Non-invaziv Prenatal Test: Fetal Trizomilerin Saptanmasında Yeni Bir Dönem

Trizomi Değerlendirmesinin Evrimi FPR=<0.1% FPR=5.0% Saptama oranları: Maternal age – %30 AFP only – %35 Quad marker taraması – %81 1. trimester taraması – %85 Serum Integrated tarama – %86 Full Integrated tarama - %95 Bunların tümü %5 yanlış pozitiflik oranına sahiptir (1/20 hasta) Harmony Prenatal Test >%99 saptama oranı <%0.1 yanlış pozitiflik oranı (1/1,000 den daha az) Harmony Prenatal Test 2

Kullanılan Anöploidi Testlerinin Sınırları Yüksek false pozitif oran(%5) Zahmetli Çoklu doktor ziyaretleri Spesifik USG cihazı Yüksek false pozitiflik Tarama testlerindeki %5 oranındaki false pozitiflik her yıl yüzlerce kadının gereksiz yere kaygılanmasına neden olmaktadır Inconvenient Current screening tests are clinically cumbersome requiring multiple visits and specialized ultrasound with limited access Late information Current screening tests are not complete until the second trimester, prolonging the period of uncertainty for couples Safety concerns Many women decline invasive procedures (CVS, amnio) because of risk concerns, especially risk of procedure related miscarriage. Geç informasyon Uzamış belirsizlik İnvaziv prosedürler (CVS ve amniosentez) nedeniyle güvenlik kaygıları 3

HarmonyTM Prenatal Test Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı (gücü) Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması MPSS: massively parallel shotgun sequencing 4

HarmonyTM Prenatal Test Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) varlığı Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 5

Maternal Kanda Cell-Free DNA Cell-free DNA (cfDNA) kısa DNA fragmentleridir. Gebelikte, maternal kanda hem anne ve hem de fetusa ait cfDNA bulunur. Mevcut fetal cfDNA miktarı, maternal cfDNA’nın küçük bir kısmıdır. 6

cfDNA ile Kromozom Sayımı Fetal cfDNA Maternal cfDNA Her bir bar, cfDNA fragmentlerinin yüzlercesini göstermektedir. cfDNA’nın çok büyük bir kısmı maternal orjinlidir. Göreceli olarak küçük bir kısmı da fetusa aittir. Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 7

cfDNA ile Fetal Trizominin Saptanması Fetal trizomi 21’den köken alan ekstra fragmentler Fetal cfDNA Maternal cfDNA Trizomi 21’ de mevcut olan 21. kromozoma ait cfDNA fragmentleri fazlalığı miktar olarak küçük olmakla birlikte DNA dizi analizi (sequencing) ile ölçülebilir. Referans kromozom fragmentleri Kromozom 21 fragmentleri 8

HarmonyTM Prenatal Test Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 9

NIPT Teknolojisi Günümüzde bu alanda kullanılan 2 farklı analiz yöntemi Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed Yöntem Harmony Prenatal Test Anahtar farklılıklar NIPT: Non-Invaziv Prenatal Test cfDNA analysis methods fall into two categories: massively parallel sequencing (MPSS) and directed DNA analysis. MPSS analyzes a random subset of cfDNA fragments sampled from maternal blood. In directed analysis, specific cfDNA fragments from maternal blood are used for selective sequencing. Because of the target ed sequencing, fewer cfDNA fragments are needed for directed analysis “pozitif/negatif” sonuçlar (z-skordan köken almış) Daha güvenli Kişiye özel risk skorlaması 10

Yöntem karşılaştırılması– MPSS ve Directed Kandaki cfDNA Kromozom 21, 18, 13 cfDNA’sı Diğer kromozomlara ait cfDNA Haritalanmamış cfDNA Massively Parallel Shotgun Sequencing (MPSS) Directed analysis (DANSR) Massively Parallel Shotgun Sequencing: The first of the next-generation sequencing technologies, massively parallel signature sequencing (or MPSS), was developed in the 1990s at Lynx Therapeutics, a company founded in 1992 by Sydney Brenner and Sam Eletr. MPSS was a bead-based method that used a complex approach of adapter ligation followed by adapter decoding, reading the sequence in increments of four nucleotides. This method made it susceptible to sequence-specific bias or loss of specific sequences. Because the technology was so complex, MPSS was only performed 'in-house' by Lynx Therapeutics and no DNA sequencing machines were sold to independent laboratories. Lynx Therapeutics merged with Solexa (later acquired by Illumina) in 2004, leading to the development of sequencing-by-synthesis, a more simple approach which rendered MPSS obsolete. However, the essential properties of the MPSS output were typical of later "next-generation" data types, including hundreds of thousands of short DNA sequences. In the case of MPSS, these were typically used for sequencing cDNA for measurements of gene expression levels. Directed Analysis: Successively sequencing DNA from adjacent stretches of a chromosome. 11

MPSS ve z-score Analiz Metodu cut-off olarak tahmini bir z-score değeri kullanılarak trizomi tespiti yapılır. z-score cut-off reflects the # of SDs from an expected mean z-score=3: normal beklenen ortalama değerden 3SD kadar sapmayı gösterir z-score=2: normal beklenen ortalama değerden 2SD kadar sapmayı gösterir Palomaki GE et al. Genet Med. 2011 12

Harmony Prenatal Test – Genel Bakış DANSRTM FORTETM (Digital Analysis of Selected Regions) Directed cfDNA testi Daha güvenli Çok sayıda hastanın aynı anda çalışılabilmesi (Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation) İçeriği: Fetal cfDNA fraksiyonu Anne Yaşı Gebelik haftası Kişiye özel risk skorlaması 13

FORTE Anöploidi Analizi Giren Bilgi Çıkan Bilgi FORTE Kromozom 13, 18 ve 21 cfDNA sayısı Fetal DNA Klinik bilgi (anne yaşı ve gebelik haftası gibi) Trizomi 21 risk değeri Trizomi 18 risk değeri Trizomi 13 risk değeri *FORTE - Fetal-fraction Optimized Risk of Trisomy Evaluation 14

Fetal cfDNA Fraksiyonunun Önemi Fetal Fraksiyon Yüzdesi Trizomi için beklenen oran 4% 1.02 10% 1.05 20% 1.10 40% 1.20 Fetal cfDNA Maternal cfDNA %4 fetal fraksiyona sahip bir maternal kanda kromozom 21 icin normal değer 1 kabul edildiğinde, trizomili olguda bu oran 1.02 degerine çıkmakta. Dolayısıyla, trizomi 21 li bir gebelikte her bir %2 lik fetal fraksiyon artışı 0.1 lik artışa neden olmakta. Diğer bir deyişle, trizomi 21 li bir gebelikte her bir %4 lik fetal fraksiyon artışı 0.2 lik artışa neden olmakta. Referans Kromozom Kromozom 21 Analiz aşamasına fetal fraksiyonun da eklenmesi daha doğru sonuçlar elde edilmesini sağlar 15

Özet– Harmony Test ve MPSS Random analiz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörleri hesaplanamaz Örnekler, çok farklı test değerlerine rağmen random olarak 2 kategoriye ayrılır Directed analiz Fetal fraksiyon ve diğer klinik risk faktörlerini de içerir Her bir trizomi için kişiselleştirilmiş risk skoru ile basit ve anlaşılır sonuçlar (Yüksek risk/Düşük risk) 16

(2.000 olgu ort. risk grubunda) Geniş Klinik Data 2012 yılında yayınlanmış çalışmalar: 8 Harmony’den bağımsız çalışmalar: 2 Özellikle 1. trimester gebeliklerde yapılmış çalışmalar: 2 Bugüne kadar yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı: >6,000 (2.000 olgu ort. risk grubunda) 2013 yılı içerisinde bugüne kadar yayınlanmak için submit edilmiş veya kabul edilmiş çalışmalar: 4 17

Klinik Çalışmalar – Karşılaştırmalı Data Yayınlanmış çalışmalardaki toplam hasta sayısı Klinik çalışma sayısı Bağımsız çalışma sayısı 2 MaterniT211,2,3,4 Verifi5,6 Panorama7* *unblinded study 1Ehrich, et al. Noninvasive Detection of Fetal Trisomy 21 by Sequencing of DNA in Maternal Blood: A Study in a Clinical Setting. Am J Obstet Gynecol. 2011 Mar;204(3):205. 2Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Detect Down syndrome: An International Clinical Validation Study Genet Med. Vol 13:No 11. Nov 2011. 3Palomaki, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma Reliably Identifies Trisomy 18 and Trisomy 13, as well as Down syndrome: An International Collaborative Study. Genet Med. 2012 Mar;14(3):296-305. 4Canick, et al. DNA Sequencing of Maternal Plasma to Identify Down syndrome and Other Trisomies in Multiple Gestations. Prenat Diagn. 2012 Aug;32(8):730-734. 5Sehnert, et al. Optimal detection of fetal chromosomal abnormalities by massively parallel DNA sequencing of cell-free fetal DNA from maternal blood. Clin Chem, 2011 Jul;57(7):1042-9. 6Bianchi, et al. Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing. Obstet Gynecol, 2012 May;119(5):890-901. 7Zimmermann, et al. Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci. Prenat Diagn 2012 Dec;32(13):1233-41. 18

Klinik Çalışma& Yayın - Genel Bakış Durum Açıklama NICE (Non-Invasive Chromosomal Evaluation) Yayınlandı – Editor’ün seçimi The Gray Journal (August 2012) Çok merkezli (50 merkez) klinik validasyon çalışması (yüksek ve düşük riskli kadınlar kullanılmış) En geniş NIPT kohort çalışması Average Risk (Nicolaides) Yayınlandı – The Gray Journal (2012, available online) 1. trimester gebeliklerde Harmony test ile ortalama risk çalışması (bu konuda tek çalışma) Ariosa Blinded Yayınlandı – Editor’ün seçimi The Gray Journal (April 2012) Risk skoru raporlaması ile kör çalışma Nicolaides Blinded 1. trimester kör çalışma Proof of Concept Yayınlandı – Kapak Makalesi Prenatal Diagnosis (Jan 2012) Ortalama ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta directed cfDNA yaklaşımının ilk olarak kullanılması Trisomy 13 Yayınlandı – The White Journal (Jan 2013) Ortalama riskli ve yüksek riskli kadınların birlikte bulunduğu grupta T13 taramasının performansı Fetal Fraction – NICE substudy Yayınlandı – J Mat Fet Med (Jan 2013) Ortalama ve yüksek riskli kadınlarda fetal fraksiyonun aynı miktarda olduğunun gösterilmesi Fetal Fraction Yayınlandı – Fetal Diagnosis and Therapy (2012) Fetal fraksiyon ile plesental yapının korelasyonun gösterilmesi NITE (Non-Invasive Trisomy Evaluation) Tamamlandı ve inceleme aşamasında Çok merkezli (Avrupa) kör çalışma NEXT (Non-invasive Examination of Trisomy) Kaydedildi Harmony ile 1. trimester tarama testlerinin karşılaştırılması için ortalama riske sahip kadınlarda yapılmış çok merkezli kör çalışma 19 19

HarmonyTM Prenatal Test Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 20

Yanlış Pozitiflik Oranı Klinik Performans 6.000’ den fazla hasta çalışıldı (2,000’den fazlası ortalama riske sahip kadın) <0.1% Yanlış Pozitiflik Oranı Harmony ile 10 olgunun 8’i saptandı T13 T21 T18 >99% (231/232) >98% (103/105) Saptama Oranı Source: Sparks et al, Prenat Diagn, 2012; Sparks et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Ashoor et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Norton et al, Am J of Obstet and Gyn, 2012; Nicolaides et al, Am J Obstet Gynecol 2012;Ashoor et al, Ultrasound Obstet Gynecol 2012.   21

22

Harmony Test – Genel Populasyon Taraması Bağımsız kör çalışma Hasta populasyonu 1. trimester gebelikler (11-13. gebelik haftası) 2.049 kadında genel populasyon taraması Sonuçlar: Saptama Oranı: 10/10 olguda trizomi saptanmış (8/8 trizomi 21; 2/2 trizomi 18) Yanlış Pozitiflik Oranı: Harmony %0,1 (2/1,939) 1. trimester taraması %4.5 (87/1,939)* *based on a 1:150 risk cut-off Nicolaides KH et al. (2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 23

Risk Skoru Karşılaştırması Her iki figür aynı hasta grubunu (1.949) göstermektedir Trizomili 10 olgu Trizomili olmayan 1,939 olgu Trizomi Yanlış pozitif Normal 1. trimester taraması Nicolaides KH et al. (Sept. 2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 24

NIPT’nin Sunduğu Avantajlar Kanıtlanmış İddaları destekleyen en büyük klinik veritabanı 100.000 den fazla analizi yapılmış örnek ve birbiriyle tutarlı sonuçlar Şeffaf, eğitim ve hasta odaklı güvenilir bir organizasyon Tüm dünya çapında bu alandaki öncü kişilerce desteklenen Güvenilirlik Erişilebilirlik NIPT için en düşük test ücreti Sürekli eklenen yeni erişim noktaları ile kolayca ulaşılabilme Kalite Her test en az 12 ayrı kalite kontrol ölçümünden geçer İlave olarak, en az 50 laboratuvar performans ölçümü kullanılır 25

Test Raporu 26

Test Raporu (T21) Bu slaytı pozitif hasta örneği için ben ekledim (paint kullanarak prtscn yaptım ve png ye convert ettiğim için çok net olmadı) 27

Risk skoru değerlerinin %99.5’i her iki uçtan birisindedir Kişiselleştirilmiş Risk Hesaplaması Risk skoru değerlerinin %99.5’i her iki uçtan birisindedir 28

Testin Sunduğu Yenilikler Harmony test with Y Y kromozomunun incelenmesini içerir Fetal cinsiyet* ve Y anöploidisi ile ilgili bilgi verir Şu anda uygulanabilmektedir Harmony test with X,Y X ve Y kromozomlarının incelenmesini içerir Mayıs 2013’ten önce uygulanmaya başlanacak * Sadece Amerika için geçerli olup Türkiye’de kullanımı yasalar gereği mümkün değildir. 29

HarmonyTM Prenatal Test Cell free fetal DNA’nın (cffDNA) potansiyeli Harmony ile MPSS’nin karşılaştırılması Harmony’nin klinik performansı Harmony’nin klinik uygulaması 30

Potansiyel Klinik Uygulama Serum taramasına alternatif ? NIPT + Ultrason: NIPT, yaygın fetal trizomileri saptayabilir Ultrason, diğer genetik hastalıkların bulgularına odaklanabilir Pozitif tarama sonrası? Diğer genetik hastalıklar ile bağlantılı NT Tanıda gecikme İnvaziv işlem gerekliliğinin devamı NIPT, tanı amaçlı bir test değildir Diğer kromozom anomalilerini saptayamaz Mikroarray NT, nuchal kalınlık mı yoksa baska birseyin kısaltması mı karar veremedim. İnvaziv işlemin alternatifi? 1. Norton, M., Brar, H., Weiss, J., Karimi, A., et al. Non-Invasive Chromosomal Evaluation (NICE) Study: Results of a Multicenter, Prospective, Cohort Study for Detection of Fetal Trisomy 21 and Trisomy 18, Am J Obstet Gynecol. (2012), doi:10.1016/j.ajog.2012.05.021.; 2. Nicolaides KH, Syngelaki A, Ashoor G, et al. Noninvasive prenatal testing for fetal trisomies in a routinely screened first-trimester population. Am J Obstet Gynecol (2012);207:x.ex-x.ex. 31

Beklentilerin Klinik Testler ile Karşılanması Düşünülen Klinik Test Standart bir analiz isteyen hasta NIPT (T21, T18, T13) Karşılaştırmalı genetik analiz isteyen hasta Fetusun genetik açıdan tam bir analizini isteyen İnvaziv test ile karyotipleme & mikroarray Sadece endişe edilen anomaliler: T21, T18, T13, ve seks kromozomu anöploidileri (after counseling re: sex chromosome aneuploidy) Kesin bir bilgi isteyen İnvaziv test ile karyotipleme Güvenilir bir test isteği: %1-2* kümülatif yalancı pozitiflik oranı Mozaisizm için bilinmeyen saptama oranı Genişletilmiş NIPT * eg. verinata health >1.7% 32

Fetal Medicine Center (Nicolaides): Uygulama Protokolü + cfDNA testi Fetal defektler NT >3.5 mm CVS 12 hafta: Detaylı ultrason taraması Sonuçların tartışılması CVS gerekli ise karar verme 10 hafta: Fetus ölçümleri için tarama cfDNA testi için kan örneği Kombine testler için kan örneği 33

Ürün Profili Kısa açıklama ve kullanım amaçları: The Harmony Prenatal Test, maternal kanda cell-free DNA (cfDNA) analizi için geliştirilmiş bir laboratuvar testidir Bu testin amacı, fetal trizomi 21 (down), trizomi 18 ve trizomi 13 riskini belirlemektir Test bir tarama testi olup tanı amaçlı valide edilmemiştir Mozaisizm, parsiyel kromozomal anöploidiler ve translokasyonlar için valide edilmemiştir Hasta populasyonu: En az 10 haftalık olan ve tekiz gebeliğe sahip kadınlarda uygulanabilir. Çoğul gebeliklerde (ikiz vb) kullanılması uygun değildir Örnek Gereksinimleri: Siyah ve kahverengi kan tüpleri içine 2x10ml tam kan alınır Örnekler alındığı gün gönderilmelidir. Sonuç oranı: Test edilen örneklerin %96’sında sonuç alınmaktadır Rapor süresi: 7-10 takvim günü 34

35

eklentİler: Yedek slidelar 36

NIPT – Directed Yöntemlerdeki Farklılıklar Panorama Maternal kan örneği – 10hf GA Hedeflenmiş ve efektif 10 kat daha az sekanslama gerektirir (MPSS yöntemine göre) 6000’den fazla hastada 5 kör çalışma %4’den az fetal DNA’ya sahip örnek oranı %2-3 Fetal fraksiyonun %4 ve üstünde olduğu örneklerde raporlama oranı %99 100.000 den fazla analizi yapılmış örnek sayısı ile kanıtlanmış bir teknoloji Örnek Gereksinimleri Maternal kan örneği – ifade edilen 9hf GA (6 örnek <10hf) Paternal bukkal smear örneği Hedeflenmiş fakat efektif değil MPSS ile aynı miktarda sekanslama gerektirir 166 hastada 1 kör çalışma* Yayınlamış yayında %12.6 başarısızlık oranı* Fetal DNAnın %4-8 olduğu örneklerde başarısızlık oranı >% 40* Sadece maternal kan örnekleri analiz edildiği zaman test performansının ne olduğuna dair yayınlanmış bir veri yok Sadece lanse ediliyor/NIPT marketinde ispatlanmamış Teknoloji ve sekanslama Yayınlanmış data Test performansı *Zimmermann, et al. Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci. Prenat Diagn 2012 Dec;32(13):1233-41 37

NIPT – Fetal Fraksiyonun Önemi Hangi NIPT analizi olursa olsun, %4 veya daha fazla fetal fraksiyon mutlaka gereklidir Test yapılan populasyonun yaklaşık %3’ünde fetal fraksiyon %4’ün altındadır Neden cfDNA %4’den daha az olabilir? Gebelik haftası Maternal kilo Bilinmeyen biyolojik ve çevresel faktörler 38

Fetal cfDNA – Artan Maternal Kiloya Paralel Azalma Örneklerin %3’ünde NIPT testi için yetersiz fetal cfDNA Maternal kilo artışına paralel olarak azalan fetal cfDNA 39 Ariosa lab data 39

Fetal Fraksiyon– Gebelik Haftası İlişkisi 21. Gebelik haftası sonrası: fetal fraksiyon her hafta %1.1 artar 21. gebelik haftası öncesi: fetal fraksiyon her hafta %0.11 artar Ariosa lab data 40

NIPT Performansı - Tüm NIPT Yöntemleri Saptama Oranı FPR* Trisomy 21 590/594 (%99.5) %0.1 Trisomy 18 222/230 (%97) Trisomy 13 30/38 (%79) Chiu et al, 2011; Chen et al, 2011; Ehrich et al, 2011; Palomaki et al, 2011; Bianchi et al, 2012; Sparks et al, 2012; Ashoor et al, 2012; Norton et al, 2012 cfDNA her zaman fetal genotip ile korelasyon göstermez (plasental mozaisizm, vanishing twin, maternal mozaisizm) * FPR: Yanlış pozitiflik oranı 41

Trizomi 18 ve 13 – Plasental Mozaisizm cfDNA plasentadan köken alır Muhtemelen trophoblastdan Koryonik villusun direk preperasyonu ile benzer Fetus ve plasentanın kromozomal yapısı farklı olabilir 21. kromozom ile karşılaştırıldığında, 13 ve 18 numaralı kromozomlarda daha sık gözlenir Yalancı negatif ve pozitif sonuçlara yol açabilir Sources: Kalousek et al, Am J Hum Genet, 1989; Wirtz et al, Prenat Diag, 1991; Smith et al, 1999 42 42

T18 ve T13 – Mozaisizm Çalışması American Journal of Human Genetics (1989) Yöntem Yaşayabilir fetuslarda ve ve yenidoğanlarda T13, T18, ve T21 Sitotrofoblast, villöz stroma, koryon, amnion, ve kordon kanı kromozom analizi Sonuçlar T21 fetuslarda, sitotrofoblast ve diğer tüm dokular trizomik olarak gözlenmiş T13 ve T18 fetuslarda, sitotrofoblast hücrelerinin %30’unda trizomi saptanmış Sitotrofoblastların %70’i ise normal (öploid) bulunmuş Fetal trizomi Sitotrofoblastlarda trizomik hücrelerin oranı (%) Diğer dokularda T13, T18 (n=14) %30 (ortalama) %100 T21 (n=12) NIPT’deki yanlış negatifliklerin, fetal gelişimin biyolojisi altında yatan nedenlerden dolayı trizomi 13 ve T18’de ortaya çıkması daha olasıdır 43

T21 için NIPT – Tanı Amaçlı Değil NIPT sonuçları, hastalığın prevalansı göz önünde bulundurularak değerlendirilmelidir Örnek: 1,000 kadın 2 olguda T21 998 olguda normal (t21 için) Test güvenliği: %99 saptama %0.1 yalancı pozitiflik T21 prevalansı: 1/500 2 Test + Test - 1 997 Test + Test - Daha anlaşılır olması için ilgili alanların altına saptama oranı ve FPR eklendi. Açıklama: Örnekte 1000 kadın hasta baz alınmış. 1/500 prevalans nedeniyle 2 hastada T21 beklendiği ifade edilmiş. Saptama oranı %99 olduğu için bu 2 T21 li vakanın yakalandığı kabul edilmiş. Yine prevalans 1/500 olduğu için 998 olgunun normal olduğu ifade edilmiş. Ancak FPR %0.1 (1/1000) olduğu için bu olgular içerisinde 1 tanesinin daha test sonrasında pozitif çıkacağı (T21 olmamasına rağmen) öngörülmüş. Sonuç olarak; test 1000 kişide uygulandığında 3 kişi için T21 sonucu alınmasına rağmen bunların 2 tanesinde gerçekten T21 mevcut oldugu için pozitif test sonucu için doğruluk oranı 2/3 (%67) olarak hesaplanmalı. %99 saptama oranı %0.1 yalancı pozitiflik oranı Pozitif test sonuçlarının sadece 2/3’ü doğrudur 44

Cinsiyet Kr. Anöploidileri – Genel Bakış Seks anöploidisi Doğum prevalansı (mozaikler dahil)1 X0 (Turner) 1/1,893 kız bebek XXX 1/947 kız bebek XXY (Klinefelter) 1/576 erkek bebek XYY 1/851 erkek bebek Maternal karyotip - cfDNA analizini etkileyebilir Annedeki X kromozomunun durumu (mozaisim vb) buna yol açabilir 47,XXX kromozom yapısına sahip kadınların %90’ını , fazladan bir X kromozomuna sahip olduğunun farkında değildir Mozaisizm – İki farklı kromozomal yapıya sahip olma (46,XX/45,X gibi) Maternal mozaisizm – Anne yaşı ile X kromozom kaybı arasında bir ilişki mevcuttur Fetal mozaisizm – Seks kromozomu anöploidisi saptanan olguların %50’sinde mozaisizm gözlenebilmektedir. Turner Sendromlu (45,X) olgularda, diğer seks kromozomu anöploidilerine göre mozaisizm oranı daha yüksektir. 2 1. Nielsen et al. Human Genetics 1991, 87: 81-83. 2. Thompson & Thompson Genetics in Medicine, Sixth Edition. Robert L. Nussbaum, Roderick McInnes, Willard Huntington. Saunders, 2001. 45

Kadınlarda Doğal X Kromozomu Kaybı Cytogenetic and Genome Research (2007) 665 kadın (0-80 yaş arası) 19.650 hücrede lenfosit kültürü 1 veya 2 adet X kromozomu varlığının incelenmesi için G-bantlama analizi Başlıktaki Natural kelimesi doğal yerine biyolojik Türkçeye olarak ta çevirilebilir. Kadınlarda; biyolojik olarak meydana gelen düşük seviyedeki X kromozomu kaybı, seks kromozomlarının NIPT’sinde sıkıntılara yol açar 46

Seks Kromozomu Anöploidisi için NIPT – Klinik Veri Benzer sonuçlar ve kör klinik çalışmalar kısıtlıdır1,2 Diğer yayınlanmış çalışmalar ya kör çalışma değildir ya da kısa raporlar şeklindedir2,3 Yayınlanmamış çalışmalar4 Test performansı1-4 Saptama oranları %66-95 olup geniş güvenlik aralıklarındadır. Yalancı pozitiflik oranları %1’e yakındır Mozaik olgulardaki performans bilinmemektedir 1. Jiang et al. BMC Medical Genomics 2012, 5:57; 2. Bianchi et al. Obstet Gynecol 2012, 119:890 ; 3. Zimmerman et al. Prenat Diagn 2012, 32:1; 4. http://www.verinata.com/providers/clinical-data Accessed March 5, 2013 47

Geçerli Kurallar ve Standard Uygulama Seks kromozom anöploidilerinin prenatal evrede incelenmesi genellikle standart prosedürler içerisinde değildir. Gerçekten seks kromozom anöploidileri için bir tarama yapılmasını istiyor muyuz? Present: detected as consequence of invasive dx for other conditions Profesyonel topluluklar seks kromozomu anöploidileri için tarama yapılmasını önermemektedir Present: detected as consequence of invasive dx for other conditions cümlesini dx kelimesi nedeniyle çeviremedim. 1. Brun et al. Prenat Diag 2004, 24:213-218. 48

Seks Kromozomu Anöploidi Testi – Klinik Değerlendirme NIPT Seks kromozomu anöploidilerini destekleyecek klinik datalar ortaya çıkmaya devam ediyor Küçük klinik çalışmalar Mozaisizm için testin performansı bilinmiyor Seks kromozomu anöploidisinin rutin olarak taranmasının önerilmesinden önce ilave bilgilere ihtiyaç bulunmaktadır Seks kromozomu anöploidilerinde fenotip oldukça değişken olup bazen normal fenotip görülebilir Test öncesi danışma: Hizmet veren kurum/kişiler ve hastalar seks kromozomu anöploidilerini anlama zorluğu yaşayabilirler Yeterli danışma kaynakları bulunmayabilir 49

July 2012 50

NICE çalışması – Genel Bakış Amerika ve Avrupa’dan 50 klinik Bugüne kadar yapılmış en büyük kohort çalışması - Bütün ilgili konular değerlendirildi Çalışma grubu, herhangi bir endikasyon nedeniyle invaziv girişim uygulanan kadınlar ile düşük risk grubunda değerlendirilen kadınlardan oluşmuştu Sensitivite Spesivite Yanlış Pozitif Oranı Trizomi 21 % 100 (81/81) %99.97 (2887/2888) %0.03 (1/2888) Trizomi 18 % 97 (37/38) %99.93 (2886/2888) %0.07 (2/2888) Norton ME et al. (2012) American Journal of Obstetrics and Gynecology 51

Farklı Risk Grupları Arasında Benzer Fetal Fraksiyon Oranları NIPT performansı, yüksek ve düşük riskli gebeliklerde birbiri ile uyumludur Source: Brar H et al. J Matern Fetal Neonatal Med, 2012 52

FORTE ‘nin z-skoruna göre Avantajları FORTE, trizomili ve trizomili olmayan olgular arasında z-skorundan daha iyi bir ayırım sağlar Trizomi 21 Non-trizomi z-skoru sonuçları FORTE sonuçları Öploid Öploid T21 *Based on data from Ashoor, G., Syngelaki, A., Wagner, M., Birdir, C., Nicolaides, K.H., Chromosome-selective sequencing of maternal plasma cell-free DNA for first trimester detection of trisomy 21 and trisomy 18, Am J Obstet Gynecol. (2012), doi: 10.1016/j.ajog.2012.01.029.; 53