Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı

... konulu sunumlar: "Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı"— Sunum transkripti:

1

2 Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı
İRANLI TÜRK RENAL TRANSPLANT ALICILARINDA RLFP-PZR İLE BK VİRÜSÜNÜN SUBTİPLENDİRİLMESİ Danışman:Prof.Dr.Mahmut Baykan Arş.Gör.Dr.Özlem Ögüç Şanlı

3 GİRİŞ İnsan polyama virüsü olan BKV 1971 yılında renal transplantasyondan sonra idrardan izole edilmiştir Çalışmaların büyük bir kısmında BKV antikorları erken çocukluk döneminde %60-%100 arası yüksek prevelansta saptanmıştır İlk defa belirgin semptomu olmayan erken çocukluk çağındaki BKV ile enfekte bireylerde saptanmıştır. BKV özellikle böbrek dokusu olmak üzere birçok doku ve organda bulunabilir

4 BULAŞ Vücut sıvıları ile geçerler,bu durum immun yetmezliği olan hastalarda BKV ile ilişkili hastalıkların yanısıra BKV’nin reaktivasyonuna da zemin hazırlar BK virus kemik iliği transplantasyonu yapılanlarda hemorajik sistit;allogreft böbrek olgularında allogreft disfonksiyonu vaskülopati,interstisyel nefrit;AIDS ve transplant hastalarında nefritik ve nefrotik sendrom,üretral stenoz,ensefalit,interstisyel pnömoni ile ilişkilidir

5 BK virüs genomu daha önceden tanımlanmıştır
BK virüs genomu daha önceden tanımlanmıştır.BK virus genomu t-Ag,T-Ag,Agno,VP1,VP2 ve VP3 proteinlerini kodlar BKV’ ün çeşitli varyantlarını protein Vp1’ in frekans çeşitliliğine dayanılarak tespit edilmiştir

6 Jin ve arkadaşları BKV’ ün 1,2,3,4 olarak gruplandırılmasını sağlayan VP1 gen ürününün protein rezidülerinde aminoasit değişikliğini bildirmişlerdir Fakat dört grubun arasındaki klinik önem tam olarak anlaşılamamıştır.Bu çalışmanın amacı İran’lı renal transplant alıcısı Türkler de RFLP yöntemiyle BKV suptiplerinin dağılım paternini belirlemektir

7 MATERYAL-METOD 12O idrar örneği Urmiya Üniversitesi nefroloji ve renal transplantasyon bölümünden, renal transplant alıcılarından toplanmıştır Suptipleme BKV viürisi için taranan 120 olgunun BK viral DNA açısından pozitif olan 12 idrar örneği ile gerçekleştirilmiştir

8 Bu çalışma Urmiya Üniversitesi Tıbbi Bilimler Etik Komitesinden onay almıştır
1 ml idrar 2 dk santrifüj edilmiştir Örnek sedimenti 1 ml PBS(Fosfat Tamponu) ile sulandırılmış ve ardından 2 dk santrifüj edilmiştir

9 Sediment 100 microlitre distile su ile resüspanse edilip 5 dk 95 °C de ısıtılmıştır
10 microlitre süpernatantta Taq polimeraz içeren reaksiyon karışımı(miks) eklenmiştir(miks u Taq polimeraz,dNTP,primer) Oligonükleotid VP ve VP r, VP1 segmentinin PZR amplifikasyonu için kullanılmıştır Bu primerler sadece BKV için olup JCV de bulunmamaktadır

10 PZR reaksiyonu daha sonra 94 °C de 2 dk denatürasyon, 91 °C de 1 dk, 55 °C de 1 dk ve 72 °C de 1 dk olan 35 siklus ile devam edilmiş, final uzama siklusu 55 °C de 1 dk ve 72 °C de 4 dk olarak gerçekleştirilmiş Beklenen amplikon tip spesifik bölgeleri içeren 327 baz çifti uzunluğundaymış PZR ürünü %3’ lük agaroz jelde elektroforez aracılığıyla değerlendirilmiştir

11 PZR ürünleri 2 saat süre ile 37 °C 30 microlitre hacimde Alu-1 restriksiyon enzimi ile kesilmiş
Kesilen PZR ürünleri %3 agaroz jelde ayrılmış ve ethidium bromide ile bantlar boyanmıştır Alu-1 ile kesilen subtipI ve subtip II BKV izolatlarının ürünleri 186 ve 141 baz çifti alanına ilerlerken subtip III ve subtip IV izolatları Alu-1 ile bölünememiştir

12 Alu-1 ile kesilemeyen ürünler Xmn-1 ile kesilmiş subtip II BKV izolatları 244 ve 83 baz çifti boyutunda 2 fragmandan oluşmuştur Oysa subtip I Xmn-1 ile kesilememiştir BKV subtip III ve Tip IV olarak belirlenen PZR ürünleri Ava 2 kesilmiş Subtip III izolatlarının ürünleri 237 ve 90 baz çiftlik boyutlardayken,subtip IV Ava 2 ile bölünememiştir

13 SONUÇLAR BKV DNA’sı RFLP PZR ile tiplendirilmiştir
Renal transplant alıcılarında BKV tiplendirilmesinde, tüm örneklerde BKV subtip I tespit edilmiş Hastalarda subtip II,III ve IV bulunamamıştır Ayrıca mixt enfeksiyon alıcılarda tespit edilememiştir

14 BKV pozitif tespit edilen bazı hastalarda elde edilen restriksiyon paternleri FİG.1 de gösterilmiştir

15

16 TARTIŞMA BKV izolatları serolojik reaksiyonlar veya genotipleme metodları kullanılarak 4 tip içerisinde sınıflandırılır Daha önce insanlarda BKV ve subtiplerinin dağılımı hakkında İngiltere, Tanzanya, ABD, Japonya ve Almanya’da çalışmalar yapılmıştır

17 Bununla birlikte İran’da BKV subtiplerinin dağılım paterni hakkında bir bilgi bulunmamaktadır
Bu çalışmada ilk kez İran’lı böbrek transplant alıcısı olan Türk’lerden elde edilen BKV subtiplerinin prevalansı gösterilmiştir

18 Bu çalışmada diğer çalışmalara benzer olarak subtip I baskın tip olarak bulunmuştur
Yeni bir çalışmada Alman böbrek ve kemik iliği alıcılarından elde edilen 60 örnekte %90,9 oranında subtip I tespit edilmiştir

19 Takasaka ve arkadaşları Japon böbrek ve kemik iliği alıcılarında subtip I’i %70-80 oranıyla en sık subtip olarak izole etmişlerdir Benzer olarak Jin ve arkadaşları İngiltere’de kemik iliği tranplantasyonu yapılanlarda subtip I’i major subtip olarak rapor etmişlerdir

20 Bunlar subtip III’ü sadece gebe kadınlardan ve HIV ile enfekte hastalardan alınan örneklerde izole etmişlerdir Böbrek transplantasyonu yapılanlarda subtip IV düşük oranlarda tespit edilmiş, subtip II ve subtip III nadir veya hiç tespit edilememiştir

21 Subtip I tüm dünyada yaygındır
Oysa subtip IV Doğu Asya’da (Japonya hariç) yaygındır, Afrika’da ise nadir görülür Bu çalışmada (İran’da)elde edilen verilerin diğer çalışmalarla uyumlu olduğu görülmüştür

22 Filogenetik incelemelere dayanarak Takasaka ve arkadaşları subtip I’in içinde 3 subgrup olduğunu(1a,1b,1c) ileri sürmüşler ve Japon hastalarda en sık subtip I’in içinde subgrup Ic’yi rapor etmişlerdir Almanya’da yapılan başka bir çalışmada sekansların çoğunun subgrup Ic’nin içinde kümelendiği görülmüştür

23 Günümüz insanlarında yaygın olan subtip IV’ün Asya’lıların atalarının infekte olduğu bir virüsten türemiş olduğu düşünülmektedir BKV subtip ve subgruplarının nasıl geliştiğini açıklamak için bazı çalışmalar yapılmıştır

24 Zhang ve arkadaşları Amerikalı, Avrupalı ve Asyalı populasyonlardan elde ettikleri virüs sekanslarını incelemişler ve tüm gruplar arasında subtip I’i en yüksek oranda bulmuşlar Fakat subtip IV’ ün değişken olduğu görülmüştür

25 Subtip I’in subgruplarının dağılım paterni Avrupa, Amerika ve Asya populasyonları arasında da farklılık göstermektedir Araştırıcılar subtiplerin ve subgrupların karşılaştırılmasıyla BKV’ün insan populasyonlarıyla beraber göç ettiğini ileri sürmüşlerdir

26 Bu çalışmada kısıtlı mali imkanlar nedeniyle filogenetik analiz yapılamadığı için subtip I’in alt gruplarının dağılım paterni incelenememiştir Bu çalışmadaki en önemli sınırlama örnek sayısının az olması nedeniyle olmuştur Bu sınırlama ve çalışmada daha az yaygın olan subtiplerin bulunamaması, mevcut bulguların genelleştirilmesine engel olmuştur

27 Olası diğer subtiplerin sıklığının belirlenmesi için daha geniş çapta yapılacak olan çalışmalara ihtiyaç vardır

28 SONUÇ Bu çalışma BKV’ün subtiplerinin dağılımı ile ilgili İranlı Türk renal transplant alıcılarında yapılan ilk çalışmadır Bu çalışmanın sonuçlarına dayanılarak BKV subtip I renal transplant alıcılarında en sık tip olarak tespit edilmiş Daha ileri çalışmalara, BKV’ün subtiplerinin epidemiyolojisinin daha iyi belirlenebilmesi için ihtiyaç vardır