Sunuyu indir
Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz
1
Mutasyon Analiz Teknikleri I
Hafta X PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları Mutasyon Analiz Teknikleri I Prof. Dr. Hilâl Özdağ
2
DHPLC Transgenomic/WAVE
3
DHPLC http://insertion.stanford.edu/melt.html
BRCA ex1 CAATAGGTAGCGATTCTGACCTTCGTACAGCAATTACTGTGATGCAATAA GCCGCAACTGGAAGAGTAGAGGCTAGAGGGCAGGCACTTTATGGCAAACT CAGGTAGAATTCTTCCTCTTCCGTCTCTTTCCTTTTACGTCATCCGGGGG CAGACTGGGTGGCCAATCCAGAGCCCCGAGAGACGCTTGGCTCTTTCTGT CCCTCCCATCCTCTGATTGTACCTTGATTTCGTATTCTGAGAGGCTGCTG CTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTA CAGATAAATTAAAACTGCGACTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCT GGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAGATAACTGGGCCCCTGCGCTC AGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGGTAGTAGAGTCCCGGGAAA GGGACAGGGGGCCCAAGTGATGCTCTGGGGTACTGGCGTGGGAGAGTGGA TTTCCGAAGCTGACAGATGGGTATTCTTTGACGGGGGGTAGGGGCGGAAC CTGAGAGGCGTAAGGCGTTGTGAACCCTGGGGAGGGGGGCAGTTTGTAGG TCGCGAGGGAAGCGCTGAGGATCAGGAAGGGGGCACTGAGTGTCCGTGGG GGAATCCTCGTGATAGGAACTGGAATATGCCTTGAGGGGGACACTATGTC TTTAAAAACGTCGGCTGGTCATGAGGTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGAC CAACGTGGTGAAACTCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCG TGGTGCCGCTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTAGAAC C with 851 base pairs Melting temperature of entire strand: 61.25° Temperature = 55° Celsius: 1-3, Temperature = 56° Celsius: 4-5, Temperature = 57° Celsius: , Temperature = 58° Celsius: 6-6, , , Temperature = 59° Celsius: 7-48, , , , Temperature = 60° Celsius: , , , , Temperature = 61° Celsius: , , , Temperature = 62° Celsius: , This sequence should be run at all of the following temperatures to ensure detection of all polymorphisms. Recommended temperature: 62° Recommended temperature: 56°
4
DHPLC CBP Exon 6 A. Rothan’dan
5
DHPLC A. Rothan’dan
6
DHPLC A. Rothan’dan
7
DHPLC Ezzeldin et al. Ann Biochem. 2002;306:63-73.
8
DHPLC
9
DHPLC DHPLC = denaturing high-performance liquid chromatography.
Ezzeldin et al. Ann Biochem. 2002;306:63-73.
10
Karıştırma testi DHPLC
P300/EXON16 4239G->T E1014X
11
Karıştırma testi DHPLC
CBP/EXON31.1 5371-8INSA
12
DHPLC HDAC2 EXON1 Karıştırma
13
HDAC2 143InsCAG
14
DHPLC HDAC2 EXON12 Karıştırma
15
HDAC2 1573DelA HCT15
16
HSUV39H2 -11InsA (?) SSCP
17
Kapiller Elektroforez
18
Genel Primerlerle işaretleme
19
P G>T (E1014X)
20
P G>T (E1014X )
21
CBP IVS21-4del22
22
CBP IVS21-4del22
23
CBP IVS31-7InsA
24
CBP IVS31-7InsA
25
TGCE Temperature Gradient Capillary Electrophoresis
26
Mutasyon Analiz Teknikleri III
Hafta IX PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları Mutasyon Analiz Teknikleri III Prof. Dr. Hilâl Özdağ
27
Bir sonraki aşama…. 1. SSCP, HA, DHPLC, TGCE benzeri bir teknikle saptadığınız ve incelediğiniz DNA fragmentinde konformasyonel değişime neden olan dizi değişiminin ne olduğunu ortaya çıkarmak, 2. İncelediğiniz DNA fragmentini bir indirekt yöntemle analiz etmeden doğrudan dizi bazında değerlendirmek, 3. Klonlamak üzere hazırladığınız DNA fragmentine klonlama öncesi aşamalarda (PCR) hatalı bir baz girip girmediğinden emin olmak için Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir.
28
DNA DİZİ ANALİZİ
29
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
MUTASYONU ÖNCEDEN BİLİYOR VE YENİ BİR ÖRNEK GRUBUNDA VARLIĞINI SORGULAMAK İSTİYORSANIZ RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism) ASA (Allele Specific Amplification) Primer Extension
30
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
RFLP Yabanıl Tip Allel AGATCT TCTAGA RE kesim bölgesi Mutant allel AGAGCT TCTCGA RE bölgesi kaybolmuş
31
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
ASA
32
Primere bir nt eklenmesi
Primer Extension : Saptama: Floresans Bağlanma: Primere bir nt eklenmesi Uzama:
33
Primer Extension :
Benzer bir sunumlar
© 2024 SlidePlayer.biz.tr Inc.
All rights reserved.