T.C. ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ

... konulu sunumlar: "T.C. ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ"— Sunum transkripti:

1 T.C. ZİRAAT FAKÜLTESİ TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ
Virüslere Dayanıklı Transgenik Bitki Geliştirme HAZIRLAYANLAR Fatih TAŞÇI Oğuzhan ACAR

2 Virüs Nedir? Bitkileri hastalandırma yeteneğinde olan, gözle ve hatta ışık mikroskopu ile görülemeyecek kadar küçük yapıda, çoğalabilmek için mutlaka canlı bir yapıya ihtiyaç duyan bir organizmadır. Bakteriler ve mantarlar bulundukları bitkiye zehirli maddeler vererek onlar hastalandırmasına karşın virüslerde böyle bir olay söz konusu değildir. Virüslerin hastalığa neden oluşları hastalandırdığı bitkiyi zehirleyerek değil, sadece bitki içerisinde çoğalırken bitkinin hücre maddelerini kullanarak ve devamlı çoğalarak hücrenin içini tamamen doldurur ve hücrenin yaşamsal faaliyetlerini olumsuz etkilerler. Kesinlikle bitkiye herhangi bir zehirli madde vermezler.

3 Bitki Virüslerinin Taşınması
1-Aşı İle Taşınma 2-Bitki Özsuyu İle Taşınma 3-Tohumla Taşınma 4-Polen İle Taşınma 5-Böceklerle Taşınma 6-Nematodlar İle Taşınma 7-Funguslar İle Taşınma 8-Yabancı Ot İle Taşınma Bitki Virüslerinin Taşınması

4 Virüslere Dayanıklılık
Fungal ve bakteriyel hastalıklardan farklı olarak, bitkilerde hastalık etmeni virüslerin pratikte etkili bir kimyasal ile kontrolü günümüzde mümkün değildir. Virüs hastalıklarının yayılmasını ve sağlıklı bitkilere bulaşmasını önleyici tedbirlerin alınması, virüs ile bulaşık olmayan üretim materyalinin kullanılması gibi klasik uygulamalar ise çoğu zaman virüs hastalıkları ile mücadelede yetersiz kalmaktadır.

5 Virüs hastalıkları ile en etkili mücadele şekli dayanıklı bitki tür veya varyetelerinin kullanılmasıdır. Klasik ıslah çalışmaları sonucunda elde edilen virüse dayanıklı bitkiler zamanla virüsün genomik yapısında meydana gelen değişimler sebebiyle etkisiz hale gelebilmektedir. Örneğin; Domates mozaik virüsüne dayanıklılık ile ilgili gen (Tm-2), virüsün transport proteininde iki aminoasidin yer değiştirmesi sonucu dayanıklı bitkilerde etkisini kaybetmiştir.

6 Virüslere Karşı Transgenik Bitki Geliştirme Yöntemleri
Günümüzde, genetik mühendisliği yöntemleri kullanılarak virüslere dayanıklı bitkiler elde edilebilmektedir. Bitkileri virüslere karşı dayanıklı hale getirmek için yararlanılan temel olarak 3 yöntem bulunmaktadır.

7 1-Doğal Dayanıklılık Genleri
Bitki varyetelerinde doğal olarak var olan ve virüs hastalıklarına karşı dayanıklılık sağlayan genlerdir. Bu şekilde bir gen tanımlandığında izole edilebilir ve bir başka bitki çeşidine aktarılabilir. Patates X virüsüne aşırı dayanıklılık sağlayan Rx1 geni, patatesten izole edilerek Nicotiana benthamiana ve N. tabacum’ a aktarılmıştır ve bu virüse karşı dayanıklılığı sağlamıştır. Benzer olarak, N. glutinosa’da doğal olarak var olan ve TMV (Tütün mozaik virüsü)’ye karşı dayanıklılık sağlayan N geni, domatese aktarılmıştır.

8 2-Patojen Kaynaklı Dayanıklılık (PathogenDerived Resistance-PDR)
Temeli, patojenezdeki moleküler etkileşimlerin anlaşılması ve bunların patojen aleyhine bozulmasıdır. Bu yaklaşım tüm patojenler ve omurgasız zararlılara karşı uygulanabilmekle birlikte, özellikle virüslerin daha basit genoma sahip olmalarından dolayı daha çok virüslere karşı uygulanmaktadır. Burada, virüs genlerinin yanlış zaman ve miktarlarda veya karşıt fonksiyonel formlarda ifadeleri sağlanarak söz konusu virüsün bitki hücresinde çoğalması engellenmektedir.

9 Bu yaklaşımın ilk uygulanışı, Powell-Abel et al
Bu yaklaşımın ilk uygulanışı, Powell-Abel et al. (1986) tarafından tütün bitkisinde TMV kılıf proteini, sekanslarının aktarılması ve bitkinin bu virüse karşı dayanıklı hale getirilmesi şeklinde olmuştur. Günümüzde patojen kaynaklı dayanıklılık (PDR) çalışmalarında üzerinde çalışılan iki temel moleküler mekanizma karşımıza çıkmaktadır.

10 2.1-Protein Kaynaklı Koruma
a. Kılıf Proteinleri (Coat Protein-Mediated Resistance-CP- MR): Bitkilerde dayanıklılığı sağlamak için en yaygın olarak viral kılıf proteinlerini kodlayan sekanslar kullanılmaktadır. Bitkilerde kılıf proteinine bağlı dayanıklılık sağlamak amacıyla, ilgili virüsün kılıf protein genini içeren yapı, partikül bombardımanı veya Agrobacterium tumefaciens aracılığı ile bitkilere aktarılmaktadır. Aktarılan bu genlerin bir veya birden fazla kopyasının bitkinin genomik DNA’sıyla rastgele bütünleşmesi ve ifadesi sonucunda üretilen virüs kılıf proteini, sonuçta bitkileri virüse karşı dayanıklı hale getirmektedir.

11 b.Virüsün Hareketinden Sorumlu Viral Proteinler: Virüslere karşı dayanıklı bitkilerin elde edilmesi amacıyla üzerinde durulan diğer bir yaklaşım ise virüs tarafından sentezlenen ve özellikle virüsün hareketinde fonksiyonu olan proteinlerin kullanılmasıdır. Hücreden hücreye geçişini kolaylaştıran bu proteinlere yönelik mutant proteinler oluşturularak virüsün yayılımını önlemek bu çalışmaların esasını oluşturmaktadır. c. Viral replikaz proteinleri: Replikaz dizilerinin ifade ettiği proteinlerin AMV, CMV ve TMV’ye karşı koruma sağladığı ortaya konmuştur. Bu teknik ilk olarak Goleombski et al. (1990) tarafından TMV’ye karşı geliştirilmiştir. Araştırıcılar, TMV’de saptadıkları 54 kDa’luk proteini ifade eden transgenik bitkiler kullanarak bu proteinin fonksiyonlarını araştırmışlardır. 54 kDa’luk proteinin kaynağı olan TMV’nin U1 ırkı ile yaptıkları enfeksiyonlarda transgenik bitkilerin U1 ırkının replikasyonuna tamamen dayanıklı oldukları gözlenmiştir.

12 2.2-Nükleik Asit Kaynaklı Koruma
Kılıf proteini kaynaklı dayanıklılık çalışmalarında beklenmeyen bazı gözlemler yapılmıştır. Örneğin, patateste PLRV veya PVY kılıf proteinlerinin ifadesi ve bu virüslere dayanıklılık arasında bir ilişki olmadığı saptanmıştır. Bu gözlemler, en azından bu örnek çalışmalarda ortaya konan dayanıklılığın proteinden daha çok nükleik asit kaynaklı olduğunu ortaya koymaktadır. a. RNA Kaynaklı Koruma: Bir bitkiye aktarılan yapı şayet bir protein ortaya koymuyorsa ve dayanıklılık ortaya çıkıyorsa bunun sebebi RNA’dır. Bir viral proteini ifade etmek için tasarlanan yapının aktarıldığı transgenik bitkide meydana gelen korumanın, proteinin ifadesi sonucuyla mı yoksa bu proteini kodlayan RNA sekansı sebebiyle mi ortaya çıktığını tespit etmek oldukça güçtür. Örneğin CPMV hareket proteini geni aktarılan börülce bitkileri RNA kaynaklı mekanizma sayesinde korunmuşlardır.

13 b. Antisens RNA’lar ifade eden transgenik bitkiler:
Bu teknik basit olarak, bir mRNA’ya ait cDNA kopyasının tamamlayıcı mRNA dizisi oluşturmak üzere ilgili genoma aktarılmasıdır. Tek sarmal antisens RNA’ların tek sarmal viral RNA’lar ile dubleks oluşturması sonucunda gen ifadesinin veya virüs replikasyonunun engellendiği düşünülmektedir. Uygun antisens sekanslarının bitki aktarılmasıyla spesifik genlerin aktivitesinin engellendiği gösterilmiştir. Bu konuda yapılan çalışmalarda virüs genlerine karşı oluşturulan antisens yapılarının aktarıldığı transgenik bitkilerde, dayanıklılık oranı genellikle düşük bulunmuştur. c. Uydu RNA (Satellite RNA) Kaynaklı Koruma: Bazı virüs izolatları genomik RNA’larına ilaveten uydu (satellit) RNA denilen ekstra bir RNA türünü de bulundurmaktadırlar. Bunlar, replikasyonları için tamamen yardımcı virüse bağımlıdırlar. Uydu RNA’lar yardımcı virüsün bitkide oluşturduğu belirtileri zayıflatırlar. Bunlar yardımcı virüsün replikasyonu için gerekli olmadıkları gibi bazı durumlarda yardımcı virüsün replikasyonunu engelleyebilmektedirler.

14 D-transkripsiyon Sonrası Gen Susturulması (Post-Transcriptional Gene Silencing): Gen susturulması, transkripsiyon sonrası hedef RNA dizilerinin parçalanması şeklinde ifade edilmektedir. Bu yöntemde, pozitif sens RNA’ları kodlayan, ancak protein birikimine neden olmayan genler kullanılmaktadır. Gen inaktivasyonu ile sağlanan bu dayanıklılık yönteminde, hücreler anormal olarak yüksek orandaki RNA sekanslarını, anormal RNA yapılarını veya modifiye olmuş nükleotidleri yakalayarak, gen transkriptlerinin nükleaz parçalanmasına neden olan bir mekanizmayı uyarırlar.

15 3-Bitkilerde Virüs Vektörlerine Karşı Dayanıklılık
Kimyasal kullanımına bir alternatif olarak zararlı böceklere karşı dayanıklı bitki ıslahı konusuna olan ilgi gün geçtikçe artmaktadır. Böceklerde; insektisitlere karşı dayanıklılık gelişimi, bitkisel ürünlerdeki kalıntı sorunu, yeni pestisit geliştirme maliyetinin yüksekliği ve pestisitlerin doğaya ve hedef dışı organizmalara olan olumsuz etkileri de bu çalışmaların gerekliliğini ortaya koymaktadır. Bu gelişmeler ile birlikte, virüs vektörleri omurgasızlara karşı dayanıklılık çalışmaları da artış göstermiştir.

16 Vektörlere karşı dayanıklılığın temelleri tam manasıyla anlaşılmış değildir, fakat bazı faktörler tanımlanmıştır. Genel anlamda vektörlerin kontrolü ile ilgili olarak iki tip dayanıklılıktan söz edilebilir; Tercih edilmeme (antixenosis): Bir bitkinin çeşitli özellikleri böcek tarafından tercih edilmez niteliktedir. Yani bu bitki böcek için iyi bir konukçu değildir. Ya beslenemez, ya yumurta bırakamaz veya üzerinde barınamaz. Bu nedenle böcek bu bitkiyi tercih etmez. Buna etki eden faktörler daha çok dışsal faktörlerdir. Antibiyosis: Bu durumda bitki, böceğin biyolojisi için uygun olmayan niteliklere sahiptir. Böcek bu bitki üzerinde yaşayamaz, gelişemez ya da çoğalamaz.

17 Sonuç Virüsler, kimyasal mücadelesi mümkün olmayan ve bitkilerde oldukça önemli zararlara neden olan patojenlerdir. Bu nedenle, virüs hastalıklarıyla mücadele zordur ve zaman gerektiren bir uğraşıdır. Dayanıklı çeşitlerin kullanımı, virüs hastalıklarıyla mücadelede oldukça önemli bir konudur. Dayanıklı çeşitler, günümüzde birçok virüs hastalığına karşı kullanılmakta ve başarı sağlamaktadır. Mevcut dayanıklı çeşitlerin kullanımının yanında ıslah ve gen transferi yoluyla elde edilen dayanıklı çeşitlerin kullanımı günümüzde yaygınlaşmıştır Virüslere dayanıklı transgenik bitki elde etme stratejileri, kısa sürede gerçekleştirilmesi, istenmeyen genlerin aktarılma probleminin bulunmaması ve farklı türlerden bitkilere gen aktarılması gibi yararların yanı sıra birçok endişe ve tehtidi de beraberinde getirmektedir. Bu risklerin başında potansiyel toksisite, diğer bitkilere hedefsiz gen aktarımı, muhtemel yeni virüs ve toksin oluşumu, genetik zenginliğin tehdidi ve kanser riski gelmektedir. Tüm eksikliklere rağmen, virüslere dayanıklı bitki elde etme çabaları devam etmekte ve başarılı sonuçlar alınmaktadır. Bu konuda ilerleme kaydedebilmek için ise eksiklerin tamamlanması konusunda gerekli önlemler acilen alınmalı ve sorunlar çözülmelidir. Unutulmamalıdır ki, virüslerle mücadelede en önemli yöntemlerden biri dayanıklı çeşit kullanmaktır.

18 BİZİ DİNLEDİĞİNİZ İÇİN TEŞEKKÜR EDERİZ