EGEE-II INFSO-RI Enabling Grids for E-sciencE Grid Ortamında Veri Yönetimi Emrah AKKOYUN I. Ulusal Yüksek Başarım ve Grid Konferansı Nisan 2009, ODTÜ KKM, Ankara

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI EGEE Tutorial, Taipei, 1 May 2006 Motivasyon Grid Veri Yönetimi Nedir? –Depolama Elemanları gLite Orta Katmanı –Dosya Adları ve Kataloğu –LFC ve Komutları –LFC Komutları-Örnekler Dosya ve Replika Yönetimi –LCG ve Komutları –LCG Komutları-Örnekler –Diğer Komutlar 1. Kısım 2. Kısım İÇERİK

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Verilerin analiz edilebilmesi için gerekli hesaplama ve depolama ihtiyaçların gün geçtikçe artması Hesaplamalı Yüksek Enerji Fiziği  Devasa veriler üretiliyor  Uluslararası İş Birliği Örnek: Large Hadron Collider (LHC), CERN‏ Saniye de 40 Milyon çarpışma Yılda ~ 15 Petabyte (~15 Milyon GBytes)‏ Mont Blanc (4810 m)‏ Downtown Geneva Concorde (15 Km) ‏ Balloon (30 Km) ‏ CD stack with 1 year LHC data! (~ 20 Km) ‏ Mt. Blanc (4.8 Km) ‏ Motivasyon – Parçacık Fiziği

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Motivasyon – Parçacık Fiziği Hızlı, güvenilir ve sürekli veri transferi kanallarının kurulması (FNAL, PIC, FZK, CERN METU)‏

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Motivasyon – Sismoloji Verileri 2005 yılı sonrası tüm sismik verilerinin grid ortamına taşınması (waveform data)‏ 2008 yılı için; 253 istasyon, 1 saat de 253 yeni kayıt Toplam 253*24*365=2,216,280 kayıt Diğer ülkelerin kayıtları (Ermenistan, Gürcistan, Makedonya, Moldova,...)‏

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Motivasyon – Sismoloji Verileri

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Veri Yönetimi için 3 farklı temel servis bulunmaktadır. –Depolama (SE's): Dosyaların fiziksel olarak saklandığı yerdir.  Storage URL or SURL: srm://castorsc.grid.sinica.edu.tw/data/dteam/mytest.dat –Katalog: Dosyaların fiziksel isimleriyle kullanıcı tarafından tanımlanan mantıksal isimlerin eşleştirilmesini sağlar.  Logical File Name or LFN: lfn:/grid/dteam/mytest.dat –Veri Transferi: Dosyaların depolama elemanına taşınması/alınması, depolama elemanları arasında replikalarının oluşturulması  File Transfer Service or FTS  Transport URL or TURL: gsiftp://sc003.grid.sinica.edu.tw:2811/data/dteam/mytest.dat Temel Servisleri

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI JDL (İş Tanımlama Dili) ile ancak 20 MB boyutundan küçük veriler gönderilebilir. Büyük boyutta dosyaların tutulduğu bilgisayara Depolama Elemanı (SE) denir. Depolama Elemanı, Hesaplama Elemanları(CE) ile neredeyse tüm sitelerde bulunur. Kullanıcılar gibi uygulamalar da veri isteğinde bulunup, veri üretebilirler. Kullandığı protokoller –GSIFTP: Depolama elemanı ve uygulamalar arasında güvenli, hızlı ve verimli dosya transferini sağlar. –RFIO & gsiDCap: Depolama elemanlarında depolanan dosyalara doğrudan uzaktan erişimi sağlarlar. Depolama Elamanı

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Grid ortamında 4 farklı tip depolama elemanı mevcuttur: –ClassicSE –CASTOR –dCache –LCG Disk Pool Manager Depolama Kaynak Yönetimi (SRM)‏ –Pratik kullanımı sağlar Depolama Elemanı

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Depolama Elemanı Client User/Application Grid Middleware SRM Castor dCache DPM

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Grid Unique IDentifier (GUID)‏ –Grid de bulunan her bir dosya mutlaka bir GUID ile belirtilir –Dosyanın tüm replikaları aynı GUID ile paylaştırılır –guid: guid:38ed3f60-c402-11d7-a6b0-f53ee5a37e1d Logical File Name (LFN)‏ –GUID’si belirli olan kullanıcının belirlediği takma isim –lfn:/grid/ / / lfn:/grid/sgdemo/deneme gLite Orta Katmanı Dosya Adları

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Storage URL(SURL) ya da Physical File Name(PFN)‏ –Dosyanın depolama elemanındaki gerçek alanına verilen isim (Dosyanın Grid'de fiziksel yerini tanımlar)‏ –Replika Yönetim Sistemi (RMS) tarafından dosyanın nerede tutulduğunu öğrenmek amacıyla kullanılır. –sfn:// / / sfn://se.ulakbim.gov.tr/data/trgridb/dosya1 Transport URL (TURL)‏ –Dosyanın depolama elemanında geçici olarak tutulduğu alan – :// / / gsiftp://se.ulakbim.gov.tr/data/trgirdb/dosya1 gLite Orta Katmanı Dosya Adları

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI GUID, LFN ve SURL’ler arasında eşleştirmeyi sağlar Kayıt yaptırmış tüm dosyaların bilgisini tutar ve yayınlar Yerel ya da genel olarak servis verebilir Grid Dosyası: Fiziksel olarak depolama elemanında yer alan, ve mantıksal olarak LFC kaydı yapılmış dosyalardır. Dosya Kataloğu LCG File Catalogue - LFC Katalog SE

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI gLite Dosya Kataloğu Kullanıcı Tanımlı Meta Veri Kullanıcı Meta Verisi lfn:/grid/itut/tut /user01/dm-file-user01 LFN lfn:/grid/itut/tut /user01/dm-file- user02 Sembolik Bağlantı lfn:/grid/itut/tut /user01/dm-file- user02 Sembolik Bağlantı lfn:/grid/itut/tut /user01/dm-file- user02 Sembolik Bağlantı “size”  “cksum_type  “MD5” “cksum”  “xxxxxx” Sistem Meta Verisi guid:7ae088c8-79b e4b-4a139fd418ec GUID srm://dcache01.lip.pt/pnfs/lip.pt/data/itut/tut /dm-file- user01 Replika srm://dcache01.lip.pt/pnfs/lip.pt/data/itut/tut /dm-file- user01 Replika srm://dcache01.lip.pt/pnfs/lip.pt/data/itut/tut /dm-file- user01 Replika

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Veri Yönetimini iki temel seviye altında özetlenebilir. –Fiziksel Seviye : Depolama Elemanı (SE)‏ –Mantıksal Seviye: Dosya Katalogu (LFC)‏ Depolama Elemanları verilerin fiziksel olarak tutulduğu bilgisayarlardır. LFN'ler dosyaların metadata bilgisi ile (Dosyanın gerçek ismi, boyutu, erişim izinleri, düzenlenme zamanı gibi) birlikte Kataloga kaydedilir. Böylece, kullanıcılara kendi masaüstü bilgisayarlarını kullanılıyormuş izlenimi verilmesi amaçlanır. ÖZET

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LFC Komutları LFC dosya ya da dizininin eklenmiş yorum bilgisini silerlfc-setcomment LFC dosya ya da dizininin erişim kontrol listesini tanımlarlfc-setacl LFC dosya ya da dizinini silerlfc-rm LFC dosya ya da dizininin dosya/dizin ismini değiştirirlfc-rename LFC dizin yaratırlfc-mkdir LFC’de dosya ve dizinleri listelerlfc-ls LFC dosya ya da dizinine sembolik Link yaratırlfc-ln LFC dosya ya da dizininin erişim kontrol listesini alırlfc-getacl Delete the comment associated with the file/directorylfc-delcomment LFC dosya ya da dizininin sahiplik bilgilerini değiştirirlfc-chown LFC dosya ya da dizininin erişim haklarını değiştirirlfc-chmod Grid Dosya Kataloğu Komut Seti

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Dosya katalogunun kullanılabilmesi için –Geçerli bir proxy sertifikasının oluşturulması gereklidir. –$LFC_CATALOG_TYPE, $LFC_HOST çevre değişkenlerinin tanımlanmış olması gerekmektedir: export LCG_CATALOG_TYPE=lfc export LFC_HOST=lfc.ulakbim.gov.tr –lfc-* komutları kullanılırken, Örnek: /grid/sgdemo/basarim09.txt LFC Komutları Kullanıcı Tanımlı DizinLFC Ad Uzayı LFC ağaç yapısına sahiptir. lfn:/grid/ /

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI lfc-ls: Verilen bir dizindeki LFN’leri listeler /grid/ / LFC Komutları Örnek $ lfc-ls –l /grid/sgdemo/... -rw-rw-r Jun 21 09:39 tutor14 -rw-rw-r Jun 21 09:40 tutor16-mytxt -rw-rw-r Jun 21 09:36 uploadfile -rw-rw-r Jun 21 09:36 uploadfilelfn -rw-rw-r Jun 21 09:38 user.example -rw-rw-r Jun 21 09:38 user.example2...

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LFC Komutları Örnek $ lfc-ls –l /grid/sgdemo/user.example -rw-rw-r Jun 21 09:38 user.example –Çalışmak istediğiniz ev dizinini belirtirseniz, her zaman girmek zorunda kalmazsınız. $ export LFC_HOME=/grid/sgdemo/ $ lfc-ls –l user.example -rw-rw-r Jun 21 09:38 user.example

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI lfc-ln –s dosya/dizin link_adı : Sembolik bağlantı oluşturur: $ lfc-ln -s user.example link_to_user lfc-mkdir : Dizin oluşturur. $ lfc-mkdir Ekim2007-user Oluşturulan dizini görmek için: $ lfc-ls -l –lfc-delcomment path LFC’deki bir dosya dizine ait açıklamayı siler LFC Komutları Örnek

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LFC Komutları Örnek lfc-setcomment $lfc-setcomment user.example “Merhaba” Eklediğimiz yorumu görmek için: $lfc-ls --comment user.example /grid/gilda/user.example Merhaba lfc-delcomment $lfc-delcomment user.example Sildiğiniz yorumu görmek için: $lfc-ls –l --comment user.example -rw-rw-r Jun 21 09:38 /grid/sgdemo/user.example

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI EGEE Tutorial, Taipei, 1 May 2006 Grid Veri Yönetimi Nedir? –Depolama Elemanları gLite Orta Katmanı –Dosya Adları ve Kataloğu –LFC ve Komutları –LFC Komutları-Örnekler Dosya ve Replika Yönetimi –LCG ve Komutları –LCG Komutları-Örnekler 1. Kısım 2. Kısım İÇERİK

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG –Basit ve etkin dosya transfer yöntemidir. –Grid ortamına veri aktarımı ve grid ortamından veri alımı için kullanılır. –Aynı zamanda grid ortamında bulunan verilerin farklı depolama elemanlarında kopyasının alınmasını sağlar. Dosya ve Replika Yönetimi

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları Replika Yönetimi Verilen bir LFN, GUID ya da SURL’nin replikalarını listelerlcg-lr Verilen bir LFN ya da SURL’nin GUID’sini getirirlcg-lg Verilen bir LFN, GUID ya da SURL takma isimlerini listelerlcg-la SE’deki bir dosyanın LFC’deki kaydını silerlcg-uf SE’deki bir dosyayı LFC’ye kaydederlcg-rf Verilen bir GUID’nin LFC’deki takma ismini kaldırırlcg-ra Verilen bir GUID’ye LFC’de takma isim (alias) eklerlcg-aa Bir dosyayı bir SE’den başka bir SE’ye kopyalar ve LFC’ye kaydederlcg-rep SE’deki bir dosyayı siler (bir replika ya da tüm replikalar olabilir)‏lcg-del Lokalde ki bir dosyayı SE’ye kopyalar ve LFC’ye kaydeder (upload)‏lcg-cr Bir grid dosyasını yerel makinaya kopyalar (download)‏lcg-cp

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI İlgili sanal organizasyonu (sgdemo) destekleyen depolama elemanlarını sorgulamak için; –lcg-infosites --vo sgdemo se LCG Komutları

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Çalışma değişkenlerinin tanımlanması; –Kullanılacak Bilgi Servisinin Tanımlanması  export LCG_GFAL_INFOSYS=bdii.ulakbim.gov.tr:2170 –Dahil olunan sanal organizasyon adı  export LCG_GFAL_VO=sgdemo –Kullanılacak depolama elemanı (default)‏  export VO_sgdemo_DEFAULT_SE=se.ulakbim.gov.tr LCG Komutları

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-cr: $lcg-cr -d se.ulakbim.gov.tr –l lfn:/grid/sgdemo/egitim.out -v --vo sgdemo file:/home/egitim20/egitim.outfile:/home/egitim20/egitim.out –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait –kullanıcı arayüzündeki /home/egitim20/egitim.out dosyasını –lfn:/grid/sgdemo/egitim.out LFC kaydı altında –se.ulakbim.gov.tr depolama elemanına –-v verbose özelliğini kullanarak kopyalar Komutun çıktısı –se.ulakbim.gov.tr’ye kopyalanan egitim.out dosyası için oluşturulmuş GUID geri döner: guid:5dfb82d2-c26a-444a-8c83-9d2c35d84d05

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Data movement: High level tools Dosyanın grid ortamına taşınması ve dosya katoluğuna kaydedilmesi lcg-cr -vo MyVO file://$PWD/text_file.txtfile://$PWD/text_file.txt -d se.destination lfn:/grid/MyVO/myDIR/myFILE LFC server SRM SE1 gridftp1 gridftp2 gridftp3 pool Bilgi sistemlerinden kullanılabilir depolama elemanı ve boyutları sorgulanabilir. Copy Register Veri seti meta bilgisi LFC ile sorgulanabilir

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-cp: $ lcg-cp -t 100 -v --vo sgdemo lfn:/grid/sgdemo/egitim.out file:///tmp/egitim.kopyafile:///tmp/egitim.kopya –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –LFC’de lfn:/grid/sgdemo/egitim.out ile kayıtlı dosyayı, –-t timeout 100 saniye olacak şekilde, – kullandığımız kullanıcı arayüz makinasında /tmp/ altına egitim.kopya olarak, –- v verbose modda kopyalar. Diğer komutlarda da olduğu gibi lfn yerine guid ya da sfn de kullanılabilir.

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-rep: $lcg-rep –d se02.grid.acad.bg -v --vo sgdemo guid:5dfb82d2-c26a- 444a-8c83-9d2c35d84d05 –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –guid:5dfb82d2-c26a-444a-8c83-9d2c35d84d05 ile saklanan dosyanın, –se02.grid.acad.bg isimli depolama elamanına replikasını oluşturur. Benzer şekilde aşağıda ki komutlarda aynı amaçla kullanılabilir. $lcg-rep –d se02.grid.acad.bg -v --vo sgdemo lfn:/grid/sgdemo/egitim.out $lcg-rep –d se02.grid.acad.bg -v --vo sgdemo sfn://se.ulakbim.gov.tr/storage3/sgdemo/generated/ /fileX

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-lr: $ lcg-lr --vo sgdemo lfn:/grid/sgdemo/egitim.out –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –LFC’de lfn:/grid/sgdemo/test.out takma ismi ile saklanan, –tüm replikaları listeler. Komutun çıktısı: sfn://se.ulakbim.gov.tr/storage3/sgdemo/generated/ /fileX sfn://se02.grid.acad.bg /storage/sgdemo/generated/ /fileY

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-lg: $ lcg-lg --vo sgdemo sfn://se.ulakbim.gov.tr/storage3/sgdemo/generated/ /fileX –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –SE’de lfn://se.ulakbim.gov.tr/storage3/sgdemo/generated/ /fileX ile saklanan dosyanın, –GUID’sini göster. $ lcg-lg --vo sgdemo lfn:/grid/sgdemo/egitim.out –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –LFC’de lfn:/grid/sgdemo/egitim.out ile kayıtlı dosyanın, –GUID’sini göster.

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-del: $ lcg-del -s se.ulakbim.gov.tr --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2- c538bfa28fac –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac GUID’li grid dosyasının, –se.ulakbim.gov.tr’deki replikasını siler. $ lcg-del –a --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, – 91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac –GUID’li grid dosyasının tüm replikalarını siler.

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-aa: $ lcg-aa --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac lfn:/grid/sgdemo/yeni_alias –sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, –91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac GUID’li grid dosyası için, –LFC’de lfn:/grid/sgdemo/yeni_alias isimli yeni bir takma isim (alias) tanımlanmasını sağlar. lcg-la: Belirtilen GUID’ye ait bütün takma isimleri listeler. $lcg-la --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac Komutun çıktısı: lfn:/grid/sgdemo/test.out (eski alias)‏ lfn:/grid/sgdemo/yeni_alias (eklenen yeni alias)‏

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI LCG Komutları lcg-ra: $ lcg-ra --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac lfn:/grid/sgdemo/test.out – sgdemo VO’sunun kullanıcısına ait, – 91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac GUID’li grid dosyası için, – LFC’deki lfn:/grid/sgdemo/test.out alias'ını siler. $lcg-la --vo sgdemo guid:91b89dfe-ff bad2-c538bfa28fac – Belirtilen GUID’ye ait bütün takma isimlerini listeler. – Komutun çıktısı: lfn:/grid/sgdemo/yeni_alias test.out takma ismi silindiği için artık listede görünmemektedir.

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Veri Yönetimi – Örnek Senaryo(1)‏ KaynakPaylaştırıcısıDepolama Elemanı 1 HesaplamaElemanı Input “sandbox” Input “sandbox” + Broker Info Output “sandbox” “Kullanıcı Arayüzü” Depolama Elemanı 2 İşin sonucunu SE’ye yazdır, replikasını oluştur. Max. 20MByte Veri Seti Bilgi LCG Dosya Katoloğu

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI Veri Yönetimi – Örnek Senaryo(2)‏ KaynakPaylaştırıcıDepolama Elemanı 1 HesaplamaElemanı Input “sandbox” Input “sandbox” + Broker Info Output “sandbox” “Kullanıcı Arayüzü” Depolama Elemanı 2 SE üzerinde ki veri üzerinde analiz yap Max. 20MByte Veri Seti Bilgi LCG Dosya Kataloğu Veriye yakın yerde işi koştur

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI YAPACAKLARIMIZ –Çalışma dizininin yaratılması –Lokal bilgisayardan SE'ye dosya kopyalanması –Grid ortamından lokal bilgisayara dosya taşınması –Grid ortamından dosyanın temizlenmesi Diğer Komutlar DEMO

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI İleri Düzey Dosya Taşıma Senaryo: Grid ortamında bir SE'den diğerine verinin taşınması Disk pool Disk pool Gridftp serverN gridftp::STOR gridftp::RETR globus-url-copy gsiftp://gFTP1/.. gsiftp://gFTPn/.. SURL TURL Gridftp server2 Gridftp server3 Gridftp serverN-1 Gridftp server1 Dosyaya erişim için gerekli ön adın hatırlanması zordur SE1 SE2

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI İleri Düzey Dosya Taşıma Senaryo: Dosyanın SE'den lokale taşınması Disk pool srmcp srm://srm1.source/.. file:////mydir/MYFLE Gridftp server2 Gridftp server3 Gridftp server1 SE1 SRM server Kullanıcıdan saklanır Kullanıcı etkileşir.

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI DEMO Tüm olabilir FTS veri kanallarının listelenmesini sağlarglite-transfer-channel- list Tüm kullanıcıların gönderdiği işler sorgulanırglite-transfer-list Verilen iş numarası ile gönderilen iş iptal edilirglite-transfer-cancel Verilen İş numarası ile transferin durumu sorgulanırglite-transfer-status Transfer işinin gönderilmesi: Gönderici ve alıcı için SURL gerekiyorglite-transfer-submit FTS istemcisi

Enabling Grids for E-sciencE EGEE-II INFSO-RI TEŞEKKÜRLER TÜBİTAK-ULAKBİM Emrah AKKOYUN KAPANIŞ