Ankara ili marul ekim alanlarında saptanan virüs enfeksiyonları

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
MOLEKÜLER SİSTEMATİK NEDİR ? NEREDE VE NASIL KULLANILIR?
Advertisements

Moleküler Testlerde Preanalitik Faz
Clinical evaluation of a fully automated CMV PCR assay Journal of Clinical Virology 50 (2011) 281–286.
Aflp markeri ve dna klonlama
17. DÖNEM AKUPUNKTUR EĞİTİM PROGRAMINDA TEDAVİYE ALINAN 130 HASTANIN DEMOGRAFİK, KLİNİK ÖZELLİKLERİ VE TEDAVİ SONUÇLARI Dr. Derya Özmen ALPTEKİN Fiziksel.
ERKEN DOĞUMDA PROGESTERON KULLANIMI
Özel Konakta İnfeksiyon Etkenlerin Saptanması: Viruslar
1. 2 SERUM ÖRNEKLERİNDE HDV VİREMİ BELİRLEMEDE ANTİ-HDV ENZİM İMMUNOASSAY GÖSTERGESİ Dr. Özlem Aydemir Doç. Dr. Mehmet Özdemir 3.
(Polymerase Chain Reaction)
Tuz Stresi Altındaki Kabak Fidelerinde Sodyum ve Klor İyonlarının
TIP FAKÜLTESİ ÖĞRENCİLERİNİN BAŞARISINDA
TIP FAKÜLTESİ ÖĞRENCİLERİ ARASINDA BESLENME BİLGİ DÜZEYLERİ VE VÜCUT KİTLE İNDEKSİ AÇISINDAN FARK VAR MIDIR? İbrahim N. I. Abuawad1, Muhammed Abdullayev1,
Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (TSWV) Etmenine Dayanıklılık Sağlayan Sw-5 Geninin Moleküler İşaretleyiciler Yardımıyla Belirlenmesi Asu OĞUZ1 Şebnem.
Identification of Adenovirus, Influenza Virus, ParainfluenzaVirus, and Respiratory Syncytial Virus by Two Kinds of Multiplex Polymerase Chain Reaction.
KÜLTÜR VE DUYARLILIK TESTLERİNİN KULLANIMI VE YORUMU
KEREVİZ.
1 Tarım Politikası Dersi Uygulama Dönemi Tez Yazımında Dikkat Edilmesi Gereken Konular Dr. Yener ATASEVEN Ankara Üniversitesi.
Hacettepe Üniversitesi Gıda Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
(Grip) Virüsün Özellikleri ve Tanı
İnsan Genom Projesi.
1 HAVA YOLU OBSTRÜKSİYONU TANISINDA FEV 1 /FEV 6 ORANININ YERİ İlknur Başyiğit 1, Haşim Boyacı 1, Serap Argun Barış 1, Cavit Işık Yavuz 2, Füsun Yıldız.
Günümüz genomik çağında modern tıp
Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani.
İlçe/KöyÜrün Kullanım şekli Üretim alanı (da) Ürün statüsü Eşme/ YeleğenCevizMuhtelif1876Geçiş 1 Eşme/ YeleğenHıyarTurşuluk23604Geçiş 1 Eşme/İstasyonBademMuhtelif12.56Geçiş.
Bu çalışmada Tekirdağ ili, Bıyıkali köyü ve civarında 2500 hektar alana sahip ve arazi örtüsü/arazi kullanım çeşitliliğinin fazla olduğu bir çalışma alanı.
 Ultraviyole ışınlarının artış ı sebebiyle stratosferdeki ozon konsantrasyonunun azalması sonucu ve bunun makroalgler üzerine olan etkileri ile ilgilenilmektedir.
Evaluation of Serum Levels of Interleukin (IL)–6, IL-10, and Tumor Necrosis Factor–α in Patients with Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Nuh Mehmet ŞAHİN.
SEBZE VİRÜS HASTALIKLARI
TİLAPİA (Oreochromis niloticus, Linneus 1758)’LARDA Edwardsiella tarda TÜRÜNÜN TÜRKİYE’DEN İLK BİLDİRİMİ Miray ETYEMEZ 1 Suna KIZILYILDIRIM 2 İbrahim DEMİRKALE.
Çukurova Koşullarında Bazı Serin Mevsim Çim Bitkisi Tür ve Karışımlarının Çimlenme Süreleri ve Kaplama Hızlarının Belirlenmesi Alpaslan KUŞVURAN1.
Arasınav ders ve temaları. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı , Bahar, Trakya Üniv Tıp Fak 6. Kurul, Neşe Akış, PhD, Tıbbi Mikrobiyoloji.
EGE TARIMSAL ENERJİ’DE TESİS BELİRLEME YERİ PROBLEMİ Yeni Kurutma Tesisi için Optimal Tesis Yerini Bulma Kuruluş Tarihi : 5 Ağustos 2005 Ana Ürün : Prina.
Comt Val158Met Polimorfizminin Obez Erişkinlerdeki Önemi Avşar, Orçun 1,2,3 ;Kuşkucu, Aysegül 2 ; Sancak, Seda 4 ;Genç, Ece 1 1 Tıbbi Farmakoloji Anabilim.
Enfeksiyon Hastalıkları Hastane Enfeksiyonları Adı:
Habibe GÜLER1, Nazan ÜZÜM1, Kurtuluş OLGUN1
Elisa Testi ( ANTI – HIV Testi ) Kişi HIV ile enfekte olduktan sonra bağışıklık sistemi tarafından virüse karşı antikor üretilir. Anti-HIV.
Bazı Kışlık Çilek Çeşitlerinin Topraksız Tarımda Düzce Ekolojik Koşullarındaki Morfolojik ve Pomolojik Özellikleri Fatma Çiğdem SAKİNOĞLU ORUÇ1 1.Düzce.
BİTKİ PATOJENİ VİRÜSLER
Geniş sıralar arası (cm) Bitki yoğunluğu (bitki/m2)
ENDÜSTRİ ve BAKLAĞİL VİRÜS ve BAKTERİ HASTALIKLARI
1Ebru D.Yenilmez, 1Abdullah Tuli, 2Abdi Bozkurt, 2Esmeray Acartürk
SEBZELER.
BİY 104 MİKROTEKNİK Doç. Dr. H. Nurhan BÜYÜKKARTAL
Erodium malacoides (L. ) L'Herit. ve Erodium hoefftianum C. A
B- TANISAL MİKROBİYOLOJİ VE İMMÜNOBİYOLOJİK YÖNTEMLER
Servikovajinal PAMG-1 proteininin erken doğum riski olan gebelerde yedi gün içindeki doğumu tahmin etmedeki rolü op. Dr.Yasemin Çekmez sağlık bilimleri.
Reverse Transkriptaz ile cDNA Üretimi
A one step real time PCR method for the quantification of hepatitis delta virus RNA using an external armored RNA standard and intrinsic internal control 
DOMATES, HIYAR, KAVUN VE KARPUZ TOHUMLARINDA SOĞUK ZARARI OLUŞUMUNUN
Hippo sinyal iletim sistemi üyesi Yes Associated Protein 1’in
FOTOĞRAFLARLA GÜZEL TÜRKİYE'MİZ.
Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal)
ENDÜSTRİYEL ENZİMLERİN REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ ile ÜRETİMİ Turgut ZENGİN.
Bu çalışma, TÜBİTAK 105 O 558 no’lu proje tarafından desteklenmiştir.
Deniz Tekin Ersan Şükran Alan
TOHUM ÖZELLİKLERİNDEKİ VARYASYON
Özgür Aldemir (1), Serdar Ceylaner (2).
Özet Sepsis Püreda Yazıcı, Hamza Duygu, Gül Akdoğan, Halil Resmi
BİY 304 BİTKİ FİZYOLOJİSİ Prof. Dr. A. Sülün ÜSTÜN ( Ders Notları)
60x90 cm Title of the congress paper Author(s) Name Surname Özet
BİL BAKALIM BEN NERDEYİM ?
Prof. Dr. A. Sülün ÜSTÜN BİY 304 BİTKİ FİZYOLOJİSİ ( Ders Notları)
BİY 304 BİTKİ FİZYOLOJİSİ Prof. Dr. A. Sülün ÜSTÜN
GENOMİK.
T.C ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ REAL-TİME PCR İLKER TOKLUCU MEHMET HAN BAŞTÜRK TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ    2019-SAMSUN  
MADDE VE YAPISI TEST.
ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI GENOMİKLER DERSİ Tarımsal Biyoteknolojide Mobil Genetik Elementlerin.
PROJE BAŞLIĞI NECMETTİN ERBAKAN ÜNİVERSİTESİ
Sunum transkripti:

Ankara ili marul ekim alanlarında saptanan virüs enfeksiyonları Filiz RANDA ZELYÜT1,2, FİLİZ ERTUNÇ2 1Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü 2Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü ÖZET Ankara ili marul ekim alanlarında Mayıs-Haziran 2015 tarihleri arasında yapılan arazi gibi değişik simptomlar gözlemlenmiştir. Viral belirti gösteren veya göstermeyen toplam 324 bitki örneği yaprakları ve kökleriyle toplanmıştır. 324 yaprak örneği; Mirafiori lettuce big vein virus (MiLçalışmalarında bitkilerde genel olarak bodurlaşma veya büyüme geriliği, yapraklarda kabarcıklaşma, gevrekleşme, mozaikleşme, klorotik ve nekrotik lezyonlar, yaprak damarlarının aşırı ve yoğun irileşmesi, küçük baş oluşumu BVV), Cucumber mosaic virus (CMV), Tomato spotted wilt virus (TSWV), Lettuce mosaic virus (LMV) etmenlerine karşı spesifik antiserumlar kullanılarak Double- antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile testlenmiştir. Lettuce big vein virus (LBVV) antiserumunun bulunmaması nedeniyle bütün örneklerden total RNA ekstraksiyonu yapılmış, bunlardan cDNA elde edilmiş ve PCR yöntemi ile testlenmişlerdir. CMV ve TSWV virüsleri Ankara ili marul ekim alanlarında tespit edilmemiştir. 39 örnekte MiLBVV, 25 örnekte LMV, 6 örnekte LBVV etmenleri tespit edilmiş olup 5 örnekte MiLBVV ile LBVV karışık enfeksiyon belirlenmiştir. GİRİŞ Genel olarak marul üretimi Akdeniz ve Ege bölgelerinde yoğunlaşmış olup Orta Anadolu’da Ankara ilinde üretim önem kazanmış olup ekonomik kalkınmada yerini almıştır. 2013 yılı TÜİK verilerine göre Ankara ilinde toplam 67315 ton marul üretilmektedir.5 Araştırma Sonuçları ve Tartışma ELISA testleri sonucunda 324 örnekte 25 LMV, 39 MiLBVV etmenleri saptanmıştır. CMV ve TSWV etmenleri ise hem moleküler olarak hem de serolojik olarak saptanmamıştır. RT- PCR çalışmaları ile sırasıyla 800 bp büyüklüğünde LMV, 496 bp MiLBVV, 296 bp LBVV spesik bantları elde dilmiştir (Şekil 1, 2 ve 3.) MATERYAL VE YÖNTEM Çalışma materyalini Ankara ilçeleri marul ekim alanlarından temin edilen marul bitkisi oluşturmuştur. Ekili arazilerin büyüklükleri göz önüne alınarak ve simptomolojik gözlemlere dayalı olarak; toplam yaprak ve kökten oluşan 324 marul örneği toplanmış, etiketlenmiş ve muhafaza edilmek –20°C'deki derin dondurucuya yerleştirilmiştir. Söz konusu virüslerin belirlenmesi için toplanan örnekler DAS-ELISA, RT-PCR’ a tabi tutulmuştur. DAS-ELISA DAS-ELISA testi Clark ve Adams (1977) tarafından bildirilen yönteme göre yapılmıştır. Total RNA İzolasyonu Total RNA izolasyonu için 3 farklı izolasyon metodu uygulanmıştır. RNA’ların kaliteli eldesi için Astruc vd. (1996) ve Foissac vd. (2001) tarafından önerilen protokoller, ticari RNA izolasyon kiti 8 tanesi enfekteli toplam 9 örnek üzerinde ön deneme yapılmıştır. Ticari kit ile daha saf, hızlı ve temiz RNA elde edildiği için izolasyon çalışmalarına kit ile devam edilmiştir. cDNA Eldesi ve RT-PCR Yöntemi Virüs genomu üzerindeki kılıf protein bölgelerin çoğaltılması amacıyla; Tablo 1.’de yer alan primer çiftleri kullanılmıştır. cDNA eldesi ve RT-PCR çalışması Alan (2012)’ nın çalışmasına göre modifiye edilmiştir ve 2 aşamalı olarak çalışılmıştır. Şekil 1. 800 bp uzunluğunda LMV’ ye ait coat protein bölgesi Şekil 2. 496 bp uzunluğunda MiLBVV’ ye ait coat protein bölgesi Primer Çiftleri Dizi Çoğaltılan cDNA Büyüklüğü ve Bölgesi   Referans CMV RW8-GGTTCGAAAGAGATATAACCGGG RV11-GTTTATTTACAAG AGCGTACGG 650 bp-RNA-2 Finetti-Sialer vd. (1999) LMV 1196-AAGGCAGTAAAACTGATG 1087-TTTATACTACAGTCTTTA 800bp-CP Krause-Sakate vd.(2001) LBVV VP 248-CGCCAGGATCTTTGATCCATCTG VP 249-TTGCGACATGTTCCTCCTCATCG 296bp-CP Navarro (2004) MiLBVV VP 286-TATCAGCTCACATACTCCCTATCG VP 287-CAACTAGCTCAGAATACATGCAG 469bp-CP Navarro vd.(2004) TSWV L1-TSWVF-ATCAGTCGAAATGGTCGGCA L2-TSWVR -AATTGCCTTGCAACCAATTC 276-RNA-Polimeraz Adkins vd. (2005) Şekil 3. 296 bp uzunluğunda LBVV’ ye ait coat protein bölgesi Örnekler de bodurlaşma, büyüme geriliği, klorotik ve nekrotik lezyonlar, damarlar etrafında klorozlar, damarların yoğun bir şekilde irileşmesi, küçük baş oluşumu ve yapraklarda kabarcıklaşma gibi simptomlar gözlemlenmiştir (Şekil 4. ve 5.). Ayrıca MiLBVV enfekteli göbekli marullarda baş bağlamama ve damarların yoğun irileşmesi söz konusu iken kıvırcık salatalarda damarlar etrafında klorozlar gözlemlenmiştir. Tablo 1. PCR’da kullanılan primerler Şekil 4. Yapraklarda mozaikleşme (Beypazarı) Şekil 5. Damarlarda irileşme (Beypazarı) Kaynaklar Alan, B. 2012. ‘’Doğu Akdeniz Bölgesi’nde Yetiştirilen Bazı Kışlık Sebzelerde Hastalık Yapan Virüslerin Tanılanması ve Karakterizasyonu’’, Çukurova Üniv. Fen Bil. Enst. Bitki Koruma Anabilim Dalı Doktora Tezi, Adana. Astruc, N., Marcos J. F., Macquarie G., Candresse G.T. and Vicent P. 1996. ‘’Studies on the Diagnosis of Hop stunt viroid in Fruit Trees: İdentification of New Host and Application of a Nucleic Acid Extraction Procedure Based on Non-Organik Solvents’’, European Journal of Plant Pathology, 102, 837-846. Clark, M. F. and Adams A. N. 1977. ‘’Charecteristics of the microplate of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses’’, Journal of General Virology, 34, 475-483. Foissac, X., Svanella-Dumas L., Dulucq M .J., Candresse T. and Gentit P. 2001. ‘’Polyvalent detection of fruit tree tricho, capillo and foveaviruses by nested RT-PCR using degenerated and inosine containing primers (PDO RT-PCR)’’, Acta Horticulturae, 550, 37-43.