PARSİMONİ İLKESİ ( SİBEL MUTLU – 200920102029 )

SOY AĞACI OLUŞTURMADA KULLANILAN BAZI METODLAR Dış grup yöntemi Ontogenetik kriter Parsimoni Maksimum olasılık Bayezyen yöntemi

KLADİSTİK METOTLAR Paylaşılan türemiş karakterler temelinde monofiletik gruplar tanımlayan tekniklere kladistik metotlar adı verilir.

Sinapomorfi Ortak bir atadan değiştikleri için paylaşılan özellikler Örneğin memeliler ortak atalarından türemiş özellikler olarak kürk ve süt bezlerini paylaşırlar. Sinapomorfi evrimsel dal noktalarını tanımlar.

Kladistik metotlar ile ağaç inşaasının köşe taşı, bu paylaşılan türemiş karakterlerin doğru biçimde tanımlanmasıdır. Özelliğin hangi durumunun atasal, hangisinin türemiş olduğunu belirlemenin birkaç yolu vardır. En basit ve güvenilir yollardan bir dış grup analizi.

Parsimoni Kladistik metotlardan ikincisi; Olası birçokları arasından hangi dallanma modelinin evrimsel tarihi en doğru biçimde yansıttığını tanımlamada bir yaklaşım sağlar. Parsimoniye göre tercih edilen ağaç, açığa çıkmış olan evrimsel değişmenin toplam miktarını en aza indirgeyen ağaçtır. Parsimoni, homoloji sayısını arttıran, homoplasi sayısını düşüren bir yöntemle çalıştığından olasılık yöntemi parsinomi yöntemini savunmada bir yol olabilir. Ancak bu durum, evrimsel değişmelerin az olarak açığa çıktığı tahmin edilen verilerde geçerlidir.

Parsimoni, farklı filogenetik ağaçlar olduğunda en az basamaklı ya da değişmenin en az olduğu ağaçların tercih edilmesidir. Evrimsel süreçte neler olduğuna ilişkin sonuca varılırken, araştırmacının karmaşık yerine basit açıklamaları yeğlemesi demektir. Başka bir deyişle, araştırmacı açığa çıkan evrimsel değişmenin miktarını azaltan veri yorumlarını tercih eder. Bir grubun filogenisini en iyi tahmin eden ağaç en az evrimsel değişme gösteren ağaçtır. Çünkü, iki grupta bulunan benzer bir karakterin ayrı ayrı açığa çıkmış olma olasılığı, bir kez ortaya çıkmış olma olasılığından daha düşüktür.

Karakter seçimi ; Moleküler ve Morfoloji Her filogenetik analizin ilk işi veri olarak hangi karakterleri kullanacağını seçmektir. Morfolojik özellikler : Sadece müze koleksiyonlarında bulunan soyu tükenmiş türler yada fosiller durumunda elzemdir. Moleküler özellikler : Nükleotitler farklı genlerde hızlı bir biçimde neredeyse sonsuz sayıda kodlanabilirler.

Moleküler biyologlar dizilerin zamanla nasıl değiştiğini öngören sofistike modeller geliştirmişlerdir. Ancak moleküler benzerliklerdeki homoplasileri saptamak zor olabildiği gibi , DNA dizilerindeki karakterler sadece 4 karakter durumuyla (A, T, G, C) sınırlıdır. Verilerin bu farklı nitelikleri, çoğunlukla filogenetikçileri , evrimsel ilişkileri analiz ederlerken , mümkün olduğunca morfolojik ve moleküler karakterleri birlikte kullanmaya yöneltmektedir.

TEK BİR MORFOLOJİK KARAKTERLE PARSİMONİ Toynaklılar iki monofiletik taksona bölünmüştür. Artiodactyla Perissodactyla Su aygırları Atlar Sığırlar Gergedanlar Geyikler Domuzlar Zürafalar Antiloplar Develer

Artiodactyla hipotezi Balina ve yunuslar toynaklılar ile akraba olup , muhtemelen çift toynaklılar (sığır, geyik, suaygırı, domuz, yabandomuzu ve develerin temsil ettiği) ile kardeş grupturlar. Bu türlerin dış grubu Perssodactyla (at ve gergadanlar) adlı toynaklılardandır.

Balina + su aygırı hipotezini göstermektedir. Bir istisna dışında (a) ile aynıdır: balinalara giden dal , balinaları su aygırları ile kardeş grup yapacak şekilde yer değiştirmiştir.

Astragalus kemiği çifttoynaklı memelileri bir takson olarak tanımlar.

Eğer su aygırı ve diğer çift toynaklılar monofiletik bir grup oluşturuyorsa, şekilde görüldüğü gibi makara şekilli astragalus, sonradan bir değişim olmaksızın sadece bir kez değişime uğramıştır.

Eğer balinalar ve su aygırları kardeş grupsa , bu durumda şekildeki gibi makara şekilli astragalusun oluşması ve balinaya giden soy hattında bu sinapomorfinin kaybı söz konusudur.

Bu karakter temelinde balina+su aygırı hipotezi çift toynaklı hipotezinden daha az parsimoniktir.

ÇOKLU MOLEKÜLER KARAKTERLERLE PARSİMONİ

Parsimoni metodunun avantajları ; Parsimoni metodunun dezavantajları ; Basittirler, sezgi yolu ve yaratıcılıkla çıkarılabilirler (kağıt-ve-kalem ile yapılabilirler). Moleküler ve morfolojik datalarda kullanılabilirler. Benzerlik çeşitlerini ayırt edebiliriz (sinapomorfik, plesiomorfik, homoplasi) . Karakter ve orantı analizlerinde kullanılabilirler. Yüksek seviye homoplasilerde yanılabilirler. İncelenen diziler ya da genetik uzaklıklar ile uyumlu bir ağaç elde etmek için gerekli en az mutasyonların saptanmasına dayanan bir yöntemdir. Kesin yaklaşımda olası tüm ağaçlar gözden geçirilir ve kullanılan optimalite ölçütüne en uygun ağaç belirlenir.

Kaynaklar www.evrimianlamak.org. Evrimsel Analiz kitabı www.dbbm.fiocruz.br/james/lectures.html www.molecularevolution.org http://m.sakiroğlu.wordpress.com/filogenetik-nedir/ http://tr.wikipedia.org/wiki/Bayes_teoremi Biyoloji Kitabı Yazarları:Neil A.Cambell-Jane B.Reece California Üniversitesi,Riverside

TEŞEKKÜR EDERİM 