriolardır. Virgül şeklinde bir tek kıvrımlı flagellum ile hareket eden bakterilerdir.

Bakteriler grubuna dahil mikroorganizmalar: Riketsiyalar, mikoplazmalar ve klamidyalar, bakterilere benzer özelliklerinden dolayı bakteri çeşitleri içinde yer alır.   Riketsiyalar Bakteriler grubuna dâhil olan riketsiyalar, diğer bakterilere göre daha küçüktür. Hücre yapıları bakterilere benzer. Bakteriler gibi hem RNA hem de DNA nükleik asitlerini birlikte içerir. İkiye bölünme yoluyla çoğalır. Zorunlu hücre içi parazitlerdir. Çoğunlukla artropodlarda (eklembacaklılarda) rastlanır. Genellikle hareketsizdir. Hücre görünümleri, daha çok kok, bazen küçük çomakçık bazen de değişik şekillerde olabilir. Bakterilerden küçük, viruslardan büyüktürler. Işık mikroskobunda incelenebilir; ancak elektron mikroskobunda daha iyi görünürler. Üremeleri için viruslar gibi canlı ortam gereklidir. Antibiyotiklerden bakteriler gibi etkilenir.

Mikoplazmalar Bakteriler grubunda yer alan, hücre duvarı olmayan en küçük mikroorganizmalardır. 3 katlı sitoplazmik zarları vardır. İkiye bölünerek çoğalır. Hem RNA hem DNA nükleik asitlerini taşır. Bazı antibiyotiklerden etkilenirler. Kok, çomak, amibimsi, disk, yıldız, halka gibi çok çeşitli şekillerde olabilir.   Klamidyalar Hücre içi parazitler olup hücre yapıları bakterilere benzer. Genellikle yuvarlak şekillidirler.

Bakterilerin Gelişimine Etki Eden Faktörler 1- Oksijen   1- Oksijen Mikroorganizmaların çoğalmalarıiçin en önemli gaz oksijendir. Oksijene olan ihtiyaçlarına göre bakteriler dört grupta incelenir. Aeroplar: Bu bakteriler çoğalmaları için oksijenli ortamda bulunmaları zorunludur. Anaerop: Bu bakteriler oksijenli ortamda çoğalamaz. Bunlara mutlak anaerop bakteriler de denir. Fakültatif anaerop: Oksijenli ve oksijensiz ortamda çoğalma ve metabolik etkilerini sürdürme yeteneğindedir. Mikroaerofil: Çok az miktardaki oksijen yoğunluğunda üreyen bakterilerdir. Şekil: Bakterilerin oksijene olan ihtiyaçları  Asetik asit bakterileri aeroplara, Clostridium cinsi türleri anaeroplara ve laktik sait bakterileri de fakültatif anaeroplaraörnektir.

2- Sıcaklık Bakterilerin sıcaklık istekleri çok değişiktir. Bakteriler sıcaklık isteklerine göre üç grupta toplanır. Psikrofil (soğuk seven) bakteriler: Üreme ısılarıen düşük 0ºC, en uygun sıcaklık ise 15-20ºC arasındadır. Soğukta saklanan besinlerin bozulmasında önemli olan bakterilerdir. Mezofil (ılık seven) bakteriler: En düşük üreme ısıları 5-15ºC, en uygun sıcaklık ise 20-40ºC arasındadır. Özellikle insan ve sıcak kanlıhayvanlarda hastalık yapan bakteriler bu gruba dahildir. Termofil (sıcak seven) bakteriler: En düşük üreme ısıları 15-25ºC, en iyi faaliyet sıcaklıkları 45-55ºC arasında olmakla birlikte 60-70ºC’ de faaliyet gösterenler de bulunur. Konserve ve pastörize besinlerin bozulmasında etkin rolleri vardır.   Asetik asit bakterilerinin tamamı ile laktik asit bakterilerinin bir bölümü mezofil, laktik asit bakterilerinin diğer bölümü ise termofil bakterilere dahildir.

3- pH ve asitlik   Bakteriler pH'nın değişmesine karşı maya ve küflerden daha hassastırlar. pH simgesi ortamın asit veya baz durumunu belirler. 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 Asit özellik ←←←Nötr →→→Baz özellik Bakteriler özellikle insan ve hayvanda hastalık yapanlar, en çok pH= 6 - 8 arasında ürer. Genel olarak pH= 4 - 9 sınırları arasında da iyi ürer. Asitli besinler : pH = 3.7 - 4.5 arası(domates ve meyveler) Orta asitli besinler : pH = 4.5 - 5.3 arası(etli sebzeler, makarna veçorbalar) Düşük asitli besinler : pH = 5.3 – 7.0 arası(ıspanak, bezelye, fasulye, sütve su) Yüksek asitli besinler: pH = 3.0 - 3.7 arası(limon, sirke, bazımeyvesuları, turşu)

4- Nem (Su) Tüm canlıların yaşamlarını sürdürebilmeleri için su gereklidir. Hem hücreye besin maddesinin taşınmasında hem de hücrede oluşan artık maddelerin atılmasında suyun önemi büyüktür.   Bakteriler çoğunlukla % 60 hatta % 90 su içeren ortamlarda ürer. Su oranı yüksek, pH’sı uygun, besin ögelerinden zengin olan et, süt ve yumurtada çok hızlı ürer.

5- Ozmotik basınç Mikroorganizmaların geliştiği ortamdaki tuz, şeker vb maddelerin konsantrasyonu gelişme için büyük önem taşır. Bakterilerin bir çoğu %10 elektrolit konsantrasyonuna dayanma yeteneğine sahiptir. Fakat gelişip faaliyet gösterebilmeleri için en uygun ortam hücre içi ve dışı sıvıda çözünmüş iyon ve molekül konsantrasyonlarının aynı değerde (izotonik) olmasıdır.  Halofilik ( tuz seven ) ve ozmofilik ( şeker seven ) bakterilerin ortamdaki yoğunluğa bağlı olarak gelişmeleri etkilenir.  

Bakterilerin Çoğalmaları   Bakterilerde çoğalma ya hücre sayısıyla yada hücre kitlesi ile ilgili olarak bakteri yoğunluğunun ölçülmesiyle saptanabilir. Bakteri konsantrasyonu hücre sayısı /ml, kitlesi ise mg / ml ile ifade edilir. Bakterilerde çoğalma bölünme ile olur. Bölünecek bir hücrenin ortasında bir bölme oluşur, sonra buradan büzülerek yeni bir hücre meydana gelir. Bu yeni hücre eskisinden ayrılır veya ayrılmayıp kısa veya uzun bir zincir oluşturur. Mikroorganizmalar çoğaldıkça ortamda bulunan gıdalar azalıp bittiği gibi birçok toksik maddenin birikmesi, pH düşmesi ve çevresel faktörlerde oluşan değişmeler üremeyi sınırlandırır ve durmasına neden olur. Bazı bakteriler en yüksek üreme noktasına 24 saatte, bazıları da daha geç ulaşır.

Bakteriler en iyi koşulları içeren ortamda geometrik tarzda çoğalır Bakteriler en iyi koşulları içeren ortamda geometrik tarzda çoğalır. Yani iki katlı bir bölünme gösterir. (1-→2- →4- →8- →16- →32- →……şeklinde)   Bakteri çoğalmasında meydana gelen her bir bölünmeye generasyon (jenerasyon), çoğalma için geçen süreye de generasyon süresi denir. Genellikle yeni bir hücrenin meydana gelmesi için geçen süre 30 dakikayı bulur. Bakterilerin çoğalmaları dönem dönem incelenirse aşağıdaki grafik elde edilir. a-b = Başlangıç( latent) dönemi b-c = Hızlı (logaritmik) üreme dönemi c-d = Durma dönemi d-e = Ölüm dönemi

 Başlangıç (latent) dönemi (a-b aralığı): Bakteriler çoğalacakları uygun ortama ekilirse önce bulundukları ortama alışmaya çalışır. Bu dönemde üreme olmadığından sayıca da bir artış olmaz. Yoğun metabolik aktivite söz konusudur. Bakterilerin gelişmesi için ön hazırlık dönemidir. Başlangıç dönemi grafikte a-b harfleriyle gösterilmiştir.  Hızlı (logaritmik) üreme dönemi (b-c aralığı): Bu dönem bakterilerin bölünerek sayılarının artmasıyla başlar. Yüksek sayıda mikroorganizma meydana gelir. Bu dönemdeki kültürlerin sayımları yapıldığında üreme eğrisi düz veya dik bir durum gösterir.  Durma dönemi (c-d aralığı): Ortamdaki besin maddelerinin azalması, metabolik artıklar ve pH’ın elverişsiz hâle gelmesi nedeniyle mikroorganizmaların üremeleri yavaşlar. Çoğalmalarında durma görülür.  Ölüm dönemi (d-e aralığı): Canlı bakterilerin sayısının azaldığı dönemdir. Ortamda hem besin kalmaması hem de maddelerin zehirli etkisiyle bakteriler ölmeye başlar.   Dolayısıyla mikroorganizmaların çoğalmalarına besin ögelerine olan ihtiyaçları ve çevreyle ilgili etkenler etki eder.

Besinleri Kullanma Durumuna Göre Önemli Bakterilerin Gruplandırılması Laktik asit üreten bakteriler En önemli grubu Lactobacillus türleri oluşturur. Bunlar şekerleri kullanarak laktik asit üretir. Bunun yanında yine şekerden az miktarlarda uçucu maddelerden asetik asit ve karbondioksit, bazıları ise asetik asit, alkol, karbondioksit ve laktik asit üretir. Bunlar mezofil bakterilerdir. Başlıcaları; Streptecoc, Leuconostoc, Pediococ, Lactobacillus cinsleridir. Diğer asit üreten bakteriler Acetobacter ve Acetomonas cinsleri etil alkolü kullanarak asetik asit yapar. Clostridium cinsleri spor oluşturur ve oksijensiz ortamda karbonhidratlardan bütirik asit yaparlar. Lipolitik bakteriler Yağların parçalanmasını sağlayan lipaz enzimini yapar. Bunlar; Pseudomonas, Alcaligenes, Serratia, Micrococcus cinsleridir.

Proteolitik bakteriler Bunlar proteinaz denen proteinleri parçalayıcı enzimleri oluşturarak proteinli besinleri kullanırlar ve onların bozulmasına neden olur. Bazıları asit de üretir. Bazıları ise oksijensiz ortamda yalnızca proteinleri parçalayarak kötü kokulu hidrojen sülfit, amin gibi kimyasal maddeler oluşturur. Bacillus, Pseudomanas, Clostridium, Proteus cinsleri bu gruba girer. Sakkarolitik bakteriler Bunlar disakkaritleri ve nişastayı, amilaz enzimi ile şekerlere parçalar. Clostridium ve Bacillus cinsleri bunlar arasındadır. Pektinolitik bakteriler Pektin bir karbonhidrat çeşididir. Pektinaz enzimi Erwinia, Bacillus ve Clostridium cinsleri ile mayalar tarafından yapılır. Pektini parçalar ve sebze meyvelerin yumuşamasına neden olur.

Halofilik bakteriler Gelişmeleri için bulundukları ortamda tuza ihtiyaç duyan bakterilerdir. Tuz gereksinimi % 2-30 arasında değişen bakteri türleri vardır. Bu bakteriler yüksek tuz içeren gıdalarla salamura gıdalarda önem taşır. Başlıcaları; Sarsinia, Mikrococ, Psoudomanas, Acromabacter’dir. Ozmofilik bakteriler Yüksek şeker yoğunluğunda üreyen bakterilerdir. Leuconostoc gibi orta şeker yoğunluğunda üreyebilen bakteriler bu grupta yer alır.

Genel Özelliklerine Göre Bakterilerin Gruplandırması   1- Gram negatif, aerop çubuklar ve koklar Pseudomonas cinsi; bazı türleri proteolitik ve lipolitik aktivite gösterir. Aerobik olmaları nedeniyle gıdaların yüzeyinde hızla gelişerek mukoz madde oluştururlar. Psikrofil, mezofil türleri vardır. Özellikle soğukta saklanan et, tavuk eti, yumurta ve deniz ürünlerinin bozulma etmenidir. Halococcus cinsi; H. morrhuae bu cinsin tek türüdür. Turuncu ve kırmızı pigment oluştururlar ve tuzlanmış et, balık ve et ürünlerinde gelişerek bozulmaya neden olur. Alcaligenes cinsi; Pigment oluşturmaz. Toprak, su, toz, çiğ süt, kanatlı etleri ve dışkıda yaygın olarak bulunur. Et, yumurta ve süt gibi proteince zengin ürünlerin bozulmasına neden olur.

2- Gram negatif, fakültatif anaerop çubuklar Escherichia cinsi: Mikroorganizma doğal olarak insanların ve hayvanların bağırsak florasında bulunur. Ancak bağırsak dışında da yaşamını uzun süre devam ettirir. Bu nedenle toprakta ve suda yaygın olarak bulunur. Bu nedenle de gıdalarda ve sularda E.coli bulunması fekal (dışkı) bulaşmanın bir göstergesi olarak kullanılır. Salmonella cinsi: İnsanlarda patojen etkilidir ve öldürücü hastalıklara neden olur. En önemlisi tifo dur. Salmonella doğal olarak insan ve hayvan bağırsağında ve kanalizasyon sularında bulunur. Hastalık etmeni endotoksin (iç zehir) lerdir. Zehirlenme kontamine (bulaşma) olmuş et, süt, yumurta ve balık gibi hayvansal gıdalar olmak üzere, bitkisel ürünler ve su ile olur. Bu cinse ait hiçbir bakterinin gıda maddesi üzerinde bulunmasına izin verilmez. En fazla sorun soğuk tüketilen yiyecekler, çiğ sütten işlenen ürünler ve kanatlı etleri ile yaşanmaktadır.

Shigella cinsi: Sıcak kanlıların bağırsak sisteminde yaşayan türleri içerir. Shigella kirli sularda bulunur. Kirli sularla veya insanlardan gıda maddesine bulaşır. Gıdalarda bulunmasına kesinlikle izin verilmez. Enterobacter cinsi: Toprak, su, kanalizasyon suları, bitkilerde ve insan bağırsağında yaygın olarak bulunur. Metabolizma ürünleri kötü koku ve salyamsı yapı oluşturur. Erwinia cinsi: Başta früktoz olmak üzere bazı karbonhidratlardan asit oluşturma yeteneğindedir. Bitkisel ürünlerde depolama sırasında sulanma ve sünmeye yol açar. Depolanan bitkisel ürünlerde çürüme yapar. Proteus cinsi; toprak, su, bitki, çürümüş organik artıklar, insan ve hayvan bağırsağında bulunur. Et, yumurta, balık ve diğer gıdalarda kokuşma etkenidir. Protein kaynaklı gıdalarda bozulma etmenidir. Gıda kaynaklı enfeksiyona neden olabilir.  

3-Gram pozitif koklar Mikrococus cinsi: Türleri doğal olarak insan ve hayvan derisinde ve deri salgılarında, bunun dışında toprak, su, et ve süt ürünlerinde bulunur. Saprofit (çürükçül) olarak faaliyet gösterir. Patojen (hastalık yapan) etkileri yoktur. Besinlerden peynirlerin olgunlaştırılmasına, pastörize sütlerin bozulmasına, fermente et ürünlerinde (sucuk) nitratı nitrite indirger. Mikroorganizmaların bazı türleri pembe ve kırmızı pigment oluşturur. Staphylcoccus cinsi: Patojen türler içeren ve gıda rahatsızlıklarına neden olan bu cinsin S.aureus, gıda teknolojisinde önemlidir. Staphylcoccus cinsleri deride, sıcak kanlı canlıların burun boşluğu ve salgısında bulunur. Sığırlarda mastitise neden olur. Toksin sıcaklık uygulamalarına dayanıklılık gösterir. Gıdalarda en fazla süt ve süt ürünlerinde ve deniz ürünlerinde tehlikelidir. Streptecoccus cinsi: Genellikle insan ve hayvanlar için patojendir. Gıda teknolojisinde yararlı yönü ile yoğurt üretiminde starter olarak kullanılan S.thermophilus’tur. Hafif proteolitik yeteneği nedeni ile hem peynirlerin olgunlaşmasına hem de yoğurtta L.bulgaricus’un gelişmesine yardımcı olur.

Lactococcus cinsi: Süt ve süt ürünlerinde bulunur, laktozu fermente eder, patojen değildir, sütü kısa sürede pıhtılaştırır. Süt endüstrisinde starter olarak kullanılır, peynirlerin olgunlaşmasında rol oynar. Enterococcus cinsi: Enterococcus grubu streptecoclar genelde insan ve hayvan bağırsaklarında yaşar, sıcaklığa dayanıklı olmaları ile streptecoclardan ayrılır. Gıdalardan daha fazla süt ve süt ürünlerinde görülür. Fekal bulaşmanın ayıracıdır. İçme sularında fekal bulaşma belirtecidir. Enterococlar çürüme etmeni olarak et ürünleri, kanatlı etleri, sebze ve diğer gıdaların bozulma nedenidir. Fermente süt ürünlerinde olgunlaşma yönünden yararlı mikroorganizmalardır. Leuconostoc cinsi: Özellikle şeker endüstrisinde ve alkolsüz meşrubat üretiminde istenmeyen mikroorganizmalardır. Leuconostoc türleri kısmen de olsa tereyağı ve peynir üretiminde asit ve aroma oluşumu için starter olarak kullanılır. Bunun yanında süt ve süt ürünlerinde zararlı saprofit olarak bulunur.

4- Endospor oluşturan, gram pozitif çubuklar ve koklar Bacillus cinsi: Psikrofil, mezofil ve termofil olan türler vardır. Gıdaların pastörizasyonunda önemlidir. Aerob gelişirler, şekerleri fermente ederler, gaz oluşumu izlenmeden asit ortaya çıkar. Doğada toprak ve bitkilerde çok yaygındır. Bacillus cinsi içinde yer alan türlerden pek azı patojendir. B.cereus endotoksin (iç zehir)ler ile gıda rahatsızlıkları etmenidir. Taze sebze ve meyvelerde çürüme ve ekşimeye, konserve veya hazır gıdalarda ekşime ve kokuşmaya neden olurlar. Bacillus cinsi bakteriler gıda teknolojisinde yararlı olarak da bilinir. Bu cinse ait bazı türler amilaz ve proteaz üretiminde kullanılır. Clostridium cinsi: Gıda teknolojisinde en önemli bakteri türlerinden bir bölümü bu cins içinde yer alır. Bunlardan C.botulinum, C.perfringens, en yaygın görülenlerdir. Anaerob gelişirler. C.botulinum endotoksin oluşturan tehlikeli insan patojenidir. Yetersiz ısıl işlem uygulanmış konserve gıdaların en önemli bozulma nedenidir ve bombaj oluşturmak suretiyle kendini belli eder. C.perfringens toksin oluşumunu gıda maddesi yerine bağırsakta sağlar ve bu nedenle enterotoksindir.

5- Sporsuz, gram pozitif düzgün çubuklar Lactobacillus cinsi: Doğada en yaygın bakterilerdendir. Bitkiler, meyveler, insan ve hayvanların ağız ve bağırsaklarında bulunur. Yoğurt, peynir gibi süt ürünlerini, turşu veya salamura meyve sebzelerin hazırlanmasında veya olgunlaşmasında önemli rol oynar. Karbonhidratları laktik aside fermente eder. Ancak birçok bitkisel ve hayvansal ürünlerde (içme sütü, meyve ve meyve suları, hazır yemekler,bira, şarap vb) ekşimeye neden oldukları için bozulma etmenidir. Lactobacillus cinsine ait türler gelişme sıcaklıkları ve metabolizma ürünleri dikkate alınarak kendi aralarında alt cinslere ayrılır.   Bunların en önemlisi L.bulgaricus süt ve yoğurtta bulunur. S.thermophilus ile birlikte yoğurt üretiminde starter alarak kullanılır. L.lactis süt ve peynirlerde bulunur. Sütü ekşitir ve koagüle eder. Listeria cinsi: Toprakda, bitkilerde, kanalizasyon sularında, hayvan yemlerinde, gübrede ve taşıyıcı insan ve hayvanlarda bulunur.

6- Sporsuz, gram pozitif düzgün olmayan çubuklar  Corynebacterium cinsi: Patojen türleri içerir, toprak, su, hava, bitkilerde, insan ve hayvanların bağırsak sistemlerinde ve deride bulunur. Halk arasında kuşpalazı olarak da bilinen difteri hastalığının etmeni C.diphtheriaedır. Bulaşması genellikle gıdalar ile olur.

3. Virüsler ve Viroidler   Virüsler; bakterilerden daha ilkel, daha basit yapıda, tam bir hücre yapısı göstermeyen, en küçük mikroorganizmalardır. Tek başına metabolizma aktiviteleri yoktur. Sadece canlı hücre içinde yaşar ve çoğalabilir. Sentetik besiyerlerinde üretilemez. Normal mikroskopla görülmez; ancak elektron mikroskobu ile incelenebilir. Virüslerden daha küçük ve basit yapılı olan viroidler de bu grupta yer alır. Şekil: Elektron mikroskobisindevirusların görünümü

Virüsler infekte ettikleri canlılara göre çeşitli isimler alır, bunlar:   Ø Virion: Olgun virüs partikülüne verilen bir diğer addır. Ø Viroid: Bazı faydalı bitkilerin hastalık etkeni olan viroidler yapı bakımından yalnız bir tek RNA taşır, kapsid bulunmaz. İnsandaki Hepatit D Virüsü ile benzerlik gösterir. Ø Prion: Hayvan hastalıklarının etkeni olan prionların yapısında RNA veya DNA gibi nükleik asit bulunmaz. Ø Bakteriyofaj: Bakterileri infekte eden virüslere, faj ya da bakteriyofaj denir. Genellikle belli bakterileri infekte edip orada çoğalır. Salmonella typhy, Escherichia coli buna örnektir.

Virüslerin yapısında şu oluşumlar bulunur:   -Çekirdek: RNA veya DNA yapısındaki nükleik asitten oluşmuştur. RNA veya DNA’da virüslerin çoğalması için gerekli bilgiler (genler) bulunur. -Kapsid (Protein Kılıf): Nükleik asidi çevreleyen protein yapısındaki katmandır. Kapsidin başlıca görevleri şunlardır:  Nükleik asidi dış etkenlerden korur.  Virüsün ilişki kurduğu hücreyle (konak hücreyle) bağlantı sağlar.  Virüsün konak hücre dışında yaşamasına yardımcı olur.  Virüse antijenik özellik verir.

-Zarf: Bazı virüslerde bulunan kapsidi çevreleyen, lipitten zengin birkaç katmanlı bir zardır. Zarfın, virüsün konak hücreye girmesinde önemli rolü vardır.   -İnklüzyon Cisimcikleri: Bazı virüsler; girdikleri hücre içindeki çekirdekte, sitoplazmada ya da hem çekirdek hem sitoplazmada cisimler oluşturur. Virüslerin teşhis edilmesinde önemli rolü olan bu cisimlere inklüzyon cisimciği denir. Örn: Kuduzda, sitoplazmada negri cisimciklerinin görülmesi. Şekil: Kuduz virusu stoplazmasında negri cisimcikleri