Bitki gen kaynaklarının korunması

... konulu sunumlar: "Bitki gen kaynaklarının korunması"— Sunum transkripti:

1 Bitki gen kaynaklarının korunması
In situ : bitkilerin habitatlarında korunması Ex Situ : Tarla kolekisyonları, botanik bahçeleri Tohum koleksiyonları In vitro kolleksiyon: Büyümenin yavaşlatılması Cryopreservation (long term storage) DNA bankaları

2 Genetik materyalin in vitro kültür tekniklerinden yararlanılarak başarılı bir şekilde muhafaza edilmesi aşağıdaki faktörlere bağlıdır. Muhafaza tekniği genetik materyalde seleksiyon etkisi yapmamalıdır. Muhafaza tekniği genetik materyalde herhangi bir değişikliğe neden olmamalıdır. Muhafaza edilen materyal, muhafaza süresi sonunda normal büyüme ve gelişmesine devam edebilmelidir. Muhafaza yöntemi farklı koşullarda ve farklı bitki türleri için uygulanabilir olmalıdır. Muhafaza yönteminin uygulanması kolay olmalıdır. Muhafaza yöntemi çok pahalı olmamalıdır.

3 İn vitro Germplazm muhafazasında iki temel yöntem uygulanmaktadır;
Bitki materyalinde büyümenin yavaşlatılması veya azaltılması Bitki materyalinin soğukta muhafaza edilmesi (krayoprezervasyon)

4 Büyümenin yavaşlatılması veya azaltılması ile muhafaza: Yavaş ya da azaltılmış büyütme ile muhafazanın esası, bitki kültürlerinin canlı kalabilmelerinin izin verdiği oranda, kültür ortamının ve kültür koşullarının değiştirilmesine dayanır. Yavaş büyütme ile muhafaza; farklılaşan kültürler, bitkicik ya da bitki sürgünlerinde yaygın olarak kullanılırken farklılaşmayan kültürler, kallus ve süspansiyon kültürlerinde nadiren uygulanmaktadır.

5 Yavaş büyütme yöntemi uygulanan Uluslar arası Tropikal Tarım Enstitüsü (IITA), 1500’den fazla tatlı patates, yam ve kokoyam gen kaynağını koleksiyonlarında muhafaza etmektedir. Kullanılan yöntemler 4 ana başlık altında toplanmaktadır. İnkübasyon sıcaklığının azaltılması Kültür ortamının değiştirilmesi Sıcaklık ve kültür ortamının birlikte değiştirilmesi Gaz alış veriş ortamının değiştirilmesi

6 Kültüre edilmiş hücrelerde büyüme oranını azaltıcı işlemler:
Mineral yağ ile kaplama (solunumu engelleme) Düşük basınç ve oksijen (solunumu azaltma) Sakkarozsuz besin ortamı (metabolik faaliyetin azaltılması) Suyun azaltılması (dehidrasyon) (metabolik faaliyetin azaltılması) Besi ortamına absisik asit ilavesi (5-10 mg/l) (metabolik faaliyetin azaltılması) Manitol ilavesi (%3-5, a/h) (metabolik faaliyetin azaltılması) N-dimethyl succinic asit ilavesi (50 mg/l) (metabolik faaliyetin azaltılması) Düşük sıcaklıkta depolama (metabolik faaliyetin azaltılması)

7 Soğukta muhafaza (cryopreservation):
Biyolojik materyalin canlı olarak dondurulması ve daha sonra sıvı azot içinde çok düşük sıcaklıkta muhafaza edilmesi olarak tanımlanır.

8 Cryopreservation aşamaları
Materyalin kültürü Sağlıklı kültürlerin seçimi Kryo-protektan uygulaması (DMSO, sakkaroz, gliserol, PEG) Ön kültür Soğutma/dondurma Depolama Isıtma/çözme Büyümenin iyileştirilmesi Canlılık testleri

9 Soğuktan korunacak hücre ve meristemler önce alt kültür işlemlerinden geçirilir. Bu uygulama ile,
Kurumaya ve donmaya toleransın teşvik edilmesi Hücre içi boşlukların azaltılması ya da hücrede su oranının düşürülmesi Hücre zarı geçirgenliğinin artırılması Sakkaroz ve öteki şekerlerin hücre içinde artırılması sağlanır.

10 Dondurma işlemleri ve zararları:
Bitkisel hücrelerde donmanın iki tipi vardır; 1. Hücre dışı (ekstraselülar) donma 2. Hücre içi (intraselülar) donma Bitki hücreleri yavaş soğutulduğu zaman buz kristalleri genellikle hücre duvarının dışında oluşur. Sıcaklık, suyun donma donma noktasının altına düştüğünde buz kristalleri hücreler arası ortam boşluğunda oluşur. Bitki hücreleri hızla dondurulursa ya da soğuğa duyarlı hücreler donma sıcaklığının altındaki sıcaklıklarda soğuğa maruz bırakılırsa, hücre içi donma meydana gelir. Hücre içi buz oluşumunun meydan gelme derecesi soğutma oranına ve materyalin konduğu muhafaza soğukluğunun minimum derecesine bağlıdır.

11

12 Hücre içinde serbest suyun azaltılması:
Aşırı düşük sıcaklıklara bitki hücresinin canlı kalabilmesi için en önemli faktör muhtemelen serbest sudur. Dondurucu sıcaklıklarda hücrelerin hayatta kalabilmesi için serbest suyun azaltılması mutlak gereklidir. Serbest suyu azaltmak için yapılan işlemlerin sırası: Altkültür yapılması Krayoprotektant ilavesi (DMSO, sakkaroz, gliserol, etilen glikol) Hücre dışı donmanın sağlanması

13 Soğukta muhafaza sürecinde krayoprotektant olarak kullanılan kimyasal bileşikler
Etilen glikol Gliserol Propilen glikol Sorbitol Mannitol Aminoasitler Dimetil sülfoksit (DMSO) Şeker (glikoz, trehaloz, sakkaroz) Hidroksietil amidon Polietilen glikol Polivinil pirolidon

14 Yavaş ön dondurma Bu tip dondurma işleminde dokular özel olarak imal edilmiş dondurucular içerisine yerleştirilir ve dokuların sıcaklığı yavaş yavaş oC’ye kadar yavaş yavaş soğutulur. Daha sonra sıvı azot içerisinde depolanır

15 Yavaş ön dondurma 1. Hücre kültürünün hasadı ya da apikal meristemin izolasyonu yapılır. 2. Materyale uygun ön islem ya da önkültür yapılır . 3. Öndondurma öncesi krayoprotektantların ilavesi damla damla yavasça ya da seri halde damlatılarak hızla doğrudan yapılabilir. 4. Materyalde donmayı başlatmak için -7 °C ile -10 °C’de buz aşılaması yapılır. 5. Materyal LN2 içine daldırılır ve orada depolanır. 6. Hızlı çözündürme yaklasşık 37 °C sıcaklıkta su banyosunda yapılır. 7. Krayoprotektantların materyalden uzaklastırılması yapılır 8. Kültüre edilmis materyal yeniden kültüre alınarak canlılık kontrolü yapılır.

16 Hızlı ön dondurma Bu yöntem, plasmolize edilerek kısmi kurutmayla kombine edilmiş ön dondurma yöntemidir.

17 Hızlı ön dondurma 1.Uygun dönemdeki kültürler seçilir.
2. Yüksek ozmotikum ortamında, 1-3 gün kadar önkültür yapılır. 3. Ufak siseler ya da tüpler içindeki hücrelere mL krayoprotektant ilave edilir. 4. Oda sıcaklığında 5-10 dakika krayoprotektant maddenin inkübasyonu beklenir. 5. Tüpler -30 varlığında -30 °C’ye hazırlanmıs dondurucunun buhar fazına, doğrudan transfer edilir., bir saat burada bekletilir. 6. Sonra derhal LN2’ye batırılır ve depolanır. 7. Çözündürme tüplerin 40 °C’deki suya batırılmasıyla yapılır. 8. 1 M sakkaroz ilave edilmis suyla krayoprotektant madde 5 kez yıkanır. 9. Kültürler doğrudan rejenerasyon ya da altkültür ortamına alınır.

18 Vitrifikasyon yöntemi
Bu yöntem, LN2 sıcaklığına düsürmek için yapılan hızlı soğutma sırasında buz kristallerinin gelisme sıcaklığından (genellikle -10 °C ile -40 °C arasındaki sıcaklık zonundan) hızla geçilirken olusan hücre içi buz kristallerinin gelismesinin engellenmesinden ibarettir

19 Vitrifikasyon yöntemi
Uygun dönemde kültür ya da uygun boyutlarda materyal seçimi yapılır. M sakkaroz içeren ortamda önkültür yapılır. 3. Ufak sise ya da tüp içindeki materyale doğrudan mL vitrifikasyon çözeltisi ilave edilir. 4. Tüpler doğrudan LN2’ye batırılır ve depolanır. 5. Tüplerin 40 °C’deki suya batırılmasıyla hızlı çözündürme yapılır. 6. Buzlar çözündürüldükten sonra vitrifikasyon çözeltisi M sakkaroz içeren suyla sulandırılıp 5 kez yıkanır. 7. Filtre kağıdı üzerine toplanan materyal çıkarılır ve filtre kağıdınnın üzerinden yarı katı ortama alınarak yeniden kültür yapılır ve rejenerasyon sağlanır

20 Kurutma yöntemi Kurutma yöntemi, somatik embriyoların, embriyonik kallus ve belirli türlerin meristemlerinin soğukta muhafazasında kullanılabilmektedir. Bu yöntem en basit yöntemlerden biri olup, programlanabilir dondurucu gerektirmez. Çünkü örnekler kurutulmuştur. Ancak bitki dokularının tümü kolayca kurutmaya tolerans göstermez

21 Kurutma yönteminde, hormon uygulaması (genellikle ABA) ya da yüksek dozda ozmotikum uygulaması ile potansiyel kurumaya toleransın kontrolü amaçlanır.

22 Kurutma yöntemi Somatik embriyoların ve embriyonik kallusların uygun gelisme döneminde seçilmesi gerekir. 2. Önkültür yapılır. (100 ppm ABA içeren ortamda ön kültür ya da seri artan yüksek osmotik değerre sahip ortamda ikişer gün bekletilerek ön kültür yapılır.) 3. Uygun nem oranına kadar kurutulan örnekler daha sonra tüplere ya da şişelere transfer edilir. Tüp ya da siseler doğrudan LN ’nin buhar ya da 4. LN2’likit fazına maruz bırakılır. 5. Çözündürme islemleri tüplerin 40 °C sıcaklıktaki suya daldırılmasıyla hızlı ya da oda sıcaklığında tutulmasıyla yavas olarak yapılır. 6. Yeniden kültür islemine tabi tutularak, kültürlerin rejenere olmaları veya altkültür ortamında yeniden kullanılmaları sağlanır.

23 DNA muhafazası: DNA muhafazası, toplam genomik bilginin DNA düzeyinde korunması esasına dayanan, potansiyel uygulama alanı oldukça geniş olan ve bu nedenle bitki genetik kaynaklarının muhafazasında gelecek vaat eden bir yöntemdir. Bu yöntem, biyoteknoloji uygulamalarının kullanıldığı bitki ıslahı programlarına kolay uyum sağlaması bakımından da ayrı bir öneme sahiptir. DNA muhafazası çalışmaları kapsamında hastalıklara dayanıklılık genleri gibi, özel genlerin muhafazasına ilişkin çalışmalar da sürdürülmektedir

24

25

26