National Cancer Institute (http://proteomics.cancer.gov/) Kromozomlar birçok geni üzerinde taşıyan DNA parçaları DNA genetik bilgiyi taşıyan nükleik asitlerden.

Slides:



Advertisements
Benzer bir sunumlar
Moleküler Testlerde Preanalitik Faz
Advertisements

Prostat Kanseri-Tümör Belirleyiciler
Kırıkkale Kanser Erken Teşhis, Tarama ve Eğitim Merkezi (KETEM)
PROTEİNLERİN DENATÜRE JEL ELEKTROFOREZİ İLE
NANOTEKNOLOJİ VE KANSER
MEME KORUYUCU CERRAHİ SONRASI KONFORMAL TÜM MEME RADYOTERAPİSİ UYGULANMIŞ HASTALARDA KALP VE AKCİĞER DOZUNUN PARSİYEL MEME IŞINLAMASI TEKNİĞİ İLE KARŞILAŞTIRILMASI.
DNA ve Genetİk Kod Sağlık Slaytları
HCC’de Güncel Yaklaşımlar: KEMOEMBOLİZASYON
HER-2 Pozitif Metastatik Meme Kanserinde Optimal Tedavi Dr. Kadri Altundağ Hacettepe Üniversitesi Kanser Enstitüsü 28 Kasım 2013, Ankara.
KANSER HASTALARINDA TROMBOZ YÖNETİMİ
GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi.
KANSER NEDİR? Sağlık Slayt Arşivi:
KANSERE KARŞI LİMON Tıpta son yenilik, kansere karşı etkili!
Kanser tedavisi uygulanan hastaların beslenme durumunun değerlendirilmesi ve takibi- Terminal dönemde beslenme desteği yapılmalı mıdır? Artıları ve eksileri.
GENETİK MATERYAL : DNA (NÜKLEİK ASİTLER:YÖNETİCİ MOLEKÜLLER)
(Polymerase Chain Reaction)
GENETİK MÜHENDİSLİĞİ ve BİYOTEKNOLOJİ
PALYATİF BAKIMIN ORGANİZASYONU
KADIN ÜREME ORGAN KANSERLERİ (ENDOMETRİUM,OVER )
TÜMÖR BELİRTEÇLERİNİN KLİNİK TANIDA ÖNEMİ
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
Protein Analiz Yöntemleri ve Proteomik
KARSİNOJENLER.
KARSİNOJENLER.
NANOTEKNOLOJİ: - Sağlık sektöründeki kullanım alanları
Hazırlayan Filiz SÜTCÜ Memleketi :Ordu Doğum tarihi: 1993
Normal fonksiyonları hücre bölünmesini teşfik etmek olan genler proto-onkogenler olarak tanımlanır. Eğer proto-onkogenler sürekli çalışır hale gelirse.
NÜKLEİK ASİT.
YAŞLIDA BESLENME Prof. Dr. Deniz SUNA ERDİNÇLER
BÖLÜM 12 Hücresel Bozukluklar (Onkoloji)
İnsan Genom Projesi.
Günümüz genomik çağında modern tıp
KALIN BAĞIRSAK KANSERİ
İzmir Onkoloji Grubu (İZOG) izog.org
Radyasyonun Biyolojik Etkileri
KRONİK HASTALIKLAR *Genellikle tam iyileştirilmeleri söz konusu olmayan, *Sürekli, *Yavaş ilerleyen, *Çoğu kez kalıcı sakatlıklar bırakan, *Oluşmasında.
Biyoinformatik.
BURSA SAĞLIK MÜDÜRLÜĞÜ Eğitim Şubesi 2007
VERİ MADENCİLİĞİ UYGULAMALARI
Gülşah YARAN Hyaluronan: a constitutive regulator of chemoresistance and malignancy in cancer cells Bryan P. Toole and Mark G. Slomiany.
AİLE SAĞLIK ÖYKÜSÜ “GEÇMİŞE KISA BİR BAKIŞ GELECEĞİNİZ İLE İLGİLİ ÇOK ŞEY SÖYLEYEBİLİR” Dr.Metin Okucu Kadıköy Şifa Ataşehir Hastanesi.
FEN VE TEKNOLOJİ 8.SINIF DNA VE GENETİK KOD.
ANA SORU: Bir genin kopyalanması (duplikasyonu) nasıl kansere neden olur?
Serdar SARICI VİRÜSLER Serdar SARICI
Ör. Protein ekspresyon analizi, 3D yapı analizi DNA RNA PROTEİN MOLEKÜLLER ARASI ETKİLEŞİM Nasıl? Neden? Nasıl? Neden? Nasıl? Neden? Gen dizisi  transkriptler.
Radyoterapi a. Murat şenişik.
SİNYAL İLETİ SİSTEMİ VE HEMATOLOJİK MALİGNİTELER
ASTIM GENETİĞİ:2006 GEN KEŞFİNDE UZUN VE DOLANBAÇLI BİR YOL
Comt Val158Met Polimorfizminin Obez Erişkinlerdeki Önemi Avşar, Orçun 1,2,3 ;Kuşkucu, Aysegül 2 ; Sancak, Seda 4 ;Genç, Ece 1 1 Tıbbi Farmakoloji Anabilim.
Biyo-teknoloji nedir? Biyo-teknoloji uygulama alanları nelerdir? Biyo-teknoloji olumlu ve olumsuz yönleri? Biyo-teknoloji tarihçesi? Biyo-teknoloji alanında.
DÜNDEN BUGÜNE KANSER KÖK HÜCRESİ
Araş. Gör. Dinçer göksülük
Kolorektal Kanser Progresyonuna Nörogenezin Etkisi
Tedavide yaygın olarak kullanılan radyofarmasötikler
DÜŞÜK BASINÇ KOŞULLARININ DOKU KÜLTÜRÜNDE ANTİ-PROLİFERATİF VE APOPTOTİK ETKİLERİNİN MOLEKÜLER MEKANİZMASININ ARAŞTIRILMASI Gül Özcan Arıcan1, Walid Khalilia2,
KARACİĞER TÜMÖRLERİNDE TEDAVİ
Hippo sinyal iletim sistemi üyesi Yes Associated Protein 1’in
RADYOCERRAHİ UYGULANAN AKROMEGALİ HASTALARININ KLİNİK VE LABORATUVAR İZLEMİ 
 MELİHA MELİN UYGUR1, DİLEK GOGAS YAVUZ1, DİLEK DERELİ YAZICI1, OĞUZHAN DEYNELİ1,
Arş.Gör.Dr.Kevser Ayar KTÜ Tıp Fakültesi Aile Hekimliği AD
NANOTEKNOLOJİ: - Sağlık sektöründeki kullanım alanları.
Nf-kb Sinyal Yolağı.
CANLI VE BİYOKİMYA Prof. Dr. Zeliha Büyükbingöl.
İLAÇ VE BAHARAT BİTKİLER
DNA 2 Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Hücrelerdeki yönetici molekül DNA’dır. Bir canlıya ait tüm özellikler DNA’da saklanır. Bir canlıya ait tüm.
Kolon Kanseri Önlenebilir mi?? Niye Tarama?
Kanserde Enerji Metabolizması
Hastane Bilgi Sistemlerinde Veri Madenciliği
Postherpetik Nevralji Hastalarında İMA ve Dinamik Tiyol-Disülfid Dengesi Şule Arıcan1, Gülçin Hacıbeyoğlu1, Sinan Ulukaya1, Gamze Avcıoğlu2, Ruhiye Reisli3,
GENOMİK.
Sunum transkripti:

National Cancer Institute ( Kromozomlar birçok geni üzerinde taşıyan DNA parçaları DNA genetik bilgiyi taşıyan nükleik asitlerden oluşan bir molekül Proteinler tek başına ya da grup oluşturarak birçok fonksiyonu gerçekleştiren moleküller

Genom? Proteom?

Cho WC. Proteomics – Leading biological science in the 21 st century. Science J, 2004; 56(5): Cho WC, Cheng CH. Oncoproteomics: current trends and future perspectives. Expert Rev Proteomics 2007;4(3):

Her yıl milyonlarca insan kanser hastalığına yakalanıyor verilerine göre tüm dünyada yaklaşık 12.7 milyon kanser olayı görülmüş ve 7.6 milyon kanser hastası ölmüştür.

Cell Growth Motility Survival Proliferation Angiogenesis P P P P PDK1,2 Growth Factor Signaling Gene Transcription DNA Replication and Repair Plasma Membrane Nuclear Membrane Büyüme faktörleri 2.Büyüme faktörü reseptörleri 3.Adaptör proteinler 4.Proteinler 5.Guanin nukleotid değişim faktörleri 6.Fosfatazlar ve fosfolipazlar 7.Sinyal yolaklarındaki kinazlar 8.Ribozomlar 9.Transkripsiyon faktörleri 10.Histonlar 11.DNA 12.Mikrotübüller Microtubule Dynamics RNA Translation

Kanser teşhis / tedavisinde gelişme sağlamak ve biyolojisini daha iyi anlamak amacıyla tümör hücrelerindeki proteinlerin analizi son yıllarda büyük önem kazanmıştır yılında “Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC)” tarafından “Clinical Proteomic Technologies for Cancer initiative” (Kanser girişiminde klinik proteomik teknolojileri) başlatıldı.

Örnekler hem hasta hem de sağlıklı bireylerden alınır. BİYOMARKER KEŞFİ!!!!

Analiz edilmek üzere alınan örnekler içindeki, proteinler hariç tüm bileşenler (nükleik asitler, tuzlar, lipitler ve karbohidratlar) uzaklaştırılır.

AYIRIM ve SAPTAMA 2D Jel elektroforeziHPLC

ANALİZ ve TANIMLAMA

(Normal) (Kanser) Cho WC. Contribution of oncoproteomics to cancer biomarker discovery. Mol Cancer 2007;6:25. Ovaryum, meme, prostat kanseri gibi kanserlerde, protein haritaları karşılaştırılarak çeşitli «biyomarkırlar» bulunmuştur.

KLİNİK DEĞERLENDİRME (Kanserle ilişkili proteinler)

Protein Mikroarray

Biyomarker belirleme için yapılan bir çalışma örneği Site 1 (100) Cancer (50) Control (30) Cancer (90) Control (49) Stage III/IV (2) Stage I/II (35) Cancer (26) Control 63 Stage III/IV (103) Stage I/II (20) Stage I/II (35) Ca (41) Other Ca 2 (20) Control (41) Other Ca 1 (20) Other Ca 3 (20) Independent Validation Cross Comparison Candidate Markers Site 2 (176) Site 3 (164) Site 4 (63) Site 5 (142) Multivariate Models Protein ID Independent Validation by Immunoassay Results: Descriptive statistics Two-group t-tests Performance ROC curve analysis Multivariate Model Derivation Discovery 1 Discovery 2

ID the biomarkers, Link to biology of disease Sensitivity “ True Positives ” Specificity “ True Negatives ” Single Marker65%35% Biomarker Pattern>90% Peak A Criteria Peak B Criteria Peak C Criteria Cancer Normal

● OVA1 ® testi, 2009 yılında FDA tarafından onaylanan ilk kan testi ● Cerrahi müdahale öncesi ovaryum kanserli hastalardaki malignansiyi belirleyen bir biyomarker Bu testte 5 farklı biyomarker değerlendirilmektedir: Beta-2 mikroglobulin ve CA 125-II (up-regüle) Apolipoprotein A1, prealbümin ve transferrin (down-regüle)

YENİ HEDEF: Kanser hücrelerinin kemoterapik veya radyoterapik direncini artıran stres proteinlerinin anlatımlarını azaltmak

Koruma İskemi, Hsp (Benjamin ve McMillan, 1998) Ksenobiyotikler, Hsp27 (Katsuki ve diğ., 2004) Biyomarker Kolon kanseri Hsp105 (Kai ve diğ., 2003) Hepatoselülar karsinom Hsp70 (Takashima ve diğ., 2003) Kolorektal kanser, Hsp60 (Capello ve diğ., 2003) Gastrik kanser Hsp 27 (Ryu ve diğ., 2003) Glioma Hsp27 (Iwadate ve diğ., 2004) Direnç Gama radyasyonu, Hsp70 (Lee ve diğ., 2001) Meme kanseri, “Doxorubicin”, Hsp27 (Oesterreich ve diğ., 1993) Meme kanseri, apoptoz, Hsp70 (Nylansted ve diğ., 2000) Ovaryum tümörü, “Cisplatin”,Hsp27 ve Hsp70 (Yamamoto ve diğ., 2001) Stres proteinlerinin klinik önemi

Kolon kanserinde Hsp105 Kolorektal kanserde Hsp60 Gastrik kanserde Hsp27

Mide, ağız ve akciğer kanserinde  izoformu (Jang ve diğ., 2004; Matta ve diğ., 2007; Li ve diğ., 2008) Glioma, β izoformu (Liang ve diğ., 2009) Akciğer kanserinde,  izoformu radyoterapinin etkinliğini (Qi ve Martinez, 2003) Akciğer kanserinde,  izoformu cisplatinin etkinliğini (Fan ve diğ., 2007) proteinlerinin klinik önemi

HL-60 hücre hattı, antioksidan uygulaması, Hsp27 ve Hsp72 Prostat kanseri hücreleri, kersetin, Hsp70 Gorman ve diğ., 1999;Kagaya ve diğ., 2000; Asea ve diğ., 2001; Jones ve diğ., 2004

Ihlamur ağacı üzerindeki Viscum album kümelerine ait fotoğraf Viscum album bitkisinin yakın plan görüntüsü Viscum album

İki Boyutlu Jel Elektroforezi Sonuçları Gümüş boyama yöntemine göre boyanan 2-D jeller. a) Kontrol b) VE, c) Isı şoku, d) VE+Isı şoku

Instant Blue ile boyanan 2-D jeller. a) Kontrol, b) VE, c) Isı şoku, d) VE+Isı şoku

Kütle spektrometrisi ile tanımlanmak üzere seçilen protein spotları Kütle Spektrometrisi Analizleri

5 numaralı spot: a)Örneğin peptid kütle parmakizi spektrumu (MALDI-TOF MS) b) Mascot veritabanı tarama sonuçları (Mowse skoru ve olası proteinler) c) Olası proteinle dizi eşleşme sonuçları (Eşleşen peptidler kırmızı renkle işaretlenmiştir) Moleküler şaperon Hsp72-ps1(Hsp70)

6 numaralı spot: a)Örneğin peptid kütle parmakizi spektrumu (MALDI-TOF MS) b) Mascot veritabanı tarama sonuçları (Mowse skoru ve olası proteinler) c) Olası proteinle dizi eşleşme sonuçları (Eşleşen peptidler kırmızı renkle işaretlenmiştir) Hsc70

Hsp27 Analiz Sonuçları Hsp70 Analiz Sonuçları

Proteinlerinin Analiz Sonuçları

Hsp anlatımlarının azalmasına yol açan bu ekstre, aynı zamanda kanser hücrelerinin apoptoza gitmesini sağladı.

SONUÇ Bu çalışma sonucunda, antioksidan etkisi bilinen Viscum album ekstresinin, beyin tümörlerinde anlatımları belirgin bir şekilde artan özellikle Hsp ζ β proteinlerini baskılamak amacıyla kullanılabileceği ortaya konulmuştur. Hsp ve protein anlatımlarının azalması, kemoterapinin tedavi edici etkisini artırabilir veya hastalara daha düşük dozda kemoterapi ajanlarının verilmesini sağlayarak, uygulanan ilaçların yan etkilerini azaltabilir.

Teşekkürler…