EST ANLATIM YAPAN DİZİLERİN ANALİZLERİ

... konulu sunumlar: "EST ANLATIM YAPAN DİZİLERİN ANALİZLERİ"— Sunum transkripti:

1 EST ANLATIM YAPAN DİZİLERİN ANALİZLERİ

2 EST Nedir? Ne için Kullanılır ? Nasıl Analiz Yapılır ?
Hangi Çalışmalar Yapılır ? Diğer Yöntemlere Göre Kullanılışlı mı ?

3 EST (Expressed Sequence Tag)
Yani; İfadelenmiş dizi etiketi Dizileme Temelli Yöntem bp uzunluğunda cDNA parçasıdır.

4 cDNA (Complementary Deoxyribonucleic Acid )
Expressed Sequence Tag cDNA (Complementary Deoxyribonucleic Acid ) Ters transkiptaz enzimiyle katalizlenen, olgun bir mRNA’dan sentezlenen bir DNA parçasıdır. Bir cDNA haritası, kromozomal haritadaki anlatım yapan DNA bölgelerinin (eksonların) yerleşimini gösterir.

5 EST (Expressed Sequence Tag)
mRNA dan çok sayıda elde edilen cDNA kitaplığı içindeki anlatımların belirleyicileridir. Fonksiyonu bilinen proteinlerin dizi bilgilerini ifade eder. Biyoenformatik alanına ait kaynaklar ve analiz teknikleri kullanılır.

6 Expressed Sequence Tag
EST, bilinmeyen genleri tanımlar. EST (Expressed Sequence Tag) Yeni Genleri Tespiti Gen ekpresyonu ve düzenlenmesinde veri elde etmek Genom haritalama Tek nükleotid polimorfizmi

7 Expressed Sequence Tag
Bir EST oluşturulduğunda geliştiriciler tarafından öncelikle Genbankasına (GenBank) sunulmaktadır. NCBI bünyesinde 1992 yılında kurulan dbEST veritabanı gelmektedir. dbEST, insan EST verisi dışında 300 organizmaya ait EST verisi bulunuyor.

8 Expressed Sequence Tag
dbEST sayesinde EST dizileri ile bilinen gen dizileri BLAST gibi analiz araçları kullanılarak karşılaştırılır. Dizi benzerlikleri ve fonksiyonları tespit edilebilmektedir. Mikrosatellit lokuslarının tespiti genel olarak genomik DNA ve EST koleksiyonlarından yapılmaktadır.

9 Expressed Sequence Tag

10 Expressed Sequence Tag
cDNA kütüphanelerinin oluşturulması ve EST dizisinin belirlenmesi için takip edilen araştırma aşamaları

11 Expressed Sequence Tag
mRNA A c U G Reverse Trankriptaz RNA A c U G T G A C cDNA DNA’nın 2. Zincirinin Sentezlenmesi A c T G Çift Zincirli DNA T G A C Forward primer Reverse Primer 5’ EST 3’ EST

12 Expressed Sequence Tag
mRNA' ların dizilenmesi ile oluşturulan EST' nin birden fazla kopyaları oluşabilmektedir. EST arandığı zaman birbirine benzeyen dizilerden arama yapmak durumunda kalınır. Çözümü 'Unigene' adında oluşturulan veritabanı ile sağlanmaktadır.

13 Expressed Sequence Tag
EST Analiz Aşamaları:

14 EST Verisi Aşama 1: EST ön işleme, Vektör dizilerin atılması, düşük değerler ve tekrarların maskelenmesi Düşük Kaliteli, kısa diziler silinir Yüksek Kaliteli EST Verileri Aşama 2: EST Dizilerinin kümelenmesi ve birleştirilmesi Aşama 4: Kavramsal olarak translasyon Birleştirilmiş EST Dizileri Aşama 3: Veri tabanından benzerlik araştırması Tahmini Peptidler Önemli Derecede Eşlemler yok Fonksiyonu Bilinmiyen Yeni Diziler Aşama 5: Protein veri tabanında benzerlik araştırması var Fonksiyonel Analizler Elde Edilen Verilerin Görselleştirilmesi ve Sonuçların Yorumlası

15 Gen anlatımı profillemesinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması
Expressed Sequence Tag Gen anlatımı profillemesinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması YÖNTEM Gen Keşfi Gen Kapsamı Duyarlılık İş Gücü Deney Maliyeti EST Dizileme Evet Az Orta SAGE

16 Expressed Sequence Tag
Araştırma Konusu: EST Anlatım Yapan Dizilerin Analizleri Dersin Öğretim Görevlisi: Yrd. Doç. Dr. Gonca ALAK Ödev Sahibi Öğrenciler: Ali Cem DİZMEN Osman MALKOÇ Raşit BİLGE Yakup Emre KIZILER Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji 2013 Expressed Sequence Tag