Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

FFMBG-103 MOLEKÜLER B İ YOLOJ İ VE GENET İ K 1 ÖKARYOTLARDA TRANSKR İ PS İ YON 19 Haziran 2014 Perşembe 1.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "FFMBG-103 MOLEKÜLER B İ YOLOJ İ VE GENET İ K 1 ÖKARYOTLARDA TRANSKR İ PS İ YON 19 Haziran 2014 Perşembe 1."— Sunum transkripti:

1 FFMBG-103 MOLEKÜLER B İ YOLOJ İ VE GENET İ K 1 ÖKARYOTLARDA TRANSKR İ PS İ YON 19 Haziran 2014 Perşembe 1

2 19 Haziran 2014 Perşembe 2

3 Prokaryotlarda transkripsiyonun sonlanması  Rho – sonlanma faktörü proteini  rho ; ATPye ba ğ ımlı helikaz  RNA transkripti boyunca ilerler, “bubble” ı bulur, açar ve RNA zincirini salar  Spesifik diziler: DNA da ki sonlanma dizileri  GC bakımından zengin ters tekrarlar RNA transkriptinde bir stem-loop oluşturur  Transkriptte U yu kodlayan 6-8 adet A bulunur

4 Prokaryotlarda transkripsiyon ve translasyon 19 Haziran 2014 Perşembe 4 mRNA aynı anda translasyona u ğ rar

5 Ökaryotlarda transkripsiyon  Prokaryotlardaki transkripsiyondan çeşitli farklılıkları sözkonusudur:  Transkripsiyonun başlangıcı: Prokaryotlarda transkripsiyon devam ederken aynı anda uzayan zincir üzerinde translasyon gerçekleşir. Ökaryotlarda transkripsiyon üç farklı RNA polimerazın kontrolünde ve çekirdek içerisinde gerçekleşir. Translasyon sitoplazmada olur.  Kromatin remodelling: Kompakt kromatin fiberlerinin gevşeyip DNA sarmalının açılması, RNA polimeraz ve di ğ er düzenleyici proteinlerin ba ğ lanabilmeleri için uygun ortamın olması gerekmektedir.  Promotorlar dışında farklı düzenleyici kontrol birimlerinin olması: Ör. enhancer  Heterojen Nüklear RNA ve onun işlem görmesi: 5’ CAP ve 3’ Kuyruk eklenmesi ile mRNA ların oluşması. RNA işlenmesi- RNA editing, split genler, splicing 19 Haziran 2014 Perşembe 5

6 Ökaryotlarda Transkripsiyonun başlaması- RNA polimerazlar RNA polimeraz formları Sentezledi ğ i ürünBulundu ğ u yer RNA polimeraz IrRNAÇekirdekçik RNA polimeraz IImRNA, snRNANükleoplazma RNA polimeraz III5S rRNA, tRNANükleoplazma 19 Haziran 2014 Perşembe 6 RNA Polimeraz II (RNP II) ökaryotlardaki tüm mRNA ların üretilmesinden sorumlu olan enzimdir  RNA polimeraz I (Pol I) sadece tek tip RNA sentezinden (preribozomal RNA) sorumludur. Bu RNA 18 S, 5.8 S ve 28 S rRNA’lar için prekürsördür. Pol I promotorlar bir türden di ğ erine sekansta farklılık gösterir.  RNA polimeraz II (Pol II)’nin temel fonksiyonu mRNA ve bazı spesifik RNA’ların sentezidir.Bu enzim binlerce farklı RNA bölgesini tanıyabilir  RNA polimeraz III (Pol III) tRNA, 5 S rRNA ve bazı küçük özel RNA’ları sentezler. Pol III’ün promotorları iyi karakterize edilmiştir.

7 RNA polimeraz II tarafından transkripsiyonun başlatılmasını düzenleyen DNA bölgeleri  En az üç farklı tiptedirler:  Core-promotor bölgesi: RNA polimeraz II’nin DNA üzerinde nereye ba ğ lanaca ğ ını ve transkripsiyonun nereden başlayaca ğ ını belirler.  Promotor bölgesi: Transkripsiyonun hızını ve verimlili ğ ini etkiler.  Enhancer bölgesi: Promotor bölgesi ile aynı işleve sahiptir. 19 Haziran 2014 Perşembe 7

8 Promotorlar.. 19 Haziran 2014 Perşembe 8 Prokaryotlarda • Promotor – • Pribnow Kutusu (-10 bölgesi) – TATAAT • -35 bölgesi - TTGACA Ökaryotlarda •Promoter – •Core promotor –TATA kutusu (TATAAA(A)); transkripsiyon başlangıç noktasının 50 baz çifti yukarısında bulunur ve tek hücreli ökaryotlarda bulunur. •Core promotoru ve ayrıca •Aşa ğ ı kısımdaki promotorlar •Uzak promotor bölgeleri

9  Prokaryotlarda promotor denilince RNA polimeraz tarafından tanınan DNA dizisi ifade edilirken ökaryotlarda promotor denildi ğ inde kastedilen;  RNA polimeraz II nin ba ğ landı ğ ı core promotor bölgesi ve  RNA polimeraz II nin aktivitesini etkileyen promotor ve enhancer bölgelerinin tamamıdır. 19 Haziran 2014 Perşembe 9

10 Core promotor bölgesi  TATA Kutusu:  Hemen hemen tüm ökaryotlarda bulunur  Transkripsiyon başlangıç noktasının 30 baz yukarısında yer alır (5’ ucu tarafına)  Konsensus dizisi: TATAAAA, beş nükleotitlik dize  Prokaryotlardaki pribnow kutusuyla aynı işlevi görür  TATA kutusu, RNA polimeraz II nin kalıp DNA’ya ba ğ landı ğ ı yerdir. Transkripsiyon bu diziden nükleotit sonra başlar.  TATA kutusu transkripsiyonun kesin başlangıç noktasının belirlenmesini sa ğ lar. 19 Haziran 2014 Perşembe 10

11 Promotor dizesi  CAAT Kutusu:  Konsensus dizisi GGCCAATCT transkripsiyonun başladı ğ ı noktadan yaklaşık 100 nükleotit daha yukarıda (genin 5’ ucu tarafında) bulunur.  Birçok gende bu dizeden bir yada daha fazla bulunur  Promotorun verimli ğ ini etkiler 19 Haziran 2014 Perşembe 11

12 19 Haziran 2014 Perşembe 12

13 Enhancer bölgesi  Genin 5’ucunda bulunurlar ancak gene olan uzaklıkları de ğ işkenlik gösterir  Bazen genin 3’ ucunda hatta genin içerisinde bile olabilirler  RNA polimeraz II nin core promotora ba ğ lanmasını do ğ rudan etkilenmezler, ancak çok etkin bir transkripsiyon başlangıcı için gereklidir. 19 Haziran 2014 Perşembe 13

14 Transkripsiyon Faktörleri  Kalıp DNA ya RNA polimerazın ba ğ lanmasını ve transkripsiyonun başlamasını sa ğ layan proteinlerdir.  Prokaryotlardaki sigma alt birimlerine eş de ğ erdir.  Ökaryotlarda toplam iki grup transkripsiyon faktörü mevcuttur.  Genel transkripsiyon faktörleri: Tüm RNA polimeraz II aracılı ğ ı ile gerçekleşen transkripsiyon için kesinlikle gereklidirler  Spesifik transkripsiyon faktörleri: Transkripsiyonun hızını ve etkinli ğ ini etkilerler. 19 Haziran 2014 Perşembe 14

15 Genel Transkripsiyon Faktörleri  Transkripsiyon için elzem proteinlerdir. Çünkü onlar olmaksızın RNA polimeraz II ökaryotik promotor bölgelerine do ğ rudan ba ğ lanamaz ve transkripsiyonu başlatamaz.  TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH  * TFIID do ğ rudan TATA dizisine ba ğ lanır ve yaklaşık 10 adet polipeptit alt birimlerinden oluşur. Bu alt birimlerden biri TATA-ba ğ lanma proteini (TBP) olarak adlandırılır. 19 Haziran 2014 Perşembe 15

16 Transkripsiyon faktörleri 19 Haziran 2014 Perşembe 16  1): TFIID- TATA DNA ya ba ğ lanır (ço ğ u kez TBP olarak adlandırılır)  2): A ve B TFII ler TFIID ye ba ğ lanır ve onu modifiye ederler  3): RNAP II (TFIIF) TATA kutusan ba ğ lanır  4): TFII-E “ön-başlama kompleksi” ne ba ğ lanır  5) TFII-H in ba ğ lanması DNA nın açılmasını sa ğ lar (helikaz aktivites) ve RNA polimeraz II nin fosforilasyonu gerçekleşir (aktivasyon)  6) Transkripsiyonun başlaması: TFIIA/D salınır ve transkripsiyon başlar * Öncesinde DNA daki histonlar ve kromatinlerin DNA sarmalının açılması ve transkripsiyon öncesi uzaklaştırılması gerekmektedir.  7) mRNA transkripsiyonunun RNA polimeraz II tarafından sonlandırılması terminasyon faktörünün RNA daki AAUAA dizesini tanıdı ğ ında gerçekleşir  Basamaklar: #1D  #2A/B  #4RNAPII  #5E/H  A/D Release   Initiation complete and Transcription Begins!

17  Ökaryotlarda Transkripsiyonun Başlaması ve görev alan transkripsiyon faktörleri 19 Haziran 2014 Perşembe 17

18 Transkripsiyonun di ğ er basamakları:  Uzama: Bu sırada 40 baz çifti DNA ve yaklaşık 18 baz çifti büyüyen mRNA zinciri enzim kompleksinin içinde yer alır  Sonlanma- Transkripsiyon ilerledikçe sonlanma sinyalini veren DNA yla karşılaşılır, enzim kompleksi kararsız hale gelir ve hem DNA hem de büyüyen RNA zinciri enzimden ayrılır  Oluşan Öncül mRNA nın İ şlenmesi 19 Haziran 2014 Perşembe 18

19 Oluşan Öncül mRNA nın İ şlenmesi  5’ CAP ba ğ lama  İ ntronların çıkarılması (splicing)  3’ kuyru ğ u ekleme (poliadenilasyon)  Olgun mRNA nın sitoplazmaya hareketi 19 Haziran 2014 Perşembe 19

20 5’ CAP ba ğ lama  Transkripsiyonun hemen sonrasında gerçekleşir  Transkriptin 5’ ucu metil grupları ile kapatılır 19 Haziran 2014 Perşembe 20 RNA Capping enzimleri •Fosfataz •Guanil transferaz – GMP in 5’ -5’ bağlanmadaki GMP •Metiltransferaz 5´cap (baş bölgesi)’da 7-metilguanozin 5´terminal ucunda 5´5´ trifosfat ba ğ ı ile zincire eklenir.

21 Poliadenilasyon  HnRNA transkriptinin 3’ ucundaki AAUAAA sinyal sekansı ardından özgül endonukleazlarla kesilir  Fosforilasyonla uca A kuyru ğ u eklenir 19 Haziran 2014 Perşembe 21 Poli (A), adenilat rezidüzüdür ve 3´ ucunda bulunur. Poliadenilat polimeraz poli (A) kuyru ğ u

22 Intronlar öncül-mRNA içinde bulunurlar ve mRNA nükleustan ayrılmadan önce spliceosom adı verilen yapılarla kesilip mRNA da çıkarılmalıdırlar. Spliceosomlar konsensus dizeleri olan OFF 5’ (GU) ve 3’ (AG). Leri tanır ve keserler.

23 Spliceosomlar RNA- protein kompleksleri olup öncül mRNAlarda istenmeyen intron bölgelerini kesip atarlar tek bir mRNA şeklinde birleştirirler

24 RNA Splicing

25 Ökaryotlarda Parçalı Genler -Ekson ve İ ntronlar-

26 Ökaryotik mRNA oluşumuna genel bakış

27

28 Tavuk ovalbümin mRNAsı ile bu gene ait DNA’nın hibridizasyonu

29 Ökaryotlarda RNA’nın transkripsiyon sonrası işlenmesi

30 Alternatif splicing-RNA editing  Alternatif splicing; tek bir genin birden fazla geni kodlaması durumusur  RNA editing: 1. pre-RNA’daki nükleotidlere ekleme –çıkarma yada yapıdaki bazların kimyasal degisiklige ugratılmasıyla (böylece mRNA’daki bazlar ilgili DNA sekansı ile tam komplemeterlik göstermez) 2. Amino asitlerin degisikligi, ekleme yada çıkarılmasıyla gerçeklestirilir.  RNA editing, genellikle hücre yada dokuya spesifiktir. (Örn. protozoa, slime molds, bitki organelleri, memeliler) 19 Haziran 2014 Perşembe 30

31 Alternatif splicing e örnek.. 19 Haziran 2014 Perşembe 31

32 RNA editing e örnekler 19 Haziran 2014 Perşembe 32


"FFMBG-103 MOLEKÜLER B İ YOLOJ İ VE GENET İ K 1 ÖKARYOTLARDA TRANSKR İ PS İ YON 19 Haziran 2014 Perşembe 1." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları