Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
MOLEKÜLER SİSTEMATİK NEDİR ? NEREDE VE NASIL KULLANILIR?
Advertisements

AFLP VE DNA DİZİLEME DENEYSEL AŞAMALARININ KARŞILAŞTIRILMASI
Diabetik Nefropati Son dönem böbrek yetmezliğinin 1/3 nedenidir ve görülme sıklığı hızla artmaktadır. Tip 1 DM otoimmün mekanizma; insülin ve C-peptit.
Aflp markeri ve dna klonlama
DNA DİZİLEME.
AFLP (Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizimi)
Mitokondri ve Kanser.
MAKSİMUM OLASILIK (MAXİMUM LİKELİHOOD)
EVRİMSEL DEĞİŞİM MEKANİZMALARI
Piruvat Metabolizması
GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi.
KLİNİKTE KULLANILAN GENETİK TERMİNOLOJİ.
PPD DIŞI SPESİFİK TBC TESTLERİ
AZOSPERMİK İNFERTİL ERKEKTE GENETİK TESTLERDE YENİLİKLER
1. 2 SERUM ÖRNEKLERİNDE HDV VİREMİ BELİRLEMEDE ANTİ-HDV ENZİM İMMUNOASSAY GÖSTERGESİ Dr. Özlem Aydemir Doç. Dr. Mehmet Özdemir 3.
MİTOKONDRİ VE YAŞLANMA
Yrd. Doç. Dr. Yasemİn ÇAYIR
BİRİNCİ BASAMAKTA HİPERLİPİDEMİYE YAKLAŞIM
MOLEKÜLER GENETİK II.
(Polymerase Chain Reaction)
GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ
Hazırlayan:Stj.Dr.Yasin YARDİBİ Prof.Dr.Itır YEĞENAĞA
KADIN ÜREME ORGAN KANSERLERİ (ENDOMETRİUM,OVER )
POLİMORFİZMLERİ ve KANSER İLİŞKİSİ
KARACİĞER FONKSİYON TESTLERİ
DNA VE RNA (DEOKSİRİBONÜKLEİKASİT VE RİBONÜKLEİK ASİT) PC KOPAT
Mutasyon Analiz Teknikleri III
MULTİFAKTÖRİYEL - POLİGENETİK KALITIM
Amaç Ateroskleroz risk belirlemede kullanılan biyokimyasal parametreleri bilecekler.
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
MADDE BAĞIMLILIĞI Bağımlılığa Yatkınlıkta Genlerin Rolü
AYŞE GÜL KEVSER İNCE FEN BİLGİSİ ÖĞRETMENLİĞİ 2. SINIF 2.ŞUBE.
NÜKLEİK ASİT.
BÖLÜM 11 İmmün Sistem Hastalıkları
İnsan Genom Projesi.
Günümüz genomik çağında modern tıp
Biyoteknoloji ve Gen Mühendisliği
Preimplantasyon Genetik Tarama
Biyoinformatik.
AKCİĞER KANSERLERİNDE GENETİK
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
ANA SORU: Bir genin kopyalanması (duplikasyonu) nasıl kansere neden olur?
PARAOKSONAZ ENZİMİNİN HASTALIKLARLA OLAN İLİŞKİSİ
EPİGENETİK MEKANİZMALAR
ASTIM GENETİĞİ:2006 GEN KEŞFİNDE UZUN VE DOLANBAÇLI BİR YOL
Comt Val158Met Polimorfizminin Obez Erişkinlerdeki Önemi Avşar, Orçun 1,2,3 ;Kuşkucu, Aysegül 2 ; Sancak, Seda 4 ;Genç, Ece 1 1 Tıbbi Farmakoloji Anabilim.
Tek-gen Hastalıkları.
YAŞLILARDA SERUM B12 VİTAMİNİ, FOLAT VE PLAZMA HOMOSİSTEİN DÜZEYLERİ
1Ebru D.Yenilmez, 1Abdullah Tuli, 2Abdi Bozkurt, 2Esmeray Acartürk
RESTRİKSİYON ENDONÜKLEAZLAR
Biyosinyal ve Sinyal iletimi
Polimorfizm/Mutasyon tarama teknikleri
PROTEİN SAFLAŞTIRMA TEKNİKLERİ SOUTHERN BLOT TURGUT ZENGİN.
Prof. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı
1. DERS: DNA RNA GEN KROMOZOM GENETİK VE BİYOTEKNOLOJİ.
BAKTERİLERDE EKSTRAKROMOZAL GENETİK ELEMENTLER
DNA Dizilimi ve Gen İfadesi Düzeyinde Varyasyon
Tek-gen Hastalıkları II
MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ ISLAHINDA KULLANIMI
MUTASYONLAR.
GENOMDA GEN Yakın akraba bakteri türlerinde genom dizilerinin çok benzer olduğunun belirlenmesi ile birlikte, bakteriyal genomlara bakış açımız kökten.
POLİMORFİZM.
DNA 2 Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Bir canlıya ait tüm özellikler DNA’da saklanır. Bir canlıya ait tüm.
EPİGENETİK MEKANİZMALAR
GENOMİK.
SERBEST RADİKALLER ve ANTİOKSİDANLAR 6
T.C ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ REAL-TİME PCR İLKER TOKLUCU MEHMET HAN BAŞTÜRK TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ    2019-SAMSUN  
ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI GENOMİKLER DERSİ Tarımsal Biyoteknolojide Mobil Genetik Elementlerin.
Sunum transkripti:

Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN SNP ANALİZLERİ Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN

GENETİK VARYASYONLAR MUTASYON Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır. POLİMORFİZM Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir.

Polimorfizm Aynı türün farklı bireyleri arasında iki veya daha fazla farklı dizinin varlığıdır. DNA replikasyonu sırasında oluşan hatalar sonucu meydana geldikleri düşünülür. İnsan DNA’sında gen diziliminin %99.9’u birbirine benzemektedir. İnsanlar arasındaki genetik çeşitlilik %0.1’lik farklılıktan ileri gelmektedir.

Genetik Farklılıklar Fiziksel özelliklerde farklılıklar Hastalıklara yatkınlık ve dirençte görülen farklılıklar İlaç veya besin metabolizmasında görülen farklılıklar

Polimorfizmler genel olarak 3 grupta incelenir. Tek nükleotid polimorfizmleri Mikrosatellit tekrarları İnsersiyon ve delesyonlar

Nonfonksiyonel Protein ya da Normal Dizi Fonksiyonel protein Polimorfizm Nonfonksiyonel Protein ya da Protein Kaybı Mutant Dizi

TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SNP) Belirli bir baz pozisyonunda meydana gelen tek nüklotid değişiklikleridir. Tüm genetik varyasyonların %90’ını oluşturur.

SNP Transisyon (Pürin-Pürin, Primidin-Primidin) Transversiyon (Pürin-Primidin)

İnsan genomunda 10-30 milyon SNP olduğu tahmin edilmektedir. İki farklı birey arasında 1250 bp’de bir farklılık olduğu tahmin edilir. Belirli bir populasyonda sıklığı genellikle %1’den fazladır.

SNP Etkileri Sessiz Protein Fonksiyonunu Değiştirir Bir amino asit sekansını değiştirir Regülatuar sekansın fonksiyonunu değiştirir.

Gen kodlayan bölgelerde görülen SNP varyantları, bir proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir . Gen kodlayan bölgelerdeki SNPs’in sayısının 10000-50000 dolaylarında olduğu tahmin edilmektedir. Bunların belirli bir populasyonda görülme sıklıkları %1’in altında olabilmektedir. Bazı SNP, regulatuar sekansları değiştirmekte ve gen ekspresyonunu dolaylı yoldan etkilemektedir.

Apolipoprotein E Apo E için 3 SNP alleli tanımlanmıştır: E2, E3 and E4. Bu 3 allelin varlığı 3 varyant proteinin ortaya çıkmasına neden olur: apo 2, apo 3 and apo 4.

E2 alleli en yaygın görülen alleldir (%90). E2 allelinden iki kopya taşıyan bireyler klinik olarak normaldir. Bunun dışındaki bireylerde, premature arteriyel hastalıklara yatkınlığa yol açan anormal kan lipit düzeyi ile birlikte tip III hiperlipidemi görülür. Ancak, obezite, yaş, cinsiyet ve hormonal etkiler gibi faktörlerin etkisiyle, E2 homozigot bireylerde de arteriyel hastalıklar gelişebilmektedir.

E4 alleli ise Alzheimer hastalığı ile ilişkilidir. E4 allelinden iki kopya taşıyan bireyler, hastalığa karşı duyarlıdır ve bunlarda 5-15 yaş arasında demans gelişebilmektedir. Batı populasyonunda taşıyıcı olmayan bireylerle karşılaştırıldığında, E4 taşıyıcılarında Alzheimer gelişimi için rölatif risk, tek kopya taşıyanlarda yaklaşık 3, iki kopya taşıyanlarda 6-15’tir.

Apoliprotein E 112. pozisyon 158. pozisyon e2 cys e3 arg e4

Bu pozisyonlardaki sistein arjinin değişimi, C-T transisyonundan ileri gelmektedir.

SNP’in Kullanım Alanları Tanı ve Risk Profillenmesinde Aday Gen Tayini ve Haritalamada Polimorfizm Testlerinde Epidemiyolojik Çalışma Planlamasında Farmakogenomik ve Fizyolojik Genomikte Çevresel Uyaranlar ve Diete Yanıtta Adli Tıpta

SNP’in Hastalıklarla İlişkisi Bazı yaygın hastalıklar multifaktöriyeldir. İnsan populasyonları arasındaki genetik farklılıklar nedeniyle bazı populasyonlar, bazı hastalıklara daha duyarlıdır.

Populasyonlar arasında görülen genetik farklılıklar, hastalıklara karşı duyarlılık, direnç ve hastalık prognozunu etkileyebilmektedir. Epidemiyolojik ve biyomedikal araştırmalar, farklı populasyonlarda hasta bireyler ve sağlıklı kontroller arasındaki SNP farklılıklarını ortaya koymaktadır.

Kanser, Diabetes mellitus, Alzheimer, bazı kardiovasküler hastalıklar ve Migren gibi hastalıklar SNP ile yakın ilişkilidir.

SNP taramalarında, hangi varyant allellerin hastalıkla yakın ilişkili olduğu belirlenebilmektedir. Çeşitli hastalıklara özgü SNP profilleri belirlenmiştir. DNA örneklerinde spesifik SNP allelleri incelenerek bireylerin hastalıklara yatkınlıklarını belirlemek amacıyla tarama yapılabilmektedir.

Farmakogenetik ve SNP Yıllardır, bireyler arasında ilaçlara karşı gelişen yanıtta gözlenen farklılıklar araştırılmaktadır. SNP, ilaç matabolizmasında rol alan enzimlerin fonksiyonlarını değiştirir. Farmakogenetik, hastaların genotipine uygun ilaç kullanımı üzerine yoğunlaşmıştr.

SNP ve Kanser SNP DNA tamir mekanizmasından sorumlu genlerde, Karsinojenlerin metabolizma ve detoksifikasyonundan sorumlu genlerde

Kanser, kimyasal karsinojenlerin aktivasyonunda artış ve hücrenin mutajenik hasara karşı geliştirdiği detoksifikasyon ile tamir yeteneğinin azalması sonucu oluşmaktadır. Genotipik varyasyonların tanımlanması ve kanserle ilişkisinin ortaya konması, kanser etiyolojisinin daha iyi anlaşılması ve hastalık riskinin ve kemoterapiye yanıtın tahmin edilebilmesine olanak sağlayacaktır.

İlaç metabolizması ve DNA tamirinde rol alan, kanserle ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır. MTHFR (metil tetrahidrofolat redüktaz) GST (Glutathione S-Transferases ) Sitokrom P450 monooksijenaz NAD(p)H Quinone Oksidoredüktaz N-Asetil Transferaz

MTHFR MTHFR geni kromozom 1’de (1p36.3) lokalizedir Folat metabolitlerinin homosistein remetilasyon yolu ile uzaklaştırılması ve DNA-RNA biyosentezinin doğru bir biçimde gerçekleşmesini sağlar. DNA’nın mutajenik hasarını önler. İlişkili SNP C677T ve A1298C’dir.

GST Gst enzimi, ekzojen ve endojen reaktiflerin detoksifikasyonunu katalizler. GST M1 ve GST T1 null allellerinde meydana gelen delesyon polimorfizmi enzim aktivitesinin kaybı ile sonuçlanır. Sigara içenlerde akut lösemi, kolorektal adenokarsinoma, tiroid kanseri, mide, akciğer ve pankreas kanseri riskini arttırır.

NAD(p)H quinone Oxidoreductases 16. kromozomda lokalizedir. Hücreleri oksidatif hasardan korur. C609T polimorfizmi, enzim aktivitesinin azalması ile sonuçlanır. Akciğer kanseri ve akut lösemi riski artar.

CytochromeP450 monooxigenases Sitokrom monooksijenaz enzimi, ilaç metabolizması, endojen ve ekzojen karsinojenlerin uzaklaştırılması ile yakın ilişkilidir. Cyp1A1 polimorfizmi, akut lösemi ve erken yaşta sigaraya başlayan kadınlarda postmenapozal akciğer kanseri riskini arttırır.

N-Acetyle Transferases NAT 1 ve NAT 2 genleri kromozom 8’de lokalizedir. Aromatik ve heterosiklik karsinojenlerin N-asetilasyon (deaktivasyon) ve O-asetilasyon (aktivasyon) mekanizmalarında rol alır. NAT2’deki T341C ve C481T SNP’lerinde enzim aktivitesinde azalma görülür. Akut lenfositik lösemi ve sigara içenlerde üriner mezhane kanseri riski artar.

SNP İdentifikasyonunda Kullanılan Yöntemler Bilinen SNP’lerin Analizi Yeni SNP İdentifikasyonu

Bilinen SNP’in Analizi PCR ARMS (Allele Özgü Amplifikasyon) Oligonükleotid Ligasyon Testleri Minisekanslama FRET (TaqMan Genotipleme) Çip Teknolojisi

Bilinen SNP’lerin Belirlenmesi Jel Analizleri Restriksiyon Enzimleri ile PCR Analizi ARMS Oligonükleotid Ligasyon Analizi Minisekanslama

PCR En yaygın yöntemdir. Bir çift restriksiyon enzimi kullanılır. Özellikler bir restriksiyon bölgesini ortadan kaldıran ve yeni bir restriksiyon bölgesi oluşturan SNPs analizi için uygundur. Farklı restriksiyon değişim paternleri belirleyebilir.

ARMS Primerler, normal DNA sekansları ile eşleşir. Sadece normal bireylerde amplifikasyon gerçekleşir.

Oligonükleotid Ligasyon Analizi Hibridizasyon spesifik oligonükleotid problarla olur.

Diğer Genotipleme Teknolojileri FRET Teknolojisi Chip Teknolojileri

Yeni SNP İdentifikasyonu Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama Direk DNA Sekanslama

Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama SSCP * En yaygın kullanılan metodtur. * Tek iplikli DNA ipliğinin nondenature jeldeki mobilitesinin belirlenmesi esasına dayanır.

SSCP

KAYNAKLAR Alan F Wright. Genetic Variation: Polymorphisms and Mutations. MRC Human Genetics Unit, Edinburgh, UK, 2005 http://www.hpcgg.org/Genotyping/index.jsp?name=servicesforresearchers&subname=genotyping http://en.wikipedia.org/wiki/Single_nucleotide_polymorphism www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml www.ornl.gov/sci/techresources/meetings/brookes.shtml -

TEŞEKKÜRLER