İRLANDA DUBLİNDE BİR 3. BASAMAK HASTANEDEN İZOLE EDİLEN KLEBSİELLA PNEUMONIAE İZOLATLARININ PLAZMİDİK AMP C B-LAKTAMAZLARININ SAPTANMASI VE MOLEKÜLER TİPLENDİRİLMESİ.

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
MOLEKÜLER SİSTEMATİK NEDİR ? NEREDE VE NASIL KULLANILIR?
Advertisements

Dr. Hande Arslan Başkent ÜTF İnfeksiyon Hastalıkları AD
VAN TÜRKİYE’ DE YANIK YARASI İZOLATLARININ BAKTERİYOLOJİK PROFİL VE ANTİBİYOGRAMININ ÜÇ YILLIK İNCELEMESİ Araş. Gör. Dr. Fatma Esenkaya Taşbent Danışman:
Araş.Gör.Dr.Fatma Esenkaya Taşbent Danışman: Yrd.Doç.Dr.Mehmet Özdemir
Clinical evaluation of a fully automated CMV PCR assay Journal of Clinical Virology 50 (2011) 281–286.
Aflp markeri ve dna klonlama
Araş.Gör.Dr.Fatma Esenkaya Taşbent Danışman: Doç.Dr.Mehmet Özdemir
Genişlemiş Spektrumlu Beta-laktamazlar (GSBL)
- LAKTAM ANTİBİYOTİKLER = - Laktinler
Nurhak Merkez Sağlık Ocağına Başvuranlarda Proteinüri Risk Faktörleri
ANTİBİYOTİKLERİN ETKİ VE DİRENÇ MEKANİZMALARI
Bu çalışma için herhangi bir kurumdan maddi destek alınmamıştır.
Prospectıve evaluation of a novel multiplex real time PCR assay for detection of fifteen respiratory pathogens- Duration of symptoms significantly affects.
İki Ortalama Arasındaki Farkın Önemlilik Testi
Uygulamalı Eğitim: PCR Kullanarak Patates Yıkama Suyu İçindeki Patojenlerin Tespiti.
MADDENİN TANECİKLİ YAPISI
Genişlemiş Spektrumlu β-Laktamazlar
METALLO-BETA-LAKTAMAZLAR
Uzm. Vet. Hekim Güney GÖKÇELİK
1. 2 SERUM ÖRNEKLERİNDE HDV VİREMİ BELİRLEMEDE ANTİ-HDV ENZİM İMMUNOASSAY GÖSTERGESİ Dr. Özlem Aydemir Doç. Dr. Mehmet Özdemir 3.
Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Hazırlayan:Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı
(Polymerase Chain Reaction)
FEN ve Antibiyotiklere Direnç Sorunu
Arş.Gör.Dr. Asiye Acar Prof.Dr. Mahmut Baykan. Surendra K. Sharma, Ninoo George, Tamilarasu Kadhiravan, Pradip K. Saha, Hemant K. Mishra& Mahmud Hanif*
Ampirik Antibiyotik Tedavisi
ÜST SOLUNUM YOLU ENFEKSİYONLARI VE TEDAVİ YAKLAŞIMLARI
AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)
Gen Klonlama.
GENİŞLEMİŞ SPEKTRUMLU BETA LAKTAMAZ VE İNDÜKLENEBİLİR BETA LAKTAMAZ SALGILAYAN GRAM OLUMSUZ BAKTERİLERİN TÜRKİYE’DEKİ VE HASTANEMİZDEKİ DURUMU DR. SABRİ.
TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI DÖNEM I ÖĞRENCİ LABORATUVARI / 2
Doç.Dr. Naim NUR CÜTF Halk Sağlığı A.D
Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Hazırlayan:Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı
Danışman:Prof.Dr.Bülent BAYSAL Arş.Gör.Dr.M.Emin DEMİRCİLİ
YENİDOĞANDA AKILCI ANTİBİYOTİK KULLANIMI Dr. Ferhan KARADEMİR MART 2007.
Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani.
Araştırma Başlığı: İlköğretim öğrencilerinde matematik kaygısı ile matematik başarısı arasında bir ilişki olup olmadığının incelenmesi Grup Adı: M&M’S.
YURTTA KALAN ÖĞRENCİLERİN KAYGI DÜZEYİNİN DEPRESYONA ETKİSİ NEDİR ?
Plazmitler Plazmitler kromozom dışı ekstra genetik materyallerdir. Hemen hemen tüm bakteri cinslerinde bulunmuşsa da bakteriler için mutlaka gerekli değildir.
TİLAPİA (Oreochromis niloticus, Linneus 1758)’LARDA Edwardsiella tarda TÜRÜNÜN TÜRKİYE’DEN İLK BİLDİRİMİ Miray ETYEMEZ 1 Suna KIZILYILDIRIM 2 İbrahim DEMİRKALE.
ASTIM GENETİĞİ:2006 GEN KEŞFİNDE UZUN VE DOLANBAÇLI BİR YOL
Comt Val158Met Polimorfizminin Obez Erişkinlerdeki Önemi Avşar, Orçun 1,2,3 ;Kuşkucu, Aysegül 2 ; Sancak, Seda 4 ;Genç, Ece 1 1 Tıbbi Farmakoloji Anabilim.
MBEK değerleri aralığı (µg/ml) MIK değerleri aralığı (µg/ml)
GENETİK HASTALIKLARIN PRENATAL TANISI
Karbapenem dirençli Klebsiella spp izolatlarında kolistin direncinin araştırılması ve hastaların klinik özelliklerinin değerlendirilmesi Fulya Bayındır.
MODERN GENETİK UYGULAMALARI. MODERN GENETİK UYGULAMALARI.
ÇOCUKLARDA ORTAYA ÇIKAN SEPTİK ŞOKTA SERUM LAKTAT SEVİYELERİ
ANTİMİKROBİYAL MADDELER
Reverse Transkriptaz ile cDNA Üretimi
Sepsisli Hastalarda prokalsitonin, C-Reaktif Protein, Lökosit, Mean Platelet Volüm Değerlerinin, Kan Kültüründe Üreyen Mikroorganizmalarla Karşılaştırılması.
Gen Klonlama Basamakları
Arş.Gör.Dr. Abdullah Kaan KURT
Plazmitler Plazmitler kromozom dışı ekstra genetik materyallerdir. Hemen hemen tüm bakteri cinslerinde bulunmuşsa da bakteriler için mutlaka gerekli değildir.
2 Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Halk Sağlığı AD. , Antalya
Gıda Üretim Sürecinde Antibiyotik Dirençli Mikroorganizmaların Varlığı: Klasik Peynir Üretiminde GSBL üreten E.coli Varlığının Araştırılması Seda Özdikmenli.
Fonksiyonlarına Göre Vektör Tipleri
Polimorfizm/Mutasyon tarama teknikleri
GIDALARDA ANTİBİYOTİK DİRENÇLİ BAKTERİLER Seda Özdi̇kmenli̇1, Nükhet N
ENDÜSTRİYEL ENZİMLERİN REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ ile ÜRETİMİ Turgut ZENGİN
ENDÜSTRİYEL ENZİMLERİN REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ ile ÜRETİMİ Turgut ZENGİN.
Arş. Gör. Dr. Ayşegül ÖZSALİH YILMAZ
Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı
Gen Teknolojilerinin Diğer Uygulama Alanları. GEN KLONLAMASI Gen klonlamasında önemli olan aşamalar kısaca şöyledir (genel prensipler). 1) Gen taşıyan.
BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER
BITKI VE HAYVANLARDA KLONLAMA. GEN KLONLAMA Seçilmiş bir genin bir vektör (plazmit veya virüs) içerisine eklenerek bir bakteriye aktarılması ve sonra.
Araş. Gör. Dr Abdullah Kaan KURT
GENİŞLETİLMİŞ SPEKTRUMLU VE İNDÜKLENEBİLİR BETA- LAKTAMAZLAR EXTENDED SPECTRUM AND INDUCTABLE BETA-LACTAMASE (ESBL)
GENOMDA GEN Yakın akraba bakteri türlerinde genom dizilerinin çok benzer olduğunun belirlenmesi ile birlikte, bakteriyal genomlara bakış açımız kökten.
An unusual cause of endocarditis
Sunum transkripti:

İRLANDA DUBLİNDE BİR 3. BASAMAK HASTANEDEN İZOLE EDİLEN KLEBSİELLA PNEUMONIAE İZOLATLARININ PLAZMİDİK AMP C B-LAKTAMAZLARININ SAPTANMASI VE MOLEKÜLER TİPLENDİRİLMESİ Araş.Gör.Dr. Fatma Esenkaya Taşbent Yrd. Doç Dr. Mehmet ÖZDEMİR

Detectıon and molecular characterısatıon of plasmıdıc Amp C B-lactamases ın Klebsiella pneumoniae isalates from a tertiary-care hospıtal in Dublin,Ireland 2008 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Detectıon and molecular characterısatıon of plasmıdıc Amp C B-lactamases ın Klebsiella pneumoniae isalates from a tertiary-care hospıtal in Dublin,Ireland 2008 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases

Dünya genelinde Klebsiella p n eu moniae izolatları arasındaki Amp C B-laktamazlar gittikçe artmaktadır Dünya genelinde Klebsiella p n eu moniae izolatları arasındaki Amp C B-laktamazlar gittikçe artmaktadır

Bununla birlikte dirençli Klebsiella p n eu moniae izlolatları arasından Amp C tipi B-laktmazların prevelansı, Amerika da % 8,5 den İngilterede % 55 e kadar bölgesel olarak farklılık göstermektedir Bununla birlikte dirençli Klebsiella p n eu moniae izlolatları arasından Amp C tipi B-laktmazların prevelansı, Amerika da % 8,5 den İngilterede % 55 e kadar bölgesel olarak farklılık göstermektedir

İrlanda’daki Klebsiella p n eu moniae Amp C enzimlerinin epidemiyolojisi ve tiplendirilmesi hakkında sınırlı miktarda bilgi var İrlanda’daki Klebsiella p n eu moniae Amp C enzimlerinin epidemiyolojisi ve tiplendirilmesi hakkında sınırlı miktarda bilgi var

Bu prospektif çalışma plazmid ile ilişkili Amp C B- laktamazları taşıyan Klebsiella p n eu moniae izolatlarının epidemiyolojisini belirlediği gibi 3. kuşak sefalosporinlere dirençli Klebsiella p n eu moniae izolatları arasındaki Amp C enziminin tipini ve prevelansını da belirlemiştir Bu prospektif çalışma plazmid ile ilişkili Amp C B- laktamazları taşıyan Klebsiella p n eu moniae izolatlarının epidemiyolojisini belirlediği gibi 3. kuşak sefalosporinlere dirençli Klebsiella p n eu moniae izolatları arasındaki Amp C enziminin tipini ve prevelansını da belirlemiştir

Seftazidim, sefotaksim ve/veya sefpodoksim gibi 3. kuşak sefalosporinlerin bir yada daha fazlasına dirençli replike olmamış Klebsiella p n eu moniae izolatları Nisan 2005 den Mart 2007 ye kadar prospektif olarak toplanmıştır Seftazidim, sefotaksim ve/veya sefpodoksim gibi 3. kuşak sefalosporinlerin bir yada daha fazlasına dirençli replike olmamış Klebsiella p n eu moniae izolatları Nisan 2005 den Mart 2007 ye kadar prospektif olarak toplanmıştır

Duyarlılıkları CLSI kriterlerine göre disk difüzyon, E test, agar dilüsyon ve VITEC 2 duyarlılık test sistemi kullanılarak belirlendi Duyarlılıkları CLSI kriterlerine göre disk difüzyon, E test, agar dilüsyon ve VITEC 2 duyarlılık test sistemi kullanılarak belirlendi İzolatların identifikasyonu VITEC identifikasyon sistemine göre yapıldı İzolatların identifikasyonu VITEC identifikasyon sistemine göre yapıldı

Amp C B- laktamaz taraması E test ve VITEC 2 ile sefotaksim ve seftazidim MIC lerini ölç ü lerek ve 100 mg/L kloksasilin içeren ve içermeyen Müller Hinton Medyum kullanılarak yapılmıştır Amp C B- laktamaz taraması E test ve VITEC 2 ile sefotaksim ve seftazidim MIC lerini ölç ü lerek ve 100 mg/L kloksasilin içeren ve içermeyen Müller Hinton Medyum kullanılarak yapılmıştır Kloksasilin varlığında MIC deki iki kat veya daha fazla azalma Amp C B-laktamaz varlığını göstermektedir Kloksasilin varlığında MIC deki iki kat veya daha fazla azalma Amp C B-laktamaz varlığını göstermektedir

Sefoksitin 30 mg diskinin yanındaki sefotaksim 30 mg yanındaki zonda birleşme Amp C indüksiyonunu n tespitinde problem oluşturmaktadır Sefoksitin 30 mg diskinin yanındaki sefotaksim 30 mg yanındaki zonda birleşme Amp C indüksiyonunu n tespitinde problem oluşturmaktadır

.. Amp C enzimini kodlayan genler Multiplex PCR kullanılarak identifiye edildi. Ardışık PCR ve sekanslama acc geni için Amp C enzimini kodlayan genler Multiplex PCR kullanılarak identifiye edildi. Ardışık PCR ve sekanslama acc geni için 5 – TTTTCTTTTGCATGCGGATT ve 5 – TTTTCTTTTGCATGCGGATT ve 5 – ACAGGGCGTGCTGTAATACC primerlerini, dha geni için 5- ACACTGATTTCCGCTCTGCT ve 5 – ACAGGGCGTGCTGTAATACC primerlerini, dha geni için 5- ACACTGATTTCCGCTCTGCT ve 5- ACAATCGCCACCTGTTTTTC primerlerini kullanarak oluşturulmuştur 5- ACAATCGCCACCTGTTTTTC primerlerini kullanarak oluşturulmuştur

Dha 1 geninin üzerindeki Amp R geninin saptanması için kullanılan primer Dha 1 geninin üzerindeki Amp R geninin saptanması için kullanılan primer 5 -CAGGGTAAAGCGGTGAACAT dır. Bu çalışmada bildirilen nükleotid sekansları şu numaralar altında (acc-1 için EF ve Amp R ve dha 1 için EF633612) gen bankasında bulunmaktadır 5 -CAGGGTAAAGCGGTGAACAT dır. Bu çalışmada bildirilen nükleotid sekansları şu numaralar altında (acc-1 için EF ve Amp R ve dha 1 için EF633612) gen bankasında bulunmaktadır İntegron analizleri Levesque ve arkadaşların ın tarifine göre yapılmıştır. B akteriyel DNA nın lizisi sonrası CHEF DR II sistemi kullanılarak pulsed field gel elektroforez ile izolatlar genotiplendirilmiştir İntegron analizleri Levesque ve arkadaşların ın tarifine göre yapılmıştır. B akteriyel DNA nın lizisi sonrası CHEF DR II sistemi kullanılarak pulsed field gel elektroforez ile izolatlar genotiplendirilmiştir

İzolatlar arasındaki ilişki aritmetik ortalama ile eşleşmiş grup yöntemi kullanılarak küme analizleri yapılarak Dice Coefficient kullanıla r ak hesaplanmıştır İzolatlar arasındaki ilişki aritmetik ortalama ile eşleşmiş grup yöntemi kullanılarak küme analizleri yapılarak Dice Coefficient kullanıla r ak hesaplanmıştır 500 K.p n eu monia e klinik izolat ı ndan 32 sinde en az bir oksiimino B-laktama artmış direnç gösterildi 500 K.p n eu monia e klinik izolat ı ndan 32 sinde en az bir oksiimino B-laktama artmış direnç gösterildi

Bu izolatların 15 i (%48i) m uhtemel Amp C üreten bakteri olarak seçildi. Bir izolat fenotipik testlere göre klas A tipi ESBL üretmiştir. Geri kalan 17 izolat da, ESBL üreten Klas A fenotipine sahipti Bu izolatların 15 i (%48i) m uhtemel Amp C üreten bakteri olarak seçildi. Bir izolat fenotipik testlere göre klas A tipi ESBL üretmiştir. Geri kalan 17 izolat da, ESBL üreten Klas A fenotipine sahipti 15 seçilmiş izolatın Multiplex PCR la Amp C + olduğu gösterilmiş olup bunlardan 13 ü acc tipi B laktamaz, 2 si ise dha tipi B-laktamaz olduğu tespit edildi 15 seçilmiş izolatın Multiplex PCR la Amp C + olduğu gösterilmiş olup bunlardan 13 ü acc tipi B laktamaz, 2 si ise dha tipi B-laktamaz olduğu tespit edildi 2 izolattan sonuncusunda indüklenebilir direnç bulundu. 2 izolattan sonuncusunda indüklenebilir direnç bulundu.

Nükleotid sekanslama sonucu 13 bla acc geni daha önce gen bankasına girişi yapılan Klebsiella p n eu monia e bla acc-1 sekansı ile % 100 uyumlu bulundu Nükleotid sekanslama sonucu 13 bla acc geni daha önce gen bankasına girişi yapılan Klebsiella p n eu monia e bla acc-1 sekansı ile % 100 uyumlu bulundu İki bla dha gen sekansı da identifiye edildi ve bilinen Klebsiella pneumoniae bla dha 1 geni ile %100 uyuma sahipti İki bla dha gen sekansı da identifiye edildi ve bilinen Klebsiella pneumoniae bla dha 1 geni ile %100 uyuma sahipti

Ek olarak bla dha 1 gen izolatlarının her ikisinde de Amp R bulundu. PCR sonuçlarına göre dha 1 olan iki izolat ve acc 1 olan bir izolat pozitif olarak izlendi Ek olarak bla dha 1 gen izolatlarının her ikisinde de Amp R bulundu. PCR sonuçlarına göre dha 1 olan iki izolat ve acc 1 olan bir izolat pozitif olarak izlendi 15 izolatın hepsi karbapenemlere ve sefepime duyarlı idi. Yüksek düzeyde sefoksiti n direnci, yalnızca dha 1 üreten 2 izolatta bulundu. 15 izolatın hepsi amoksilin/klavulonik aside dirençli idi. 15 izolatın hepsi karbapenemlere ve sefepime duyarlı idi. Yüksek düzeyde sefoksiti n direnci, yalnızca dha 1 üreten 2 izolatta bulundu. 15 izolatın hepsi amoksilin/klavulonik aside dirençli idi. Ama en çok duyarlılık amikasin, gentamisin ve siprofloksasine karşı bulundu Ama en çok duyarlılık amikasin, gentamisin ve siprofloksasine karşı bulundu

Acc 1 üreten 13 izolatın küme analizinde birbirleri ile farklı ilişki düzeyindeki izolatlardan 3 küme oluşturulması düşünüldü Acc 1 üreten 13 izolatın küme analizinde birbirleri ile farklı ilişki düzeyindeki izolatlardan 3 küme oluşturulması düşünüldü Küme 1; bant farklılığı içermeyen 2 tip izolat (7 ve 9) Küme 2; 4 band faklılığı içeren iki izolat (6 ve 14) ve Küme 3; altı band farklılığı içeren 2 izolattan oluşmaktadır Küme 1; bant farklılığı içermeyen 2 tip izolat (7 ve 9) Küme 2; 4 band faklılığı içeren iki izolat (6 ve 14) ve Küme 3; altı band farklılığı içeren 2 izolattan oluşmaktadır Bu üç küme birbiriyle ilişkili değildi Bu üç küme birbiriyle ilişkili değildi Geri kalan izolatlar tamamen birbirinden farklı idi. Geri kalan izolatlar tamamen birbirinden farklı idi.

Son uç olarak bu çalışma acc1 ve dha1 içeren iki tip plazmidik Amp C enzimini identifiye etmiştir. Son uç olarak bu çalışma acc1 ve dha1 içeren iki tip plazmidik Amp C enzimini identifiye etmiştir. İrlandadaki Dha 1 üreten plazmidik indüklenebilir Amp C enzim i bulunduran iki izolat ilk defa bildiri lirken major kazanılmış Amp C enzimi acc 1 di İrlandadaki Dha 1 üreten plazmidik indüklenebilir Amp C enzim i bulunduran iki izolat ilk defa bildiri lirken major kazanılmış Amp C enzimi acc 1 di Bu enzim Klebsiella pneumoniae izolatlarının % 48 den identifiye edildi. Bu enzim Klebsiella pneumoniae izolatlarının % 48 den identifiye edildi.

Bu oran benzer seleksiyon kriterleri ile, İrlanda ve İngilterede yapılan bir yeni çalışmadaki % 25 lik sıklığa benzemektedir Bu oran benzer seleksiyon kriterleri ile, İrlanda ve İngilterede yapılan bir yeni çalışmadaki % 25 lik sıklığa benzemektedir Avrupa içinde yayılan acc 1 geniyle ilgili Fransa ve İspanyadan yapılan diğer bildirimler de benzer sonuçlar içermekteydi Avrupa içinde yayılan acc 1 geniyle ilgili Fransa ve İspanyadan yapılan diğer bildirimler de benzer sonuçlar içermekteydi Acc üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarının çoğu sefoksitine duyarlı idi Acc üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarının çoğu sefoksitine duyarlı idi

Farklı olarak, sefoksitin dirençli ise oksiimino B- laktamlara azalmış duyarlılık klas c B-laktamaz üretimini gösterir Farklı olarak, sefoksitin dirençli ise oksiimino B- laktamlara azalmış duyarlılık klas c B-laktamaz üretimini gösterir Klebsiella pneumoniae izolatları sefoksitin ve sefepime duyarlıdır Klebsiella pneumoniae izolatları sefoksitin ve sefepime duyarlıdır Fakat seftazidim ve sefotaksime duyarlılık azalmıştır Fakat seftazidim ve sefotaksime duyarlılık azalmıştır

Bu durum plazmidik Amp C üretimi ile ilgili olabilir bu nedenle diğer testlerle konfirme edilmelidir. Bu durum plazmidik Amp C üretimi ile ilgili olabilir bu nedenle diğer testlerle konfirme edilmelidir. Pulsed field jel elektroforezi, hastane içinde transfer edilebilir Amp C ilişkili direncin insidansını, tek bir klonun yayılımından ziyade mobil bir elementin transferi sonucu olduğunu belirtmektedir. Pulsed field jel elektroforezi, hastane içinde transfer edilebilir Amp C ilişkili direncin insidansını, tek bir klonun yayılımından ziyade mobil bir elementin transferi sonucu olduğunu belirtmektedir. İrlandadaki bu enzimlerin prevelansının ve ortaya çıkışının surveyansı gereklidir İrlandadaki bu enzimlerin prevelansının ve ortaya çıkışının surveyansı gereklidir

TEŞEKKÜRLER