Grid İş Gönderme Emrah Akkoyun,

... konulu sunumlar: "Grid İş Gönderme Emrah Akkoyun,"— Sunum transkripti:

1 Grid İş Gönderme Emrah Akkoyun, emrah@ulakbim.gov.tr
Feyza Eryol, Theme created by Sakari Koivunen and Henrik Omma Released under the LGPL license.

2 Grid'e İş Gönderme Yöntemleri
Konsol Aracılığıyla iş gönderebilirsiniz. Linux işletim sistemlerinden açtığınız terminalden işlerinizi gönderebileceğiniz gibi, Windows gibi işletim sistemlerinde Putty gibi araçlar kullanarak da işlerinizi gönderebilirsiniz. Kullanıcı ara yüzüne ssh ile bağlantı yapılır. Web portalı aracılığıyla işlerinizi gönderebilirsiniz. P- Grade portalı bu araçlardandır.

3 Kullanıcı Arayüzüne Erişim
Kullanıcı arayüzüne ssh ile bağlanın - Terminal, Putty, ... - Kullanıcılar: egitim(1-20) - Sunucu: egitim-ui.ulakbim.gov.tr ( )‏ ssh -l egitim20 egitim-ui.ulakbim.gov.tr globus dizininin varlığını kontrol edin ls –laR .globus drwxr-xr-x 2 root root Aug 15 13:57 . drwx root root Feb 10 15:32 .. -rw-r--r root root Mar usercert.pem -rw root root Mar userkey.pem Pratik eğitim için gerekli örnek dosyaları kullanıcı dizininize açın: cd ~ tar -xzvf egitim.tar.gz

4 Geçici Sertifika Oluşturmak
Bir X.509 sertifikası şu bilgileri içerir: Kullanıcı açık anahtarı; Kullanıcı hakkında bilgi; Sertifika otoritesi bilgisi; Geçerlilik süresi; Sertifika otoritesinin imzası Sertifikanızı incelemek için: grid-cert-info Açık Anahtar Subject: C=TR, O=TRGrid, OU=TUBITAK-ULAKBIM, CN=Onur Temizsoylu Issuer: C=TR, O=TRGrid, CN=TR- Grid CA Validity Not Before: Feb 5 10:05: GMT Not After : Feb 5 10:05: GMT Sertifika Otoritesi İmzası

5 Çalışabileceğiniz Kaynakları Görüntülemek
Herhangi bir sanal organizasyon için o an geçerli çalışabileceğiniz kaynakları görüntülemek için: lcg-infosites --vo <VO> [option(s)] sgdemo sanal organizasyonuna bağlı sitelerde ki hesaplama elemanı(ce) hakkında bilgi almak için: lcg-infosites --vo sgdemo ce sgdemo sanal organizasyonuna bağlı sitelerde ki depolama elemanı(se) hakkında bilgi almak için:: lcg-infosites --vo sgdemo se lcg-infosites --vo sgdemo closeSE Sorgulanabilecek diğer özellikleri görmek için: lcg-info –list-attrs

6 Proxy Oluşturmak Çalışmak için geçici sertifika oluşturun:
voms-proxy-init --voms sgdemo Oluşturduğunuz geçici sertifika hakkında bilgi edinin: voms-proxy-info –all Oluşturduğunuz geçici sertifikyı yok etmek için: voms-proxy-destroy

7 İşinizi Çalıştırmadan Önce
Bilmeniz gerekenler: Hangi programlar gönderilecek? Hangi veriye erişilecek, veri program ile birlikte mi gidecek? Herhangi bir işletim sistemi, kütüphane bağımlılığı var mı? Gönderdiğiniz uygulama: Bilinmeyen bir sistemde çalışabilmeli Çalışma dizini dışında yer alacak şekilde sabit olarak belirlenmiş dizinler ve dosyalar içermemelidir.

8 Grid Dünyasının Dili: JDL
Job Description Language (JDL)‏ Condor ClassAd dili standardında geliştirilmiştir. Bir JDL dosyası niteliklerle oluşturulur: <nitelik> = <anahtar>; Nitelikler temel olarak ikiye ayrılabilir: İş nitelikleri: işin kendini tanımlar Kaynak nitelikleri: işe uygun kaynakları bulunmasını sağlar. #, // veya /* */ ile JDL içine açıklama satırları yazılabilir.

9 JDL Dosyası JDL parçalayıcının(parser) hatasız bir şekilde çözümleme yapması için gerekli nitelikler: Tüm iş tanımlar köşeli parantezler içinde olmalıdır. Örnek: [ <iş tanımı>] Her tanım satırı noktalı virgul ile ayrılmalıdır. JDL boşluk karakteri ve tablara duyarlıdır.

10 JDL Nitelikleri(1)‏ JobType – Normal (basit, seri iş), Interactive, MPICH, Checkpointable Executable – Çalıştırılacak komut Arguments – Komuta verilecek argümanlar StdInput, StdOutput, StdError – Standart girdi, çıktı ve hata dosyaları Environment – Çevre değişkenleri InputSandbox – Kullanıcı arayüzünden çalışacağı siteye gönderilecek dosyalar OutputSandbox – İş bitiminde alınacak dosyalar Requirements – Gerekli kaynak nitelikleri Rank – Bulunan kaynakların sıralanması

11 JDL Nitelikleri(2)‏ Executable = < string >
• Çalıştırılacak programı göstermektedir. - Aynı dosya ismi InputSandbox da da belirtilmelidir. • Özel karakterler izin verilmez. . (Örnek: Executable = {“/opt/sw/sgdemo/test.sh”}; ) StdOutput, StdError, StdInput = < string > • Çıktı, hata ve giriş dosyaları - Aynı dosya isimleri OutputSandbox da da belirtilmelidir. • Bu nitelik, etkileşimli işler için (interactive jobs) gerekli değildir.

12 JDL Nitelikleri(3)‏ InputSandbox, OutputSandbox = < string | string listesi > • InputSandbox, çalıştırılacak işin ihtiyacı olan giriş dosyaları - UI (User Interface) den WN (Worker Node) • OutputSandbox, Sonuç dosyaları - WN (Worker Node) dan UI (User Interface) InputSandbox da gösterilen dosyaların toplam boyutu 20 MB dan az olmalıdır.

13 JDL Nitelikleri(4)‏ Job Type
• Normal (simple, sequential job), Interactive, MPICH, Checkpointable, – Checkpointable, Interactive – Checkppointable, MPI • MPICH ve NodeNumber - RB (Resource Broker) uygun CE leri seçmek için kullanır. Örnek: NodeNumber = 5; Arguments • Komut satırı parametreleri vermek için kullanılır. Örnek: Executable = “/bin/sh”; Arguments = “Merhaba Grid Dünyası”; Environment • Çevre ayarları listesini. Örnek: Environment = “JAVABIN=/usr/local/java”;)

14 JDL Nitelikleri(5)‏ Requirements • Uygun kaynak koşulları Örnek: Rank
Requirements=other.GlueCEUniqueID == “adc006.cern.ch:2119/jobmanager-pbs-infinite” Rank • Requirements niteliğindeki koşullara uygun CE ler sıralanır. Rank = other.GlueCEStateFreeCPUs;

15 JDL Nitelikleri(6)‏ InputData
• Giriş (input) dosyalarını gösteren (LFN) Logical File Name veya (GUID) Global Unique Identifier belirtilir. Örnek: InputData = {“lfn:cmstestfile”,“guid:135b7b23-4a6a-11d7-87e7- 9d101f8c8b70”}; ) DataAccessProtocol • SE (Storage Element) ulaşmak için kullanılacak protokol ya da protokoller Örnek: DataAccessProtocol = {“file”,“gsiftp”}; StorageElement • Çıkış (output) dosyalarını tutmak için depolama elemanı

16 Örnek JDL Dosyası ornek.jdl Executable = "/bin/sh";
Arguments = "HelloWorld.sh"; Stdoutput = "stdoutput.txt"; StdError = "stderror.txt"; InputSandbox = {"HelloWorld.c","HelloWorld.sh"}; OutputSandbox = {"stdoutput.txt","stderror.txt"}; Requirements = (other.GlueHostOperatingSystemName == “linux"); Rank = other.GlueCEStateFreeCPUs;

17 İş Göndermeden Önce JDL dosyasında yer alan niteliklere göre işin çalışabileceği siteleri görebilirsiniz. glite-job-list-match <job.jdl> İşinizin belli bir sitede çalışması için Requirement satırı ekliyebilirsiniz. Requirements = other.GlueCEUniqueID == "ce.ulakbim.gov.tr:2119/jobmanager-lcgpbs-sgdemo";

18 İş Göndermek JDL dosyasında yer alan niteliklere göre işin çalışabileceği siteleri görebilirsiniz. glite-job-list-match <job.jdl> İş göndermek için; glite-job-submit [--vo <VO>] [-o <dosya_ismi>] <job.jdl> --vo Sanal organizasyon, geçici oluşturulurken tanımlandı ise gerek yoktur -o Oluşacak işNumarası bu dosyaya yazılır glite-job-status –i <dosya_ismi> (veya işNumarası)‏ -i İş gönderilirken verilen dosya ismi burada kullanılabilir

19 İş Göndermek glite-job-submit HelloWorld.jdl
**** Warning: UI_VOMS_OVERRIDE **** The Virtual Organisation name "dteam" you have specified with the UI conf file will be overriden by the default VO in your proxy credentials: "sgdemo" Selected Virtual Organisation name (from proxy certificate extension): sgdemo Connecting to host wms.ulakbim.gov.tr, port 7772 Logging to host wms.ulakbim.gov.tr, port 9002 ********************************************************************************************* JOB SUBMIT OUTCOME The job has been successfully submitted to the Network Server. Use glite-job-status command to check job current status. Your job identifier is: - JobID

20 Diğer İş Komutları glite-job-cancel <işNumarası>
Belirtilen işi iptal eder glite-job-status <işNumarası> İş hakkında bilgi verir glite-job-output <işNumarası> İşin çıktı torbasını getirir glite-job-logging-info <işNumarası> İş hakkında detaylı bilgi verir, hata gidermek için yararlı bir komuttur

21 İş Durumları

22 İş Durumları Submitted – İş UI makinası aracılığı ile yollandı.

23 İş Durumları Waiting – İş kabul edildi ve WMS sunucusunda beklemede

24 İş Durumları Ready – İş WMS tarafında incelendi ve uygun CE sunucusuna gönderilmek için hazır

25 İş Durumları Scheduled – İş CE sunucusuna gönderildi ve kuyrukta bekliyor

26 İş Durumları Running – İş çalışmaya başladı

27 İş Durumları Done – İş tamamlandı

28 İş Durumları Cleared – İş için “Çıktı Torbası” UI sunucusuna alındı veya zaman aşımından dolayı silindi

29 İnteraktif İşler İnteraktif iş, standart girdi, çıktı ve hataları iş gönderilen istemciye yönlendiren iş tipidir: Kullanıcı JobType niteliğini interactive olarak ayarlamalıdır. Bir interaktif iş gönderildiğinde glite-job-submit komutu arka planda bir gölge konsol işi başlatır. Konsolun kullanacağı port, ListenerPort niteliği ile değiştirilebilir. DISPLAY çevre değişkeni düzgün ayarlanmalı veya –nogui parametresi kullanılmalıdır. OutputSandbox niteliğini tanımlamaya gerek yoktur. İnteraktif pencereye çıktılar gelecektir.

30 MPICH İşleri Paralel iş koşturmak için birçok kütüphane vardır. gLite orta katmanında MPICH tercih edilmiştir. Kullanıcı JobType niteliğini MPICH olarak ayarlamalı ve NodeNumber niteliği ile gerekli işlemci sayısını ayarlamalıdır. Bir sitede MPICH işi çalışması için sitenin uygun şekilde düzenlenmesi dışında: Sitenin MPICH desteklediğinin işaretlenmesi gerekmektedir. İstenen işlemci miktarı sitedeki mevcut işlemci sayısından az olmalıdır.

31 MPICH İşleri [ JobType = “MPICH"; Executable = "cpi"; NodeNumber = 2;
StdOutput = "test.out"; StdError = "test.err"; InputSandbox = {"cpi"}; OutputSandbox = {"test.out","test.err"}; ] NodeNumber işin çalışacağı işlemci sayısını belirtir. İşlemci sayısı arttıkça işin kuyrukta bekleme süresi de artacaktır.

32